中央红军经过千山万水与红四方面军在懋功会师，全军欢腾之情，溢于言表。但这种欢快气氖，很快就被中共中央领导层的路线分歧和张国焘个人野心膨胀笼罩上阴影。原来长期推行王明左倾机会主义路线，给革命造成很大灾难，并一贯独断专行的张国焘，看到了中央红军只剩下万余人的一支疲惫不堪的队伍，而四方面军还有武装整齐的八万余人，就滋长了以大吃小的军阀野心。当时日本帝国主义者正向我国加快侵略的步伐，蒋介石与日军签订"何梅协定"，激起了全国人民舶愤怒，抗日高潮即将到来。6月26日，中共中央政治局在懋功两河口举行会议，江西苏区方面的委员根据当前形势。主张集中兵力向甘肃南部进攻，创造川陕甘根据地，以争取西北各省和全国的胜利。张国焘却主张依托懋功地区向川康边发展，通过青海进军新疆，以打通所谓"国际路线"。张国焘诬蔑中央红军长征失败，狂妄要求改组党中央和军委。中共中央负责人对张国焘及其追随者进行耐心悦服，指出向甘南发展虽有胡宗南中央军阻拦，但张学良东北军和杨虎城西北军对虹军作战消极，陕北又有刘志丹的红军策应，通过区域又系汉人户粮区，而且一、四方面军会合起来有十万雄兵，取得胜利的把握是极大的，同时指出张国焘等向往的打通"国际路线"，要通过高山、冰川，沙漠，戈壁等荒无人烟的少数民族地区，是一个"极端危险的退却方针"。但是为了争取张国焘支持中共中央的北进方针，于8月4日在毛几盖附近沙窝召开的中央政治局会议上，还是迁就了张国焘，实际上改组了红军统师部，任命朱德为中国工农红军总司令，张国焘为红军总政治委员，刘伯承为总参谋长，毛泽东、周恩来、王稼祥的军事领导小组不起作用了。
为了贯彻中共中央的北进方针，红军总参谋部将一。四两方面军混合编成为左、右两路军，右路军以一方面军一、三军团和四方面军的四、三十两个军编成，由徐向前任司令员，毛泽东任政治委员，叶剑英为参谋长，以毛几盖为中心集结点，向班佑，巴西地区开进；左路军以一方面军的五、九军团和四方面军的九、三十一两军组成，由朱德、张国焘、刘伯承率领，以马塘、卓克基为中心集结点，向阿坝地区开进，并决定由阿坝到斑估后同右路军靠拢，同时齐头向甘肃南部挺进。经过五，六天的艰苦行军，通过了荒无人烟的大草地。8月下旬，右路军到达班估、巴西地区，左路军主力也到达阿坝地区。胡宗南发现红军北进后，急令伍诚仁第四十九师开赴包座河一线堵截。8月29日，徐向前指挥程世才的红三十军向伍诚仁师发起进攻，至30日全歼该师，毙伤敌师长伍诚仁以下四千余入，俘八百余人，缴获了大批枪支、弹药、粮食、牛羊等，夺取了上包座，打开了通向甘南的门户。这时蒋介石派薛岳率领的五个师尚未来川北接防，胡宗南军主力不敢放弃松潘南坪防区北返，于学忠部几个师尚远在宝鸡，甘南广大地区极其空虚。如张国焘控制下的左路军及时向东靠拢，两军齐头向陇南推进，回到汉族人民生活地区，进行土地革命，发动群众，必将很快会建立起新的根据地。但是张国焘仍不放弃渡过黄河向青海、新疆去打通国际路线的念头，要求红军全力向洮河以西前进。右路军的毛泽东、徐向前坚决不同意张国焘这种主张，徐在致张电中指明"主力合而后分，兵家大忌，前途所关"，"迟疑则误尽中国革命大事"。