二十五年春正月丙辰，朝鲜使来请援。二月丙寅，复议征倭。丙子，前都督同知麻贵为备倭总兵官，统南北诸军。三月乙巳，山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务。己未，兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。
夏六月戊寅，皇极、中极、建极三殿灾。癸未，罢修国史。秋七月癸巳，诫谕群臣。丁酉，诏赦天下。是月，杨应龙叛，掠合江、綦江。八月丁丑，倭破朝鲜闲山，遂薄南原，副总兵杨元弃城走，倭逼王京。甲申，京师地震。九月壬辰，逮前兵部尚书石星下狱，论死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款关请罪，诏授安南都统使。是年，琉球入贡。
二十六年春正月，官军攻倭于蔚山，不克，杨镐、麻贵奔王京。三月癸卯，赐赵秉忠等进士及第、出身有差。壬子，群臣诣文华门疏请皇长子冠婚，不允。
夏四月丁卯，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。壬申，京师旱，敕修省。六月丁巳，杨镐罢。戊午，中官李敬采珠广东。丙寅，张位罢。丙子，巡抚天津佥都御史万世德经略朝鲜。秋七月丙戌，中官鲁保鬻两淮余盐。八月丁丑，京师地震。
九月壬辰，免浙江被灾田租。冬十月乙卯，总兵官刘綎、麻贵分道击倭，败之。
董一元攻倭新寨，败绩。十一月戊戌，倭弃蔚山遁，官军分道进击。十二月，总兵官陈璘破倭于乙山，朝鲜平。是年，乌斯藏入贡。
二十七年春二月壬子，分遣中官领浙江、福建、广东市舶司。是月，贵州巡抚江东之遣兵讨杨应龙，败绩。三月己亥，前兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨杨应龙。夏四月甲戌，御午门，受倭俘。是月，临清民变，焚税使马堂暑，杀其参随三十四人。闰月丙戌，以倭平，诏天下，除东征加派田赋。己丑，久旱，敕修省。丙申，以诸皇子婚，诏取太仓银二千四百万两。户部告匮，命严核天下积储。六月己亥，杨应龙陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋八月甲午，陕西狄道县山崩。九月，土蛮犯锦州。
冬十月壬午，振京城饥民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖广田赋。戊子，贵州宣慰使安疆臣有罪，诏讨贼自赎。十一月己酉，免河南被灾田租。癸酉，振畿辅及凤阳等处饥。十二月丁丑，武昌、汉阳民变，击伤税使陈奉。戊子，振京师就食流民。是年，琉球入贡。
二十八年春二月戊寅，京师地震。丙戌，李化龙帅师分八路进讨播州。夏六月丁丑，克海龙囤，杨应龙自缢死，播州平。秋七月辛亥，旱，敕修省。八月辛未，慈庆宫成。丙子，罢朝鲜戍兵。九月甲寅，停刑。是秋，炒花犯辽东，副总兵解生等败没。冬十月辛未，贵州皮林苗叛，总兵官陈璘讨之。丙子，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月乙未，御午门，受播州俘。是年，两畿各省灾伤，民饥盗起，内外群臣交章请罢矿税诸监，皆不听。大西洋利玛窦进方物。
