赵昺之所以这次敢如此大手笔改革朝堂机构，不怕众大臣与自己急，其实，这也与他平时的做法分不开的。这几年来，赵昺按着社会的发展需要，总要在每年设立一个或几个新增部门。刚开始时，大家还有点看法和意见，但赵昺每次新增一个部门都有自己充足的理由。各大臣们慢慢也就懒得再和赵昺争执，反正你家的天下，你愿意多设官吏，大家也乐得有机会做官拿俸禄。
赵昺其实是温水煮青蛙，慢慢新增一些部门，就是为了这最后的一锤子砸下来，为最终的机构改革创造条件。等大家都习惯了赵昺的作法，然后，再来个猛药，彻底打破原有的机构部门，重新整合，让朝廷变得更有生气，更有活力，更有效率，从而也摒弃了原有不足之处，而且还能防止冗官现象的发生。
而且，赵昺从一开始，就把跟随自己南钓而来的众多官员，以现今朝堂过小，大家只能轮流到地方上任责，从基层做起。明的是给那些闲官找点事做，暗中却是培养他们管理的能力，也培养他们养成紧密联系下层百姓，多做具体事的良好习惯。经过这些年的轮流交换到各地做官，许多过去只会夸夸其谈、五谷不分、五体不勤，**成性的官员，变成了能吃苦，会办事的官员，也明白了最基层存在的问题和解决问题的方法，而且有许多官员成了真下的实干家。
现在，赵昺认为水到渠可成的时机，借着这次元朝内部纷乱之时，借机反攻大陆。这样，赵昺把这些事交待下去，把各部门的职能讲清楚，谁该干什么，哪些事是谁应该负起责任的，都写得明明白白。除非大的事情才交给朝堂商讨后，最后由皇帝用印处理，别的事情，是哪个部门的职权范围内，哪个部门的首脑人物只需按照职权和条例最终处理、决策就可以了。这样，赵昺把权力下放，自己也能落个轻松。
当然了，这次的机构改革，一定会引起纷扰的，还会有许多人极力反对的。但赵昺已懒得去管这事，他只需要率领军队，拿下闽广地区，用强大的军事胜利来冲淡大家的注意力，同时，也用军事上的胜利来去撑自己，震摄那些有想法的大臣，以便自己强势实行自己的政治目的，也为将来政治制度的改革打下良好的基础。
其实，赵昺的机构改革，也就是拿了后世的政府部门，按各部门的职能来制定的。当然，在这样的时代，也不可能全部照搬，所以，他还是在某些部门有所改变的。
对于后世各国的政府机构和政府职能及宪法要点，赵昺知道，在当今的宋朝，全盘照搬是完全行不通的。不论是君主立宪，三权分立，还是后世的中国体制，放在眼下的大宋，肯定会乱成一团糟。他现在只想着如何能更好地维护好自己的权力，又能减轻自己的负担，而且还能行之有效地把这个国家管理好。于是，他结合后世先进国家的政府机构及职能，决定还是把孙中山的五权宪法去掉一个，先试着搞个四权宪法，就是立法权、行政权、司法权、监察权，各自独立运作并互相监督制衡。
这样，赵昺按这个思路，终于炮制出一套自己的体系来，打乱了宋朝一代的中央体制，重新设立中央各部门的机构和职能。
早先，赵昺就提出了军政分离一说，但在实际的操作过程中，军队虽说自立一体，可是，朝堂政事对军队的干涉还是很严重的。这次他再一次明确提出了军政分离，特别设立大宋军事委员会，直接对皇帝负责，皇帝成了名副其实的军队首领。这次他也不再称自己为三军总司令，干脆就按后世的叫法，搞个军委主席，由自己的担任。
大宋军事委员会下设国防部、总参谋部、总后勤装备部、宪兵部。
国防部相当于兵部，作为军事管理系统，负责军事外交、兵役、军事训练、国防教育等工作，仍由凌震任部长。
总参谋部相当于枢密院，作为作战指挥系统，平时负责为作战部队制订作战计划，实施作战指导，统一军队兵种作战训练原则，不过问军事管理事务。通过朝廷制定战略目标后，由总参谋部下达作战计划，实行总体战场指挥和监督。总参谋长仍由张世杰担任。总参谋部下设军情处，由江宗杰负责，除了给总参谋部提供情报外，直接由赵昺领导。