但是张国焘一心想搞独立王国，竟借口葛曲河水涨和草地不易通过，强令左路军返回阿坝。9月9日，他竟向中共中央提出南下天全、芦山、甘孜，道孚等地的退却计划。9月11日，中共中央连电张国焘指出南下"将使红军受空前未有之困难环境"，严令张串部北进。但张国焘竟违抗中共中央命令，除串左路军南下外，还以红军总政治委员名义命令徐向前率右路军之四，三十两个军南下，随后又电令陈昌浩扣留毛泽东、周恩来、张闻天、博古，胁迫中央红军南下。幸而此电为叶剑英所得，飞骑去巴西报告毛泽东、周恩来。毛、周递率一，三军团一万余人连夜脱离险地，决定去陕北与刘志丹、徐海东会师。
张国焘公开分剩党和红军，除拖走其四方面军四个军外，还裹胁走中央红五、九两个军团，并于10月15日宣布成立伪中央，胁迫红四方面军干部和被裹胁的中央红军干部，执行其南下所谓"赤化全川"的作战计划。当时蒋介石派顾祝同为重庆行营主任，除指挥刘湘、刘文辉、邓锚侯、杨森，孙震等川军布防在大邑、芦山、名山，邛崃地区外，薛岳率领的中央军六个师布防在雅安，天全以南地区，湘军牵韫珩五十三师驻扎在康定、沪定地区，以阻击红军进入川西平原。左路军南下虽然连续击败邓锡侯、杨森，刘文辉等部，夺取了懋功，丹巴、宝兴，天全、芦山等县，但11月19日刘湘集结其王缵绪、唐式遵、范绍增等部八十几个团与红四方面军在百丈关决战，双方在十余里环形阵地激战七昼夜，红军伤亡四、五千人，都未能击破刘湘军。红军从此由进攻转入防御。1936年2月中旬起，薛岳率领中央军五个师配合刘湘等川军向天全、芦山地区大举进犯，李韫珩部也由康定向丹巴进攻。红四方面军经过四个月战斗，疲惫已极，准以粉碎强大敌军的进攻，遂撤离天全。芦山，宝兴地区，向西康东北部转移。
至此，红四方面军即困处在东起懋功。西至甘孜、南达瞻化、北接青藏草原的广旷地区。这里是藏族居住地区，海拔五千多米，空气稀薄，气候变化无常，当地藏族同胞以游牧为生很少种植五谷，而且处在奴隶社会，迷信喇嘛教，不可能接受共产主义思想。几万红色健儿困处在不毛之地，缺衣少食，饥寒交迫，人力物资都得不到补充，部队人员由八万人一下于减少到四万余人，基本上陷入绝境，张国焘的错误领导引起红四方面军广大指战员的强烈不满。这时第三国际为了打破德，意、日法西斯轴心国家对苏联的包围，号召各国共产党人联合一切反法西斯的力量建立"人民阵线"。为建立中国的抗日民族统一战线，共产国际于第七次代表大会后，派张浩(林育英)于1935年冬来陕北苏区，传达了中共驻国际代表团以中共中央名义发表"八一宣言"的经过及共产国际第七次代表大会决定的新的战略和策略。中共中央为贯彻共产国际七次大会精神，于12月27日在瓦窑堡召开党的活动分子会议，毛泽东代表中共中央作了"论反对日本帝国主义的策略"报告，并由张桔具名于1936年春以接受共产国际七次代表大会建立人民阵线指示致电张国焘，要求结束党和红军的分裂状态，以建立抗日民族统一战线，促进全国抗日运动高潮继续高涨。张国焘被迫接受共产国际的决定，于3月6日取消伪中央，电陕北中共中央表示同意率红四方面军北上抗日。
