不过，有人认为朱由检杀袁崇焕的真实原因是因为他中了皇太极的反间计。那么，朱由检到底是不是因为中了皇太极的反间计而杀袁崇焕的呢？袁崇焕被冤杀一事一直到清朝乾隆年间才浮出水面，也就是说在杀了袁崇焕后，所有人都认为袁崇焕死得不冤，的确就该杀千刀。乾隆四年（公元1739年），从康熙十八年（公元1665年）就开始编修的《明史》正式定稿，当时明史中已有“会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。十二月朔再召对，遂缚下诏狱”的记载。这条记载在当时也没有多大动静儿，不过就是一些文人看过明史后感叹几句，刮起袁崇焕是冤杀的舆论风的人是乾隆，乾隆看了《明史·袁崇焕传》一节后对袁崇焕的死很同情，于是下令下旨查察袁崇焕有无子孙，结果查到只有旁系的远房子孙，乾隆便封了他们一些小官。皇帝亲自为袁崇焕鸣不平的事情，一下子掀起了翻天巨波，上至大夫，下至平民，凡是有点闲工夫的人都开始为袁崇焕鸣不平，认为崇祯皇帝朱由检为人糊涂，中了皇太极的反间计，害死了忠臣，一时间便把袁崇焕与岳飞挂钩，认为他的死是千古奇冤。生活在清代中后期的夏燮在《明通鉴》中对反间计的描述非常详尽，他说当时后金官兵捕获了明朝的两名太监，命令副将高鸿中等人看守。皇太极密令高鸿中等人在两个太监面前故意作耳语状：“今日撤兵袁巡抚有密约事可立就矣”，当时其中一个姓杨的太监偷听到了两人的耳语，高鸿中等人见计策已成，就故意将太监放跑。两名太监跑回去，就将此事告诉给崇祯皇帝，于是“上遂信之不疑”，因此杀了袁崇焕。咸丰年间的潘颐福著的《东华录》中也提到了这样的情节。清朝年间的夏燮和潘颐福当然不可能知道反间计实施的详情，他们的资料来源与明史的资料来源一样，均出自清康熙年间大力编纂的《清世祖实录》一书中。明人史料和一些清朝私修的史料如《烈皇小识》《崇祯实录》《明季北略》《国榷》等均未提及反间计。二太监的事情《崇祯长编》中倒是提的比较详细，里面说提督大坝马房太监杨春王成德被后金兵抓住之后逼问。杨太监说“我是万岁爷养马的官儿。城中并无兵将亦无粮饷，昨日选了一千匹马去了，还有一二百废马。”第二日，后金兵从这些马中挑选了百余匹来用，然后，将杨太监二人带到了德胜门让人看守。不久，后金与大明战，又夺得了马匹二百，生擒了士将一员。后来，后金将领写了一封信让两个太监向德胜门和安定门投递，内言“前些年袁崇焕杀了我们些人，我们恼恨得紧，又闻毛文龙擒了我方士兵，我们所以提兵到此，今要讲和要以黄河为界”。从记录来看，只说命令两名太监送信，没有提到反间计，而且信中说恼恨袁崇焕，与“反间计”是背道而驰。
《崇祯长编》《国榷》《明史》《明季北略》等史料均指明袁崇焕下狱于同月辛亥朔，而《崇祯长编》中却说明了当时两个太监还在后金军手中，“反间计”自然不可能是真的。《东华录》中说这两个太监是十一月庚戍被后金兵放走，有时间实施反间计，但是又与《崇祯长编》的时间不符合。而且，皇太极的反间计并不高明。当时后金军队中汉语并没有普及，能说汉语的将领很少，怎么就偏偏那么巧，有两名会说汉语的将士在杨太监二人附近偷偷嘀咕。这样的最高军事机密让两个太监轻易得知，又让他们轻易地逃回了明朝皇帝身边当耳报神，不是很奇怪吗？后金军宣称他们用一本《三国演义》得了天下，反间计一招也是从《三国演义》中学的。皇太极对中原传统文化半懂不懂，朱由检好歹也是大明皇帝，他再不济也不至于想不到这是“反间计”，所以说，因为反间计而杀袁崇焕的理由是说不通的。
崇祯三年（公元1630年），袁崇焕被“磔”死。阎崇年先生在《明亡清兴六十年》中详细讲解了袁崇焕所遭受的“磔”刑。他说：“有一部书叫《六部成语》，书中说：磔刑是‘碎磔之刑也，俗名剐罪也’，也就是民间所说的‘千刀万剐’。《清代六部成语词典》解释‘磔罪凌迟’大意说：凌迟之刑，始于五代。正式刑名，见于辽代。行刑方法，各代不同。具体做法是：在法场立一根大木柱，绑缚犯人，刽子手用法刀，一片一片地剔尽受刑人的肉，先手足，次胸腹，后枭首。也有一寸一寸地将肉割尽，然后割生殖器，取出内脏，肢解尸体，剁碎骨头。有的受刑人肉被割尽，还未断气，心仍在跳动，甚至于还有视觉和听觉。凌迟用刀割，有8刀、16刀、32刀、64刀、128刀，甚至于有3600刀的。”袁崇焕当时就是受的这种酷刑。《明史》和张岱的《石匮书后集》等书都记载说，当时京师百姓对袁崇焕恨之入骨，刽子手每割一块肉，就争着从其手中抢来生吃了，到了最后干脆向刽子手买食袁崇焕的肉。刽子手开膛破肚，拉出其肠胃，百姓就群起抢之，得其一节者，和着烧酒生啮，血流齿颊间，犹唾骂不已。拾得袁崇焕骨头的百姓，则用刀斧斩碎，直到“骨肉俱尽”。到最后，袁崇焕只剩下了一个脑袋。
