崇祯十二年春天，西苑中依然像往年一样冰雪融化，柳绿桃红，春水和天光争蓝，燕子和黄莺齐来，可是崇祯却没有心情来玩。由于他不来，皇后和妃嫔们自然都不来了。紫禁城中又一年失去了春天。
三月上旬，清兵毫无阻拦地退出长城。这次入犯，时间在半年以上，攻破了畿辅和山东七十多个州、县，大肆烧杀劫掠，掳走了五十多万丁壮人口，并且攻破山东省会济南，掳走了分封在济南的鲁王及其全家。崇祯很明白，经过这次战争，没有十年以上的太平日子不能够恢复元气。可是，议和不成，满洲决不会叫你休养生息。这次满洲兵入塞距上次入塞仅隔两年。谁晓得他们什么时候还会再来？边军不管用，武将怕死，他们什么时候想来就来！
但是比较起来，最使他日夜忧心的还是张献忠和李自成。他不知道谷城的局面能够拖延多久，深怕一旦谷城有变，湖广和河南震动，中原大局又难得收拾了。对于李自成的依然活着，他非常恨孙传庭的不中用，认为他是“虚饰战功，纵虎贻患”。倘若再过不久李自成的羽毛丰满，如何是好？
自从三月中旬奉先别殿悬挂了母亲遗容，崇祯每当心中有说不出的空虚、绝望和愤懑，无处排遣，便对着母亲遗容，默默流泪。其实，他对于母亲是什么样子，一点儿也不记得。他的母亲姓刘，十六岁被选进宫，做了太子朱常洛的淑女。淑女的地位很低，在宫中郁郁地过了两三年，忽然有一天被太子看上了，把她召到兴龙宫住了一晚，后来生下一个儿子，就是现在的崇祯皇帝。从那次接近太子之后，她几乎被太子忘记了。生下儿子，她的地位仍然没有多大改变，只好在冷宫中长斋念佛，消磨岁月。崇祯五岁时候，大概她不小心流露出不满情绪，惹动太子大怒，命她自尽。当时太子很不得父亲万历皇帝的宠爱，常有被废掉的危险，所以他严禁人们将这件事传扬出去。其实，就是在东宫也只有极少数人知道刘淑女是怎样死的。
农民战争的打击使崇祯日益悲观和痛苦，种种没法对朝臣们倾吐的忧思，一齐转化为对母亲的孝思，或者换句话说，通过对母亲的孝思排遣了他的不能告人的忧虑和孤独感。崇祯八年春天，农民军焚烧凤阳皇陵以后，他内心的痛苦更深，就叫一位擅画的翰林院待诏每日到他外祖母家去沐手焚香，为他的亡母画像。费了两年多时间，多次易稿，直到去年冬天清兵逼近北京时才描绘成功。
描绘太后遗容，很少有确实依据。因为她入宫以后就没有再同娘家人见过面，如今连崇祯的外祖母（被封为瀛国太夫人）也记不清她的模样了。幸而宫中有一个傅懿妃，当年也是太子的淑女。她说她住的宫同崇祯母亲住的宫相邻，相见次数较多，还仿佛记得一些。她在几千个宫女中指点这个人的鼻子有点像，那个人的眼睛有点像，又另外一个人的下巴有点像……司礼监把被挑出来的众多宫女陆续送到瀛国府，再由瀛国太夫人参加意见，指示画师，揣摹着画，画画改改。
奉迎太后遗容入宫要举行重大典礼，所以一直等到清兵退走以后，才由礼部拟具仪注，由钦天监择定吉日，用皇太后的銮驾和仪仗把黄绫装裱的画像从正阳门送进宫来。礼部尚书率领文武百官都在大明门外跪接。崇祯率领太子和两个较大的皇子在午门外跪接。皇后周氏率领公主和妃嫔们在皇极门外跪接。由于刘淑女生前并未封后，所以不能把她的画像送进奉先殿正殿，而只能悬在配殿。行过祭礼，崇祯把一些老宫女叫来看。她们当面异口同声地回奏说十分相像，但在背后，有的说有点儿像，有的说完全不像。后来崇祯因想着母亲在死前两年中长斋念佛，又命画师另画一幅遗容，具天人之姿，戴毗卢帽，穿红锦袈裟，坐莲花宝座。通过别人的画笔，将他的母亲更加美化和神圣化了。
三月下旬的一天，他从奉先偏殿回到乾清宫，坐在御案前省阅文书。先看了洪承畴请求陛辞的奏疏，又看了孙传庭请求召对的奏疏，他随即传谕明天上午在平台同时召见他们。刚才在奉先偏殿中他显得十分软弱，现在忽然满脸都是杀气。