1996年7月初，贺龙、任弼时的红二、六军团到达甘孜与四方面军会合，这样就增加了坚持主张北上与中央红军会师的以朱穗、刘伯承、徐向前等高级将领为核心的力量，张国焘、陈昌桔等益加孤立，遂于7月3日由朱德等率领四方面军分别由各地向甘南挺进。经过一个月的长途跋涉，红军战土第三次走出茫茫草地，到达毛儿盖地区。当时驻防天水扼守甘南门户的蒋军嫡系胡宗南第一军已调到湖南堵截陈济棠、李宗仁的"北上抗日军"，甘南只有滇军王均、湘军毛炳文及地方土著小军阀鲁大昌部队驻守，战斗力均不强。经一个月战斗，四方面军即攻占滩县、临潭、谓源、通渭等县城，控制了甘南广大地区。贺龙的红二方面军也同时东出哈达铺，攻占两当和成，微二县，控制了陕甘边。9月14日中共中央电四方面军迅速．北上攻占会宁、静宁，控制西兰大道，阻止胡宗南军西开，促进三大红军主力会师，开创西北茧命新的局面。但张国焘内心不愿与中央红军会师，竞借口西兰公路有蒋军堵截，坚持要红四方面军由临潭西进，通过夏河，循化到西宁，然后翻越祁连山脉进入河西走廊建立根据地。红二、六军团与四方面军会师后，为了领导红军北上，曾由陕北中共中央批准于7月27日成立中共中央西北局，张国焘任书记，任弼时为副书记。9月中旬，西北局在岷县召开会议，张国焘向青海逃跑的错误主张遭到朱德、任弼时及二、四方面军大部分领导人的反对，始于219日发布向静宁、会宁进军的命令。
1936年10月8日，红四方面军陈再道的红四军与陈赓率领的红一方面军红一师在会宁县青江驿会师。9日朱德，刘伯承等率总部进入会宁城。接着贸龙、任弼时、王震率二方面·军也经天水渡过渭河，经秦安、通渭到达会宁地区，受到彭德怀、聂荣臻、左权率领的红一方面军指挥员的热烈欢迎。这时，日军正发动向绥远的进攻，全国人民正风起云涌支持傅作义抵抗日军的侵略。中共"八一宣言"提出抗日民族统一战线纲领后，获得了全国各阶层人民的拥护，抗日救亡团体如雨后春笋般出现。在西北战场上与红军对峙的张学良东北军、杨虎城西北军于4月9日已与中央红军秘密缔结合作抗日协定。蒋介石、宋子文虽不断派人到陕北谈判，但骨子里仍不放弃反共政策，认为红军只有万把人，在大军"围剿"之下在陕北是站不住脚的。
中共中央军委为了扩大以陕甘宁边区为中心的西北抗日根据地，推动全国抗日民族统一战纺的形成，制定了夺取宁夏的"10月份作战纲要"。"纲要"规定四方军以一个军迅速进至靖远、中卫地段，选择渡河点并赶造渡河船只、其余部队位于通渭、静宁、会宁地区休整，派多数支队组织扇形防御，直逼定西、陇西、武山、甘谷、秦安、庄浪、静宁各地敌军，积极迟滞其前进，争取10月份内控制西(安)兰{州)大道；二方面军主力推进到隆德、静宁以北地区，以一部威胁胡宗南军之侧翼，迟滞其西进；一方面军之西野战军主力徐海东红十五军团仍集结于同心城，豫旺堡地区，陕北红二十八、二十九两军集结于定边、盐池地区。规定休整一个月后，即以一方面军西野战军和陕北红二十八、二十九军各一部和四方面军两个军北向宁夏进攻；四方面军之另两个军和二方面军全部、一方面军之独立第四师向南防阻蒋军北援。10月17日，四方面军总部根据中央军委的上述作战计划，对所属部队作了如下部署，三十军向靖远前进，九军跟进；四军主力位于会宁、定西之线，一部伸入兰州、定西间活动，五军在通渭、马营、宁远镇之线牵制前进之敌，三十一军主力置于青江驿、界石铺之线。