总后勤装备部负责后勤保障工作，管理“大宋军工研究所”的武器装备计划和研发，以及将士的军饷及各种抚恤金的发放。这个部门是个肥缺，暂时由赵昺全权负责。
宪兵部主要负责军纪的整顿和对将士的监督作用，平时各级军队中都要有宪兵部的人员坐镇。他们没有作战任务，负责纠察、军纪、军功评审记录和对将士们的心理疏导工作，相当于后世的指导员，属文职人员，没有指挥权，只有建议权。在宪兵部下设有军事法庭，在军队中具有执法审判之权利。这个部的部长由宋理宗的驸马都慰、谢道清的侄儿杨镇辅助赵昺管理。杨镇曾经也是个作战勇敢之人，而且有从龙之功，只因为是内戚，一直被冷藏着。赵昺对其调查很久，觉得这个人性格耿直，办事公正，没有多少私欲，放在这个位置上，赵昺还是放心的。
军队，赵昺知道在这非常时期，一定要牢牢把握在手中，他可以直接发布战争命令。具体以后时局稳定后，再如何改革，那是后话了。
剩下的就是四权宪法中的立法权、行政权、司法权、监察权四个机构。
行政权当然要由国家最高政府来执行，赵昺设立国家事务机关，称着国务院，由文天祥任国务院总理。国务院是最高国家行政机关，亦是最高国家权力机关“大宋全民议会”的执行机关。下设外交部、教育体育部、科学技术部、工业部、财政部、预算审计部、建设部、交通部、水利部、农业部、商务部、文化宣传部、卫生部、大宋银行。
另设公安部和国安部。
前者护维社会治安秩序、进行执法过程中的刑侦、审询、执行、预防、制止和侦查违法犯罪活动；管理交通、消防、户籍、出入境事务和外国人在中国境内各项活动；平时有警卫、治安保卫职能。属于武装团体。
后者对内监督百官，反间谍，对外收集情报，分化瓦解策反敌对力量内部人员，颠覆敌国政府等等。这两个部门互不统属，完全对皇帝负责。这个部门还是由江璆负责。
立法权的执行者是大宋全民议会。议会长由陆秀夫担任。按照赵昺制定的规则，这个全民议会，由士农工商各团体人士组成，各占五分之一，剩余的五分之一由其他人员组成。当然，由基层的普选来决定人员，时机并不成熟，也会遭到现在朝中各大臣玩命的反对。但赵昺把这个事交给了陆秀夫，让他先行从各行各业中以推荐和挑选的形式组织人员，其实还是为将来的普选做准备，反正就让陆秀夫去头疼吧。赵昺想到把愁苦的事交给自己的老师，小良心也是难受了许久。
大宋全民议会以大宋原有法律为基准，首先要制定出最符合大宋全体国民权利的条款，然后在此基础上制定法律条列，最准由相关人员通过后，皇帝批准，才能实行。
司法权由大宋最高法院执行。
最后的监察权就交给了新成立的都察院。其职能除了具有后世的检察院职责外，还专司纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。
这两院独立于国务院，和国务院属平级机构。这样，也避免了各级政府机构权力过重，而且又能互相监和制约。
当然了，赵昺也不会做孤家寡人，他给自己搞个秘书处，负责起草文件，诏书，整理文件等等工作，让自己变得更有时间统筹规化总体大局。
这样一来，各部门专司其职，按制定好的规则进行管理，属于自己管辖的事务，直接处理完毕，不用上报，只需定时汇总后报由秘书处，由赵昺审阅查询。只有制定新的政策或各部门无法、无权处理的大事，才交由赵昺处理。如此一来，赵昺把权力下放，自己落个轻松自如。有大臣反对，他还振振有词地说：“太祖与士子共治天下，这就是让你共治天下的时候。要不，搞这么多的官干么？就是为了替朕干活呀。”
