对此，雍正帝决定将七世达赖安置在安全范围内，雍正六年（1728年）十一月，七世达赖父子在清军保护下离开拉萨，移到西康噶达（即康定西北泰宁）的惠远寺，派兵一千八百护守，后准噶尔与清政府定界息兵后，雍正帝令人又把达赖护送回拉萨。后又在清军保护下离开拉萨，移往理塘。达赖从此被清政府直接保护，这样就避免了达赖和西藏共同为乱，也避免了达赖被挟持后社会不稳的状况。理塘原归属前藏，六年，雍正帝下令在理塘、巴塘等地建立宣慰土司，划归四川管辖，同时又设维西、中甸二厅，划归云南。后来，章嘉呼图（活佛）以巴塘、理塘为六世达赖出生之地，请将该地仍属前藏。而雍正帝的政治用意在于，将理塘作为监控西藏的一个外围哨卡，同时较严密地控制西藏教王。因此，雍正帝对章嘉呼图的请求当然不允。然而章嘉呼图的理由很有力，前代教王的出生地，对于黄教来说确是非同小可。雍正帝为堵住章嘉呼图的嘴，以理塘每年商税银五千两赐之，章嘉呼图得了实惠，也就不说什么了。六世教王的生身之地，就这样被雍正帝买了过来，管辖地仍归四川辖属。直到今天，川、滇二省的藏族地区仍沿袭着1728年清朝划定的界限。
同时，雍正帝加强了对西藏政务的控制和管理，一方面将西藏政务委于颇罗鼐一人总理。当初将康济鼐噶伦地位置于阿尔布巴之上，就是意欲以一人行政代替五噶伦。在西藏特殊的历史条件下，五噶伦并立不利于西藏政务的处理，同时由于西藏旷远，五噶伦的争权夺利，更是将西藏拖入动乱泥潭的根源。相比之下，专任一人治藏，在行政体制上更趋于集权化，有利于清朝对西藏的有效控制。
另一方面，雍正帝又作出了设立驻藏大臣这一意义重大的决定。雍正帝在西藏正式设立驻藏大臣办事衙门，驻藏大臣分正、副二人，分驻前藏和后藏，协助颇罗鼐处理政务，并留清兵两千驻守西藏。驻藏大臣是清朝政府的代表，是清朝中央政府与西藏地方政府联系的纽带，这时的驻藏大臣主要是管理清军、稳定政局，并协助地方政府处理政务。这与乾隆后期的驻藏大臣和达赖喇嘛共管西藏政务制度不同，但却是这一制度的开端。
通过达赖移居理塘、巴塘行政区的划定，雍正帝一方面安定了人心，断除了达赖和西藏共同为乱的隐患，明确了西藏地方的辖区范围。在西藏迭经变乱后，雍正帝终于做出直接派遣常驻高级官员，建立办事机构，驻守军队的果断决定，从而加强了对西藏地方的履政，进而密切了清朝与西藏的主属关系，重新将西藏正式拉回到中原政权治下，也有利于多民族统一国家的巩固。雍正帝在平叛后设置驻藏大臣，进一步加强了对西藏的控制，这无疑具有积极的历史意义。
击准噶尔，划西北界
清朝初年，居住在天山以北的漠西蒙古准噶尔部强盛起来，首领噶尔丹自称可汗，吞并四邻，横扫漠北，并公然向康熙帝提出"圣上君南方，我长北方"，意欲分庭抗礼。