洪承畴已经改任蓟、辽总督，专负责对满军事。崇祯和满朝文武都对他寄予很大期望。洪承畴明知困难重重，但是他深感皇帝知遇之恩，决心到关外整顿军务，替皇上稍解东顾之忧。
等洪承畴和孙传庭行过常朝礼，崇祯向洪承畴问了几句话，无非是关于起程时间和一切准备如何等等。他又向洪承畴勉励几句，期望他早奏捷音。叫洪承畴起来后，崇祯收敛了脸上的温和神色，冷冷地小声叫：
“孙传庭！”
“微臣在！”孙传庭跪在地上不敢仰视，恭候皇上问话。
有片刻工夫，崇祯望着他并不问话。这种异乎寻常的沉默使他的心中忐忑不安。去年冬天，他同洪承畴率师勤王，来到北京近郊。那时卢象升已经战死，朝廷升他为总督，挂兵部右侍郎兼右佥都御史衔，代象升总督诸路援军，并赐尚方剑。可是他同杨嗣昌的关系没有搞好，又得罪了高起潜，被皇帝降旨切责。崇祯叫洪承畴进京陛见，并使大臣郊劳，却不许他进京陛见。清兵退出以后，崇祯采纳了杨嗣昌的建议，任洪承畴为蓟、辽总督，把陕西勤王军全部交洪承畴率领去防备满洲。孙传庭上疏力争，说这一部分陕西兵决不可留，倘若留下，陕西的“贼寇”就会重新滋蔓，结果无益于蓟、辽边防，只是替陕西的“贼寇”清除了官军。他还说：“且秦兵之妻孥蓄积皆在秦，久留于边，非哗则逃，将不为吾用而为贼用，是又驱兵从贼也。”孙传庭当然也有私心。他认为洪承畴改任后，陕西、三边总督的遗缺非他莫属。他要求把陕兵放回陕西，固然是为今后的“剿贼”军事着想，也是为他自己着想。没有这些军队，他将来回陕西，手中就没有猴子牵了。但崇祯目前急于要稳定关外局势，所以对于孙传庭的意见置之不理。
孙传庭是个非常骄傲自负的人，一向对杨嗣昌代皇帝筹划的用兵方略很瞧不起。由于他没有能够像洪承畴那样受到郊劳和召见，心中更加不满，决心同杨嗣昌斗一下，所以在清兵退走之前他就上疏说：“年来疆事决裂，多由计画差谬。待战事告竣，恳皇上一赐陛见，面陈大计。”力争陕兵回陕的斗争失败后，他望陛见的心情更加迫切。如今果蒙召对了，但皇上叫他的口气是那么严厉，是不是会允许他把许多有关国家大计的话痛快奏陈呢？他俯首屏息，诚惶诚恐，一面静候皇上问话，一面向象牙朝笏上偷眼瞧看那上边用工整小楷写着的他要面奏的方略要点。
向孙传庭打量片刻之后，崇祯怒容满面，用威严的声音说：“孙传庭，朕前者命你巡抚陕西，协助洪承畴剿办流贼，三年来虽然不无微劳，但巨贼李自成及刘宗敏等并未拿获，遗患无穷。去冬潼关南原之战，汝连疏告捷，均言闯逆全军覆灭，尸积如山。欺饰战绩，殊属可恨！朕今问汝：闯逆现在何处？”
皇上的震怒和责问，孙传庭完全没有料到，简直像冷不防当头顶挨一闷棍。
尽管他的性格十分倔强，也不由得轰然出了一身冷汗，脸色灰白，四肢微微战栗。他鼓着勇气回答：
“微臣前奏闯贼全军覆灭，确系实情，不敢有丝毫欺饰，有总督臣洪承畴可证。”
“强辩！”崇祯把御案一拍，“你不惟没有将闯贼拿获，连其重要党羽如刘宗敏、田见秀、高一功、李过等均一并漏网。汝奏疏中所谓‘逆贼全军覆灭，非俘即亡’，不是欺饰是什么？”
孙传庭竭力保持镇定，回答说：“微臣在君父之前，何敢强辩。去冬十月，臣与督臣亲赴潼关，麾兵围剿，设三伏以待贼。经一日一夜奋战，确实将逆贼全军击溃，死伤遍野，遗弃甲仗如山。闯贼及其重要党羽虽未就擒，但想来多半死于乱军之中。后因臣星夜率师勤王，不暇找获巨贼死尸，献首阙下，上慰君父之忧，下释京师臣民之疑，实为一大恨事。”
“你知不知道逆贼渠魁均已漏网？”
“臣率兵到了山西以后，闻有零星余贼逃入商洛山中。为着斩草除根，免遗后患，臣当即一面奏闻陛下，一面派副将贺人龙带兵折回潼关，向商洛山中认真搜剿。至于说渠贼均已漏网，臣实不知。”
“哼哼，你还在做梦！”崇祯从御案上拿起来几份奏疏和塘报，扔给孙传庭，愤愤地说：“你看看，这就是你潼关大捷的结果！”