何公公读完了赵昺的小册子，然后又让人给会议庭里所有的人人手一本，让他们学习。其实根本不用学习，下面的人早就吵成一锅粥了。
赵昺也知道会有这样的反应，但是，他今天是强势推行自己的一套做法，什么祖宗之法不可变，就让他见鬼去吧。他现在需要的是有一场军事上的胜利，依靠这场胜利来转移人们的注意力，依靠这场胜利来奠定自己不可动摇的地位，堵住各位反对者的嘴。
对于赵昺来说，海南岛不大，所以，他可以把握住军队后，可以想干自己的事，但如果他现在还是如过去宋朝那样统治着大陆，那他的这些改革，势必要触动一些人的利益，这些人的利益是很复杂的，有传统的东西，也有家族的东西，更有群体的共同利益存在。
但现在，给赵昺的机会，就是一个不大的地方，放眼就能看清整个社会，哪里有什么动静，他马上就会一清而楚，这也避免了信息流通过程中的延时性。所以，他把握住了军权，就不怕别人有非分之想，就能巩固自己的统治，而不怕别人造反。如果在以前辽阔的大地上，自己被禁固在宫中，消息不畅，即使真的哪里发生了叛乱，等自己知道了，人家早就整合完毕，可以集中精力和你对着干了。
而现在的海南岛，巴掌大个地方，就是真的有谁想在下面搞个叛乱，首先你得有众多的追随者。这地方的人口就那么多，关键是民心在赵昺这里，你不可能裹携着众多的下层人民跟着你去造反，就是真能裹携了他们，赵昺也不怕，民心在自己这边，自己的军队过去后，那些被裹携的人战力不足，决心不坚，也就是一群乌合之众，这样的叛乱，那纯粹就是笑话。
所以，有了这样的社会根基，赵昺才敢大方地进行自己想要得到的改革，而且还能强制性的执行下去。一旦一个新的制度或政策被执行，不论开始如何，只要有了成效，人们就会认可，有了认可，就会变得得习惯，一旦习惯了，就变成了一种定式，那时，就想再改回来，那也是很费力气的。所以，赵昺现在的改革，就是两种方式，一是温水煮青蛙，不知不觉中慢慢改动，如朝中各大部门的设立，今天新增一个，明天又添一个，让你不知不觉中就认可了这些部门的存在，等一旦你离不开这些部门时，再想着去取消他，那就又是一场新的革命了，是很难的。二则就是一些政策性的东西，只要利民利国，让你说不出反驳的话来，赵昺就雷利风行地去执行，甚至强势执行。这些新政策那都是后世最先进的最有效的政策，一旦实行下去，那效果是很明显也很迅速的。这样的东西被人承认后，你还想着重新去否定它们，那不外乎如同否定人们习惯的传统一样的难。
现在朝政对于赵昺来说，他不懂，需要慢慢学习。再说，他还是个孩子，从传统上来说，自有杨太后垂帘听政，也不需要他去做什么，他只是个象征，有他也可，无他也可。朝中事自有朝中人来管理，不需要他多事，他也懒得去管这些政事，他只需定好了方向，定好了政策，然后放手让朝廷去管就可以了。
不过，赵昺也有强势的时候，就是一些不涉及到一些人利益的政策，甚至是能给这些人带来利益的政策，他是必须要按自己的意愿去处理，这样的事绝对没得商量。如军队的改革，新式武器的发明及运用，经济制度的改革。还有今天政府机构的改革。
反正地盘小，自己能说了算。
当有些人提出来，如此一来，这皇帝做的是否也太省心了吧？什么事都不用管了？赵昺就会在朝堂上质问大臣，当官是为了什么？为皇上减负，那就多干些，各部门分管的事，只要是法律法规和政策制定好的条例内，各部门有权处理。只有关系到国家政策走向，关系国计民生生死存亡的大事时，赵昺才出手进行调解和处理。这样，赵昺的工作就轻松了许多，他只需在人事任免上，政策发布和法律制定并实施时，签字负责就可以了。这样，他就可以有大量的时间进行自己现在急需要做的事。