康熙帝为消除噶尔丹之患，曾多次御驾亲征，虽平息了噶尔丹之乱，但是仍然没能遏制住准噶尔部的野心。厄鲁特蒙古准噶尔部一直是个野心勃勃的大部族。要说明准噶尔的来历，有必要回溯一下该部的历史。元朝亡后，蒙古分为三大部：漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和厄鲁特四卫拉蒙古。漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古皆是成吉思汗后裔；厄鲁特四卫拉蒙古则居于西域，乃是元朝脱欢太师及明也先（蒙文称额森）瓦剌可汗的后裔。厄鲁特四卫拉蒙古这一部分为四大部，绰罗斯特居于伊犁，杜尔伯特居于额尔齐斯河岸，土尔扈特居于塔尔巴哈台，和硕特居于乌鲁木齐。明末清初，和硕特固始汗统一了四大部，并夺取西藏，臣服于清。康熙帝执政期间，绰罗斯特浑台吉死，其子僧格立；僧格死，子索诺木河拉布坦立；僧格之弟噶尔丹作乱，杀侄自立，自称准噶尔汗。噶尔丹自称准噶尔汗时，绰罗斯特部始称准噶尔部。噶尔丹被平后，准噶尔部即落入索诺木拉布坦之弟策妄阿拉布坦掌握。
策妄阿拉布坦的权利欲不次于其叔噶尔丹，他无视清廷的存在，侵袭邻境，吞并弱小，祸乱西域，使准噶尔部成为西域安定的最大威胁。雍正二年（1724年），罗卜藏丹津兵败逃往准噶尔，为策妄阿拉布坦所接纳。清政府遣使索取罗卜藏丹津，策妄阿拉布坦拒不奉诏，但也不敢侵犯边境，一时呈相峙状态。清政府遂在哈密、巴里坤、吐鲁番及布隆吉河等地各留戍兵驻防。
早在清兵入藏平定阿尔布巴反叛之前，雍正帝一直对出兵与否难于决断，不得已而采取了暧昧态度。用他的话说："西藏、谆噶儿（准噶尔）之事，比不得安南、鄂洛素海外诸国，四十八旗、西海、哈儿咯（喀尔喀）等众蒙古人心系焉，虽在数千里之外而实为肘腋之患。谆噶儿事一日不靖，西藏事一日不妥，西藏料理不能妥协，众蒙古心怀疑贰。此二处实为国家隐忧，社稷生民忧戚系焉。所以圣祖明见事之始末利害，立意灭取谆噶儿、安定西藏者，圣知卓见，不得已必应举者也。"
雍正帝对讨伐准噶尔的重要性认识充分，认为准噶尔的问题与西藏紧密相连，准噶尔平定了，西藏也就安定；准噶尔不安定，西藏就不会安定；西藏不安定，蒙古、青海也会连带出问题。这些地区是国家的隐患，与社稷民生休戚相关，所以必须借噶伦阿尔布巴事件，讨伐准噶尔。雍正五年(1727年)，策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零袭父职。此时，雍正帝实行的各项改革已初见成效，政局稳定，财力充足，也确有条件出兵了。雍正帝以为这是有利之机，决定用兵征讨准噶尔部。
雍正帝开始筹划用兵事宜，只同怡亲王允祥、大学士张廷玉、岳钟琪等极少数人密商，因事关钱粮，户部尚书蒋廷锡时或参与商讨此事。雍正帝取得了他们的支持，决定兵马粮饷屯守进取的方略。
雍正帝备战首先重视的是军士的挑选和训练。五年(1727年)十一月，雍正帝密令河南、山东、山西三省督抚，在步兵内各拣选两千人，他们不必擅长弓马，但要能放鸟枪。预计第二年秋冬时差遣，为期约二十个月，并要三省督抚妥善安排应选兵丁的行装和安家费用。
