九、确立朝贡和互市制度。清朝前期，作为厄鲁特蒙古四部之一的和硕特人对清廷朝贡并无定制。青海平叛后，雍正帝规定了和硕特人的朝贡制度。将和硕特二十一旗分为三部，每部三年一贡，九年一轮回。朝贡的目的并不在于向他们进行物质攫取，而是以丰厚的回赐吸引和硕特人对清朝的仰赖。在互市制度方面，雍正帝规定和硕特与内地人的贸易在那拉萨拉（今日月山）地方实行，不得擅移，每年于二月、八月各举行一次。对生活必需品，诸如茶、布、面等，则规定一年四季贸易，以满足蒙古人民的生活所需。
十、发展农业生产，安定人民生活。在西宁与甘州、凉州之间，兴办屯田，大力发展农业生产，以安定当地蒙藏人民的生活。经济的上升可以说是化解民族矛盾和阶级矛盾的重要手段，生活水平上升了，人们的物质需要在一定程度上得到了满足，社会秩序就会有保障，至少可以在表面上使矛盾得以缓解。正缘于这一认识，雍正帝对西部的开发与屯田投入了较大精力，将直隶、山西、河南、山东、陕西五省军罪流人，尽行发往大通河、布隆吉尔等地垦种，给予种子、耕牛和土地，从事农垦，三年后起科，土地归垦种者为永业。
通过这些措施，清政府围绕加强对青海地区的统治这一中心目的，对青海的政治、经济、军事、宗教等方面进行了全面改革。开展屯田，兴办农业，和蒙古等进行朝贡互市等措施，都进一步促进了少数民族经济的开发和民族的融合。而对一些区县的划分则使得清政府大大加强了对青海地区的直接控制。青海内部台吉的封建特权尚未丧失，喇嘛教寺院的宗教权威也仍保留，但它们已不再作为独立的政治势力而存在，蒙古王公束缚于旗制之内，喇嘛寺院成为清政府统治蒙藏人民的工具，清中央政府对青海地区的统治大大加强了。
出兵西藏，剿灭乱党
青海问题解决以后，清政府就把目光转移到西藏问题上来。西藏地处祖国西南边陲，和新疆、青海、四川、云南等省相邻。作为藏传佛教的圣地，西藏是一个有着独特风情和民风的地方。境内佛教势力很大，各种教派纷呈。
早在南宋淳祐四年(1244年)，西藏佛教派别中势力最大的萨迦派(俗称花教)教主萨迦班智达前往凉州(今甘肃武威)觐见元太宗孛儿只斤窝阔台的皇子阔端，议定了归顺蒙古帝国的条件及贡赋，自此西藏正式归入中国版图，而在此之前西藏一直作为中原王朝藩国。由于在西藏归顺过程中所起到的推进作用，萨迦派从而得到了元朝统治者的恩宠。元朝统治者进入中原后，开始接触盛行于中国的各种教派，在诸教派中，他们比较偏爱密宗佛教，于大都（今北京）兴建了密宗佛教的大型寺宇万安寺（今白塔寺前身）。萨迦班智达逝世后，其侄八思巴于元朝至元六年(1269年)被元世祖忽必烈封为"大宝法王"，意思是萨迦政权的创始人第一任萨迦法王。至此，西藏历史上第一次出现了以"僧人统国"为特点的政教合一的地方政权。后来，元明统治者也都曾对西藏进行过有效的管辖。明末，蒙古人固始汗入藏，控制了西藏地方政权，使政教合一的局面得以改变。清初，皇太极曾和西藏汗及掌佛教大喇嘛有书信往来，固始汗也曾派人专程抵达盛京，觐见太宗，太宗优以厚礼。顺治时，达赖喇嘛与清朝的关系又有新的进展。顺治九年(1652年)十二月十五日，达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝，顺治十年二月，达赖辞归。四月，顺治帝封达赖为"西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛"，赐满、汉、藏三种金册、金印；封固始汗为"遵行文义敏慧固始汗"，赐满、汉、藏三种金册、金印。这样，正式确立了西藏对清廷的隶属关系，在西藏形成了政教分治、蒙藏联合的局面。清朝对西藏统治进一步加强了。
康熙年间，准噶尔策妄阿拉布坦叛乱，准噶尔蒙古军入藏杀死了和硕特蒙古汗王拉藏汗，从而结束了青海和硕特蒙古对西藏的统治，此后及至策妄阿拉布坦被平定。为了加强对西藏的统治，康熙帝派满洲、蒙古及绿营兵四千名驻藏，任命康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐三人为噶伦（旧指西藏地方政府长官），封康济鼐、阿尔布巴为贝子，封隆布鼐为辅国公，后又增任颇罗鼐、扎尔鼐二人为噶伦，从而确定了五噶伦共管西藏的体制。同时册封噶桑嘉措为"宏法觉众第六世达赖喇嘛"，以安定人心。此时的西藏，虽由五噶伦管理，但政权的性质仍是宗教政权，达赖仍是西藏的精神领袖。
