四月中旬以后，朝廷得到确实消息，知道李自成从潼关南原突围后就潜伏在商洛丛山中，在豫西活动的只是高桂英和刘芳亮一支人马。虽然事实证明了孙传庭的推测是对的，但崇祯并不释放他，因为一则崇祯是个刚愎成性、从不承认错误的人，二则他很恨孙传庭不曾将李自成和所有重要的农民军领袖捕获或阵斩。自从知道李自成在商洛山中的活动情况后，他对国事更加忧愁，常常夜不成寐，脾气也变得更加暴躁。
五月下旬，又是崇祯的一个不眠之夜。
二更过后，乾清宫院中静悄悄的，只有崇祯和值夜班的太监、宫女们还没有睡。整个紫禁城也是静悄悄的，只是每隔一会儿从东西长街传过来打更的铜铃声。崇祯在西暖阁省阅文书，时常对灯光凝神愁思。一个宫女轻脚轻手地走到他身旁，跪下说道：
“启奏皇爷，夜深啦，请圣驾安歇吧。”
崇祯好像没听见。过了一阵，宫女又说了一遍。他仍然没有抬头，一边拿着朱笔在一封奏疏上批旨，一边小声说：“知道了。”他在奏疏上的批语也是这同样的三个字，好像他不是在回答宫女，而是在无意中念出来他的批语。又过了一阵，甜食房的太监送来一碗燕窝汤，由宫女捧到他面前。他打个哈欠，揉揉眼睛，把燕窝汤吃下去，随即离开御案，走出乾清宫大殿。他在丹墀上漫步片刻，然后抬头仰视天象。天上一片蔚蓝，下弦月移近正南，星光灿烂，并无纤云。他读过灵台藏的秘抄本《观象玩占》和《流星撮要》等书，还看过刻本《天官星历》，所以能认出不少星星。他先找到紫微垣十五星，随后找到代表帝座的紫微星。大概是由于心理作用，他觉得紫微星有些发暗，而天一星的茫角很大，闪闪动摇。据那些书上说，这是天下兵乱的征象。看过星星，他心头更加沉重，深深地叹一口气。
恰好一个刻漏房的太监抱着时辰牌走来，崇祯便问道：
“什么时辰了？”
太监躬身回奏：“已经交子时了，皇爷。”
崇祯因为再有两个多时辰就得上早朝，早朝后还得带着皇后和田、袁二妃去南宫烧香，便决意赶快就寝。他走到乾清宫大殿背后披檐下的养德斋，在宫女的服侍下脱了衣服，上了御榻。可是过了一阵，他忽然想到还有许多重要的文书没有看，便重新披衣下床，吩咐一个宫女去把没有看过的一沓文书都拿到养德斋来。当重新开始省阅文书时，他叫服侍他的宫女和太监都去休息。值班的宫女们便退到对面的思政轩中坐地休息，不敢远离；太监也只留下两个人，在养德斋的外间地上铺了两条厚褥子，上放貂囊，和衣睡在里边。
崇祯批阅一阵文书，眼睛渐渐地矇眬起来。他在梦中看见郑崇俭来的奏捷文书，十分高兴；又看见熊文灿的一封奏疏，是关于张献忠的，但奇怪，他总是看不明白。他把这封奏疏扔到案上，生气地说：
“糊涂，张献忠是不是真心受抚？”
窗上已经现出微弱的青色曙光。从紫禁城外传过来隐约的断续鸡啼。一个太监乍然惊醒，赶快从貂囊中爬出来，蹑脚蹑手地去把珠帘揭开一点儿，向里边悄悄窥探，看见皇上俯在御案上轻轻打鼾，手中的象管朱笔落在一封文书上。他进去小心地把朱笔拾起来放在珊瑚笔架上，小声细气地叫道：
“皇爷，请到御榻上休息！”
崇祯睁开眼睛，望望西洋自鸣钟，看见快到他平日起床拜天的时候，便吩咐传都人侍候梳洗。太监又躬身奏道：
“皇爷，你又是通宵未眠，还是请圣驾到御榻上稍躺片刻吧！万岁为国事这样焦劳，常常废寝忘餐，圣体如何能支持得了？请到御榻上休息会儿吧！”
“不要啰嗦，快传都人们侍候梳洗！”
梳洗罢，穿戴整齐，崇祯按照每日惯例到乾清宫大殿的前边拜天，然后，传免了皇后、妃嫔、太子和皇女们的请安，匆匆地吃了尚膳监送来的素点，便乘辇前去上朝，正式开始了一天的忙碌而烦恼的皇帝生活。
每次上朝，总是听到一些不顺心和难以解决的问题，使他退朝后更加烦闷。今天上朝时，户部臣详细面奏，各处官军欠饷情形很严重，每日催饷的文书不断飞来，急如星火，可是国库如洗，没法应付。另有几个科、道官请求对遭清兵焚掠的畿辅和山东各州、县赶快赈济，抚辑流亡。但军饷尚且没有着落，赈济款从何谈起！不到巳时，崇祯就怀着十分沉重的心情退朝。
