三十五年春正月辛未，给事中翁宪祥言，抚、按官解任宜候命，不宜听其自去，不报。二月戊戌，安南贼武德成犯云南，总兵官沐睿御却之。三月辛巳，赐黄士俊等进士及第、出身有差。夏四月戊戌，银定、歹成犯凉州，副总兵柴国柱击走之。壬子，顺义王撦力克卒。五月戊子，前礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州大水。闰月辛巳，复河套诸部贡市。秋七月庚子，京师久雨。刑部请发热审疏，不报。八月丙寅，振畿内饥。九月甲午，停刑。冬十月癸酉，山东旱饥，蠲振有差。十一月壬子，于慎行卒。十二月，金沙江蛮阿克叛，陷武定，攻围云南，别陷嵩明、禄丰。安南贼犯钦州。是年，琉球入贡。
三十六年春正月，河南、江北饥。二月戊辰，京师地震。夏六月己卯，南畿大水。秋七月丁酉，京师地震。郴州矿贼起。八月癸亥，治云南失事诸臣罪，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿下狱，论死。庚辰，振南畿及嘉兴、湖州饥。九月甲午，四川巡抚都御史乔璧星奏擒阿克于东川，贼平。冬十一月壬子，朱赓卒。
十二月戊午，再振南畿，免税粮。是年，琉球入贡。
三十七年春三月辛卯，拱兔陷大胜堡，游击于守志战于小凌河，败绩。己酉，大学士叶向高请发群臣相攻诸疏，公论是非，以肃人心，不报。夏四月，倭寇温州。秋九月癸卯，左都御史詹沂封印自去。丁未，停刑。是秋，福建、浙江、江西大水。湖广、四川、河南、陕西、山西旱。畿内、山东、徐州蝗。冬十二月己巳，留畿内、山东诸省税银三分之一振饥民。徐州贼杀如皋知县张藩。是年，日本入琉球，执其国王尚宁。哈密入贡。
三十八年春三月癸巳，赐韩敬等进士及第、出身有差。夏四月丁丑，正阳门楼灾。辛卯，以旱灾异常，谕群臣各修职业，勿彼此攻讦。辛丑，振畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥。五月，河南贼陈自管等作乱，有司讨擒之。
冬十月辛丑，停刑。十一月壬寅朔，日有食之。丁卯，以军乏饷，谕廷臣陈足国长策，不得请发内帑。是年，乌斯藏入贡。
三十九年春二月庚子，河套部敌犯甘州之红崖、青湖，官军御却之。夏四月，京师旱。戊子，怡神殿灾。丙申，设边镇常平仓。五月壬寅，御史徐兆魁疏劾东林讲学诸人阴持计典，自是诸臣益相攻击。广西、广东大水。六月，自徐州北至京师大水。是夏，停热审。冬十月丁卯，户部尚书赵世卿拜疏自去。甲申，停刑。
阁臣请释轻犯，不报。是年，暹罗入贡。
四十年春二月癸未，吏部尚书孙丕扬拜疏自去。三月丙午，振京师流民。夏四月丙寅，南京各道御史言：“台省空虚，诸务废堕，上深居二十余年，未尝一接见大臣，天下将有陆沈之忧。”不报。五月甲午朔，日有食之。秋八月，河决徐州。九月庚戌，李廷机拜疏自去。冬十月甲申，停刑。是年，琉球中山王尚宁遣使报归国。
四十一年春正月庚申，谕朝鲜练兵防倭。三月癸酉，赐周延儒等进士及第、出身有差。夏五月己巳，谕吏部都察院：“年来议论混淆，朝廷优容不问，遂益妄言排陷，致大臣疑畏，皆欲求去，甚伤国体。自今仍有结党乱政者，罪不宥。”
六月乙未，卜失兔袭封顺义王。秋七月甲子，兵部尚书掌都察院事孙玮拜疏自去。
九月壬申，吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。庚辰，吏部尚书赵焕拜疏自去。是年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东大水。乌斯藏入贡。
