由于白三说马神父来广西扰乱地方，传播邪恶宗教，挑拨宗族不睦，煽动百姓反抗政府，2月24日，县官血命两个差役率领一群士兵搜捕马神父。教徒们闻讯都劝告马神父逃往贵州，但他不肯离开教徒，他说：“如果我离开了你们，你们必将为我而受苦。我应当留在你们中间。人子的光荣到了，主与我们同在。”马神父向天空伸出了双臂，一派从容不迫的感觉。
在教徒们的要求下，马神父同意由四名教徒白满、卢朝明、卢成学和白望林（白三的侄子）陪伴，回西林县城罗恭叶家里暂住。当捕捉马神父的士兵到达瑶山村时，马赖刚离去不久。由于捉不到马赖，他们就逮捕教徒，有卢成保、卢英龙、卢成刚、卢成江、黄丁玉和马神父的佣人巫老五、新教徒陶望贵以及后来与马神父同时殉教的女传教员曹桂英。
2月25日，卫兵们押着教徒继续追踪到西林县城，当他们将到达衙门之际，获悉马神父已逃往罗恭叶家里隐避。这天早上，马神父本欲斋戒绝食，有个好心的老人劝告他说：“马神父！今天你将受难，要进餐为好。”马神父刚进餐完毕，西林县城的两百名士兵突然到来，马神父当即被捕，罗恭叶的儿子也同时被捕。那四名被从瑶山押来的教徒与另一个名叫杨思的教徒，都被集中在一起，他们没有被捆绑，而是每人都被一个士兵牵着头辫。
马神父被押到衙门，张鸣凤即开庭审问：“你来这里究竟想干什么？为什么你以传教为名，搞阴谋暴动，诱惑群众，反抗政府？你是想组织一支武装队来扰乱地方，你要放弃这邪恶的宗教！”
马神父回答说：“我所传的是真宗教，绝不能放弃；此外我绝无阴谋诡计，我引导群众修德立功上天堂。”由于当地语言不够熟练，马赖对其他问题就不回答。县官便审问其他教徒，首先谴责白望林不听叔父白三的劝告而偏偏去信奉邪恶的天主教；由于他拒绝叛教，被打屁股三百板；过后，县官下令将白满押上来，威吓他说：“你为什么信奉天主教？这是煽动群众造反的邪恶宗教。”
白：“不！这个教并不是像你所说的那样，它教诲我们从善避恶，拯救灵魂升天堂。”
官：“你还想继续跟随马赖吗？”
白：“我不愿离开他！”
官：“你既不愿离开他，又不愿叛教，要杀你的头！”
白：“县官，你可以杀我的或者我岳母、妻子以及我女儿的头；至于想要我叛教，背叛天主，那是办不到的！”
愤怒的县官下令用一条三尺长、一寸宽的竹板痛打他屁股三百板，稍后，又用刑架施刑对他。人们谴责白三的罪恶重大，不是别的，而最主要在于信仰上的不坚定。这位信仰坚强的白满，实际上可用叛教或支付赎金，就能完全恢复自由，不至于丧命。但他始终拒绝。县官曾多次拷问他是否有悔改之意，所得到的答案，始终是否定的。经过多次审问和拷打，县官乃下令将其押赴刑场。死刑很快就执行，刽子手高举马刀一劈，头即落地。
白满被杀之后，县官马上又审问卢朝明和卢成学，先给每人痛打屁股三百板，由于疼痛难忍，可怜的新教徒从口中发出叛教的悔意，他们得到了饶恕。
在审问罗恭叶的儿子时，由于他是文人，没有遭受拷打，县官这样质问：“你是个文人书生，为什么如此盲目信奉这邪恶的洋教？”这位年轻人引证了皇帝各种敕令，特别是道光皇帝登位第四年所颁布赞扬天主教，并允许群众信仰自由的敕令。县官听了一言不发，只好放他回去。
县官再审问马神父，先命士兵痛打他三百板，这些刽子手为了尽职，竟然拷打到连次数都记不清楚。
此后，轮到那些在瑶山村被捕的教徒们，但县官不想对他们多审问，只想专门针对曹桂英一人，因为他们以为她是洋鬼子马赖的老婆。
官：“你是从何处来的？”
曹：“贵州兴义府。”
官：“是谁引你人教？”
曹：“我的父母，他们一向信教，并送我人教会学校读书。”
官：“你来这里干什么？”
曹：“我到这里已有两年，这里有不少妇女愿意信奉天土教，我是为了教他们念经，祷告，恭敬天主。”
官：“你为何偏偏在夜间而不在白日教她们呢？”
曹：“因为白H她们都要到地里或家里劳动，没有空闲；只有夜间才有时间。”
官：“如果你想活命，你要好好坦白说实话！你是不是洋鬼子马神父的老婆？”
曹说：“我不是马神父的老婆，他未到这里之前，我根本不认识他。”官：“如果你不背叛马先生的洋教，我将叛你死刑。”
曹：“你要叛我死刑，是可以的；但要我背叛天主教，那不可能！”
阴历二月二十六日，县官重新审问马赖，还把那些没有审问过的教徒提出一起审问。
县官问：“你们为何都要信奉这邪恶的洋教？如果你们还想活下去，就应当背叛此教。同时也要放弃参加各种集会。例如你们定在二月十七日举行的集会，就会挑起暴动，扰乱治安。”