为着今天要去南宫烧香，他三天来就素食斋戒。现在下朝回来，一面传旨皇后和田、袁二妃来乾清宫，一面又一次浑身沐浴。后妃们一来到，他就带着她们乘辇出了东华门。除司礼监掌印太监王德化和一大群太监、宫女簇拥外，没有任何仪仗，尽可能不让外边的臣工知道。
恰在这时，文书房太监把几封十万火急的文书送到养心殿内司礼监掌印太监和秉笔太监的值房中来。掌印太监王德化不在，由几个秉笔太监看了一下，一个个大惊失色。王承恩在几位轮值的秉笔太监中名次最前，就由他拿着这几封火急文书追出东华门。
近几年崇祯身上的变化实在很大。在他即位后最初几年，国家虽有内乱外患，但大局尚未糜烂，他希望做一代“中兴英主”的信心很强，锐气很盛。那时他对于日蚀、星变、怪风、霪雨等等自然界现象不像现在这样害怕。八九年前，有一个朝臣因旱涝成灾，上疏言事，措词过于激切，他在上朝时训斥说：“尧有九年之涝，汤有七年之旱，并不闻尧与汤有何失德！”但是近几年，任何异常的自然现象他都认为是五行灾异，也就是上天给他的警告和国家的不祥之兆，胆战心惊，彷徨不寐。即位之初，他并不很迷信佛道两教，倒是受了当时礼部尚书徐光启的影响，和天主教有些接近。近两三年来，他对于佛、道、鬼、神越来越迷信了。
今年二月初五，北京城发生了一次地震。地震是常见的自然现象。无奈自西汉以来，董仲舒等就将地震同人事联系起来，而这种思想如今也深入崇祯的心。他认为从他登极至今首都就发生了两次较大地震，可不预兆他的江山不稳么？
他愈是觉得人事努力很难指望，愈是想靠神灵保佑国运。今年春天，他瞒着朝臣，命僧道录司暗中挑选了几十位佛、道两教的名德法师在南宫建醮。他还传旨召江西龙虎山张真人来京建醮，但因路途遥远，尚未赶到。从三月中旬以来，他时常忙里偷闲，带着周后和田、袁二妃，去南宫烧香祈祷。但是这样的事情如何能瞒住群臣？不免有一些言官上疏劝谏，请他不要迷信僧、道，做这种无益的事。他心中很痛苦，想着自己既是一位英明君主，自然不应该迷信僧、道、鬼、神，使得后世议论。可是他又想着国事日非，无术挽救，除非上天见怜，有什么法儿使国家转危为安，否极泰来？有一次他对自己说：
“唉，建醮，建醮！这些言官怎知道朕的苦心！朕非昏庸之主，只是势不得已，向上天为民请命耳！”
后来又有一位言官上了一道奏本，说南宫靠近太庙，每日钟、鼓、铙、钹之声聒耳，使祖宗为之不安。祖宗不安，何能祈福禳灾？崇祯没有生气，提起朱笔批道：“朕之苦心，但愿佛、天、祖宗知，不愿人知。”过了一夜，当奏本要发出宫时，他重新看看御批，自觉不雅，便涂了去，改批“留中”二字，不再发出。
前几天他接到山西巡抚和布政使的联名奏疏，说山西某地天雨血，某地发生地震，倒塌了许多房屋，压死了不少人、畜。他非常震惊，心中说道：“前年元旦日蚀，今年京师和山西地震，又雨血，灾异如此，实在可怕。”于是他根据皇历选择了一个宜于斋戒祈禳的日子和时刻，吩咐司礼监替他准备青词表文，并事先传谕南城的僧、道们知道。
现在崇祯偕同周后、田妃、袁妃，分乘小辇，来到了南宫的正门外边。
南宫大部分是英宗时代的建筑物。一百七十年来不断修缮、油漆、增建，十分美丽。南宫大门外有许多高大的白皮松，遮天蔽日。三乘黄色小辇在白皮松中间的汉白玉甬道上停住，早有一群高僧、道士和执事太监在道旁跪接。崇祯带着皇后和两位妃子缓步走上雕龙玉阶，进了宫门，在一片松树下盘桓一阵，然后走进南风门。这里有许多花木，并排有三座宝殿：中间的是龙德殿，左边的是崇仁殿，右边的是广智殿。他们在龙德殿休息一下，受了僧、道们的朝拜，吃了一杯茶，然后由执事僧、道和太监们在前引导，向内走去。正在这时，王承恩袖着十万火急的机密文书，匆匆地从紫禁城中赶来。他必须先向印公王德化禀明，才敢启奏皇上。可是王德化正引着皇上和娘娘们往里边走，他不好贸然赶去说话。他的心中很急，鬓边冒出豆子大的汗珠，只好在龙德殿旁徘徊，偷眼望着皇帝神色安闲地穿过飞虹牌楼，缓步踏上飞虹桥。
