对于光绪与慈禧在两天内相继病逝，袁世凯也感到十分蹊跷。他是个聪明人，对晚清政局了如指掌，知道谁的屁股一翘就会拉出什么样的屎，也知道什么时候该出哪一张牌，但是对这次突然而至的变故还是百思不得其解。太后病危之际，他不无担忧，害怕光绪执政后报戊戌政变中那一箭之仇，哪知道光绪竟在太后死的前一天走了。宫廷中有各式各样的传闻，认为光绪之死与太后有关。往深一层想，御医对光绪的病早已有预言，大限恐怕就在这几日。既然如此，疑问又来了，太后何必非得提前几天把皇帝弄死？思来想去，袁世凯只能用一句话来解释：一切皆是天命。
但是隐患依然存在，危险来自监国的摄政王载沣。
袁世凯被免官既有远因，也有近因，归纳起来如下：远因起于戊戌年光绪的冤情。载沣是光绪胞弟，报仇雪恨理所当然。近因极其复杂，一是袁世凯手握重兵，形成尾大不掉之势，已对朝廷构成了威胁；二是御史赵启霖、江春霖、赵炳麟（史称“台谏三霖”）因为杨翠喜的一桩案子先后参劾庆王与段芝贵，牵涉到袁世凯；第三个原因属于高层内部机密，据说两宫归天后，杨士骧从驻屯马厂的军队拨出二百名士兵潜赴北京，保护庆王和袁世凯邸宅。此时步军统领衙门系那桐管辖，他察觉到有擅自调兵入京之事立即进行了盘问。那桐是个特别会做官的人，发现并无异常也就没有声张，倒是邮传部某尚书侦知此事后乘隙禀报了摄政王。载沣嘴上虽说当此多事之时不必深究，但心里头埋下的警惕却又多了一分。
载沣摄政后的那段日子袁世凯尤为苦闷，他一生经历过风波无数，不管如何困难，最后总能够顺利过关，唯独这一次让他一筹莫展。
该来的风暴到底还是来了。免官诏书下来时袁世凯尚在朝房（大臣们等候朝见的专用大厅），已经听说了消息，好似不仅免官，恐怕还有更大的灾祸。袁世凯正在忐忑之时，内阁值日官捧诏宣读：皇上有旨！未及宣读，袁骤然色变。正好张之洞从宫中出来看到了这一幕，赶紧趋前几步说道：“皇上以袁公足疾，命回籍养疴。”袁世凯心里一块石头这才落了地，宣读诏书完毕，一直跪在地上的袁世凯不敢起身，连声呼道：“天恩高厚！天恩高厚！”
在杀袁与保袁之间，确实有过一番激烈的争论。当载沣拿这事询问庆王奕劻时，奕劻的回答是：“杀袁世凯不难，不过北洋军如果造起反来怎么办？”资格最老的大学士孙家鼐，满蒙大学士那桐、荣庆以及汉人大学士鹿传霖等，都与袁世凯有千丝万缕的联系，极力反对除袁。出力最多的是张之洞和世续，当天朝堂散了之后，载沣又复召张、世二人入内廷，出示罢撤袁的诏旨。张之洞反复陈说，为朝局计，务宜镇静宽大，放袁世凯一马。世续也表示赞同张之洞的主张。这才迫使载沣把含藏杀机的诏书内容改为了“开缺回籍”。
说到“足疾”也是确有其事。从这年秋天开始，袁世凯忽然得了一种奇怪的腿病，无缘无故地疼痛，严重时竟至不能走路。曾经请假治疗过，但身为军机大臣事务繁多，只好销假，带病坚持工作。每次上朝还得要人搀扶，到了腊月间，腿部的疼痛更厉害了。
