毛泽东还从提高整个哲学社会科学的研究水平出发，提出要研究宗教，批判神学。他举例讲了宗教与哲学史、文学史、世界史的密切关系，但它所包括的意义，并不限于这三门学科，而是指整个哲学社会科学。哲学社会科学的研究，如果不研究宗教，不批判神学，简直有些寸步难行。就以中国哲学史与佛教的关系来说，情况也是这样的。公元前2年佛教传人中国内地，魏晋南北朝时得到发展，对中国哲学的发展产生了重要影响。其后玄学与佛学合流；隋唐哲学的主要内容是佛学各派的创立，佛学以外的其他哲学家，不论是唯物主义者还是唯心主义者，离开佛教就讲不清楚；宋明理学家在一些方面是反佛教的，但他们的哲学，不论是客观唯心主义的程朱学派，还是主观唯心主义的陆王学派，都直接吸引了佛学的基本观点；近代的哲学家，如龚自珍、章太炎、谭嗣同等，都与佛教有一定的关系。可见，不研究佛教，一千多年的中国哲学史就难以写下去。胡适只写半部中国哲学史的例子也说明了这一问题。
研究宗教，整理、翻译、出版一些宗教方面的著作，刊登些研究宗教的资料和研究成果是必要的。这样做，不应误解为是提倡信仰宗教。研究宗教的另一个任务是批判神学。批判神学，是批判神学唯心主义世界观，并拯救出其中反映人类认识发展的一切积极成果。这种批判，只是采用“纯粹的思想武器，而且仅仅是思想武器”。这种批判，无意打击教徒，不是消除或禁止宗教，也不违背宗教信仰自由的政策，由此产生这样那样的误解是不对的。
二、邓小平对宗教问题的态度
中共十一届三中全会以后，以邓小平为核心的第二代领导集体，把毛泽东关于宗教问题的理论进一步发扬，在邓小平思想指导下，制定的关于正确处理宗教问题的方针政策，也得到了全面的认真的贯彻。在系统地总结了建国以来在宗教问题上正反两方面的历史经验的基础上，在《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和基本政策》中，全面阐述了党对宗教问题特别是社会主义时期宗教问题的基本观点和基本政策，这标志着党关于宗教问题理论与政策走向成熟，从而发展了马克思主义的宗教理论。之后，党对社会主义时期的宗教问题又提出了新观点和新论断，从而使中国特色的科学宗教理论基本形成，它构成了建设有中国特色的社会主义理论的一个组成部分。
1．正确对待和处理宗教问题。宗教是一种社会历史现象。宗教发展史表明，不是有了人类就有宗教，而是在社会生产力发展到一定的阶段，人的思维能力和意识有了相应的发展之后产生的。宗教的最初产生，反映了在生产力水平极低的情况下，原始人对自然的神秘感。人类进入到阶级社会后，宗教得以存在和发展的最深刻的社会根源，就在于人们受到剥削制度和剥削阶级的压迫而不能理解又无法摆脱，错误地认为这种压迫来自某种外部的盲目的异己的力量；在于被剥削阶级对于阶级压迫所造成的巨大苦难的恐惧和绝望，企图从某种超人问的力量找到摆脱苦难的出路，在与剥削阶级需要利用宗教作为麻醉和控制群众的精神手段，借以维护他们的统治。在阶级社会里，正是由于剥削阶级的利用，才使宗教大大发展了。
2．全面阐述了宗教在社会主义条件下必然长期存在的根源。社会主义时期，剥削阶级作为阶级已经消灭，宗教存在的阶级根源基本消失，但宗教必然长期存在。由于人们意识的发展总是落后于社会存在，旧社会遗留下来的旧思想、旧习惯和长期形成的宗教观念不可能在短期彻底消除；由于社会生产力的极大提高，物质财富的极大丰富，高度的社会主义民主的建立，以及教育、文化、科学、技术的高度发达，还需要长久的奋斗过程；由于某些严重的天灾人祸所带来的种种困苦，还不可能在短时期内彻底摆脱；由于还存在着一定范围内的阶级斗争和复杂的国际环境；还有宗教作为一种思想体系和世界观具有相当的适应性和保守性，因而宗教在社会主义社会一部分人中的影响还将不可避免地长期存在下去。那种认为随着社会主义制度的建立和经济文化的一定程度的发展，宗教就会很快消亡的想法，是不现实的。那种认为依靠行政命令或其他强制手段，可以一举消灭宗教的想法和做法，更是背离马克思主义关于宗教问题的基本观点的，是完全错误和非常有害的。我们必须而且能够掌握和运用客观规律，正确对待和处理宗教问题。
