一、因不投票而“结怨”
1969年4月1日，中国共产党第九次全国代表大会（以下简称“九大”）在北京召开。至时，新中国在“文化大革命”内乱中已过了近三个年头。
作为海军19名代表之一，萧劲光出席了“九大”。对一个老共产党员来说，全国代表大会的召开是令人振奋的盛事，但眼前全国、全军的混乱局面、自己几年来的遭遇，却使萧劲光心里异常沉重。会前，他大病一场。时任保健医生的张愈后来回忆说：“党的‘九大’召开，通知萧老为‘九大’代表。秘书在填写代表登记表时向萧老汇报说，他将作为右的代表参加会议，萧司令勃然大怒地说：‘我不当代表也不作为右的代表出席会议！’萧老的心脏病发作了……”他是在医院作完病情复查，直接赶赴会场的。
“九大”会场的气氛也与往常不同。代表驻地保密，会议时间保密，整个会议处处带着神秘色彩。由于各省市自治区党委尚未正式建立，很大部分党员还没有恢复组织生活，代表产生无法进行正常选举，多数代表由革命委员会同各造反组织头头协商决定或上级指定。以致很多品质恶劣的帮派骨干、打砸抢分子、林彪、江青一伙的爪牙成了“九大”代表。有的人在确定为代表之后，才赶办入党手续，有的竟在赴京的列车上突击入党。而与此同时，大批优秀的共产党员、老一辈无产阶级革命家却被排挤在“九大”之外。部分地方党政机关的老干部、军队开国将领虽出席了会议，也与萧劲光一样被作为“右”的代表，在会上受到攻击和排斥。据海军代表舒积成后来揭发，军队代表团对中央委员选举投票，作了布置和分工。李作鹏亲自部署，规定海军代表不投参与了“二月逆流”的朱德、叶剑英、陈毅、聂荣臻等人的票。许多情况，李作鹏不告诉萧劲光，选举的事更是要求其他代表对萧劲光严格保密。会议分组讨论中，不知什么时候就会对老干部（在海军主要是萧劲光）进行一通批判。李作鹏等人会上会下、鬼鬼祟祟，每天都好像有多少不可告人的大事要做。这还是神圣、庄严的党员代表大会吗？萧劲光坐在会场上，心里有说不出的压抑、郁闷。
靠着毛泽东无以复加的政治影响和威望，许多矛盾被掩盖下来，“九大”在完成通过政治报告、修改党章、选举中央委员会等各项议程后，于24日宣告闭幕。会上通过的报告和新党章，对给国计民生造成重大伤害的“文化大革命”作了肯定的结论，使“文化大革命”的理论与实践合法化，并从无先例地把“林彪是毛泽东同志的亲密战友和接班人”写入党章。在这次大会上，萧劲光与部分开国元勋虽然也再次被选为中央委员，但江青、叶群及李作鹏、吴法宪等一批投机分子、野心分子、阴谋分子，也乘机混进中央委员会，给党和国家埋下了严重的隐患。
4月28日，九届中央委员会召开第一次全体会议，选举党的中央领导机构。已开始形成的林彪、江青两个集团的主要成员，黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作，以及江青、张春桥、姚文元等，都作为中共中央政治局委员候选人，名字赫然印在选票上。这些人在“文化大革命”中的表演，使萧劲光真切感受到，他们漂亮的口号下面有着不可告人的目的，“无论从哪个角度讲，他们也不够当政治局委员的条件”。尽管萧劲光清楚，选举的组织权已掌握在他们手中（从中央委员选举可以看出，他们对军队代表投票的控制，是相当有效的），并且是等额选举，从19名候选人中选19名政治局委员，不管自己投不投这些人的票，他们也会照样当选。但萧劲光经过慎重考虑，还是凭着一个老共产党员的党性，严肃、坚决地行使了自己的权力。有张春桥、姚文元、叶群、李作鹏、吴法宪、邱会作等人名字的选票上打上了“×”。萧劲光认为，这些人无论从哪个方面，都不够当政治局委员的条件。他在晚年同身边工作人员谈起这件事时，气愤地说：“他们在‘文革’中的所作所为，我不放心，不愿选他们。”江青、张春桥一伙发现他们自己少得了许多票，很恼火，就公然违背组织原则，私下布置查票。当他们得知萧劲光在选举时，划掉了他们一伙的名字，一直耿耿于怀。
三年后，他们继续整萧劲光。在一次批斗会上，江青指责萧劲光：“你在一中全会上为什么不投忠于毛主席革命路线人的票？这个问题你要好好交代。”萧劲光大义凛然，当面承认没有投票。李作鹏被选为政治局委员。他大权在握，背后有靠，觉得在海军的地位更巩固了。于是，公开按照自己的好恶分线划派，层层站队，以是否支持自己为标准把海军的干部分成三六九等。同年10月，他借执行林彪“一号命令”，进行战备疏散的名义，把部分“半打倒”、靠边站的干部分别遣送到江西上饶、湖南零陵等地的“干校”，名曰“毛泽东思想学习班”，实则进行劳动改造。这样一来，海军机关干部大换班，要害部门都由坚决拥护李作鹏等人的“左派”当政，萧劲光越发没有说话的余地，处境更加困难。
