其二，北洋舰队战阵之乱，主要由两个原因造成，非方伯谦之罪，实应由丁汝昌、刘步蟾负组织指挥不当，编队队形失误的责任。一些学者认为，指挥不当，开战之初阵势已散乱，并把最弱之舰抛于阵脚。当丁汝昌获得日军舰队的消息后，立即下令全军起锚追击。“各军闻令，争先起锚”，由于各舰速度不一，且有些舰只起锚时间较长，于是北洋舰队“不及列队，零落而出”。而就是如此情况下，丁汝昌却令旗舰以八节的速度航行，以致在后面的济远、广甲、超勇、扬威，均赶不及。舰队阵形有似单雁行，又似双雁行。战争发动后。丁汝昌受伤，但伤势并不重，却放弃了统帅全军作战之责。舰队没有总指挥，旗舰失去指挥作战功能，敌乘势以快船攻右翼弱舰，后又夹攻北洋舰队，截击左翼诸舰于阵西，使北洋舰队形势处于极不利地位。这点就连日军后来在总结这次战役时，都发出感叹：“方其战时支那舰队泛沉于汪洋巨浸中，若离若合，一似全无纪律者”，“支那舰队本无次序，至此更无纪律……而其散漫无纪，可叹也”。而刘步蟾擅自改变舰队接战队形，更使船队混乱。海战开始，旗舰“信号所示为诸舰相并横列以主舰居其中”，以致“自其开始交馁，即列成凌乱之半月形”。这种阵势，形成了在海战中的不利态势。不利于舰队机动，不利于舰船火炮的发挥，只能使用前主炮射击，不能发挥后主炮和两舷副炮同时射击作用，又不易保持队形，反易遭敌舰炮火命中。刘步蟾又过早下令发炮，“所击皆不中，尽落于海”，并把丁汝昌震掀受伤。这一切都是组织指挥不当所致。交战不久，定远舰帅旗于第三次排炮时，被敌炮击落，坠入海中便不再升，战阵更乱，“督旗不升，各舰耳目无所系属，督船忽左忽右，亦无旗令，而阵益散”。舰队没有统一指挥，就不能形成全军的整体作战能力，各舰处于各自为战，被动挨打局面。不仅如此，由于日本躲开定、镇巨炮，避强攻弱，围两翼弱舰，逐个围击，于是北洋舰队的队形更加紊乱。
其三，扬威舰不是为济远舰所撞。扬威在开战后不久，于1时10分即已中敌炮起火，向大鹿岛方向撤退，并在大鹿岛附近（东经123。40北纬39。37处）搁浅，于十九日被日海军用水雷轰碎。济远舰退出战场是在3时30分之后，此时，扬威已不在战场，因此，可以断定，济远舰绝不可能在战场上把扬威撞坏。同时，济远舰又不可能驶进大鹿岛搁浅处撞坏扬威。因为扬威是在战阵的右翼外侧，而济远则在战阵之左翼，一左一右两个极端相撞是不可能的。扬威由战场向西北方向大鹿岛驶去，济远则向战场的西南转西方向旅顺驶回，两舰相背而驶，间距愈离愈远，无论如何在行驶中是不可能相撞。
方伯谦被杀是不是冤案，恐怕还要做进一步的考证。但是，甲午海战中国的失败，无疑是败在清政府的腐朽无能，败在这个王朝制度上的根本腐败则是肯定无疑。
李鸿章与《中日马关条约》
1895年（光绪二十一年），《马关条约》签订，李鸿章成了千古罪人，成了汉奸、卖国贼、民族败类，遭到世人的唾骂和鄙视。百年来，对于马关谈判的具体情形如何，大多语焉不详，成为一个百年来聚讼纷争不止的历史疑案。
1895年（光绪二十一年），李鸿章代表清政府与日本签订了空前丧权辱国的不平等条约——中日《马关条约》，从此李鸿章成了千古罪人，成了汉奸、卖国贼、民族败类，遭到世人的唾骂和鄙视。近年来，随着人们对甲午中日战争和李鸿章的研究不断深入，不少人对这一问题的认识有所转变，还有一些人认为马关谈判中李鸿章是尽了最大努力的，但对具体情形大多语焉不详，成为一个百年来聚讼纷争不止的历史疑案。现在，让我们拨开层层的迷雾，来窥视这段屈辱的历史。
1894年（光绪二十年）7月25日，日军突袭中国北洋舰队，挑起中日甲午战争。战争打响后，两国海军进行了黄海大战。陆上战斗则从朝鲜打到奉天（今辽宁），日军占领了大片领土。1895年初又侵占山东威海。清政府无心抗战，一再求和。
1895年3月，李鸿章等人乘坐德轮“礼裕”、“公义”号，悬挂“中国头等议和大臣”旗帜，启程直奔日本马关。随从出访的有李鸿章之子李经芳，随员伍廷芳、马建忠，以及美国顾问、前国务卿科士达等。李鸿章为显示天朝的威风，穿戴整齐阔绰，头品顶戴，三眼花翎（是清朝最高官员的饰物），黼服朝珠，应有尽有。
