右军都督府
在京
留守右卫 虎贲右卫 武德卫（俱南京旧卫，永乐十八年分调）
在外
直隶
宣州卫（旧无，后设）
陕西都司（旧有阶州卫、沙州卫、灵山千户所，后俱革。）西安右护卫（旧泰山卫改）西安左卫 西安前卫 西安后卫 延安卫 汉中卫 平凉卫 绥德卫 宁夏卫 庆阳卫 巩昌卫 临洮卫 兰州卫 秦州卫
岷州卫旧军民指挥使司，嘉靖二十四年添设岷州，四十年革，（后存卫）河州卫（旧军民指挥使司）洮州卫 宁夏中护卫 甘州中护卫 安东中护卫 宁夏前卫（已下各卫旧无，后设）宁夏中卫 宁夏中屯卫（旧和州卫）宁夏左屯卫 宁夏右屯卫 宁羌卫 靖虏卫 固原卫 榆林卫 宁夏后卫（以花马池千户所改）兴安千户所（旧金州千户所，万历十年改）凤翔千户所礼店前千户所（以下各所旧设）沔县千户所 环县千万所 文县千户所 阶州千户所（旧属秦州卫，嘉靖二十二年改属都司）灵州千户所 西安千户所 西固城千户所，归德千所 镇羌千户所 安边千户所 平虏千户所 兴武营千户所 镇戎千户所 宁夏平虏千户所 秦府仪卫 司庆府仪卫 司肃府仪卫 司韩府仪卫 司宁夏群牧所 安东群牧所 甘州群牧所
陕西行都司（洪武十二年添设）
甘州左卫 甘州右卫 甘州中卫 甘州前卫 甘州后卫（已上陕西甘肃卫分设）永昌卫 凉州卫 庄浪卫 西宁卫 山丹卫（已上旧属陕西都司）肃州卫 镇番卫 镇夷千户所 古浪千户所 高台千户所
四川都司（旧有浦江关军民千户所，后革）
成都左护卫 成都右卫 成都中卫 成都前卫 成都后卫 宁川卫 茂州卫 重庆卫 叙南卫 泸州卫 利州卫（旧无，后设）松潘卫（旧为军民指挥使司，后改）青川千户所 保宁千户所 威州千户所 雅州千户所 大渡河千户所 广安千户所 灌县千户所（已下各所后设）黔江千户所叠溪千户所 建武千户所 小河千户所 蜀府仪卫 司寿府仪卫 司（革）寿府群牧所（革）
土官
天全六番招讨使司（属都司）陇木头长官司静州长官司岳希蓬长官司（已上属茂州卫）石砫宣抚司西阳宣抚司（已上属重庆卫）石耶洞长官司邑梅洞长官司（已上属酉阳宣抚司）占藏先结簇长官司蜡匝簇长官司白马路簇长官司发山洞簇长官司阿昔洞簇长官司北定簇长官司麦匝簇长官司者多簇长官司牟力簇长官司班班簇长官司祈命簇长官司勒都簇长官司包藏簇长官司阿思簇长官司思曩儿簇长官司阿用簇长官司潘斡寨长官司八郎安抚司阿角寨安抚司麻儿匝安抚司芒儿者安抚司（已上俱属松潘卫）叠溪长官司郁即长官司（已上属叠溪千户所）
四川行都司（旧无，后设。旧有建昌前卫，后革）
建昌卫（旧属四川都司）宁番卫（旧为苏州卫，属四川都司已下添设）会川卫 盐井卫 越巂卫 礼州后千户所 礼州中中千户所 建昌打冲河中前千户所 德昌千户所 迷易千户所 盐井打冲河中左千户所 冕山桥后千户所 镇西后千户所
土官
昌州长官司威龙长官司普济长官司（俱属建昌卫）马喇长官司（属盐井卫）邛部长官司（属越巂卫）
广西都司
桂林右卫 桂林中卫 南宁卫 柳州卫 驯象卫 南丹卫（已下添设）庆远卫 浔州卫 奉议卫 广西护卫 梧州千户所 怀集千户所 武缘千户所 古田千户所 贵县千户所 贺县千户所 全州千户所 太平千户所 象州千户所 平乐千户所 郁林千户所 宾州千户所 来宾千户所 富川千户所 容县千户所 融县千户所 灌阳千户所 河池千户所 武宣千户所 向武千户所 五屯々田千户所 迁江屯田千户所 靖江府仪卫司
云南都司（旧有鹤庆、通海二千户所，革）
云南左卫 云南右卫 云南前卫 大理卫 楚雄卫 临安卫 景东卫 曲靖卫 洱海卫 永昌卫（旧为金齿军民指挥使司）蒙化卫 平夷卫 赵州卫 六凉卫 云南中卫 云南后卫（已下后设）广南卫 大罗卫 澜沧卫（以澜沧军民指挥使司改）腾冲卫（以腾冲军民指挥使司改）安宁千户所 宜良千户所 易门千户所 杨林堡千户所 十八寨千户所 通海前前千户所 通海右右千户所 定远千户所 马隆千户所 姚安千户所 姚安中屯千户所 武定千户所 木密关千户所 镇安千户所（旧为金齿千户所，万历十三年改，驻守猛淋）镇姚千户所 （旧为永昌千户所，万历十三年改，驻守老姚关）永平前前千户所 永平后后千户所 腾冲千户所 新安千户所 凤梧千户所
土官
茶山长官司潞江安抚司凤溪长官司施甸长官司镇道安抚司杨塘安抚司（俱属永昌卫）蛮莫安抚司猛脸长官司猛养长官司（俱万历十三年改设）贵州都司（旧有层台、重安二千户所，俱革。旧有平伐长官司，后隶贵阳府。旧有平浪、九名九姓独山州二长官司，后隶都匀府。）
贵州卫 永宁卫 普定卫 平越卫 乌撒卫 普安卫 赤水卫 威清卫 兴隆卫 新添卫 清平卫 平坝卫 安庄卫 龙里卫 安南卫 都匀卫 毕节卫 贵州前卫 旧无，后设）黄平千户所 普市千户所 重安千户所 安龙千户所 白撒千户所 摩泥千户所 关索岭千户所 阿落密千户所 平夷千户所 安南千户所 乐民千户所 七星关千户所
土官
新添长官司小平伐长官司把平寨长官司丹平长官司丹行长官司（已上属新添卫）杨义长官司（属平越卫）大平伐长官司（属龙里卫）