3．明确指出在社会主义时期，我国的宗教状况已经起了根本的变化。宗教问题上的矛盾已经主要属于人民内部的矛盾，处理好宗教方面的人民内部矛盾，已经成为宗教工作的主题。
4．要善于体察民族问题与宗教问题的联系和区别。要善于具体地分析各个民族问题与宗教问题的联系和区别，要警惕和反对任何利用宗教狂热来分裂人民、破坏各民族之间团结的言论和行动。前几年，个别报刊、图书和文艺作品中不时发生对少数民族风俗习惯和宗教信仰的不恰当甚至歪曲的描写，伤害了少数民族的感情。
5．处理好宗教问题主要是反对“左”的倾向，又要防止和克服放任自流的倾向。及时提出防止一种倾向掩盖另一种倾向的问题。宗教方面也不能搞狂热，要依法加强对宗教事务的管理。中共十一届三中全会以后，我们党实现了在宗教工作指导思想上拨乱反正，宗教信仰自由政策得以全面贯彻落实，调动了各民族广大宗教教徒和爱国宗教界人士建设社会主义的积极性。但同时，宗教活动中也出现一些不正常的现象。特别要注意的是，国外敌对势力一直在加紧利用宗教进行渗透活动，扶植地下势力、建立非法组织同爱国宗教团体争夺领导权。
1980年8月26日，邓小平在与班禅谈到宗教问题时就明确指出：对于宗教，不能用行政命令办法，但宗教方面也不能搞狂热，否则同社会主义、同人民的利益相违背。最近一两年，世界伊斯兰教中搞宗教狂热很厉害。1982年中共中央在《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和基本政策》中，对不正常的宗教活动做出了必要的限制规定。1991年中共中央、国务院《关于进一步做好宗教工作若干问题的通知》中，就依法加强对宗教事务的管理作了具体规定。
6．对于宗教不能用行政命令办法，要继续贯彻宗教信仰自由政策。我们党关于宗教问题有一套完整的政策。除了“文化大革命”那种情况之外，几十年来，我国的宗教问题还是比较好的。特别是1982年我们党在邓小平理论的指导下，制定了一系列政策，成为社会主义时期处理宗教问题的纲领性文件，对于做好新时期的宗教工作，发挥了重要作用。明确了处理我国社会主义时期一切宗教问题及贯彻执行宗教信仰自由政策的根本出发点和落脚点，使全体信教和不信教的群众联合起来，把他们的意志和力量集中到建设现代化的社会主义强国这个共同的目标上来，并强调，任何背离这个基点的言论和行动，都是错误的，都应受到党和人民的坚决抵制和反对。贯彻宗教信仰自由的政策，还必须把正常的宗教活动同迷信活动区别开来。对前者要保护，对后者要区分不同情况，分别处理。已被取缔的一切反动会道门和神汉、巫婆，一律不准恢复活动。凡一切以算命、看相、测字、看风水等为职业的人员，应当教育、规劝和帮助他们以劳动谋生、自食其力，不要再从事这类利用迷信骗人的活动，如不遵守，也应当依法取缔。正确处理信教和不信教、信这种教和信那种教的群众之间制造的纠纷，保持社会安定，充分发挥爱国团体的作用。
7．坚持独立自主，自办教会的方针。我国《宪法》明确规定：宗教团体和宗教事务不受外国势力的支配。我们不干涉别国的事务，也不允许别国干涉中国的事务，我们在独立自主、平等友好、互相尊重的基础上积极发展同世界各国宗教界的友好往来。我国各宗教必须坚持走“三自”（自传、自治、自养）爱国道路和坚持独立自主、自办教会的原则，这是我们总结长期经验得出的结论。新中国成立以后，在党的政策指引下，经过社会经济制度的深刻改造和宗教制度的重大改革，我国宗教状况发生了根本的变化：清除了教会的帝国主义势力，使天主教和基督教走上了独立自主自办教会的道路；废除了封建特权和压迫剥削制度，使佛教、道教和伊斯兰教摆脱了反动阶级的控制和利用。这些变化使我国宗教成为中国自办的宗教事业。在党和政府的领导下，爱国宗教界为团结广大信教群众，投身于社会主义建设做出了积极贡献。