作为蒙古游牧民族，准噶尔人长于骑术，骑兵精良，作战速度迅捷，行动灵活。雍正帝懂得清兵要与准噶尔争长，也必须要有强大的骑兵装备。但西域旷远，戈壁荒滩阻隔，自然环境恶劣，交通运输不便，军需粮草的供给就是个大问题。针对这一情况，雍正帝采纳了岳钟琪的车站方针：用长五尺、宽二尺的战车，一人推辇，四人保护，即一车五人，五车一伍，伍五一乘，四乘一队，十队为一营，行军时载军粮军衣，驻防时兼做营盘，战场上冲锋陷阵。雍正七年（1729年）春夏之交，岳钟琪密令四川松潘镇总兵张元佐整饬马步兵丁一千名，预备一切军装器械，听候调遣。 经过两年的准备，雍正帝命领侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军，率兵32000余人屯阿尔泰，出师北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，率兵36000余人屯巴里坤，出师西路。西北两路大军于五月分途起程，雍正帝再征准噶尔部自此拉开了帷幕。
噶尔丹策零闻讯十分惊恐。这时，叛逃到准噶尔的罗卜藏丹津与其部属想谋杀噶尔丹策零，事泄被杀，噶尔丹策零遂利用这一事件施缓兵之计，派遣特使赴京，声称已将罗卜藏丹津解送清廷，行至中途，因听说清廷发兵，复回伊犁，"若天朝俯念愚昧，赦其已往，即将罗卜藏丹津解送。"雍正帝认为事情出现了转机，噶尔丹策零可能会"一一听命"，故于雍正八年五月决定"进兵之期暂缓一年"。他一面遣侍郎杭奕禄等往谕噶尔丹策零"请封号，所有属下悉编旗分佐领"，一面召大将军傅尔丹、岳钟琪和参赞大臣陈泰、苏图回京议事，由提督纪成斌、副将军巴赛分管西、北两路军事。
噶尔丹策零当即乘岳钟琪回京面承谕旨之际，进攻驻于科舍图的清军。科舍图军中无主将，由纪成斌、巴赛二人护理印务，分摄两路军事。纪成斌无备，噶尔丹策零乘虚大肆劫掠科舍图牧场。总兵樊廷、副将冶大雄率兵二万力战，又得总兵张元佐来援，与噶尔丹策零血战七昼夜，终于夺回大部分被掳驼马。尽管如此，清兵损失仍很严重。
利舍图遭袭，雍正帝对西路军颇不信任，并及于岳钟琪。岳钟琪不久奏疏战屯事宜，雍正帝不以为然。雍正九年(1731年)三月，命都统伊理布率兵2000往岳钟琪部充为副将军，开始对岳钟琪实行挟制和监枧；五月，再派石云倬为西路军副将军，进一步牵制岳钟琪；又派满人查郎阿署川陕总督，又专理西路后方军需供应。到此为止，岳钟琪的前军和后路都被满洲势力包围了。
九年（1731年）六月，噶尔丹策零探知西路军牲畜缺乏，不能进击，遣将率兵三万进犯北路军营。北路军主帅傅尔丹听信了敌方间谍的假情报，以为来人只有一千羸兵，遂令一万余人出战，被敌军诱到了和通绰尔，埋伏在此的两万多准噶尔骑兵倾巢而出，将傅尔丹的四千前锋军团团围住。傅尔丹又派六千清兵支援，然而此时被围清兵前锋已溃，准噶尔军转过头来便冲击清军大营，傅尔丹派索伦、科尔沁蒙古兵拒敌，科尔沁蒙古兵临阵脱逃。此时亏得土默特蒙古兵英勇抵抗，准噶尔军难当其锋，被撕开一个缺口，但接下来的情况却很糟糕，跟在蒙古兵后面的索伦兵见科尔沁兵跑了，土默特兵又消失在敌人阵中，以为蒙古兵败，人心惶惶，大呼小叫，顿时军心大乱，纷纷溃败。在准噶尔军围击之下，只逃出四千满洲兵，回到了科布多。西路清军至此已经军心涣散，难于再战了。
当傅尔丹失利于和通绰尔时，岳钟琪请求督兵进攻乌鲁木齐，以分敌势。经雍正帝批准后，岳钟琪由巴里坤出发，越木垒，渡阿察，直抵额尔穆克河，分兵三路，进攻乌鲁木齐。大获全胜，杀敌甚众，乌鲁木齐附近敌人遂纷纷溃逃。