平心而论，袁崇焕的确是对大明忠心耿耿，本不该死得这样惨的，只因后金兵临城下，京城百姓受到了兵燹之苦，所以将所有的仇恨都聚集在了袁崇焕的身上。犯了众怒的下场，就好像是推翻了多米诺骨牌一样，那种持续的惯性，力量强大，以一个人的力量根本不能阻止，即使是皇帝也没有改变的能力。袁崇焕因为遭受了不该遭受的严厉酷刑，后世人多为他呼冤，鸣不平，直到现在仍旧是余音不止。
5.金庸之误
金庸对崇祯皇帝的评价是极差的，他说：“崇祯在位十七年，换了五十个大学士（相当于宰相或副宰相），十四个兵部尚书（那是指正式的兵部尚书，像袁崇焕这样加兵部尚书衔的不算）。他杀死或逼得自杀的督师或总督，除袁崇焕外还有十人，杀死巡抚十一人、逼死一人。十四个兵部尚书中，王洽下狱死，张凤翼、梁廷栋服毒死，杨嗣昌自缢死，陈新甲斩首，傅宗龙、张国维革职下狱，王在晋、熊明遇革职查办。”朱由检真是一个多疑而好杀的皇帝吗？
袁崇焕死后，大明又存在了十几年。在这十几年里，朱由检非常勤政，《明史》中说他：“在位十有七年，不迩声色，忧劝惕励，殚心治理。”他身上没有一般帝王荒淫好色的毛病，绝代佳人陈圆圆的美色让自恃为豪杰的李自成和吴三桂都疯狂过，但是，朱由检却叹息着说“美色误国”，派人将刚送进宫不久的陈圆圆又送走了。作为一个有责任心的君主，看着国家在风雨中飘摇，他怎会安心享乐。朱由检必须将心放在国家大政上，而不是几个美女身上。在朱由检执政的17年中，他始终支持西方传教士传播西学，支持士人们修习西方数理知识，支持新的科技（比如西式火器和西式水利）用于国家建设。他重视科技，是为了振兴大明，“科技兴国”是他意图“中兴”的一环。
崇祯二年（公元1629年），钦天监推算日食失误，礼部侍郎徐光启用西学推算却与实测完全吻合。于是崇祯帝下令设立历局，由徐光启领导，修撰新历。徐光启聘请了传教士龙华民、邓玉函、汤若望和罗雅谷四人参与历局工作，于1629～1634年间编撰成著名的《大明崇祯历书》。《大明崇祯历书》卷帙浩繁，共一百三十七卷，其中理论部分占了全书篇幅的三分之一，采用了第谷的太阳系结构系统，计算方法则使用了哥白尼和开普勒的西方近代几何学方法。《大明崇祯历书》从名字上看似乎只是一部历书，而事实上它是一部引进西方数学天文知识的大型丛书。当时，《大明崇祯历书》虽然修成了，但过了近十年朱由检才下诏通行天下，一方面是因为时局动荡，一方面是因为保守派人士的反对。其中最激烈的反对者是魏文魁。魏文魁是一位土产天文学家，他坚持认为中国传统方法推算的历法精度要高于西法，写了《历元》《历测》两部书，攻击徐光启的西法。魏文魁以布衣身份上书皇帝。朱由检知道自己作为外行，无法判断，于是命令魏文魁组成东局，与徐光启领导的西法历局辩论。徐光启还用《学历小辩》一书记载此事，其标题是“历局与魏文魁辩论文稿”。徐光启，字子光，号元扈，谥文定，上海徐家汇人，他是明末科技融合中西、走向近代的关键性人物。朱由检对他十分重视，崇祯五年，便任命徐光启为内阁大学士，之后一直对他深为信任，即便他生病了都不愿放他回家，直到他死在任上。徐光启死后，朱由检悲痛万分，下令罢朝一天，以表示对他的哀悼。说到这里，很多人认为朱由检为人多疑，滥杀滥换大臣，不能任人为用，徐光启的案例可以说是对这话的有力反驳。除了徐光启外那些有真才实干的官员都得到了朱由检的信任和重用，如温体仁、杨嗣昌、方岳贡等。温体仁能做实事，为人清正廉洁，在内阁中长达七年。
不过，金庸先生却在《袁崇焕评传》中写道：“崇祯在位十七年，换了五十个大学士（相当于宰相或副宰相），十四个兵部尚书（那是指正式的兵部尚书，像袁崇焕这样加兵部尚书衔的不算）。他杀死或逼得自杀的督师或总督，除袁崇焕外还有十人，杀死巡抚十一人、逼死一人。十四个兵部尚书中，王洽下狱死，张凤翼、梁廷栋服毒死，杨嗣昌自缢死，陈新甲斩首，傅宗龙、张国维革职下狱，王在晋、熊明遇革职查办。”金庸先生对崇祯皇帝朱由检的这些评论到底是不是事实呢？