右军都督府
在京
虎贲右卫（调北京） 留守右卫（调北京） 水军右卫 武德卫（调北京） 广武卫
在外
云南都司
云南左卫 云南右卫 云南前卫 大理卫 楚雄卫 临安卫 景东卫 曲靖卫 金齿卫 洱海卫 蒙化卫 马隆卫（改云南右护卫，革） 平夷卫 越州卫 六凉卫 鹤庆千户所（革）
贵州都司
贵州卫 永宁卫 普定卫 平越卫 乌撒卫 普安卫 层台卫（革） 赤水卫 威清卫 兴隆卫 新添卫 清平卫 平坝卫 安庄卫 龙里卫 安南卫 都匀卫 毕节卫 黄平千户所
四川都司
成都左护卫 成都右护卫（后为龙虎左卫，隶南京左府） 成都中护卫（后 为豹韬左卫，隶南京前府） 成都左卫（革） 成都右卫 成都前卫 成都后卫 成都中卫 宁川卫 茂州卫 建昌卫（后属行都司） 重庆卫 叙南卫 苏州卫（后为宁番卫，属行都司，革） 泸州卫 松潘军民指挥使司 岩州卫（革） 青川千户所 威州千户所 大渡河千户所
陕西都司
西安左护卫（后为神武右卫） 西安右护卫 西安中护卫（后为神武前卫） 西安左卫 西安右卫（改西安中护卫） 西安前卫 西安后卫 华山卫（改西 安左护卫，又改神武右卫） 泰山卫（改西安右护卫） 延安卫 绥德卫 平凉卫 庆阳卫 宁夏卫 临洮卫 巩昌卫 西宁卫（后属行都司） 汉中卫 凉州 卫（后属行都司）庄浪卫（后属行都司） 兰州卫 秦州卫 岷州军民指挥使司 洮州卫 河州军民指挥使司 甘肃卫（后为甘州后卫） 山丹卫（后属行都司） 永昌卫（后属行都司） 凤翔千户所 金州千户所 宁夏中护卫 西河中护卫 （后改云南中护卫，革）
广西都司
桂林左卫（后为广西护卫） 桂林右卫 桂林中卫 南宁卫 柳州卫 驯象卫 梧州千户所
中军都督府
在京
留守中卫（调北京） 神策卫（调北京） 广洋卫 应天卫（调北京） 和阳卫（调北京） 牧马千户所（调北京）
在外
直隶
扬州卫 和州卫（后改为宁夏中屯卫，革） 高邮卫 淮安卫 镇海卫 滁州卫 太仓卫 泗州卫 寿州卫 邳州卫 大河卫 沂州卫 金山卫 新安卫 苏州卫 仪真卫 徐州卫 安庆卫 宿州千户所
中都留守司
凤阳右卫 凤阳中卫 皇陵卫 凤阳卫 留守左卫 留守中卫 长淮卫 怀远卫 洪塘千户所
河南都司
归德卫（后属中府） 陈州卫 弘农卫 汝宁卫（后改千户所，属中府） 潼关卫（后属中府） 河南卫 睢阳卫 宣武卫 信阳卫 彰德卫 武平卫（后属中府） 南阳卫 宁国卫（后为涿鹿卫，后属后府） 怀庆卫 宁山卫（后属 后府） 颍州卫 安吉卫（后为通州卫亲军） 颍上千户所 河南左护卫 河南中护卫 河南右护卫（三护卫后并彭城卫）