20世纪60年代以前，大多数的研究者持洪秀全“服毒自杀”说。李秀成是后期太平天国的主要将领，洪秀全去世时，他在天京主持天京保卫战，对天王府的情况应该有较确切的了解。曾国藩刊刻的《李秀成自述》中，曾经谈到洪秀全的死因：“天王（洪秀全）斯时焦急，日日烦躁，即以四月二十七日服毒而亡”。而洪仁玕作为后期太平天国的主要领导人之一，在被清军捕获后曾写下《洪仁玕自述》，其后半部分中也称：“天王之自杀，更令全局混乱”。太平天国的老对手，湘军首领曾国藩在同年六月二十三日的奏稿中表示：“首逆洪秀全实系本年五月间，官军猛攻时，服毒而死”。同年七月初七日又奏称：“有伪宫婢者，系道州黄姓女子，即手埋逆尸者也，臣亲加讯问，据供，洪秀全生前，经年不见臣僚，四月二十七日因官军急攻，服毒身死，秘不发丧。而城里群贼，城外官兵，宣传已遍，十余日始行宣布”。根据上述资料，大多史家认为洪秀全系“服毒自杀”。郭廷以说洪秀全之死，“以服毒说为近真”；简又文在《太平天国全史》中指出，洪秀全自杀是“事实”；罗尔纲《太平天国史稿》根据《李秀成自述》内容，认为洪秀全“四月十九日服毒逝世”。
可以发现，持洪秀全服毒自杀说者，主要的根据是曾国藩刊刻的《李秀成自述》，曾国藩有没有可能出于某种目的对《李秀成自述》进行加工篡改？这样，《李秀成自述》原稿的发掘无疑成为了研究洪秀全死因的关键证据。
六十年代初，藏在曾国藩家中达一百多年的《湘乡曾八本堂·李秀成亲供手迹》正式影印发行，其中明确记述洪秀全是病死的：“此时大概三月将尾，四月将初之候，斯时我在东门城上，天王斯时已病甚重，四月二十一日（天历）而故”。“此人之病，不食药方，任病任好，不好亦不服药也。是以四月二十一日而亡……天王之病，因食咐露病起，又不肯食药方，故而死也”。有学者指出，这一记述与服毒自杀说相比应当更为可靠，因为曾国藩刊刻的《李秀成自述》，是经曾国藩篡改过的。曾国藩的幕僚赵烈文在《能静居士日记》七月初七日条中说：“中堂（指曾国藩）嘱余看李秀成供，改定咨送军机处，傍晚始毕”。曾国藩把李秀成供稿呈送军机处时曾说：“李秀成之供词，文理不甚通适，而情事真确，仅抄送军机处，以备查考”。由此可知，曾国藩所出示的李秀成供稿，是被“改定”过的，而非李秀成手稿。为什么曾国藩会“改定”李秀成的自述呢？研究者认为，由于他在此前的两份奏稿中，都谈及洪秀全自杀之事，所以把李秀成供词中洪秀全病死“改定”为自杀，应该在情理之中。而《洪仁玕自述》的后半部分中说洪秀全自杀，恐怕并不是洪仁玕的本意，因为后半部分是由外人译出，原稿已失。外人在翻译时受到《李秀成自述》刊刻本影响，是极有可能的。而且，值得注意的是，《洪仁玕自述》前半部分，是出自洪仁玕供词原稿，其中有“至今年四月十九，我主老天王卧病二旬升天”。此说应该较为可信。幼天王洪福瑱（洪天贵福）在“自述”中曰：“本年四月十九日，老天王病死了。二十四日（天历）众臣子扶我登极”。赵烈文《能静居士日记》五月初六日条记：“闻探报禀称，逆首洪秀全已于四月廿八日病死”。
可以说，自从《李自成亲供手迹》发行后，大多数学者都确信洪秀全是病死的。然而，解释仍有不同，有学者认为，洪秀全也可能病久不起乃服毒，或服毒后患病不起。因此，要想揭露洪秀全的真正死因，还需要挖掘更多的史实来加以证实。
李秀成投敌
同治三年（1864），清军攻破太平天国的京城，忠王李秀成保护幼天王洪天贵富突破重围，不久不幸被湘军俘虏，叛变投敌。忠王是真心投敌，还是另有别情？
同治三年（1864），清军攻破太平天国的京城，李秀成为了保护幼天王洪天贵富突破重围，不幸被湘军俘虏。在囚室中，李秀成写了洋洋数万言的《李秀成自述》，供认自己参加太平天国的历程。据此，李秀成多被视为晚节不保的叛徒，有一个时期，还把他当作政治上的批判对象而大加挞伐。不过，事实并不是那么简单的。
