海军党委被改组后，在海军第一招待所门前召开“庆祝以李作鹏等为核心的海军新党委成立大会”，把一些被李作鹏等人认为“犯错误、有罪行”的海军领导揪到会场批斗。因为名义上萧劲光还是新党委的成员，所以仍上了主席台，坐在李作鹏的旁边。会议进行中间，便有造反派将矛头指向了萧劲光。一个造反派突然大步跳到萧劲光面前，指着萧劲光大叫：“萧司令，你反对毛主席！”萧劲光端坐不动，冷冷地回答：“我没有反对毛主席。”造反派又说：“你反对林副主席！”萧劲光没有作声，因为林彪讲过萧劲光反对他。接着，会场响起一片口号声：“谁反对毛主席就打倒谁！”“谁反对林副主席就打倒谁！”“打倒萧劲光！”随着口号声，两个造反派冲到主席台前，企图揪下主席台上的萧劲光。面对会场的混乱局面，李作鹏端坐不动，一声不吭。
见此情景，萧劲光怒不可遏。他霍地站起来，用力甩掉身上的棉大衣，厉声喝道：“你们哪个敢上来？”一声怒吼，全场皆惊。面对声威逼人的萧劲光，造反派心虚胆怯，愣了一下，眼睛转向李作鹏，李作鹏把手一挥，那两个人遂灰溜溜地退下去。会议很难再进行下去了。散会后，萧劲光驱车紧随李作鹏来到李的居处，质问李作鹏：“这是怎么回事？”李作鹏面红耳赤，支支吾吾，连说自己也不知道是怎么回事。萧劲光生气地说：“你不知道，别人哪个敢搞啊！”李作鹏慌不择言，连连说：“下次不搞了，下次不搞了！”
然而，头脑发烧的李作鹏说话是不算数的。几天后，萧劲光便被造反派劫持到天津。
这年春节是2月9日。春节马上到了，萧劲光去向仍然不明。秘书、萧劲光的孩子们都十分着急。于是秘书打电话报告了军委领导。军委副主席徐向前亲自给李作鹏打电话，查问萧劲光的下落，李作鹏回答说：萧劲光在天津，住旅馆，很安全，没抄他的家。在军委首长的催促下，萧劲光才于1月底被带回北京。
是时，海军机关的“文革”已完全汇入到全国性的潮流中。接踵而来的是“一月夺权”、“二月决战”、“三月总攻”、“四月围歼”、“大战红五月”……在前四个月里，李作鹏等在海军组织、操纵从数千人到上万人，大小不等的批斗会三十多次，数十人、上百人的小型批斗会难以数计。原先海军党委的十个常委，半数被整，有的被打倒，有的靠边站。海军第三届党委委员37人，被立案、被批斗的23人。海军副司令员兼东海舰队司令员陶勇等多名高级将领被迫害致死。参加过“三·三”会议的130余名师以上干部，除紧跟李作鹏等人搞非组织活动的10余人外，其余全被打成“苏记黑司令部狐群狗党”、“三反分子”。机关、部队一般干部中，被立案、批斗，被错误处理的数字更是大得惊人。
而与此同时，李作鹏的职务一路飙升，权力越来越大：
1967年6月9日，中央军委命令：李作鹏为海军第一政治委员。
1968年9月29日，中央军委命令：李作鹏为中国人民解放军副总参谋长兼海军政治委员。
1969年3月9日，军委办事组通知：经毛泽东主席、林彪副主席、中央、中央文革批准，李作鹏为海军党委第一书记，萧劲光为第二书记。
1969年8月7日，中央军委批复海军第四届党委常委组成，李作鹏任第一书记，萧劲光任第二书记，王宏坤任第三书记，吴瑞林、张秀川任副书记。
1967年1月底，萧劲光被造反派从天津带回北京后，原海军党委常委苏振华、刘道生、杜义德已先后被打倒，立案审查。在以李作鹏等为核心的“新党委”中，萧劲光是孤立的，完全没有发言权。加之头上还有一顶“反对林副主席”的帽子，萧劲光虽然仍保留着海军司令员、海军党委第二书记的职务，实际上已不能参与决策了。不仅如此，据说是根据林彪的意思，“新党委”对萧劲光采取了“一批、二臭、三保”的做法。具体说，就是第一位的是批判，直到批臭，但不能打倒，因为毛泽东不同意打倒，所以要“保”。很显然，“保”不是目的，目的是“臭”，只有臭了，这个司令员才形同虚设，李作鹏等人才能我行我素。
1967年10月16日，李作鹏主持海军党委召开扩大会议，讨论“文化大革命”的形势问题。部队师以上单位各参加一名领导，出席会议人员达一百多人。会议开始两天，按照议程从分析政治形势入手，讨论了关于实现革命大联合和复课闹革命问题，关于正确对待干部问题，关于“三支两军”问题。但很快讨论会就变成了批斗会，对萧劲光进行了面对面的公开批斗。在李作鹏等几名常委的唆使下，少数干部和部分不明真相的干部，轮番发言，批判萧劲光反对突出政治，推行资产阶级军事路线；反对林副主席，打击李作鹏等“革命领导干部”；“反对毛主席，反对毛主席的革命路线”。在当时的环境、形势下，萧劲光无法解释，也不可能说清楚。为了尽快结束会议，使大家能回到部队抓工作，萧劲光违心地作了检讨。