然而，大自然的规律是铁定的，物极必反。“九大”以后，在动乱中逐步形成的林彪、江青两个政治集团之间的矛盾斗争达到顶点。面对江青、张春桥一伙咄咄逼人的气势，政治野心极度膨胀的林彪集团迫不及待地想把党和国家的最高权力弄到手。当他们妄图通过政变夺权的阴谋败露以后，不得不仓惶出逃。1971年9月13日，林彪、叶群等人折戟沉沙，摔死在蒙古温都尔汗。史称“九一三”事件。
“九一三”事件发生，举国皆惊。林彪，从“语录不离手、万岁不离口”，到谋害毛泽东，反差太大了。萧劲光回忆录中对当时军队的反映，作了这样的记述：
一九七一年“九·一三”事件的消息传来之时，我们这些老同志既吃惊，又从心眼里高兴。一方面，我们没有想到林彪会发展到抢班夺权谋害毛主席而最终落得折戟沉沙的下场；另一方面，我们又为搬掉了心头长期压着的一块石头而感到无比的轻松。在军委召开的会议上，我见到了粟裕、谭政同志，大家兴奋地在一起交谈，都颇有同感。谭政同志还百感交集地告诉我，他的夫人王长德同志听到林彪死了的消息，大笑一声，便去世了。这种乐极生悲的事是多么令人心酸。老同志们对林彪的倒行逆施恨到了极点，才发生了这样的事。在这次会议上，我带头呼口号，拥护党中央对林彪事件的处理意见，同时期待着党、国家、军队从此有一个转机。
9月24日，中共中央政治局委员纪登奎在海军常委扩大会议上，传达了中共中央的决定：对林彪集团主要成员李作鹏进行隔离审查。由萧劲光主持海军全面工作。之后，萧劲光与各常委分头召开会议，部署各大单位采取措施稳定部队，从消除派性入手，搞好各级领导班子团结，落实战备训练工作。
萧劲光清楚，由于李作鹏拉帮结派，严重地破坏了海军党委的团结，使海军首长、海军党委常委中间形成了很深的隔阂。重振海军建设，这是首先要解决的。为此，经过认真准备，海军党委常委于1972年1月5日召开了交心通气会。
多年来，海军常委第一次平静地坐在一起，交心通气，共同总结与林彪反党集团斗争的经验教训。跟随林彪、李作鹏犯了严重错误的几名常委，主动检讨了自己的错误。其他常委也认真检查了自己的思想，开展了批评和自我批评。这次会议开了12天，于1月17日结束。大家能够畅所欲言，讲心里话，诚恳交换意见，使萧劲光感到无比高兴。为了借批林整风之机，通过批评和自我批评，使常委一班人结束长期以来不团结的局面，在新的基础上达到新的团结，萧劲光提出，召开一次党委扩大会议，以期扩大常委交心通气会议的成果，使各级领导干部消除隔阂，团结起来，同心同德搞好工作。萧劲光的提议得到了常委的一致赞同。
二、为率先解放60名领导干部“交火”
1972年2月4日，粉碎林彪集团后海军党委常委第一次扩大会议在北京召开。
这年春节是2月15日。会前，有的人曾建议春节后开。萧劲光说：“时间不等人，节后还有好多事。现在就开，开不完，春节可以加几天班。”为了首先集中解决海军党委、机关的问题，参加会议的人员，除海军党委常委外，只扩大了海军驻京单位军以上领导干部29人。
会议一开始，萧劲光就开诚布公地宣布：我们这个会是整风会。整风、解决思想问题，当然要讲真话，所以绝不许抓辫子，要真正做到“言者无罪，闻者足戒”。同时强调，发言中要注意两点。一是掌握斗争大方向，矛头指向林彪集团，重点放在“九大”以来，特别是九届二中全会以来，联系实际批林彪、李作鹏对海军的破坏。二是以大局为重，搞好团结。立说立行，萧劲光自己带头发言，结合自己参加庐山会议的经历，揭发批判林彪集团的罪行，检讨自己的思想，总结经验教训。在他的带动下，各常委也都积极踊跃发言，联系海军实际批林，开展批评和自我批评。会议开了两天后，萧劲光将会议情况向叶剑英作了报告，叶剑英满意地说：“会议开得好，畅所欲言。”
