邓世昌是殉国于黄海海战的北洋军将领中职务最高的一位。他的表现最为英雄，牺牲最为壮烈。对此，李鸿章专门把邓世昌的事迹上报光绪帝，请示给予特殊奖励。光绪帝接到奏折后，也被邓世昌的事迹打动，立即下令将邓世昌按提督例从优议恤，追赠太子少保，赐予“壮节”谥号。同时还破例赐予邓世昌一副挽联：“此日漫挥天下泪，有公足壮海军威”，并赋诗一首：“城上神威炮万斤，枉资巨寇挫我军。后来天道终许汝，致远深沉第一勋”。给予邓世昌以高度评价。
但是，由于当时参战的中日双方在海面上来往厮杀、纠缠混斗、炮烟弥漫，难以辨认。“当猛战时，两军舰旗帜俱毁，各不能辨其孰为敌舰，其略可识认者，仅在船之颜色形模”而已。加之“致远”号的官兵大部分战死，因而对“致远”舰的沉没原因和管带邓世昌牺牲的情形，仅靠旁观者的想像和叙述，未免不无出入，流传至今，说法各异。
邓世昌关于“致远号”沉没的情形，通常认为“致远”号是被鱼雷击沉的。《东方兵事纪略》中称：“致远药弹尽，适与倭船吉野值，……遂鼓快车，向吉野冲突。吉野即驶避，而致远中其鱼雷，机器锅炉迸裂，船遂左倾，顷刻沉没，世昌死之，船众尽殉”。另有《冤海述闻》也记载：“致远在阵中，因一敌船伤停车，深入追击之，为鱼雷所中”。而最近廖宗麟在《甲午海战中致远舰沉没真相》一文中提出新说，认为致远号是被日舰炮击而沉的。根据是：当时曾参加海战的镇远舰枪炮官曹嘉祥等人呈文称：“譬如致、靖两船，请换截堵水门之橡皮，年久破烂，而不能修整，故该船中炮不多时，立即沉没”。海军守备高承锡呈文亦说：“水师战船贵有铁甲，甲厚则船坚，交锋之际经战持久，不易沉没。如大东沟之役，超勇、扬威、致远皆因无甲，故中炮即透入机舱，进水沉没”。《清末海军史料》一书中选辑的日方资料《日清海战史》记载：“‘致远’忽出阵冲突‘吉野’，于是‘吉野’以纽状火药连弹装入快炮击之，密如雨下，三点三十分遂沉没”。
而邓世昌牺牲的情形到底如何？世人更是一直众说纷纭。比较流行的说法，似有如下三种：
第一种说法，主要以姚锡光《东方兵事纪略》和蔡尔康《中东战纪本末》记载为依据，认为在中日海战中，“致远”舰不幸被敌舰围攻，受伤累累，舰体倾斜，炮弹即将用尽，管带邓世昌临危不惧，沉着指挥，号召部下“从公卫国”、“置生命于度外”，“有死而已”，下令“鼓快车”，直冲敌人先锋队指挥舰“吉野”号，准备与之相撞，同归于尽。“吉野”号见势不妙，慌忙躲避。“致远”舰在日方快炮的密集进攻下，不幸又中鱼雷，致使舰身破裂，大量进水，“顷刻沉没”。邓世昌与全舰官兵壮烈殉国。此说主要以姚锡光《东方兵事纪略》和蔡尔康《中东战纪本末》为依据，电影《甲午风云》也是据此描绘的。
第二种说法，据池仲祐《海军纪实·邓壮节公事略》和《清史稿·邓世昌传》记载：当“致远”舰冲向“吉野”时，被“吉野”舰发射的一枚鱼雷击中，致使锅炉迸裂，舰体下沉，邓世昌和250名官兵同时落人滚滚的黄海波涛之中，临难之时，“有讽以自免者”，邓世昌却感慨地说：“吾志靖敌权，今死于海，义也。何求生为！”（池仲祐《海军纪实·邓壮节公事略》）舰进水后，他还立在水中怒骂敌寇。侍从刘忠把浮水梃（救生用具）向他投去，他拒不接受，此时，恰好有一艘中国鱼雷艇驶来，艇上水手高呼：“邓大人，快上扎杆！”邓世昌并不理会，铿锵有力地表示“阖船俱尽，义不独生”。他的随身爱犬游到身边，衔住他的胳膊，不让他下沉，也被他毅然推开，爱犬不忍离去，又衔住他的辫发。他望着血染的大海，发出长声的叹息，扼住犬首，一起沉入海底。
第三种说法，以1894年10月5日直隶总督李鸿章上皇帝《奏请忧恤大东沟海军阵亡各员折》和曹和济《律门奉使记闻》和《番禺县续志》为依据，则更为离奇。说邓世昌坠海之后，侍从刘忠用浮水艇援救，被他拒绝，后又被别舰将士奋力救起。但他目睹全舰荡没、官兵都身葬大海的惨状，悲痛欲绝，义不独生，于是再次投入大海，壮烈牺牲。