雍正十年（1732年）二月，噶尔丹策零侵扰哈密。当时岳钟琪屯兵巴里坤，因冬春积雪，不宜出战，一直按兵未动，留意防守。得知准噶尔进攻哈密后，遂分兵截击，并命石云倬赴南山口等处切断敌人后路。石云倬对岳钟琪的军令不以为意，行军迟缓，到达南山口时，被击败的准噶尔军早已脱逃而去。十二年（1734年），雍正帝改组西路军营统帅部，命查郎阿署理宁远大将军印务，调汉军旗人、贵州巡抚张广泗为副将军，护军统领阿思海为前锋统领，管辖满洲兵，侍郎武格为扬威将军，统辖巴尔库尔满洲兵，副将军刘世明统领巴尔库尔绿旗兵，并命鄂尔泰督巡陕甘，经略军务。
此时，噶尔丹策零亲率大军由北路大举犯边，振武将军傅尔丹在乌孙珠勒迎战，大败而逃。准噶尔军越过杭爱山，长驱直入，先后攻占哲卜尊丹巴胡土克图、喀尔喀等地，抢掠了喀尔喀策凌的子女及牲畜。策凌为和硕亲王、额驸马，闻报之后割发誓天，决定反击。策凌亲率二万蒙古兵，半夜包围毫无准备的准噶尔军营，并会同顺承郡王锡保夹攻敌人，挥军斩杀敌人，敌人四处逃窜，被击杀万余人。噶尔丹策零率残部拼命逃跑，策凌紧追不放，并命人报知驻守拜达里克城的绥远将军马尔赛出兵截杀，谁料马尔赛竟不出战，擒获噶尔丹策零的机会就这样失去了。
战争胜利后，雍正帝大赏策凌，赐号超勇亲王，授定边左副将军，屯兵科布多，经理军务。雍正帝以贻误军机罪处斩马尔赛、李轶于军中，削傅尔丹公爵和官职，留军营效力，又以锡保调遣失宜，怯懦畏葸，罢靖边大将军，派平郡王福彭为定边大将军。
噶尔丹策零大败后，无力发动进攻，遂派人请和。雍正帝深感财政耗竭过甚，再打下去恐怕也无济于事，于是决意议和。雍正十二年，派傅鼐、内阁学士阿克敦到准噶尔议和，并为喀尔喀蒙古与准噶尔蒙古划分游牧地，欲以阿尔泰山梁为分界线。策零要求以杭爱山为界，阿尔泰山为其牧地，后又派遣使者进京，改求以哲尔格西喇呼鲁苏为界。雍正帝命策凌与他商议，策凌同意以此为界，但要求准噶尔人不得越过阿尔泰山。雍正帝采纳策凌意见，噶尔丹策零又不满意，和谈相持不决。雍正十三年（1735年）上半年，鉴于双方形势有所缓和，雍正帝下令两路撤兵，北路留蒙古兵、满洲兵，筑城于鄂尔昆河，屯田防秋；西路则用绿旗兵，驻哈密、巴里坤。到乾隆四年(1739年)，双方几经反复，始达成协议，以阿尔泰山为界，准噶尔游牧不得过界东，喀尔喀游牧亦不得过界西，并答应双方互市，允许噶尔丹策零派人进藏煎茶，但限制其人马数量。
雍正帝此次用兵虽屡屡失败，并且决策也有一定的失误，然而仍有一定的积极意义。首先是扼制了准噶尔的发展壮大，使其不能干预喀尔喀、青海和硕特和西藏的事务；其次，震慑了噶尔丹策零，策零出兵喀尔喀，虽然胜利了，但最终退去，终不敢留在这里，最后还得以阿尔泰山为界；第三，雍正帝在喀尔喀西北部设乌里雅苏台定边左副将军，辖治阿尔泰山东边的科布多、唐努乌梁海等地，营造了科布多城，使喀尔喀人更加依赖于清朝政府，如雍正十一年(1733年)，车臣汗垂札卜请求给予俸禄，雍正帝欣然接受；第四，为乾隆时期最终解决准噶尔问题奠定了基础。
清朝后期著名思想家魏源讲到清朝经营西北、西藏问题时说，"圣祖垦之，世宗耨之，高宗获之"，道出了康、雍、乾三代的各自贡献，相当中肯。总之，雍正帝对西北边疆的经营有其成效，是值得肯定的。