8．政治上团结合作，思想信仰上互相尊重是党和政府处理同宗教界朋友之间的关系原则。这是江泽民总书记1991年1月30日邀请各宗教团体领导人到中南海做客时讲话中提出来的，是关于同宗教界建立爱国统一战线思想的新发展。在建设有中国特色的社会主义事业进一步发展的新形势下，将原来的提法调整为政治上团结合作，思想信仰上互相尊重，这就更有助于巩固和扩大党同宗教界人士的爱国统一战线，调动宗教方面的积极因素。
还应当看到，在我国社会主义初级阶段的历史条件下，宗教不但是一个信仰问题，也是一个社会政治问题。境外敌对势力一直利用宗教进行渗透作为它们颠覆社会主义国家的重要手段。近几年来，这种渗透和破坏活动明显增加，已成为一些地方的一种不安定因素。
在新的历史条件下，是否处理好宗教问题，关系到国际反恐斗争，关系到国内的安定团结，关系到调动一切积极因素建设社会主义的物质文明和精神文明。江泽民同志1993年11月在全国统战工作会议上对宗教问题强调了三句话：一是全面、正确地贯彻执行党的宗教政策。在社会主义初级阶段，尊重和保护宗教信仰自由，是我们党和国家的一项长期的基本政策。它包括保护人们信仰宗教的自由和不信仰宗教自由的两个方面。信教与不信教都是公民的权利，要坚决反对和纠正任何歧视信教群众与歧视不信教群众的行为。不能用行政的力量去发展宗教。实行宗教信仰自由政策，就是要把信教不信教的人，信这种教或信那种教的人都团结起来，大家和睦相处，彼此尊重，把意志和力量集中到建设有中国特色的社会主义事业上来。二是依法加强对宗教事务的管理。政府依照法律、法规和政策对宗教事务进行管理和监督，这同宗教信仰自由政策不但不矛盾，而且是为了更好地贯彻这一政策。依法对宗教事务进行管理包括两个方面：一方面保护宗教团体、宗教活动场所的合法权益。保护公民宗教信仰自由的权利和宗教教职人员履行教务的权利，保护正常的宗教活动。另一方面，政府要依照宪法、法律和政策对宗教事务进行管理和监督，制止和打击一切利用宗教进行的违法犯罪活动。这是一个问题的两个方面。三是积极引导宗教与社会主义相适应。宗教与社会主义社会相适应，主要就是指宗教组织、宗教界和宗教信仰的活动而言的。只有社会主义才能救中国和发展中国，这是全国人民的共识。广大宗教徒是拥护社会主义制度的，同全国人民在根本利益上是一致的，这是宗教与社会主义相适应的政治基础。这种适应，并不要求宗教徒放弃唯心主义和有神论思想，二是要求他们在政治上热爱祖国，拥护社会主义制度，拥护共产党领导。同时改革不适应社会主义的宗教制度，逐步克服某些消极的因素，发扬宗教教义、教规和宗教道德中的积极因素为社会主义服务。
三、小结
毛泽东和邓小平在民族宗教问题上的观点，是一脉相承的统一的科学体系。马列主义、毛泽东思想关于宗教问题的基本理论是我们党解决宗教问题和制定宗教政策的理论基础，是绝对不能放弃的。马克思列宁主义、毛泽东思想关于宗教问题的理论又是一个随着时间的发展，随着时代的变化不断发展的。
邓小平既坚持马克思主义、毛泽东思想关于宗教问题的基本观点、方法，又不拘泥于个别的结论，不断提出和反复思考，根据我国实际情况及当代复杂的民族宗教关系问题，用新的思想观继承和发展马克思主义关于宗教问题的理论。特别是关于社会主义时期宗教问题的一系列观点和政策，集中体现出对马克思主义宗教理论的重大发展。近年来，我国家领导人多次接见民族宗教界代表，提出“政治上团结合作，信仰上互相尊重”的原则，得到民族宗教界的普遍拥护。在当前国际上民族纷争、宗教冲突不断发生的情况下，中国各民族信教群众与不信教群众之间，都和睦相处，共同为祖国的繁荣昌盛而努力。我们要在毛泽东邓小平关于宗教问题理论的指导下，开创我国的社会主义民族宗教工作的新局面。