3月20日午后2时半，李鸿章一行登上谈判所在地——春帆楼。春帆楼上，围着方桌摆放着十多把椅子。日本政府还特别为年逾七旬的李鸿章安排了痰盂。谈判一开始，李鸿章将要求停战的英文节略面交伊藤，要求“两国水陆各军即行一律停战”。伊藤却说：“停战也可，中国必须先答应三个条件：（1）先让出天津、大沽口、山海关，由日军占领；（2）日方所消耗的军费，由清朝政府支付；（3）东北的铁路由日方管理，中方不得干预。不答应这三个条件，日方是不会停战的”。伊藤博文明白，山海关、天津一线如果被日军占领，将直接危及北京安全，这个停战条件是清政府万万不会答应的。如果这一停战条件被清政府驳回，日本正好借机再战。对于这个蛮横无理的要求，李鸿章当即声明，停战条款“要挟过甚，碍难允行”，于是决定放弃停战要求，先索回和款内容。3月24日第三次谈判中，李鸿章要求撤回停战节略，而伊藤却威胁恫吓并暗示要占领台湾。李鸿章当即发言，作了针锋相对的驳斥，最终声嘶力竭，不欢而散。
李鸿章春帆楼上，中日两国唇枪舌剑，谈判僵持不下。这时，发生了一件谁也没有想到的严重事件。
3月24日，当天的谈判结束后，满怀心事的李鸿章步出春帆楼，乘轿返回引接寺，当轿子行进在日本的大街上，大街两旁挤满了观看“中国大员”的日本人。轿子接近李鸿章住宿的行馆时，突然从人群中冲出一个人，这人冲到李鸿章的红顶大轿前，左手抓住轿杆，右手举起手枪，对着李鸿章就是一枪，然后迅速逃离现场。李鸿章左颊中弹，血流满面，当场昏厥过去。
眼见主人遇刺，李鸿章的随员赶快将他抬回住处，随行医生立即对其进行详细检查，发现一颗子弹打中了左边颧骨，伤口在左眼下一寸左右的位置，卡在脸部的骨头缝里，法、德等国医生坚决反对手术，理由是既然这颗子弹对李鸿章眼睛的正常工作无碍，不如暂时留在体内。李鸿章毕竟见过大风大浪，当他苏醒之后，面对此情此景表现得异常镇静，首先嘱咐随员将换下来的血衣保存下来，不要洗掉血迹。面对斑斑血迹，73岁的李鸿章不禁长叹：“此血可以报国矣”。
日本官方得到消息后“大感震惊”。首相伊藤博文、外相陆奥宗光立即赶到李鸿章的行馆，天皇派来了御用医生，皇后派来的是两名女看护。这一事件的发生，使日方处于被动局面，谈判发生了转机。外国使臣在东道主国家遭到伤害，这有违国际礼仪。日本持不同政见者以及和李鸿章有过交往的文武官员和绅士，纷纷前来探望，馆驿门前人来人往，络绎不绝，许多国家的报纸都以头条新闻报道，给日本带来很大压力。
李鸿章从政几十年，周游世界各国，是一位经验丰富的外交家，他利用这个机会，指责日本的不道德行为和侵略行径，还向来访的官员和记者指点着他沾染鲜血的袍服说：我是中国的使臣，我流的这些血，都是为了大清帝国，只要是有益于国家，我丢了性命也在所不惜！有人劝他多休息几天再行谈判，他却激昂的表示，如今国难当头，达成合约是刻不容缓的事，岂能因个人安危，延误国家大事！他的这些表现，得到国际舆论的普遍同情。
行刺事件发生后，担任保卫任务的日本警察大惊失色，纷纷拔剑抽枪，冲向刺客。刺客迅速逃入路旁一家杂货店中，躲在柜台后面开枪拒捕，几经搏斗，终被擒获。行刺李鸿章的凶手，名叫小山六之助，21岁，是日本右翼团体“神刀馆”的成员。他不希望中日停战，更不愿意看到中日议和，一心希望将战争进行下去。他曾公开宣称：“日本放弃占领北京，是日本的耻辱，同中国讲和现在为时尚早”。所以决定借刺杀李鸿章，进一步挑起中日之间的矛盾，将战争进行到底。被捕后，作为国事犯受审，被判处无期徒刑。然而，1907年8月，小山六之助服刑仅12年，日本当局就以“在监狱表现好”为由，将其释放。
这一事件使日方处于困境，打乱了伊藤原来想要挟李鸿章，从而获得更大利益的计划。伊藤博文闻讯后气急败坏地发怒道：这一事件的发生比战场上一两个师团的溃败还要严重！日本天皇也感到非常头痛，不得不召开了御前会议，分析形势，研究对策。
28日，当伊藤博文再次来到李鸿章的驿所，告之日本天皇已下令停战时，李鸿章不禁喜出望外。他没有想到，几天来在谈判桌上口干舌燥没能取得的战果，竟然会因为自己的遇刺而实现。30日，中日停战条约签字。受刺杀李鸿章事件的影响，日本在和谈条件上稍有收敛，但对中国向日本赔款白银二亿两，割辽东半岛、台湾、澎湖列岛等条件表示不再让步。伊藤博文限李鸿章对和约草案做“允”与“不允”的答复。日方还以增兵再战进行恫吓，李鸿章等连发电报请示，光绪同意签约。
签订这一卖国条约的消息一传到中国，举国上下纷纷谴责李鸿章的卖国行径，使这个清朝鼎鼎大名的权臣名声一落千丈，威风扫地，处于十分难堪的境地。他从日本回国后，不敢进北京，只好称病留住天津。慈禧迫于舆论的压力，暂时革去他的一切职务。