近年来，我国沿海频繁发生大面积赤潮，主要原因与工农业废水和生活污水的大量排入海洋、海水养殖业的扩大、沿海开发程度的提高所导致的海域富营养化越来越高有关；同时，也与国际海运的发展导致有害藻类的引入有关。
为防止赤潮发生，以下几点应当引起我们的注意：
（一）控制污水入海量，防止海水富营养化。海水富营养化是形成赤潮的物质基础，沿海地区人口密集，工农业生产较发达，每年都有大量的工业废水和生活污水排入海中。而且，随着经济的进一步发展，污水入海量还会增加。因此，必须采取有效措施，严格控制工业废水和生活污水向海洋超标排放。按照国家制定的海水标准和海洋环境保护法的要求，对排放入海的工业废水和生活污水要进行严格处理。海水养殖应积极推广科学养殖技术，加强对养殖业的科学管理，减少养殖废水对海洋环境的污染。
（二）建立海洋环境监视网络，加强赤潮监视。仅凭国家和有关部门力量，对海洋进行全国监视很难做到。各主管海洋环境的单位，沿海广大居民，渔业捕捞船，海上生产部门和社会各方面力量要积极参与，开展专业和群众相结合的海洋监视活动，扩大监视海洋的覆盖面，及时获取赤潮和与赤潮有密切关系的污染信息。
（三）改善水质和底质生活环境。在赤潮多发区，养殖某些海藻吸收富余的氮和磷，可以减少赤潮的发生。在日本，还有利用海底耕耘机在有机物堆积的底泥上拖曳，使底泥翻转，促进有机物分解，达到改良底质的目的等。应用黏土改良和底质环境；撒播石灰，可起到促进有机物分解、改善底质、抑制磷释放、防止水体营养化、灭菌消毒和防止发生硫化氢等作用。此外，海洋清洁剂也可作为净化水质和底质的改良剂。
（四）减缓海水养殖业自身对海洋生态环境的影响。由于人工养殖主要靠投饵，而残饵的长期积累和腐败分解，会提高水体的营养盐浓度，尤其是网箱养殖易于导致富营养化的发生和有毒甲藻的大量繁殖。因此，应选择一些水质有净化能力的养殖品种进行多品种混养、轮养和立体养殖，充分利用水体的合理开发等。
（五）发现赤潮后的措施。一旦发生赤潮现象，发现者应以文档、拍照、摄像等方式记录赤潮发生的时间、地点、海况（气温、气压、风向、风速）、水色，赤潮区域范围和鱼贝类活动情况，并及时就近报告当地海洋管理部门。渔民在发现赤潮后，不应在该水域进行捕捞和采集生产，也不宜在赤潮发生水域进行游泳和其他水上活动。水产养殖区关闭取水口，赤潮发生区和可能影响范围的养殖网箱应及时转移。为了便于判断赤潮的影响，建议发现者及时采集赤潮样品。采集赤潮水域的水体500mL，用5%~8%的甲醛溶液固定（在采样瓶中加25毫升左右的甲醛溶液），同时采集赤潮发生水域的野生贝类或养殖贝类，低温保存，尽快就近送交有关科研单位分析鉴定。