与此相似，还有一种民间传说，只是把救邓世昌上岸者改成了他的随身爱犬。传说邓世昌落水后，随身爱犬衔住他的衣服，不让他沉入海中。但他看到全舰官兵壮烈牺牲，誓不一人独存，便抱住爱犬同沉海中。爱犬不忍让主人漂流海上，便拖着主人奋力向上游去。它终于把主人拖上了岸。邓世昌苏醒过来后，发现自己躺在海滩上，爱犬依然守在身边，回想起曾经发生的一切，他义不独生，重又投入海中。爱犬见主人重投大海，也随之投海而死。
上述种种说法，孰是孰非，难以定论。第一、第三种说法均有当时当事人记载，特别是第一种说法流传甚广，散见各类著述。第二种说法虽然不见当时当事人记载，但也有声有色，并非无可信之处。因此，要得出最终结论，还有待学者们进一步探索、考证。
方伯谦被杀
中日甲午黄海海战结束不久，北洋水师济远舰管带方伯谦就以“首先退避”、“牵乱队伍”、“拦腰中撞扬威”三条大罪被正法于旅顺军前。方伯谦被杀是罪有应得，还是晚清又一桩冤案，至今仍是一个谜。
方伯谦（1852—1894），字益堂，福建侯官人。福州船政学堂第一期学生。1888年，北洋水师正式成军。1889年6月，李鸿章奏以方伯谦升署中军左营副将，委带“济远”舰。1891年5月，李鸿章第一次到威海检阅海军事竣，奏准以方伯谦办海军出力，赏给捷勇巴鲁图勇号。
光绪二十年（1894）9月17日，北洋水师与日本联合舰队在黄海展开激战，北洋海军“济远”管带方伯谦率舰先退。黄海海战结束后，丁汝昌向李鸿章电告接仗情形：“济远首先退避，将队伍牵乱，广甲随逃。若不严行参办，将来无以儆效尤而期振作”。李鸿章因而作出奏请：“兹据丁汝昌查明，致远击沉后，该管驾方伯谦即行逃走，实属临战退缩，应请旨将该副将即行正法，以肃军纪”。22日，清政府下令将方伯谦“撤任，派人看管候奏参”。23日，军机处电寄李鸿章谕旨：“本月十八日开战时，自致远冲锋击沉后，济远管带副将方伯谦首先逃走，致将船伍牵乱，实属临阵退缩，著即行正法”。24日凌晨5时，方伯谦被清廷以“临阵脱逃”之罪名在旅顺被斩首。
学术界传统的看法是，认为方伯谦被杀并非冤杀，而是罪有应得，因为：（1）方伯谦在战斗正在进行的时候就离开战场是不可否认的事实，根据北洋海军的有关章程，显然应该是“临阵逃亡，斩立决”，即使不存在将队伍牵乱的问题，被正法也是不冤枉的。（2）亲临现场的卢毓英手稿《卢氏甲午前后杂记》是济远舰先逃的佐证：卢氏在广甲舰里亲眼见到并记录了经远舰沉没的情形，而方伯谦在他的报告中对经远舰沉没这一重大事件却只字未提。可见，经远舰沉没的时候，方伯谦已经逃离了现场，而广甲舰是在经远舰沉没后才离开战场的。（3）济远舰是否因受重伤不能再战才退出战斗的？日本海军方面的材料对日舰和定远、镇远、来远、靖远、经远、致远等中方舰只的交战情况描写非常详细，偏偏没有对济远舰有所描述，说济远受伤如此严重值得怀疑。而且，济远舰处于队列的左翼，而海战的焦点却是在右翼。据此，学者认为，方伯谦是临阵先退，确系该杀。
对于这种传统的看法，有学者也提出了疑问，认为济远舰管带方伯谦在战后以“首先退避”、“牵乱队伍”，“拦腰中撞扬威”三条大罪被正法于旅顺军前，三条罪名并不成立，方伯谦被杀不是罪有应得，而是晚清一桩冤案。
坚持这一说法的学者指出，丁汝昌从电请参办方伯谦到对方伯谦的正法，只短短三天，且中间未经任何审讯。有人认为，李鸿章、丁汝昌以雷霆手段在这么短的时间内将方伯谦处死，其实质在于把方伯谦当作替罪羊，为李鸿章、丁汝昌的战败责任开脱。因为黄海战败，北洋海军的最高指挥者李鸿章难辞其咎，舰队提督丁汝昌也罪责难逃。为了脱罪，他们千方百计找替罪羊，炮制出诬蔑方伯谦的三条罪状，将战败责任全推在方伯谦头上。为了证明这一点，一些学者提出了以下理由：
其一，济远舰不是“首先退避”。济远舰是因在战斗中遭受日舰的炮击引起舰体大火而不得不于下午1时10分之后首先退出战场，这是事实，连李鸿章在处斩方氏之后，也不得不承认。真正“临阵退缩”者应是广甲舰吴敬荣。济远舰是在被4敌舰截击在阵外受围攻，激战三个小时之后，左翼的致远已沉，广甲惧逃，经远离阵自救，只剩济远一舰孤军作战，得不到主队的救援，又因船坏炮毁，人员伤亡严重，于危急情景下冲出重围西撤。从3时30分以后至5时30分，济远舰始终在战场上与敌舰周旋，且战且退，“战至日舰收队”。