后来的事实说明，李作鹏等人的目的，是要萧劲光自己提出辞职，放弃在海军的领导权。因为萧劲光检讨中只是笼统的“戴大帽子”，没有这一实质内容，所以检讨一遍又一遍，总是通不过。看看会议时间已近半个月，只得宣布“挂起来”。会议于31日结束。
为了贯彻林彪关于“突出政治”、“坚持四个第一”、“大兴三八作风”等指示，海军政治部于1968年2月26日至3月24日召开了政治工作座谈会。配合这个会议召开，海直机关的“造反派”在李作鹏的授意下，把总政治部主任萧华揪到海军，与萧劲光一起进行揭发批判。批判大会连续开了几天，座谈会也选出代表参加了大会批判发言。批判会最后一天，海军部队师以上单位都拉了有线广播，有四万余人收听了批斗实况。接着，政工座谈会也专门拿出两天时间，集中揭发批判萧劲光“一贯推行资产阶级反动军事路线”的错误。会后，海军机关的“造反派”将批判大会和座谈会揭发的材料整理在一起，编印了《萧劲光同志的错误言行一百三十条》的小册子，发到部队，供官兵“结合实际进行批判，肃清影响”。
同年11月7日，海军党委三届四次扩大会议在北京召开。由于15名党委委员已立案审查，加上病故的、被迫害致死的，到会的海军党委委员已不足半数，李作鹏遂主持研究决定由部队各大单位和海军机关推选代表36人，列席会议。会议通知说明，此次会议的中心议题，是传达学习和贯彻落实党的八届十二中全会公报和各项决议，协商出席党的第九次全国代表大会的代表名单。但在会议开始后，很快便把重点转到研究对海军党委“三·二”会议、“三·三”会议的评价问题。李作鹏完全不顾自己当初“搞了非组织活动”“承担责任、接受教训”的表态，不容置辩地宣称，“三·三”会议否定“三·二”会议，就是否定林彪1962年对海军的三条指示，实际上就是要在海军复辟萧劲光极力推行的彭、黄的一套东西。这是“两条军事路线的斗争”。按照这个调子，会议完全推翻了“三·三”会议的决议，对萧劲光进行了“上纲上线”的批斗。会议进行中，萧劲光几次试图说明问题，被无理打断，被斥为“狡辩”。因为此前萧劲光讲过“陈毅在十万人大会上的讲话讲得好”，“毛主席讲过萧华要保”等话，被批判为“二月逆流分子”、“萧华分子”，无限上纲为反对林彪、反对毛主席。最后，在声色俱厉的批判、声讨中，会议通过了《关于海军三届二次全会以来几个重要问题的决定》。“决定”对“三·二”会议、“三·三”会议作了颠倒是非的评价，萧劲光被认定为“海军错误路线的代表”。
这次会议的一个重要议题是，协商出席党的第九次全国代表大会的代表名单。经过一次次批判，萧劲光似乎成了“罪人”，代表资格被否定了。这是李作鹏等人所期望的，但他们也知道，真的这样报上去是不行的。于是，李作鹏等人又半真半假地分头做工作。李作鹏说：“不选萧劲光，我们就被动，中央不会通过。”又说：“主席讲了，党代会要有个各方面的意见，‘二月逆流’的人不还是选了……”李作鹏的妻子董其彩更露骨地说：“九大代表要有代表性，萧劲光是右的代表。”就这样，萧劲光作为“右的代表”取得了“九大”代表的资格。
在萧劲光的代表登记表上“文化大革命运动期间的立场和态度”一栏里，这样写着：“长期执行资产阶级军事路线，文化大革命初期执行资产阶级反动路线，打击陷害革命领导干部，压制革命群众运动；中期也有错误……”“协商单位意见”一栏则写道：“萧劲光同志的错误是极为严重的，不具备‘九大’代表条件，有些错误过了线。但其错误性质基本上仍属于人民内部矛盾，因此我们同意他为海军出席‘九大’的代表。”
沧海横流方显英雄本色。林彪、李作鹏等政治上的打、压，部分不明真相的人和屈于形势的人的“落井下石”，萧劲光似乎全然不觉。他泰然自若地应对着各种复杂的环境、尴尬的局面，以自己的身体力行，与部分尚在位的老干部一起，按照军队的传统、纪律，尽力管理着部队，关注着形势的发展，在自己力所能及的范围内，关心、照顾着一批处境更为困难的军内外老干部和他们的子女。