四十二年春正月乙丑，总兵官刘綎讨建昌叛蛮，平之。二月辛卯，慈圣皇太后崩。己酉，振畿内饥。三月丙子，福王之国。夏四月丙戌，以皇太后遗命赦天下。六月甲午，葬孝定皇后。秋八月甲午，礼部右侍郎孙慎行拜疏自去。癸卯，叶向高致仕。是年，安南、土鲁番入贡。
四十三年春正月乙丑，徐州决河工成。三月丁未朔，日有食之。夏五月己酉，蓟州男子张差持梃入慈庆宫，击伤守门内侍，下狱。丁巳，刑部提牢主事王之寀揭言张差狱情，梃击之案自是起。己巳，严皇城门禁。癸酉，召见廷臣于慈宁宫。
御史刘光复下狱。甲戌，张差伏诛。六月戊寅，久旱，敕修省。秋七月己酉，振畿内饥。甲戌，停刑。闰八月庚戌，重建三殿。丁巳，山东大旱，诏留税银振之。
丁卯，河套诸部犯延绥，官军御之，败绩，副将孙弘谟被执。冬十月辛酉，京师地震。十一月戊寅，振京师饥民。
四十四年春三月辛未朔，日有食之。乙酉，赐钱上升等进士及第、出身有差。
是春，畿内、山东、河南、淮、徐大饥，蠲振有差。夏四月戊午，河南盗起，谕有司抚剿。六月壬寅，河套诸部犯延绥，总兵官杜文焕御却之。丁卯，河决祥符朱家口，浸陈、杞、睢、柘诸州县。秋七月乙未，河套部长吉能犯高家堡，参将王国兴败没。是月，陕西旱，江西、广东水，河南、淮、扬、常、镇蝗，山东盗贼大起。冬十月丁未，停刑。十一月己巳，隆德殿灾。
四十五年春二月戊午，以去冬无雪，入春不雨，敕修省。三月辛未，镇抚司缺官，狱囚久系多死，大学士方从哲等以请，不报。乙亥，振江西饥。夏五月丙子，久旱，再谕修省。六月丙申，畿南大饥，有司请振，不报。是月，阁臣法司请热审，不报。秋七月癸亥朔，日有食之。丁卯，吴道南以忧去。是年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东灾。暹罗、乌斯藏入贡。
四十六年春二月乙巳，振广东饥。夏四月甲辰，大清兵克抚顺城，千总王命印死之。庚戌，总兵官张承胤帅师援抚顺，败没。闰月庚申，杨镐为兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月壬午，京师地震。是夏，有司请热审，不报。秋七月丙午，大清兵克清河堡，守将邹储贤、张旆死之。八月壬申，海运饷辽东。
庚辰，乃蛮等七部款塞。辛巳，停刑。九月壬辰，辽师乏饷，有司请发各省税银，不报。辛亥，加天下田赋。乙卯，京师地震。冬十一月甲午，以灾异敕修省。十二月丁巳，河套部长猛克什力来降。是年，土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
四十七年春二月乙丑，经略杨镐誓师于辽阳，总兵官李如柏、杜松、刘綎、马林分道出塞。三月甲早，杜松遇大清兵于吉林崖，战死。乙酉，马林兵败于飞芬山，兵备佥事潘宗颜战死。庚寅，刘綎兵深入阿布达里冈，战死。辛丑，赐庄际昌等进士及第、出身有差。夏四月癸酉，盔甲厂灾。六月丁卯，大清兵克开原，马林败没。癸酉，大理寺丞熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。
甲戌，廷臣伏文华门，请发章奏及增兵发饷，不报。秋八月乙卯，山东蝗。癸亥，逮杨镐。九月庚辰，停刑。戊子，百官伏阙，请视朝行政，不报。冬十月丁巳，振京师饥民。十二月，再加天下田赋。辛未，镇江、宽奠、叆阳新募援兵溃。是年，暹罗入贡。
四十八年春正月庚子，朝鲜乞援。三月庚寅，复加天下田赋。夏四月癸丑，皇后王氏崩。戊午，帝不豫，召见方从哲于弘德殿。秋七月壬辰，大渐，召英国公张惟贤，大学士方从哲，尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵，侍郎孙如游于弘德殿，勉诸臣勤职。丙申，崩，年五十有八。遗诏罢一切榷税并新增织造诸项。九月甲申，上尊谥，庙号神宗，葬定陵。