4月，上《应诏陈言疏》，直揭官场“委靡因循”、官吏“畏葸”“柔靡”。“今日所当讲者，惟在用人一端耳”。
7月，兼吏部左侍郎。
咸丰元年（1851年）41岁
1月，洪秀全在广西桂平金田村组织起义。
5月，上《敬陈圣德三端预防流弊疏》，咸丰帝“怒掷其折于地”欲罪之。
咸丰二年（1852年）42岁
1月，上《备陈民间疾苦疏》。
7月，出任江西乡试正考官。行至安徽太湖县小池驿，得到母亲讣闻，回籍奔丧。
咸丰三年（1853年）43岁
1月21日，接帮办湖南团练旨。经郭嵩焘力劝出保桑梓。
30日，到达长沙与湖南巡抚张亮基商办团练。
3月19日，太平军攻占江宁，定都为天京。
9月，奏准移驻衡州练兵。
11月，建衡州船厂赶造战船。派人赴广东购买洋炮，筹建水师。
咸丰四年（1854年）44岁
2月25日，奉命亲自率师出征太平军。发布《讨粤匪檄》。命褚汝航为水师总统、塔齐布为陆军先锋，统率17000人，挥师北上。
5月，兵败靖港，投水自裁获救。
7月25日，重整水陆各军以后，出师攻陷岳州。
10月14日取武昌。咸丰帝令其部署理湖北巡抚。7天后收回成命。改赏兵部侍郎衔。
12月2日攻陷田家镇。
咸丰五年（1855年）45岁
2月12日夜，石达开总攻湘军水营，并烧毁湘军战船100余艘。曾国藩座船被俘，“文卷册牍俱失”。“公愤极，欲策马赴敌以死”，在罗泽南、刘蓉的极力劝说下才停止行动。
咸丰六年（1856年）46岁
7月，坐困南昌。
9月2日，杨、洪内讧（天京事变）后，太平军元气大伤。
10月，曾国藩在长募勇组建吉字营入援江西。
咸丰七年（1857年）47岁
2月27日，其父去世，偕弟国华回籍奔丧。
7月，两次上疏，请求在家终制，获咸丰帝准许。是年建“思云馆”。
咸丰八年（1858年）48岁
5月19日，李续宾、杨岳斌率水陆两军攻陷九江。弟国华入李幕。
7月13日，接上谕命令其出办浙江军务，17日起程。
8月5日，抵武昌。与胡林翼会商进兵、筹饷之策。
11月15日，李续宾、曾国华死于三河之役。
12月，作《爱民歌》以训湘军。
咸丰九年（1859年）49岁
1月，李鸿章来建昌进谒、留营襄办军务。是月，曾国葆改名贞干，入湘军，为其兄国华报仇。
2月，作《圣哲画像记》。
11月，拟四路进兵之策，攻取安庆。
咸丰十年（1860年）50岁
5月，辑录《经史百家杂钞》26卷，“取精用宏”，“尽抡四部精要”。
6月，左宗棠来营，留住两旬，商讨东南大局；奉命以兵部尚书衔署理两江总督。
7月，委授两江总督，并以钦差大臣督办江南军务。
10月18日与胡林翼、李续宾商筹北援之策。上疏请求带兵北上扫夷勤王、以“雪敷天之愤”。
12月，祁门大营两度被困，太平军距大营仅20里，“危险万状”。
咸丰十一年（1861年）51岁
8月23日，《复陈购买外洋船炮折》：“购买外洋船炮，则为今日救时之第一要务。”
9月5日，湘军攻陷安庆。
25日，移住安庆。
11月20日，奉旨督办四省（苏、皖、浙、赣）军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。
12月，在安庆创办内军械所。年底，确定三路军进军之策：“以围攻金陵属之国荃，而以浙事属左宗棠，苏事属李鸿章，于是东南肃清之局定矣。”
同治元年（1862年）52岁
1月31日，奉旨任两江总督协办大学士，曾国荃补授浙江按察使。
2月14日，左宗棠率军由江西入浙江。
4月，李鸿章率军抵上海。
5月，曾国荃率军进驻雨花台，会同彭玉麟的水师围攻天京。
7月18日，为借兵助剿事再疏力陈利害：“岛人借助剿为图利之计......而中华之难，中华当之”，决不能让洋人以助剿来“蹂躏中国之土地”。
9月，为死于战乱而未及安葬的桐城儒生方东树、戴钧衡6人立石修墓，妥为安葬。
12月，其弟曾国葆病死于雨花台湘军大营。年底，华衡芳与徐寿父子试制成中国第一台蒸汽机，曾国藩见后，于当天日记中写道：“窃喜洋人之智巧我国亦能为之，彼不能傲我以其所不知矣！”
同治二年（1863年）53岁
1月28日，安庆军械所造出我国第一条木壳小火轮，曾国藩登船试航后，喜而命名“黄鹄号”。
5月7日，致函总理各国事务衙门，谓“洋人本有欺凌之心，而更授以可凌之势；华人本有畏怯之素，而逼处可怯之地”，发对购买要由海军上校指挥控制的船舰。