雍正帝继位后，于元年把留守驻藏的部队撤回内地，只在四川的察木多(今西藏自治区昌都)留少量军队驻守，放宽了对西藏的控制。雍正五年，遂发生了阿尔布巴叛乱。
事情的原委是这样的：随着时间的推移，执政西藏的五噶伦内部矛盾逐渐尖锐起来，五名噶伦中，一派是后藏贵族康济鼐和颇罗鼐，另一派是前藏贵族阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐。七世达赖喇嘛的父亲索南达结则站在前藏贵族一边，两派势力中，前藏贵族势力较大。
一开始，双方虽有矛盾，尚能相安无事。随着罗卜藏丹津叛乱被平定后，清廷令驻扎在阿里管理前藏事务的后藏贵族噶伦康济鼐往阿里之际，把地方事务交由阿尔布巴办理，事实上是将阿尔布巴置于康济鼐之下，令康济鼐兼督前后藏。这引起了阿尔布巴的不满，他地位较康济鼐高，实力比康济鼐强，所以很不服气这样的安排。扬言道：我同康济鼐的功绩一样，一样为大皇帝所恩宠，名声和地位也都一样，如果要给佛爷当好差，要为藏民谋福与利，我可不能屈就地位。阿尔布巴与康济鼐的裂痕由此加大。雍正四年春，钦差入藏抵达拉萨，宣布西藏政务以康济鼐为总理，阿尔布巴为协理。这越发引起了前藏贵族的不满情绪，五噶伦矛盾公开，七世达赖之父索南达结对此也极为不平，与前藏贵族勾结在一起，这样康济鼐就被孤立起来了。
岳钟琪和鄂齐、班第等返京后的奏报，使雍正帝对西藏的政局更加忧虑了。他担心阿尔布巴等人既在藏生事，又与准噶尔部勾结，于是，他指示岳钟琪"当预为留心"，"今无事之时当设如有事，预为筹划"。与此同时，他还采纳了鄂齐、班第关于将隆布鼐、扎尔鼐二人以噶伦原衔解任，使阿尔布巴孤掌难鸣而难以为乱的建议。雍正五年（1727年）正月，正式任命内阁学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，赴藏宣布谕旨，并调解西藏贵族之间的内部纠纷。然而在驻藏大臣抵达之前，阿尔布巴已先行探出了朝廷动向。情况很明显，局面对他是不利的，若静待雍正帝圣旨到来，无异于坐以待毙。因而他决定先行铲除康济鼐和颇罗鼐，以造成既成事实，迫使清廷承认他的首席领导权。此时由于清廷在西藏驻军已撤，阿尔布巴得以放手行动，遂于六月勾结隆布鼐等人，借众噶伦议会之机，于大昭寺中将康济鼐乱刀杀死，发动了武装叛乱，接着派兵进攻颇罗鼐。
七月二十二日，僧格、马喇到达距拉萨仅三日路程的色顶地方，阿尔布巴派人往迎，诡称七月系"黑运月"，请他们八月再进拉萨，实则是想在这段时间内打败颇罗鼐。八月初一日，僧格、马喇一行抵达拉萨。阿尔布巴、索南达结等率手下官员亲往十里外跪迎钦差。僧格、马喇一面询问康济鼐被杀的原因，一面派人了解情况。七世达赖表明自己并未与谋，阿尔布巴则诬称颇罗鼐是"反出达赖喇嘛黄教之人"，声称数日内即可将其打败。但实际上，战争一直相持不下。
由于明确意识到阿尔布巴已经叛乱，雍正帝立即命陕西各路及四川、云南的军队进入战备状态。这次叛乱虽不能说早在雍正帝预料之中，但他对此已早有心理准备：对叛乱分子，决不能妥协，若接受既成事实，无异于助长阿尔布巴等人的猖獗，那样对西藏的控制将进入一个未知状态。有鉴于此，雍正帝一开始便坚决认为：武力平叛是惟一正确的选择。
岳钟琪深知这场动乱的严重性，很快提出了自己的处置方案。他认为，阿尔布巴和佛父索南达结等人结成一党，为自身权势公然杀害朝廷命官康济鼐，若不除此辈，后患无穷。他主张应于来年春暖时派遣大军入藏，同时发兵征讨准噶尔，一举解决两处问题，一劳永逸。是为上策。倘因阿尔布巴等未公开叛清，不当死罪，亦应解除其噶伦职务，令达赖喇嘛另择人选，申报清政府任命。此为下策。但云贵总督鄂尔泰却对此持保留态度，提出了"以抚为上，剿杀次之；羁縻为上，驾驭次之"的策略。雍正帝既想一举借机解决西藏同题，又担心阿尔布巴挟持达赖喇嘛逃往准噶尔，内心矛盾重重，决断不下。雍正帝既不同意鄂尔泰的主张，又不便贸然出兵，遂下令陕、川、滇"各路兵马停止，不必预备"。雍正帝命令岳钟琪速派人前往拉萨，密告僧格、马喇勿受阿尔布巴之惑，表明出偏袒颇罗鼐一方的态度。
