用于堆积发酵的原料分两种类型，一类是粉碎料或粒状料，如棉籽壳、废菌糠、木屑等；一类是非粒状料或秸秆状原料，如麦秸、稻草等。
对原料的处理也有两种方法，一是全部采用粉碎料堆制，如果配方中的原料都是粉碎料，那就省去了粉碎的工作，如果其中有秸秆状原料，可用机械将其打碎成粒状，再与其他粒状原料混合堆制；二是整草不经过粉碎，只将配方中的草料铡成短节状或直接采用整草，再和其他原料混合堆制。第一种方法的优点是简便快速，将所有原料放在一起拌匀即可发酵；第二种方法省去了原料粉碎工序，但发酵时间稍慢，而且对堆制操作有一定要求，对于无粉碎条件的栽培者来讲也可采用。粉碎料堆制发酵除拌料较为简便、翻堆较为省力及发酵时间较短外，对发酵条件的具体要求和秸秆料是一样的。