9月，与容闳见面，商筹建立一个可以灾圃旎器的工厂。
12月3日，交容闳68000两银赴美购买机器。
同治三年（1864年）54岁
1月，派李凤苞测量江浙外海各岛屿沙线。
5月，江浙藏书遭兵动多有毁损，定刊书章程，即于安庆设书局，刊刻各种经史。
6月3日，洪秀全病逝天京，其长子继位。
7月19日，湘军攻陷天京，太平军宣告失败。
7月，曾国藩赏加太子太保、一等侯爵。曾国荃赏太子少保、一等伯爵。
8月15日，奏准裁撤湘军25000人。
10月，行辕移驻安陵。11月，奏准停征厘舍、亩捐。
12月，主持修复江南贡院，补行江南乡试，会考江南优贡。
同治四年（1865年）55岁
1月，选汉唐以来各臣奏疏17首，编《鸣原堂论文》。
3月，主持修葺种山、尊经两书院。收养八百孤寒子弟，并从自己养廉银中捐款课奖。
5月26日，接上谕：率军赴山东剿捻。
6月，主持整理《王船山遣书》完稿，共320卷，交金陵书局出版。
6月18日，北上剿捻之策：重镇设防，划河圈围，清野查圩，马队追踪。
9月，经杨州、清江浦抵徐州。一路调兵布防堵围，沿途又张榜招员。
10月，将金陵制造局上迁海虹口，和李鸿章原设的炮局及购自美国人的铁厂合并，再加容闳购回的百多部机器建成江南制造总局。
12月，核定长江水师永远章程以及营制营规。
同治五年（1866年）56岁
2月28日，奏调侍讲学士刘秉章来营襄办军务。
9月17日，抵周口驻扎。
9月20日，因病请假一个月，在营调养。
12月12日，接奉上谕，曾国藩回两江总督本任，暂缓来京陛见，江苏巡抚李鸿章授为钦差大臣，专办剿捻事宜，湖广总督官文奉旨开缺，入都供职。
12月25日，派员赴徐州，将钦差大臣关防送交李鸿章。
同治六年（1867年）57岁
3月，在江南制造总局下设造船所试制船舰。同时拟设译书馆。
5月，会同李鸿章将江南制造总局由虹口迁高昌庙，征地扩迁，规制大增。
6月，补授体仁阁大学士。
同治七年（1868年）58岁
4月，奉上谕改授为武英殿大学士。
5月31日，到上海视察江南制造总局。
8月，奉命调任直隶总督。
9月，江南造船厂试制的第一艘轮船驶至江宁，曾登船试航，取名“恬吉”。
12月，抵京师，陛见那拉氏与同治皇帝。
同治八年（1869年）59岁
2月27日，奏陈直隶应办事宜，以练兵、饬吏、治河为至要。
6月，奏请按湘军制改造直隶练军。
8月，作《劝学篇示直隶士子》，提出儒学有义理、考据、经济、辞章四科，唯义理为治学根本。
12月，奏陈：“直隶清理积狱......计审结并注销之案四万一千余起，多作尘牍，为之一清。”
同治九年（1870年）60岁
4月，肝病日重，右目完全失明。奏准病假一月。
5月，续假一月。
6月，天津教案发生,奉命前往处理。
7月11日，抵津。出令放告，要求津民据实检举揭发。
7月23日，法国公使罗叔亚来见，要求杀天津道员、知府、知县为法领事抵命，并以战争相威胁，曾国藩严词拒绝。
7月24日，奏陈：挖眼剖心，全无实据；津民生愤，事出有因。
8月，奏陈：本案凶犯已拿获九名，惟罗叔亚意欲“三员议抵”，断难允求。府、县本无大过送交刑部已属情轻法重。
9月，两江总督马新贻遇刺身亡，曾国藩调任两江总督，李鸿章调补直隶总督。
10月17日，起程南下。
11月3日，六十大寿，御赐“勋高柱石”匾额。
24日，作家训日课四条：一曰慎读则心安，二曰主敬则身强，三曰求仁则人说，四曰习劳则神钦。
同治十年（1871年）61岁
8月19日，挈李鸿章联衔会奏《拟选子第出洋学艺折》。
9月，视察水陆各营防务、训练情况。11月抵上海。
同治十一年（1872年）62岁
2月27日，领衔上奏：促请对“派遗留学生一事”尽快落实。并提出在美国设立“中国留学生事务所”，推荐陈兰彬、容闳为正副委员常驻美国管理。在上海设立幼童出洋肄业局，荐举刘翰清“总理沪局选送事宜”。
3月1日，时发脚麻之症，舌蹇不能说话。
3月12日，午后散步署西花圃，突发脚麻，曾纪泽扶掖回书房，端坐三刻逝世。是月，清廷闻讣，辍朝三日。追赠太傅，谥文正。
6月25日，灵柩运抵长沙。
7月19日，葬于长沙南门外之金盆岭。
次年12月13日，改葬于善化县（今望城县）湘西平塘伏龙山。与其夫人欧阳氏合葬。