十一月中旬，一个天赐良机出现了。阿尔布巴见清廷对此事动向不明，以为雍正帝对西藏局势无法控制，只得默许，从心理上放松了对清廷的防范。而此时，他与颇罗鼐的战事却一直处于僵持局面，胜败难决。如此下去，势必使西藏局势恶化，难以控制。无奈之下，他请清廷派兵入藏，征剿"反出黄教"的颇罗鼐。
雍正帝览后喜不自胜，遂决定来年春天出兵西藏。恰值此时，准噶尔部首领策妄阿拉布坦病故，出兵就更无后顾之忧了。雍正帝抓住时机，经过充分准备之后，于六年（1728年）五月初，雍正帝令清军取道八年前允入藏驱逐策妄阿拉布坦的路线，由西宁、打箭炉两地兵分两路，南北齐进，进入西藏。北路军由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领，共八千四百人，南路军由四川总兵周瑛率领，共四千人。接下来情况又发生了对清廷更为有利的变化。六月十五日，周瑛接到马喇通知，得知颇罗鼐于五月二十六日占领拉萨，擒获了阿尔布巴，正等候清朝派官员入藏处理。八月一日，南北两路会师进入拉萨，肃清了叛匪余部，诛杀首恶阿尔布巴等人，清政府遂封颇罗鼐为贝子，代替康济鼐，总管前后藏事务，还赐犒兵银三万两，以示奖赏。西藏叛乱并没费清廷太大力气就宣告平定。
雍正帝用兵虽势头凌厉，但不可谓不谨慎。对于西藏的局势，雍正帝早就有所预料，只是因为当时政局不稳，因此，雍正帝诸事谨慎，不敢大刀阔斧地用兵，而是全面统筹，缜密思考，以静制动。等到占据天时、地利、人和时，雍正帝当机立断，迅速裁决，一举剿灭了乱党。也正是雍正帝的这种"稳中求胜"的用兵方式，巩固了清王朝的统治，对康乾盛世起到了承前启后的纽带作用。
加强集权，有效控制
清朝经营西藏大体上可分为三个时期：崇德（皇太极年号）、顺治为开拓期，康熙、雍正为发展期，乾隆为巩固期。
崇德年间，皇太极尚在沈阳时，就曾与西藏固始汗有书信往来，固始汗也曾派使者至盛京觐见皇太极。及至顺治九年（1645年），达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝。十年十二月，顺治帝降旨册封达赖和固始汗，承认臣服清朝的固始汗所建立的地方政权，并通过此地方政权实现对西藏的间接统治。这一时期，满人刚刚入关，虽然已经占据了中原大部领土，但在东南沿海和海外，尚存在明朝残余势力。统一大业未完，顾此失彼，加之西藏旷远，地势险阻，因而顺治帝虽然重视西藏，却也难以实现对西藏的直接领导。这一时期的政策特点是羁縻，也可称为羁縻时期。这一时期之所以册封达赖，是在了解西藏地区的政治局面后，承认凌驾于其他佛学派别之上的黄教的领袖地位，但在政治形式上，却执行"政教分立"的形式。这一政权形式后来为康熙、雍正两朝所沿袭。直到乾隆时期，才根据实际情况重新恢复了"政教合一"的政局，正式授权七世达赖管理西藏行政，建立了噶厦（旧称，指西藏地方政府）地方政府。在康熙朝，康熙帝为了限制达赖，又册封了班禅，并在平定准噶尔后确立了五噶伦执政的政治形式。
从雍正帝出兵西藏，平定了阿尔布巴之乱开始，中央政府对西藏政策的羁縻性质日益减少，直辖性质逐渐加强。正如雍正帝在康乾盛世中所发挥的承前启后作用一样，他在西藏政策的执行上起到的也是重要的承前启后作用。此时，不仅顺治时期的对藏政策已远远落后，即使康熙朝的对藏政策，也被雍正帝逐步完善，这为乾隆时期西藏政教合一的确立铺平了道路。因此，这三个时期中，真正对西藏进行实质性统治的，就是雍正朝了。雍正帝在平定了西藏叛乱之后，加强了对西藏的直接控制，变羁縻为近似于中央直辖的统治。这一点，对于整个中国历史都至关重要。
雍正帝对西藏控制和管理的进一步加强，得益于对阿尔布巴叛乱的平定。通过进兵平叛，他首先认识到解决西藏问题的关键在于抓住宗教这个根本，而要抓宗教，就要重视达赖喇嘛。清兵入藏平叛之前，七世达赖喇嘛正在后藏贵族的控制之下，达赖之父索南达结更是和阿尔布巴结成了死党。所幸阿尔布巴由于颇罗鼐的牵制，未能挟持达赖外逃，事态不致恶化。