"10月份作战纲要"符合当时军事形势需要，当时红军控制的陕甘宁苏区版图不小，但人口只有40万，土地贫瘠，棉粮甚少，不能供应一、二、四方面军久住。山陡沟深，不利展开大兵团作战。红军和张学良东北军、杨虎城陕军均需要获得苏联的军事援助，以巩固扩大西北抗日势力大联合，而且经共产国际来电批准。但以后的形势发展，事与愿违。
当时蒋介石任命朱绍良为兰州绥靖主任兼"剿匪"第三路军总司令，负责围剿集结在陇东地区红军。10月21日，朱绍良督率胡宗南、王均、毛炳文分别由东、西、南三面向静宁、通渭、会宁地区大举进攻，并同时胁迫王以哲、何柱国、于学忠等东北军，在飞机配分下向红四、五、三十一军驻地西巩驿、宁远镇、华家岭，通渭、界百铺等猛扑。由于张国焘未执行在会宁以南迟滞敌人的计划，毛炳文军于23月攻占华家峰，同日又占会宁，红五军副军长罗南辉牺牲。与此同时，胡宗南，王均等军也分别占领通渭、静宁、界石铺等地。中共中央军委正计划将一，二、四方面军主力逐次北移，诱敌深入，在郭城驿、打拉池一带歼敌一路至两路，粉碎敌人之进攻。但张国焘竟在此紧急时刻借口执行宁夏战役计划，于25日晚，命令三十军在靖远虎豹口放过黄河，接着又命令五军、九军和总指挥部渡河，随后又命令已转移到打拉池的四军，三十一军在靖远以北渡河。这时蒋军关鳞征第二十五师于11月3日进抵靖远、东湾一线，控制了黄河渡口，因此四军和三十一军被迫折回。从此，红四方面军一分为二；陈再道、萧克(萧率红六军团到西康后调为三十一军军长)率红四、三十一两个军七千余人归中共中央军委直接指挥，中央红一方面军主力也未能渡过黄河进占宁夏。渡过黄河的红五、九、三十三个军和四方面军总部共计二万一千八百人，从此陷入孤军奋战的艰难境地。
红四方面军三个军渡过黄河后，于11月10日改为中国工农红军第四方面军西路军，由徐向前任总指挥，陈昌浩任军政委员会主席兼总政治委员。面对的敌人是盘帽宁夏，青海和河西走廊的马鸿逵、马步芳、马步青等回系军阔部队，主要是马步芳弟兄二人的回军六个骑兵旅，三个步兵旅，二万六千余人；另有马步芳强制抽丁编成的十五个保安区，辖民团十万余人，作为正规军的后备力量。以上军队归新编第二军军长马步芳统帅，马步青为前敌总指挥。
四方面军总部过河后拟订的作战计划，是先控制靖远至一条山地区，继以部分主力出宁夏中卫、定远营，待机配合河东红军主力向宁夏进攻。10月28日，红三十军向北发展，在吴家川等地击败马禄和祁明山旅的阻击，接着在九军协同下，向景泰、一条山一带的韩起禄旅进攻。五军驻靖远以北的三角械，掩护后方，控制渡口，以后连战皆捷。11月1日，九军围马禄旅于锁罕堡北土围子内。2日，马步芳部两个骑兵旅为夺回一条山和解教马禄旅，向一条山猛犯，被红三十军击退。马禄惧怕被歼，表示同意联合抗日，红军遂解围令其撤走。但是反动透顶的马步芳弟兄，对红军发出的联合抗日的号召拒不接受，4日又派一个骑兵旅连同民团共五千余人，向打拉池九军阵地反扑，被九军击溃。5日，又增援两个旅再次猛扑，又桩击溃。红军渡河以来，虽迭创马家军，毙、伤、俘二千余人，但未能集中兵力乘敌反扑打几个歼灭战，而马家军却依仗骑兵迅速机动，辗转攻击，使红军陷于被动局面。