明确学生伤害事故认定与处理的基本原则，是确定责任划分标准和规定事故处理程序的基础，也是妥善处理学生伤害事故的前提，有利于事故的快捷、公平处理。如前所述，学生伤害事故难以避免，一旦事故发生后，在处理过程中只有坚持一些基本原则才更有利于事故的解决，在最大限度上减少对学校教育教学秩序的影响。学生伤害事故认定与处理的基本原则主要包括依法认定与处理原则、客观公正原则、合理适当原则和预防为主原则。
依法认定与处理原则是指，在认定和处理学生伤害案件时必须符合有关法律法规的规定。依法处理是当今社会处理一切事务必须遵守的原则，当然也是处理学生伤害事故的基本原则，这正与我国目前提出的“依法治国”目标相吻合。在学生伤害事故处理过程中，涉及学校、教师对学生的保护职责、学生伤害事故的性质、学校是否承担责任及承担责任的性质、事故处理方式、赔偿形式等等多方面的问题，没有准确的处理和衡量标准是很难办到的。依法认定和处理原则主要包括以下两个方面：
首先，严格依据法律规定认定和处理伤害案件。认定和处理学生伤害事故的法律依据，在前面章节中已经论述过。那么，有了认定和处理的法律依据，接下来就是法律运用的问题了。严格依照法律条文的规定，处理事故的每一环节，排除各方面的干扰，决不能牵强附会，或脱离法律的规定，特别不能违背法律的规定妄下结论，导致不公平的法律后果。
其次，要准确地适用法律。涉及学生伤害案件处理的有关法律条文贯穿在多部法律、法规和规章中，要从中找出最适合的法律条文作为处理、判案依据。例如，《教育法》、《教师法》、《未成年人保护法》、《民法通则》及最高人民法院有关《民法通则》的司法解释中都有相关的规定，为某一学生伤害事故的处理提供了法律依据，那就要从中选择最合适的法律条文来适用。这其中不但要考虑到处理过程的公开性，更要从公平公正的角度出发，既要使责任的承担者承担相应的法律责任，又要使受害者得到应有的救助。再一点，准确的适用法律还要注意法律效力的高低问题。基本法律、法律的法律效力要高于行政法规、地方性法规、行政规章的法律效力，原则是既要选择适当的法律使用，也要优先适用效力高的法律规范，尤其通过诉讼解决伤害纠纷时。例如，《民法通则》有明确的处理规定，就要优先于《学生伤害事故处理办法》中的规定。几部法律同时有规定又没有不同规定的，选择规定最详细的法律规范作为依据。