近代以前，中国的学术文化与外部文化有两次大规模的接触，一是魏晋时期佛教传入，在中国扎根，最终佛教被改造成本土信仰之一。受印度佛学的影响，逻辑学、音韵学等专门学问在中国兴起。明清之初，进入中国历史上中西文化交流的一个高峰期，大批耶稣会士来到中国传播“天学”，对世界文化交流起了积极作用。利玛窦就是这些传教士中最著名的一个。
利玛窦于嘉靖三十一年（1552）出生于意大利的马塞拉塔城，从少年时代开始就进入本城的耶稣会学校学习。16岁到罗马学习法律，同时在耶稣会主办的学校继续学习哲学和神学，师从著名数学家学习天算。十五、十六世纪正值新航路开辟、地理大发现的世纪，各基督教团体也急欲使亚洲等地区成为新兴的“福音”之地，因此组团招募人员到远东传教，利玛窦自愿加入传教团体，万历五年（1577），他报名参加耶稣会往印度传教的教团。在葡萄牙候船期间，他进入耶稣会士训练东方传教团的中心高因利盘大学短暂学习。至此，他已拥有了丰富的神学、哲学、历史、自然科学知识。
万历六年（1578）三月末，利玛窦从里斯本出发，同年九月中旬到达印度的果阿，在果阿居住四年后，耶稣会负责东方教务的视察员派他到中国传教。万历十年（1582）四月，利玛窦从果阿出发，四个月后到达葡萄牙在中国的根据地澳门。在利玛窦之前，耶稣会传教士为了进入中国已经进行了长期艰苦的努力。
第一个到达广东沿海试图进入中国境内的西方传教士是方济各·沙勿略，他于嘉靖二十八年（1549）抵达日本鹿儿岛，意识到中国文化在东亚的统治地位，中国才是传播基督教义的大有作为之地，为了踏上中国内地，他做了种种努力，但终其一生，足迹仅到达距广州不远的上川岛，没能跨上大陆本土。直到万历八年（1580），传教士才稍稍打开僵局。罗明坚随同葡萄牙商人进入广州，万历十一年（1583），罗明坚、利玛窦一起来到广东肇庆，着手建立在中国内地的首个根据地。尽管得到了知府的支持，但当地士绅百姓的抵触情绪非常大。他们采取了缓和矛盾的办法，尽可能研习中国文化，将基督教义融合进中国的古代经籍之中，从《中庸》、《诗经》、《周易》、《尚书》等书中摘取有关“帝”的条目，等同于西方基督教义中的天主。利玛窦为吸引中国人目光，公开展览西方先进的机械制造产品和科技成果，如钟表、三棱镜、圣母像、地图等。为了适合中国人“中国是中央帝国”的观念，利玛窦还改变了世界地图在西方的原始面貌，使中国刚好位于地图中央。这些引起了中国人的浓厚兴趣，利玛窦的住宅门庭若市。这使他继续利用在国内的所学知识，致力于制造天球仪、地球仪，在不知不觉间成为西方先进自然科学知识的传播者。他也学会了与中国士绅相处的技巧，他颂扬中国文化的博大精深，糅合中西方两种哲学观念，并用西方的钟表、地图等先进科技产品作为“敲门砖”敲开了贵族、官员的大门。他们在肇庆建立了中国内地的第一座教堂，取得了极大的成功。
但是，阻挠西方传教士的势力非常强大，中西方两种文化对抗激烈，罗明坚在绍兴、桂林均遭到当地官绅的反对铩羽而归，同时肇庆当地官员因害怕惹祸上身放弃了对传教士的支持，肇庆、广州爆发了针对传教士的抗议活动。利玛窦在这两个地方无法立足，挑选了一个繁荣的小城市韶州，在粤北建立了又一个传教中心。利玛窦的办法是彻底的中国化，他穿儒服，兴建中国式的教堂。韶州的反传教士事件依旧层出不穷，利玛窦决定到别处争取支持，他跟奉召赴京的兵部侍郎石星一路北行到达南京。
但一个外国人除非进贡，否则在北京和南京两个都城无法立足，果然，兵部侍郎徐大任立即命令利玛窦离开南京。
利玛窦沿江返回南昌，出人意料的是，他在南昌取得了极大的成功，他与分封在南昌的皇族后裔建安王和乐安王建立了友好的关系，王室成员、各级官员都对地球仪、玻璃器皿、西式装订的书籍等礼物极感兴趣，利玛窦便在自己的住宅再一次举行“科普”展览，表演先进的记忆方法，出版《交友论》，选择适合中国人伦理观的西方伟人语录加以刊行。他放弃建造教堂、公开传教的方法，进一步用中国自古就有的“上帝”偷换“天主”概念。
利玛窦深入到中国的知识分子中间探讨各种哲学问题，但他的传教效果不大。这使他相信，只有获得皇帝的许可，传播福音的事业才能真正展开，否则会在一夜之间遭到禁毁的厄运而前功尽弃。利玛窦的想法得到本部有关负责人的支持，他们在澳门搜集各种精巧的礼物带到南昌。万历二十六年，利玛窦随同前任南京礼部尚书到达北京，但没有丝毫进展，不得不绝望地返回南京，继续在官员王忠铭的庇护下生活。他深入中国人的文化之中，旁观儒生的祭孔活动，与达官贵人关系良好，一如在南昌的生活。唯一的改变是他在官员、文人集会时公开宣扬基督教义和西方的风俗习惯，分发彩绘圣像，每每引起激烈的辩论。他同时动手编辑又一本格言集《二十五言》，刻印后广为发行。一部分较易接受新生事物者对新的哲学神学极有兴趣，基督教的影响进一步扩大。万历二十八年（1600），利玛窦带领部分随行人员再次向北京进发，他们在临清遇到税监马堂的阻挠，等了足足三个月后，终于通过支持他们的官员的努力，获得万历皇帝本人的允许，直接到皇宫晋见皇帝本人。
万历皇帝对利玛窦的礼物兴趣十足，他特别在皇宫内为自鸣钟盖一座钟楼，并详细询问西方的风俗人情。但是，他们突然遭到逮捕，因为外国人晋见本属礼部官员的职掌范围，而利玛窦一行绕过礼部走了捷径。在支持传教士官员的帮助下，利玛窦直接给皇帝上了一个奏折，他们被允许在北京长期居住，明政府还每隔四个月给他们发一次津贴。
利玛窦开始了广泛的传教活动，他们的足迹上至达官贵人的府邸，下至穷乡僻壤，大量发行教义的宣传物。万历三十五年（1607），在北京的教徒已有四百多人，徐光启、李之藻等著名人物也受洗礼入教。各地的抗议活动依然此起彼伏，两种文化的冲突仍在继续。
万历三十八年（1610）三月，利玛窦因病在北京去世，万历皇帝在北京拨出一块墓地，利玛窦今天依旧长眠于北京阜成门外。利玛窦之死并没有停止传教士们传教的步伐，天文、历法、地理、医学、水利各种西方学术著作被翻译到中国，利玛窦本人与徐光启合译《几何原本》、《测量法义》，与李之藻合译《浑盖通宪图说》、《同文算指》等书，带给中国人新的思维方式。
中国的文化也借由传教士之笔传到欧洲，影响所及使得法国启蒙思想家、百科全书派的文化大师认为中国是理想的乐园，直到清初乾隆实行严格的锁国政策，中西方的文化交流不断，为世界文化史添上了灿烂的一页。