崇祯难得今天有一点闲情逸致，站在弓形的飞虹桥上，欣赏白玉栏杆和栏板上的精致雕刻，还指着那些刻得栩栩如生的水族动物叫皇后欣赏。一会儿，他率领后妃们走下桥，穿过戴鳌牌楼，向左右的天光、云影二亭望一眼，登上一座堆垒得十分玲珑的秀丽假山。山上有一个圆殿叫做乾运殿，东边是凌云亭，西边是御风亭。他在山上稍作盘桓，想着这圆殿和亭子都是英宗复辟后添建的，那时虽有也先之患，经过土木之变，但国家的根子依然强固，全不似如今这样风雨飘摇。想到这里，不由得满怀怆然，无心再看景致，连乾运殿也懒得进去。
他同后妃们下了秀丽山，来到佳丽门。全体僧道官和名德法师都在甬道两旁跪接。崇祯和后妃们进到永明殿中坐下。众僧躬身低头，双手合十，从永明殿的左边，众道士从右边，分向建醮的地方走去，连一点脚步声也不敢发出。过了片刻，从永明殿后边传过来钟声、鼓声、磐声、木鱼声、云板声、铜笛声等等，还有和尚道士的唪经声，组成了肃穆庄严的音乐合奏。王德化走到崇祯面前，躬身奏道：
“皇爷，开醮了。”
崇祯没做声，立刻从龙椅上站起来，怀着虔敬的心情向外走去。周后、两位妃子、宫女们和太监们，肃静地跟在他的背后。永明殿的背后是一个小院，一色汉白玉铺地，有十几株合抱的苍松和翠柏，虬枝横空。其中有一株古松上缠绕着凌霄，在苍翠的松叶间点缀着鲜艳的红花。院子中间搭着一座高大的白绸经棚，旗幡飘飘；莲花宝座上供着檀香木雕刻的释迦如来佛像。棚外悬一黄缎横幅，上题：“敕建消灾、弭寇、护国、佑民、普度众生****”。崇祯帝先进经棚，在释迦前上了香，焚了黄表，拜了四拜，跪在黄缎拜垫上默默祈祷，求佛祖大发慈悲，帮助他消灭各地“流贼”，降罚满洲，并且不要再降水、旱、蝗、疫诸灾，保佑他的国运昌隆。当默祷结束时他觉得还不够，又特别祝祷几句，求佛祖感化张献忠等洗心革面，实心投诚，并且使官军将漏网的李自成早日擒获，除掉朝廷后患。他求神心诚，禳灾情切，虽没出声，却禁不住喉咙哽塞，热泪满眶。祝祷毕，他站起来退到一旁，看着皇后和妃子们依次进来礼佛。
在崇祯祝祷当儿，王德化留在经棚外边，看见王承恩神色不安地立在永明殿后，心中不禁一惊，赶快踮着脚尖儿走了过去，悄声问：“什么紧急大事？”王承恩行了礼，从袖中掏出文书递给他，小声说：“请宗主爷的示，这些十万火急的文书是否现在就奏明皇上？”王德化把几封文书匆匆一看，大惊失色。想了一下，他把文书交给王承恩，悄声吩咐说：“拿回宫去，此刻万不能让万岁知道。纵然天塌下来，也要等皇爷烧过香回到宫中，咱们再向他启奏。”
从建有佛教****的院落往北，绕过假山，穿过有雕栏的白玉小桥，又是一座圆殿，描金盘龙匾额上题着“环碧”二字。道坛设在环碧殿中，叫做“敕建三清普临、降妖、伏魔、消灾、弭乱醮坛”。崇祯走进环碧殿，叩拜了玉皇大帝，焚了青词，照例默祷一阵，然后退出。皇后和两个妃于依次烧香出来。他们到永明殿中休息，吃了点心，起驾回紫禁城去。
回到乾清宫，崇祯刚刚换过衣服，端着茶碗喝了一口香茶，王承恩走到面前，躬身将几份文书放在御案上，胆怯地说：
“启奏皇爷，张献忠又反了。”
崇祯的手猛一颤抖，茶碗落在御案上，溅湿了文书。他正要询问详情，不料王承恩低头避开他的眼睛，又小声说：
“据陕西、三边总督郑崇俭飞奏，陕西的局面也变了。”
“怎么，张献忠入陕西了？”崇祯跳起来问，“官军何不堵截？”
“不是，皇爷。是李自成在商洛山一带起事了。”
崇祯两眼发直，颓然坐进椅子里，过了好久才喃喃吐出半句话：
“我早就担心……”
又过了一阵，他才稍微镇静，叫王承恩将几封火急奏本读给他听。当他听到熊文灿奏报说已命左良玉、罗岱等率楚、豫官军“追剿”张献忠，正候捷报时，他摇摇头，用鼻孔冷笑一声，对王承恩说：
“给熊文灿这个该死的老东西下一道严旨切责，叫他戴罪视事，以观后效。倘若不能将献贼剿除，加重论罪！”
“遵旨！”
“郑崇俭的本上怎么说？快念！”
郑崇俭除奏报李自成重新树起大旗之外，也奏报农民军中疾疫流行，李自成和刘宗敏等重要“渠魁”都卧病不起。他还奏称他已经“亲赴武关，督军进剿，不难将逆贼一网打尽”。崇祯听毕，仿佛看见了新的希望，点点头，又对王承恩说：
“替朕拟旨，着郑崇俭迅速进剿，不得迟误！”