研究者首先对《李秀成自述》的内容真实性产生了怀疑。李秀成的自述完成之后，曾国藩命人删改誊抄一份上报军机处，而李秀成的亲笔原稿则被曾国藩私下保留了下来。曾国藩的幕僚赵烈文在《能静居士日记》七月初七日条中说：“中堂（指曾国藩）嘱余看李秀成供，改定咨送军机处，傍晚始毕”。那份誊抄的文本由九如堂刊刻发行，而被曾氏保留下来的原稿则深藏曾家密室，由曾国藩的后人保管，秘不示人。因为九如堂刻本《李秀成自述》是经曾国藩删改过的，所以不足为据。而李秀成的原稿，除曾家后人外，谁也没有见到。长期以来，人们不禁猜测：李秀成的原稿里到底有哪些内容呢，曾国藩为什么要删改李秀成自述呢？是确如曾国藩所说：“李秀成之供词，文理不甚通适，而情事真确，仅抄送军机处，以备查考”。还是供词中有不可告人之处？其中最引人注目的一种猜测就是，李秀成可能在原稿里劝曾国藩反清，自己做皇帝。如著名的史学家孟森就猜测，李秀成“可能以种族之见动曾，其时汉人已握实力，满人积威已替，不无动以取而代之说”。
为了解开这一个谜，1944年，在广西通志馆工作的吕集义先生千里迢迢来到湖南湘乡曾国藩老家，请求曾国藩后人把李秀成原稿拿出来看一看，以便和刊行本对照一下。曾氏后人先是左右推托，不肯出示。后来看到吕先生态度极为坚决，曾氏兄弟姐妹几个商量了数天，最终还是把李秀成原稿这个祖传秘宝搬了出来，但是有个条件，只许在曾家藏书楼里看，不能带走。吕集义“为人狂喜”，连续两天对照着刊行本进行紧张的补抄、改正。在工作时，“曾氏兄弟轮流守在桌旁，跬步不离；每当休息、吃饭，则必将原稿携入内室，扃之匣笥，护惜有逾珍宝”。吕集义抄补完毕后，还拍摄了稿本的照片十四页带了回来。
九如堂刻本原有二万七千多字，这次吕集义先生共补抄了五千多字，合计三万三千多字，并据此出版了《忠王李秀成自述原稿校补本》。罗尔纲先生就是根据吕氏的校补本和这十四张照片进行研究，写出了著名的考证著作《忠王李秀成自传原稿笺证》。吕集义和罗尔纲二人都认为，曾家所藏李秀成原稿是真迹无疑。主要的理由是：第一，从笔迹上看，曾家所藏“原稿”和李秀成的真迹是出自同一个人之手。当时参加审讯李秀成的庞际云藏有李秀成亲笔答词二十八字（现藏上海市文管会）。罗尔纲先生花了很大的功夫，一字一句，一点一撇地拿“原稿”和上述真迹相片对照，并且还征求了笔迹鉴定专家的意见，断定“原稿”是真品。第二，从内容上看，“原稿”将金田起义到天京陷落这十四年的每一个过程和细节都描述得非常清楚，很难想像会是曾国藩亲自捏造的。而且，“原稿”在称谓上多遵循太平天国的制度，也非曾国藩所能知道的。第三，“原稿”里用了很多李秀成家乡的方言，也绝非曾国藩等人所能伪造出来的。
吕、罗认为“原稿”是真迹的观点在很长的时间里似乎成为定论。但是到了20世纪60年代初，曾家所藏的这批“原稿”在台湾世界书局影印出版了，这个影印本的底本和吕集义所见的是一模一样的，这样，其他史学家才见到李秀成自述原稿的全貌。许多史学家由此提出了与罗尔纲不同的看法，认为这份“原稿”其实并不是李秀成的真迹，而是曾国藩伪造或删改后，让人模仿李秀成的笔迹炮制的。持这种观点的荣孟源先生所列的理由是：第一，根据其他史料，李秀成是每一天写若干页交给曾国藩的（共九天），按理说，每天写的最后一页一般总要空几行或几字，可“原稿”上每一天都写满最后一页纸、最后一行字，这恐怕不是偶然的；第二，“原稿”的字数和记载的字数不等。据记载，李秀成共写了五万字，而“原稿”只有三万三千字。如果另外一万多字是被曾国藩撕毁了的，那么，“原稿”的内容应该是不衔接的，然而，“原稿”却是前后内容完全相连；第三，“原稿”的用词该避讳的时候不避讳，不该避讳的地方却避讳了，如果偶尔笔误，还可以理解，而“原稿”在这方面的笔误却多得离奇。