在上谕下发之前，袁世凯曾经乘快车去过一趟天津。据一位正好同车的英国目击者海鲁说，袁世凯穿一身素衣，神情严肃，目光炯炯有神，进入头等车厢内，找一近暖气处坐定。从京城到天津的两个多小时，他没有说一句话，也没有起身走动，仆人小心翼翼地给他倒茶，也未见他吭声。下午4时30分，车到老龙头车站，在随从的护送下乘一辆华丽马车西行而去（参见《一个日本记者笔下的袁世凯》第109页）。
有一种说法，认为袁世凯到天津是想通过直隶总督杨士骧斡旋，乘坐海轮逃往日本进行政治避难。不过在此特殊敏感时期，袁又是特殊敏感人物，杨士骧不敢露面，而是派儿子出面向袁说明利害，劝其迅速回京。杨士骧是袁世凯一手提拔上来的，他现在的直隶总督位置也是靠袁的保荐，没想到如此忘恩负义，绝情到不肯见一面。落水的凤凰不如鸡，袁世凯感到心灰意冷，赶紧在银行支取了一大笔存款，惶惶不安地返回了京城。
诏书下达后，袁世凯心情稍微平稳了些，他迅速安排家人，悄然离京，免得节外生枝。按照清朝历代处置大臣的惯例，在革职、开缺的谕旨之后，往往还会层层加码，抄家、流放及至杀头。在天津老龙头火车站，送行的人寥寥无几，只有严修、杨度等伫立在寒风之中，和往昔前呼后拥的场面形成了极大的反差。
关于严修，在此多提几笔。严修（1860~1929）字范孙，祖籍浙江慈溪，清光绪进士，授翰林编修，世业盐商，近代著名教育家，南开大学创始人。光绪二十四年（1898）六月，通过徐世昌的引见，严修进入在小站练兵的袁世凯幕中，促成了直隶教育的蓬勃兴起。据袁世凯自述：一生事功乃练兵、兴学二项。练兵不消说，袁自任之，兴学则以严修功劳最大。
由袁世凯、张之洞等联名奏请废除科举之后，清廷成立学部，统管全国学务，名义上的领衔人是荣庆，但他事务繁多，只是个挂名尚书。严修被委以左侍郎之职，实际上主持日常部中事务。
严修离开学部，与袁世凯“落难”有直接关联。朝廷对袁世凯“开缺回籍”的诏书下发后，老友旧识避之唯恐不及，独有严先生不识时务，给朝廷上书一封，公开表达不满。袁世凯出京，他又赶到天津火车站相送。摄政王对这样的人自然不会放过，此后不久，即以严修引见廷试留学生“奏对错误，殊乖体制”为由，给予他“罚俸半年”的处分。等到张之洞病逝后，严先生痛感学部已无所作为，遂请假归里，结束了几年的京官生涯，赋闲津门。
严修与袁世凯感情深厚，有这么一件事足以证明：有人前往津门游说，拟请他担任宣统皇帝溥仪的老师，严先生只是摇头一笑，并不应允。而落魄人物袁世凯写了一封信，请他帮忙解决子弟求学问题，严先生慷慨允之，没有半点推诿。
此人一生不爱做官。他有句名言：“北洋旧僚惟我和言敦源不爱官。”民国肇始，袁世凯当了大总统，权势如日中天，屡次三番以度支大臣（相当于财政部长）、直隶总督、教育总长等职请他出仕襄助，严先生不为所动。民国元年（1912）暑期，严先生携妻带子第三次举家东游。返国后不久，又劝说袁世凯送子弟出洋留学，并亲自陪送到欧洲逗留一年多。这类举动看似闲适无忧，实则意在缓解和摆脱来自权力核心的纠缠。
袁世凯筹谋帝制，严修是个铁杆反对派，其好友赵元礼的《蟫香馆别记》中记述得很详细：“力阻项城称帝无效，遂断袍绝交，不复通问。”袁世凯死后，严先生入京吊唁，长叹一声道：“项城此去，可谓大解脱。”话中可听出严修知袁深矣。