听说李自成等确已“漏网”，又看见皇上扔下几份文书，孙传庭又一阵心惊胆战。他手指战栗地捡起文书，捧在手中，匆匆地浏览一下“引黄”，心中已完全明白。他把一沓文书恭敬地递给立在一旁的太监，然后向皇上叩头说：
“臣自勤王以来，虽然日夜奔波于畿辅与山东，无暇多探听余贼情况，但有的塘报，臣亦见到。以愚臣看来，倘若逆闯确实漏网，可忧者不在崤函山中，而在商洛山中。那一股进扰潼关与焚烧灵宝城关的残寇只是假借闯贼旗号，决非闯贼本人。倘若官军舍商洛而不顾，厚集兵力于崤函山中，恐怕上当不浅。”
“你怎么知道在崤函山中的不是闯贼本人？”
“闯贼倘若未死，定必潜伏起来，待机而动，决不会于残败之余，养息尚且不暇，而胆敢打出逆贼大旗，故意惹动官军追剿。”
“可是别的残余为什么要打出逆贼旗号，惹动官军追剿？”
“臣近来远离剿贼军中，不敢妄加推断。但臣与逆贼周旋三年，深知逆贼狡计甚多，常常以虚为实，以实为虚。揆情夺理，在崤函山中打着闯贼旗号者决非闯贼本人。”
“胡说！这股逆贼神出鬼没，连挫官军。看其用兵诡诈情形，必为闯贼本人无疑。且有人亲眼看见闯贼蓝衣毡帽，骑乌驳马立于大旗之下，更有何疑？”
“虽然如此，愚臣仍不敢信其为真。”
“地方奏报，证据确凿，汝说不可凭信，岂非当面欺哄君父，希图逃避罪责？”
“臣束发受书，即以身许国。崇祯九年，蒙陛下付微臣以剿贼重任，臣无时不思竭尽犬马之力，以报圣上知遇之恩，何敢面欺君父？”
“汝身负剿贼重任，竟使全数渠贼漏网，尚不认罪，一味狡辩，实在可恶。汝既知报朕知遇之恩，何不将逆贼拿获，而遗君父西顾之忧？”
“倘非连奉诏书，星夜勤王，臣定然四处搜索，不使一贼漏网。”
“胡说！替我拿下！”
登时有两个锦衣力士把孙传庭从地上拖起，褫去衣冠，推了出去。洪承畴赶快跪下，连连叩头说：
“陛下！孙传庭虽然有罪，恳陛下念他数年剿贼，不无微劳。虽奏报有欺饰之处，但闯逆在潼关全股瓦解，亦系的情，并无虚夸，恳陛下……”
崇祯不等他把话说完，冷笑一下，说：“卿不用替他求情。卿身任总督，亲临潼关督战，竟使元凶漏网，论法也不能辞其责。但朕念你功大过小，不予深究，反将东边重任交卿去办。望卿今后实心任事，不要像孙传庭一样，辜负朕之厚望。”
洪承畴又叩头说：“微臣受命剿贼，未能铲除逆氛，克竟全功，致闯贼目前死灰复燃，实在罪该万死。皇上不惟免予重谴，又使臣督师蓟、辽，拱卫神京。如此天恩高厚，使微臣常为之感激涕零，敢不粉身碎骨，以报陛下！然目前正当国家用人之际，孙传庭素娴韬略，亦习战阵，于疆吏中尚属有用之材。伏乞圣上暂缓严罚，使其戴罪图功，不惟孙传庭将畏威怀德，力赎前愆，即三军将士亦必闻而感奋。”说毕，叩头不止。
崇祯虽然很气孙传庭没有将李自成等擒斩，但也知道他是个有用之材。听了洪承畴的话，他沉默片刻，说道：
“好吧，姑准卿奏，饶了他这一次。起去吧。”等洪承畴谢恩起去，崇祯向旁瞟一眼，吩咐说：“叫孙传庭回来！”
过了片刻，孙传庭又穿好衣冠，被太监带进来，重新在离开御案大约一丈远的方砖地上跪下，身子俯得很低。崇祯望着他说：
“孙传庭，朕姑念你平日尚肯实心任事，饶你这次作战不力之罪，仍着你总督河北、山东军务，以观后效。”
孙传庭叩头谢恩，仍然伏地不起。
“下去吧。”崇祯轻声说。
孙传庭又叩了头，爬起来低着头退了出去。尽管他的身体十分结实，年纪只有四十七岁，但当他步下丹墀时，却像老人一样，脚步不稳，几乎跌了一跤；回到公馆，觉得耳朵里嗡嗡响着，家人同他说话也听不清楚。他不吃午饭，独坐书房发闷，看看昨夜在朝笏上写的那些小字，叹了口气。
由于精神上受的打击太大，孙传庭回到保定驻节地，耳朵竟然聋了，请求辞官回籍。崇祯不信，命保定巡抚杨一俊就近察看真伪，据实奏闻。杨一俊回奏说孙传庭耳聋是真。崇祯大怒，说他们朋比为奸，派锦衣旗校将两人一起逮捕进京，下到狱中。满朝人都知道孙传庭因耳聋下狱冤枉，却无人敢替他上疏申救。