二十九年春正月壬子，以播州平，诏天下，蠲四川、贵州、湖广、云南加派田租逋赋，除官民诖误罪。是月，皮林苗贼平。二月甲戌，振大同、宣府饥。三月乙卯，赐张以诚等进士及第、出身有差。是月，武昌民变，杀税监陈奉参随六人，焚巡抚公署。夏四月乙酉，征陈奉还，以守备承天中官杜茂代之。五月，苏州民变，杀织造中官孙隆参随数人。六月，京师自去年六月不雨，至是月乙亥始雨。山东、山西、河南皆大旱。丁亥，法司请热审，不报。是夏，振畿内饥。秋九月壬寅，河决开封、归德。丁未，赵志皋卒。癸丑，振贵州饥。戊午，前礼部尚书沈鲤、朱赓并兼东阁大学士，预机务。冬十月己卯，立皇长子常洛为皇太子，封诸子常洵福王，常浩瑞王，常润惠王，常瀛桂王。诏赦天下。壬辰，加上慈圣皇太后尊号。十二月辛未，诏复朵颜马市。是年，琉球入贡。
三十年春正月己未，以四方灾异敕修省。二月己卯，不豫，召大学士沈一贯于启祥宫，命罢矿税，停织造，释逮击，复建言诸臣职。翼日，疾瘳，寝前诏。
甲申，重建乾清、坤宁宫。闰月丙申，复河套诸部贡市。戊午，河州黄河竭。三月甲申，腾越民变，杀税监委官。夏四月辛丑，振顺天、永平饥。五月乙亥，法司请热审，不报。秋七月辛巳，边饷缺，命严催积逋。是月，缅贼陷蛮莫宣抚司，宣抚思正奔腾越，贼追至，有司杀正以谢贼，始解。冬十月戊戌，振江北灾。丙辰，停刑。是年，琉球、哈密入贡。
三十一年春三月戊午，吏部奏天下郡守阙员，不报。是月，播州余贼吴洪等作乱，有司讨平之。夏四月丁亥朔，日有食之。五月丙辰，阁臣请热审，不报。
戊寅，京师地震。凤阳大雨雹，毁皇陵殿脊。是夏，河决苏家庄，北浸丰、沛、鱼台、单县。秋九月甲子，江北盗起。冬十月甲申，停刑。丙申，睢州贼杨思敬作乱，有司讨擒之。十一月甲子，获妖书，言帝欲易太子，诏五城大索。十二月丙戌，召见皇太子于启祥宫，赐手敕慰谕。
三十二年春二月壬寅，阁臣请补司道郡守及遣巡方御史，不报。三月甲子，乾清宫成。乙丑，赐杨守勤等进士及第、出身有差。夏四月辛巳朔，日有食之。
是月，浚泇河工成。五月癸酉，雷火焚长陵明楼。六月丙戌，以陵灾，命补阙官恤刑狱。丁酉，昌平大水，坏长、泰、康、昭四陵石梁。秋七月庚戌，京师大雨，坏城垣。辛酉，振被水居民。八月辛丑，群臣伏文华门，疏请修举实政，降旨切责。丙午，分水河工成。九月戊申，振畿南六府饥。闰月辛丑，武昌宗人蕴鉁等作乱，杀巡抚都御史赵可怀。冬十月甲寅，始叙平播州功。
是年，琉球、乌斯藏入贡。
三十三年春正月，重修京师外城。庚辰，银定、歹成犯镇番，总兵官达云击败之。夏四月辛亥，蕴鉁等伏诛。五月丙申，凤阳大风雨，毁陵殿神座。庚子，雷击圜丘望灯高杆。六月乙巳，以雷警，敕修省。秋八月己巳，停刑。九月甲午，昭和殿灾。丙申，京师地震。
冬十一月辛巳，免淮阳被灾田租。十二月壬寅，诏罢天下开矿。以税务归有司，岁输所入之半于内府，半户、工二部。丙午，免河南被灾田租。乙卯，以皇长孙生，诏赦天下。开宗室科举入仕例。罢采广东珠池、云南宝井。
三十四年春二月庚戌，加上皇太后徽号。辛亥，大学士沈鲤、朱赓请补六部大僚，不报。三月己卯，云南人杀税监杨荣，焚其尸。丁酉，真定、顺德、广平、大名灾，蠲振有差。夏四月癸亥，浚朱旺口河工成。五月癸酉，河套部犯延绥，官军击走之。六月癸卯，缅甸陷木邦。是月，畿内大蝗。秋七月癸未，沈一贯、沈鲤致仕。九月甲午，诏陕西严敕边备。冬十月丙申，停刑。十一月己巳，朵颜入犯，总兵官姜显谟御却之。十二月壬子，南京妖贼刘天绪谋反，事觉伏诛。是年，安南、琉球入贡。蒙古喀尔喀诸部悉归我大清。