唐高祖武德九年（626 年）六月四日，唐高祖李渊次子李世民率尉迟敬德等，伏兵宫城北门玄武门，杀死其长兄李建成和四弟李元吉，逼高祖立自己为太子，史称武门之变”。围绕这次事变，有几个问题至今悬而未决。第一个问题：事变的始作俑者。唐高祖李渊的皇后窦氏生有四子，三子李元霸早死；长子李建成通常留居长安，高祖处理军国大事；次子秦王李世民领兵出征，统一全国。随着李世民在征战中功勋，威望日增，李世民与李建成兄弟二人争夺皇位的斗争日趋明朗化。在这场中，四子齐王李元吉一直站在李建成一边。一种意见认为，玄武门之变虽然是李世民策动的，但它却是由李建成酿制，最后其果；而李世民是在不得已的情况下，才决定采取先发制人的对策。据《资治通载：“世民功名日盛，上常有意以人建成，建成内不自安，乃与元吉协谋，共倾世民，树党友。”李建成害怕声望日盛的李世民威胁自己的太子地位，多次欲置其于死武德七年夏季，当李渊去宜君县仁智宫避暑，李建成乘机私下令庆州都督杨文干健儿送京师，欲以为变”，企图用武力除掉李世民；同年七月，李渊“校猎城南”，命同往，李建成故意拿“喜蹶”的胡马，让李世民骑。为此，李世民曾言：“彼欲以此见死生有命，庸何伤乎！”李建成还无中生有地通过妃嫔向高祖报告说：“秦王自言，天命，方为天下主，岂有浪死”，想以谋反罪置李世民于死地；据《资治通鉴》载，在门之变发生的前几天，李建成乘北征突厥的机会，图谋将秦王府的精兵和骁将移己手中，然后杀掉李世民，只是这一密谋被泄露，才未得逞。另一种意见认为，玄武门之变作为争夺皇位的同室操戈，相互残杀，其始作俑者，王李世民。据《旧唐书》记载，武德四年，在平定王世充期间，李世民与当时泰王府房玄龄，拜访了一位远知道士。他对李世民说：“方作太平天子，愿自惜也。”李听得意，取代李建成当太子的念头越来越浓。大臣封德彝亦认为，“秦王恃大勋，不太子之下”。著名学者陈寅恪先生认为，“唐自开国时建成即号为皇太子，太宗以声望卓著之故，实有夺嫡之图谋，卒酿成武德九年六月四日玄武门之事变。”这话有道理的。第二个问题：唐高祖的倾向性。
在李建成、李世民兄弟长期明争暗斗过程中，高祖李渊倾向于哪一方呢？有得，李渊处处偏袒李世民，放手让其与长兄李建成争个高低，以取而代之。据不少记载，太原起兵以后，李渊就曾对李世民许诺过：“若事成，则天下皆汝所致，当以太子。”当有的大臣眼看着李世民的权力日重，威胁到太子的地位时，建议趁早将发出去。李渊不仅没有采纳，反而给予李世民更大的权力，特擢其为“天策上将”，王公之上，还增邑二万户，准许他“开馆于官西，延四方文学之士”，促成其积聚起的势力；当事变发生时，李渊正在“泛舟海地”，有人将这个消息告诉给他，并说成、元吉本不预义谋，又无功于天下，疾秦王功高望重，共为奸谋。今秦王功盖宇宙土归心，陛下若处以元良（太子），委之国事，无复事矣！”李渊当即回答：“善，此吾心也。”可见他倾向性是何等明显。
也有人觉得，确有许多史籍作了李渊倾向于李世民的记载，但大多出于贞观们的虚构。李世民是成功者，由他当政时期编写的史籍，当然会进行种种有利于修饰。其实李渊一直是站在长子李建成的一边的。作为一位封建时代的帝王，“立长”的观念在他身上并没有动摇过。如在早年安排职务时，李渊就让李建成统率军，而让李世民统率右三军；李渊进封唐王后，李建成为唐世子，李世民则为秦公至李唐王朝创立，李渊还是毫不犹豫地立李建成为太子；后来，当李渊发现李世专制行为和夺嫡图谋时，对其流露过强烈的不满：“此儿典兵既久，在外专制，为汉所教，非复我昔日子也。”
还有人觉得，鉴于隋王朝废立太子而引起骨肉相残的教训，李渊面对儿子们夺利的斗争，往往采取不偏不倚、摆摆平的做法。例如，武德七年，杨文干兵叛一及李建成，李渊一边许诺李世民为太子，一边要封李建成为蜀王，不得诛杀骨肉后，还把兄弟不能相容的罪责归咎于东宫与天策府官属；当夺嫡斗争愈演愈烈时渊就打算将李世民封往富庶的洛阳，但遭到李建成、李元吉反对。又只好作罢。
第三个问题：李渊让位之谜。
玄武门之变的刀光剑影刚刚散去，唐高祖李渊就戏剧性地将帝位让给了李世此举在封建时代是罕见的。对于李渊让位的原因，有人认为，这时他已年届六十，那种进兵长安的锐气早已衰退。当上皇帝后，生活日渐腐化，本人不愿再勤于政事不想亲自出征打仗，经受风霜之苦，于是产生了高升太上皇之位坐享清福的想法动把皇帝之位让给了跃跃欲试的儿子。
也有人认为，经历了玄武门之变后，唐王朝的军政大权实际上开始落到李世中。在事变过程中，李世民既然下得了毒手杀害兄弟及其诸子，难保日后就不会亲开刀。据《二十二史札记》记述，当李渊“坐视其孙子以反律伏诛而不能一救，高危极矣”。心有余悸的李渊，为了避免落得隋文帝一样的下场，于是采取了主动行的论者认为，李世民暗中或许还对其父进行过威逼，令其交出权力。不管怎么说，李世民掌握皇权已成定局，李渊让位实属不得已的做法。