“我们的原则是党指挥枪，而决不允许枪指挥党”，这是毛泽东在党的六届六中全会上提出来的一个极其重要的原则，是我军管理工作和其他各项工作必须遵循的原则，也是我军建设和发展的根本保证。
在创建红军之日起，毛泽东就十分重视军队领导权问题。1927年9月，毛泽东领导了秋收起义。但最初部队中军阀主义严重，官兵关系比较紧张；不少人对革命前途悲观失望，革命情绪低落；有些旧军官留恋旧军队的生活方式，经受不起艰难困苦的考验，致使部分官兵或背叛革命，或携枪逃跑。这样的部队既不能完成革命的政治任务，也不能在反动势力的包围下生存和发展。在这种情况下，毛泽东在江西永新领导了我军历史上具有重要意义的“三湾改编”，创造性地提出了“支部建在连上”的原则。根据毛泽东的意见，建立了党在起义军中的领导制度，即班、排设党小组，连建立党支部，营、团建立党委，连以上设党代表，整个部队统一在党的领导下。“三湾改编”是毛泽东着手加强军队管理的一次成功尝试。
为了从制度上保证“党指挥枪”原则的执行，毛泽东提出了“建立健全党委会议制度”的思想。所谓党委会议制度，亦即“党委制”，就是党委集体领导下的首长分工负责制。这一制度，在领导方式上体现的是一种党委集体领导。毛泽东在《关于健全党委制》一文中明确指出：“党委制是保证集体领导、防止个人包办的党的重要制度。”
为了保证党委的集体领导，毛泽东要求党委第一书记“同其他书记和委员之间的关系是少数服从多数。”党委书记与委员之间保持一种平等的关系，他们才能充分发表意见，党委会才能真正把各种意见集中起来，形成党委的正确决议，达到党委的集体领导。
毛泽东还从军队的特殊职能和军事行动的特殊性出发，提出了“军队在作战时和情况需要时，首长有临机处置权。”因为，战争是充满不确定性的领域，战场上的情况变化无常。要迅速解决这些问题，有时是来不及召开党委会集体讨论决定的。在这种情况下，为了保证作战的顺利进行，正确解决突然出现的情况，分工首长“有临机处置权”。这就把执行党的集体决定的权威性与灵活性统一起来了。
毛泽东认为在军队中，党委的集体领导与分工负责这两个方面不是相互对立的，而是相互联系的一个整体，他强调“集体领导和个人负责，二者不可偏废”。
“党指挥枪”原则及其一系列制度，都是毛泽东敏锐地观察中国国情、军情后，提出来的。然而，在革命战争年代，我们党内、军内曾经围绕要不要坚持党对军队绝对领导这一根本原则问题，发生过几次大的斗争。
第一次是同张国焘右倾分裂主义的斗争。1935年6月，红一方面军与红四方面军在四川懋功会师之后，党中央决定一、四方面军共同北上，建立新的根据地，开创全国抗日反蒋的新局面。张国焘却拥兵自重，反对党中央北上的方针，向党闹独立，并公然另立“中央”，分裂党和红军，企图篡夺党和军队的最高权力，给党和红军造成严重损失。对于张国焘的倒行逆施，时任前敌总指挥部参谋长的叶剑英立即报告了党中央和毛泽东。党中央和毛泽东在教育挽救张国焘的同时，与之进行了坚决的斗争。为了避免更大的损失，中共中央政治局立即召开了紧急会议，决定率领右路军中的一、三军和军委纵队8000余人继续北上。1935年8月，中共中央在《关于一、四方面军会合后的政治形势与任务的决议》中，针对张国焘的错误，强调坚持党对军队绝对领导的原则，加强党中央对各部红军的统一领导。《决议》指出：“中国工农红军，是在中国共产党中央的唯一的、绝对的领导之下，生长与发展起来的。没有中国共产党，就没有中国工农红军。”“必须在一、四方面军中更进一步的加强党的绝对领导”。9月10日，又发布了《为执行北上方针告同志书》。毛泽东针对张国焘的错误，在后来撰写的《战争和战略问题》一文中指出：“共产党员不争个人的兵权（决不能争，再也不要学张国焘），但要争党的兵权，要争人民的兵权。”“我们的原则是党指挥枪，而决不容许枪指挥党”。
第二次是同王明右倾投降主义的斗争。1936年西安事变的和平解决，促成了国共两党第二次合作。在国共两党合作抗日谈判中，国民党多次提出要我党交出军队，或接受国民党派员参加领导我军，我党拒绝了国民党的无理要求。1937年11月，毛泽东在延安发表了《上海太原失陷以后抗日战争的形势和任务》的演讲。演讲中，他把坚持党对军队的绝对领导作为一条原则加以阐述。并提出了我党在统一战线中独立自主的方针。而刚从苏联回国的王明反对毛泽东的正确路线，竭力主张“一切经过统一战线，一切服从统一战线”，并把“两个一切”具体化为七个统一：即“统一指挥，统一编制，统一武装，统一纪律，统一待遇，统一作战计划，统一作战行动”。这“七个统一”，实际上就是取消共产党对军队的绝对领导。为了批判王明的右倾投降主义，毛泽东在1938年11月召开的党的六届六中全会上再次强调坚持党对军队绝对领导的必要性。
第三次是反对党内新军阀主义倾向。抗战初期，我党我军内部一度出现过新军阀主义倾向，其主要表现，毛泽东把它概括为：不愿意严格地接受共产党的领导，发展个人英雄主义，以受国民党委任为荣耀。虽然毛泽东很早就对这种企图摆脱党的领导的新军阀主义倾向敲了警钟，但并没有及时得到纠正，直到延安整风时才得以彻底解决。为了不让历史重演，1944年4月，毛泽东在《关于军队政治工作问题的报告》中，认真总结了反对新军阀主义的经验教训，再次重申了党对军队绝对领导的原则，并把它作为建军的基本原则，进一步加以明确。
自此以后，在我军历次颁发的条令、条例中，都明确地把我军必须置于中国共产党的绝对领导之下，作为一条根本原则加以规定，使之成为我军传家的法宝。