但罗尔纲先生坚持自己的意见，认为荣先生并没有从笔迹鉴定等方面推翻他的论断，而笔迹鉴定是所有论据中最权威、最无可辩驳的。荣先生则认为，伪造笔迹古已有之，不足为证。双方谁也没有说服谁。那么，“原稿”笔迹是否和李秀成真迹是同出一人之手呢？不妨让聪明的读者自己判断一下。
问题是，即使“原稿”是李秀成的真迹，也还是不能判断李秀成是不是真的投降。对此，罗尔纲先生提出了李秀成“伪降”、“施苦肉计”这一大胆假设。他的理由如下：其一，“原稿”露出最少十二处破绽。例如，反复表白写“自述”是因感戴曾国藩兄弟的恩德；假造他与天王的不和而隐瞒天王对他的信任；虚构自己对清军的仁慈并且有意玷污自己等等；这些可能是李秀成“有所为而言”的，目的是要获得曾国藩的信任，以便相机行事。
其二，“原稿”里隐瞒了最重要的真相，以便误导曾国藩，保存太平天国的残余力量。太平天国首都天京失陷以后，李秀成掩护洪秀全的儿子幼天王冲出重围，他知道幼天王此时已经脱离了险境。但李秀成故意说幼天王“十六岁幼童，自幼至长，并未奇（骑）过马，又未受过惊慌，九帅四方兵追，定言（然）被杀矣”。此外，李秀成还隐瞒了太平天国其他主力的动向，隐瞒了天京城内还藏有大量太平天国的金银财宝的事实。如果李秀成是真心投降，完全可以出卖这些信息以邀功，但是他却没有这么干。
其三，从李秀成一生出色的功绩以及被俘后的英勇表现上推测，他不像是因为贪生怕死才投降的，一定是另有所图。
其四，当时的历史条件决定了李秀成的伪降是可行的和有前途的。曾国藩的湘军攻陷天京后，力量变得空前强大。而清朝的“中央军”已经被证明不堪一击。以曾国藩此时拥有的力量，是完全有可能推翻满清，自立为皇帝的。曾国藩的手下也多有劝他反清的。如此可以推测，李秀成也是有可能设计出一个深谋远虑的计划，先劝说曾国藩自立皇帝，然后再伺机恢复太平天国的事业。
其五，曾国藩后人的口碑旁证了李秀成伪降是为了劝曾国藩推翻清，自己做皇帝。曾家所藏李秀成自述原稿中有一万多字被撕毁，这一万多字里都写了些什么呢？不禁让人怀疑，可能就是李秀成劝说曾国藩反清的内容。对这样招引杀身之祸的东西，曾国藩当然要把它销毁得干干净净，以便死无对证。
后来，曾国藩的曾外孙女，北京大学西语系教授俞大缜向罗尔纲提供了这样一条重要的口碑：“我母亲曾广珊，是曾国藩的孙女。民国三十五年（1946）有一天，她在卧室内和家中少数几个人聊天，有人提起母亲出生的地方，说两江总督衙门就是现在的国民政府，过去是天王府。大概因为提到天王府，就提到了李秀成。大家随便闲谈。我没有注意具体内容，我已记不起了。事后母亲亲口对我说，‘李秀成劝文正公做皇帝，文正公不敢’。当时我没有认识到这句话的重要性，所以没有追问，现在万分后悔。几年后，我读了罗尔纲老先生所著《李秀成笺证》，才知道曾国藩把一部分李秀成的材料毁掉，再把母亲对我所讲的那句话联系起来，就恍然大悟，李秀成的确是想学三国中的姜维（伪降）”。俞教授还强调说：“我的母亲是虔诚的基督徒，决不说谎话的”。罗尔纲认为，曾广珊是有学问的妇女，不是一般的妇女，是不会作无稽之谈的。而且，她们是在自己家里谈自己家的事，决无任何目的在内，所以是极为可信的。因此，这个口碑正是一条千真万确地证明李秀成想学三国时的姜维伪降曾国藩的铁证。
忠王李秀成是真心投敌，还是另有别情？聪明的读者你有选择了吗？
石达开出走
石达开回京辅政，军事节节取胜，稳定了形势，极大地鼓舞了太平军的士气，安定了人心，使天国转危为安。然而，天国的形势稍微有了转机，洪秀全又开始把斗争的目光转向内部。石达开被迫出走。然而，他的出走是“另树一帜”，还是“远征报国”呢？