教徒们：“我们不能背叛天主教，有人控告我们二月十七日，举行集会，因为那天是复活节，我们以念经祷告来庆祝/马神父叫教徒们呈上一张教会用的月历给县官。、县官拿过月历瞄了一眼，一言不发便命人再将这些教徒押回监狱。过后再审问马赖说：“昨晚拷打你，你不觉得疼痛吗？”
马赖说：“有天主圣宠支持，我不觉疼痛。”
人们非常惊讶地看到了马神父眼中从未有过的狂热和痴迷，那是一个袍教者走到天堂的门口时才会有的目光马赖认为作为一个传教士，他的职责只是传播上帝的福音，而不是与人战斗。他以为，在中国人的面前，传教士既是耶稣基督的火种，也是在干燥的森林中玩火的人，一不小心就可能引来满山遍野的大火，把自己烧了也就罢了，还将殃及许多无辜的人。
县官十分恼火地说：“你！还在这里讲什么天主。来人呀！快给我重打他三十下！”马神父忍受着，没有呻吟。县宫下令把马赖吊上刑架，然后再审问曹桂英，但所得到的答复和以前一样。法官向教徒说：“如果你们的马先生愿交银丘百两，县官就释放他。”教徙们说：“马神父是不会同意的，但如大人能恢复其自由，我们愿拿一扦二十两白银作押金。”最后，张鸣凤愿减至三百两，并让教徒卢成保、巫老五等人向马赖转达这一意图。可是马神父对教徒们说：“你们去告知县宫，就是一文我也不给，他想干什么都可以神父对流血的渴望已经超过传教的理想，他以为自己真成走向十字架的耶稣了。鲜血真的能唤起人们对上帝的崇敬吗？县官大发雷霆，马上下令将马神父和曹桂英一起押来，用刑架处死他俩。这种刑架是一种木箱，高与人身相等，把头夹在上端，脚不到地，全身重量都吊在架上；此种刑架是当时处死犯人的一种最残酷的刑具。
马神父忍受着痛苦，筋疲力尽，发出沉哀之叹息，自言自语地喃喃说：“教友们，我的孩子，今天是我主耶稣升天的日子，耶稣基督就在这一天完成了他伟大的救世义举：在圣城耶路撒冷东橄榄山，耶稣基督为自己的信徒们祝福，一朵彩云降下来，就把我们的主耶稣接到天国去了。他是为了你们而升天的，只有一个高居于天上的神，才可以拯救你们，才值得你们去信仰，并为他献出自己的生命。啊，我看到了，他们的灵魂已经升到了天国；我还听见他们说，为主的光荣而死的人有福了，我们从此免除了劳苦、病痛、饥饿和人间无穷无尽的灾难。啊，弓箭正向我们射来，这是上帝对我们的考验。想一想走向圣十字架的耶稣吧，他是那样爱我们，用自己的血使我们脱离罪恶，拯救我们的灵魂。我的孩子们，不要悲伤，上帝会擦干你们的眼泪。天国近了，被杀的羔羊，将拥有权柄、富足、智慧、尊贵和荣誉。看哪，生活是多么辛劳和痛苦，让我们在这个特殊的节日里赞美天主的无限慈爱，让我们为圣子耶棘的升天与复活而欢庆吧。基督复活了，天使们皆大欢喜。基督复活了，坟墓中不再有死人。看哪，上帝的帐幕其实就在人间，他要与我们同在。让我们去追寻他的光芒，面对异教徒的刀枪。阿门。”
“阿门！”有嚶嘤的啜泣在昏暗的教堂里萦回，像山涧中流淌的溪流，清冷而孤独。
然后，马赖的肉体抽筋震动，从刑架上掉下地面。卫兵们即提灯笼跑来，并从狱中叫卢成保和杨思二人出来看守马神父的尸体。马赖的尸体卧在地面，直至次日早上，两名卫兵把尸体抬往城外猴笼山上，把头砍下示众。
曹桂英受苦刑时间较长，被刑架吊死了。
1856年8月11日，法国关于“西林事件”的声明传到西林，声明说法国人马言（即马神父）在中国广西省西林县被西林县县官张鸣凤逮捕并处死，并提出抗议，要求赔偿。
同年，9月20日，清政府派员调查“西林教案”。
根据调查，清政府认为：“我们应该充分理解，我们的县官张鸣凤是忠实地执行当今皇上有关天主教的规定的，即只允许外国人在通商五口传教，禁止深入内地，若超出了范围，当地官府可体察情况，扣押传教人员，送交邻近城市有关国的领事馆处理，这是在条约上明文规定的。很明显，广西西林县并非通商的大埠头，而法国人马神父和其他深人到那里去传教的人，都是违反了条约规定的。”
这封信是咸丰六年十二月三日在泗城府接到，咸丰六年十二月二十六日转发西林县。
《清实录》卷二五○这样写着：
咸丰八年四月壬子（初七，5月9日）
谕军机大臣等：黄宗汉奏
……至（法兰西）人于广西西林县一案，犹哓哓不已，此则不过将来再费一番查办，无足重轻。……
历史为西林留下了这些文字。
历史是什么，对于我们来说，是这些文字的记录。