批林整风，很自然地联系到李作鹏一伙大搞“层层站队”，打击迫害干部的问题。后来邓小平说海军在“文革”期间是遭受干扰破坏的“重灾区”，此言不差。在这期间，海军机关、部队无端受打击迫害的干部、战士数字太大了。其中，有的受了处分，有的作了复员转业处理，有的被以莫须有的罪名逮捕、判刑。相当部分中、高级干部被分别送到湖南、江西等地的“干校”。在这些所谓的“毛泽东思想学习班”里，每天除了繁重的体力劳动，就是无休止的检讨、请罪、接受批判。生活条件更是无从谈起。在“干校”劳动期间，苏振华生病很厉害，得不到及时治疗，病情日益加重。海军副政委杜义德，母亲去世，连300元钱的丧葬费都拿不出。讲到这些，大家无不黯然神伤。会议进行中，萧劲光把大家在会上反映出的干部问题集中起来，向军委首长作了专题汇报。叶剑英说，老干部大都经过几十年斗争的锻炼，有经验，是党的宝贵财富，还是要用。并告诉萧劲光，解放干部的工作，毛主席在亲自抓。
萧劲光对遭受残酷迫害的干部非常同情。“九一三”事件发生后，他连续收到多封要求平反、要求戴领章帽徽的投诉信件和上访材料。了解了中央、军委的精神，他深受鼓舞，对解决海军干部问题充满信心。在海军常委扩大会议期间，总政召开的全军干部工作座谈会结束了。会议的主要精神即是批判林彪的干部路线，解放“文革”中受打击迫害的干部，团结大多数人一道工作。萧劲光立即主持在会上传达了全军干部座谈会精神，并连夜召开常委会，作出三项决定：第一，马上由海军政治部组织召开海军干部工作会议，迅速传达贯彻全军干部工作会议精神；第二，起草海军党委《关于专案审查和结论复查工作的指示》，成立海军专案审查、结论复查办公室，尽快展开工作；第三，由政治部副主任李君彦牵头，对海直机关师以上干部逐个进行查对。凡属“文革”中受打击迫害、又没有什么问题的，一一列出名单。
由于身为海军司令员、党委书记的萧劲光亲自抓，海军解放干部工作进展迅速。3月初，海军政治部经过认真核查，提出了60名师以上领导干部的名单。萧劲光亲自带着名单当面向叶剑英副主席作了报告。经叶剑英同意，海军常委作出决定：全部解放，予以分配工作。3月9日海军党委扩大会结束时，60名干部平反、恢复工作的文件已经发出。
这一决定是众望所归，大家企盼已久的。决定一作出，机关有关部门迅速行动。三天之内，其中多数人被解除监管，并陆续开始出席会议、参与工作。动作之快，是这些被隔离数年的领导干部所没有想到的。接到通知，许多人不知所措，热泪长流。
3月中旬，海军机关召开师以上干部会议，传达海军常委扩大会议精神。60名刚获得自由、恢复工作的干部全部出席会议。当他们步入会场时，全场掌声雷动，场面甚是动人。传达文件前，萧劲光又就60名干部恢复工作问题讲了话。他说，欢迎大家回来工作，李作鹏一伙强加给大家的一切不实之词全部推倒，宣布解放。讲到这里，雷鸣般的掌声再次响起，久久不息。萧劲光接着对他们说，由于长时间遭受打击迫害，一些同志身体也搞坏了。希望大家把这些记在林彪、李作鹏的账上，大家团结起来，共同搞好海军的工作。同时，希望大家对自己也要一分为二，正确对待过去的问题。把群众对自己的批评，哪怕过火一些，也要同林彪、李作鹏的打击、迫害区别开来，不能搞什么报复，搞什么反复。当然了，过去与这些干部认识上有分歧，有斗争的同志，也不要抱有成见，要尊重这些同志的领导，支持他们的工作。大家携起手来，同心同德搞好海军建设。
这次大会对海军的干部触动、影响很大。原先有思想包袱的人，放下了包袱，精神愉快地投入工作，早出晚归，认真负责。有的干部曾宣称，即使平反也再不干了，打起行李回家当老百姓。参加会议后，他们心情舒畅，表示要继续留队，把晚年献给海军事业。部分含冤离开海军的官兵，闻讯也纷纷来信，要求重回部队，为保卫海防，建设强大海军贡献力量。
此后不久，海军常委再次专门开会，研究了解放干部问题。决定在师以上单位成立专案审查和结论复查办公室，专门审查、甄别林彪、李作鹏设立的专案和所作的结论，加快解放干部的步伐。在此之前的3月5日，毛泽东在苏振华于1971年底写给他的信上批示：“此人似可以解放了。如果海军不能用他，似可改回陆军（或在地方）让他做一些工作。可否，请中央酌定。请汪（东兴）印发各同志。”萧劲光7日得到批示，连夜赶到阜外医院向苏振华传达。5月初，苏振华与刘道生、杜义德一起重新回海军工作，萧劲光主持召开干部大会表示欢迎，并上报增补他们为海军党委常委。
“海军机关60名领导干部解除隔离，分配工作了！”消息传开，海军机关、部队倍受鼓舞，驻京部队各大单位也深受震动。不少老战友把电话打到萧劲光的办公室。
“萧司令，你们搞得快，走到前头了！”
“萧公，干得好！向你们学习呀！”
军委朱德、聂荣臻等领导，在一次会议上见到萧劲光，对他解放干部的做法表示赞赏，说你们走的步子是对的。