随着沿海地区经济的快速发展和海洋资源开发力度的加大，对海洋环境保护的压力将会越来越大。因此，在大力开发利用海洋资源的同时，必须重视对海洋环境的保护，促进海洋资源开发利用的持续发展。
开发与保护并举
在开发保护海洋资源方面，主管部门要通过海洋资源的价值核算和评价，对海洋资源实行有偿使用，利用价格体系调节海洋资源的供求关系，尽可能保证海洋资源的持续利用。在保护海洋环境方面，要集中控制陆地上污染物的排放，强化盐田、海水养殖池废水、石油开采、拆船和海洋运输过程中废物排放的管理，维护海洋的生态平衡和资源的长期利用。逐步实施重点海域污染物排海总量控制制度。改善近岸海域环境质量，重点治理和保护河口、海湾和城市附近海域，继续保持未污染海域环境质量。加强入海江河的水环境治理，减少入海污染物。加快沿海大中城市、江河沿岸城市生活污水、垃圾处理和工业废水处理设施建设，提高污水处理率、垃圾处理率和脱磷、脱氮效率。限期整治和关闭污染严重的入海排污口、废物倾倒区，妥善处理生活垃圾和工业废渣，严格限制重金属、有毒物质和难降解污染物排放。临海企业要逐步推行全过程清洁生产。加强海上污染源管理，提高船舶和港口防污设备的配备率，做到达标排放。海上石油生产及运输设施要配备防油污设备和器材，减少突发性污染事故。实施谁污染谁治理的环境问责制度，优化海洋环境保护的法治化进程。
海洋资源的开发利用相对陆地资源而言，难度和风险更大、综合性更强、对科学技术的依赖性也会更大。海洋资源从调查、观测、勘探、开发利用到管理的各阶段，都是科学和技术运行过程的结果，要不断采用先进的科学技术，实施科技创新，提高海洋资源开发和科学管理的总体技术水平、规模和效益。
优化结构与科技创新
实施海洋开发战略，必须合理利用海洋资源。我国的八大海洋产业中，海洋捕捞业、海洋交通运输业和海盐及海洋化工业等传统产业发展早，聚集的劳动人口多，有些产业生产技术落后，低水平盲目发展造成资源破坏严重，自身的生存环境日趋恶劣。调整产业结构，改造传统海洋产业，大力发展海洋油气业、海洋医药、海洋旅游业等新兴产业，已成为海洋开发的重要政策命题。同时，应注重优化海洋资源配置，积极培育可以深化海洋资源综合利用的高技术产业，促进深海采矿、海水综合利用、海洋能发电等潜在海洋产业的形成和发展。
众所周知，海洋产业结构不同，对海洋资源的依赖程度和对环境的影响程度也会不同。一般来说，从海洋第一产业到第三产业，对海洋资源依赖程度和对环境的影响程度是在逐渐减弱的。我国的海洋产业结构一直在以第一产业为主，因此应根据我国海洋资源与环境的特点，调整海洋产业结构，逐步降低第一产业在海洋经济中的比重，提高第二、三产业的比重，重点发展油气开采、海滨旅游、水产养殖、远洋交通运输；积极发展观测服务、海洋药物、海水资源利用；努力开展海底采矿、海洋能利用，提高第二产业在海洋产业中的比重。海洋产业的效益应从经济、社会、环境三个方面综合考虑。因此，要重视海洋资源的综合利用，以高新技术改造海洋传统产业，推动海洋产业经济结构的调整与产业升级，促进新兴产业发展。
管理海洋资源
当务之急，应加大执法力度，理顺海洋管理体制。近20年来，我国先后公布实施了《中华人民共和国海洋环境保护法》等法律、法规二十几项，为加强海洋资源开发与综合管理打下了基础。但也应该看到，随着海洋经济的发展，有些法律、法规在执行上显得滞后。应根据海洋经济的发展，切实执行《中国专属经济区和大陆架法》、《海洋岛屿开发管理法》、《海洋资源开发管理法》等海洋法律。同时，还要加快与国际法接轨，扩大海洋立法方面的国际合作与交流，尽快完善我国海洋资源开发与管理的法律体系。此外，应加强海上执法队伍建设。面对我国300万平方千米的海域面积，我国应加大投资，组建一支适合中国国情的、现代化的、综合一体化的执法队伍，增强执法合力，提高执法效率，优化海洋资源开发与管理的法治化机制，真正做到依法治海。
保护海洋环境和资源
为了全面掌握中国海域海洋资源、环境状况，国家海洋局会同有关部门和沿海各省开展了全国海岸带和海洋资源综合调查和多次海洋环境污染基线调查。同时，建立起以国家海洋环境监测中心、海区环境监测中心和海洋环境监测站为主体的国家海洋环境监测系统及其业务技术支持体系；组织并领导了由沿海省、自治区、直辖市、国务院有关部门监测机构组成的全国海洋环境监测网，为海洋环境监督管理和沿海经济建设作出了应有的贡献。
中国的海洋环境保护工作贯彻预防为主、防治结合的方针。环保部门、海洋部门、海事部门、渔业部门按照法律分工，加强了对陆源污染、海洋倾废、海洋石油勘探开发、船舶排污的控制与管理，为防治海洋环境污染，遏制环境恶化势头，做了大量的工作。我国建立并实施了海洋工程建设项目环境影响评价制度，有效防止了工程建设对海洋环境的污染和损害。
为加强海洋倾废管理，我国不断完善倾废管理制度，积极履行《1972年伦敦倾废公约》。到目前为止，我国已建立了38个海洋倾倒区，对海洋倾废活动进行了规范，有效地控制了海上倾废活动对海洋环境造成的污染。
我国重视海洋渔业资源和渔业水域环境的保护，专门制定了《渔业水质标准》，建立了休渔区、休渔期和限量捕捞制度，重点对产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道和养殖场进行了保护。
国务院各有关部门和沿海地方人民政府加强了对海洋生态环境的保护，国家海洋局颁布了《海洋自然保护区管理办法》。目前已建立各种类型海洋自然保护区59个、海洋特别保护区2个，为保护典型海洋生态系统和生物多样性做出了贡献。
为实施依法治国的伟大方略，扭转海洋环境恶化趋势，我国修订了《海洋环境保护法》。新法的颁布实施标志着中国海洋环境保护工作进入了一个新的阶段。目前，我国已建立起较完备的海洋环境保护法规体系和较完整的技术标准体系，为依法管海、护海提供了法律保障。
针对渤海资源与环境问题日趋严重的状况，国家海洋局从1996年开始，开展了对渤海综合整治的研究，现正在国家计委的指导下，会同有关部门编制“渤海综合整治规划”，力争用20年左右的时间使渤海的资源与环境功能得到恢复。
海洋资源可持续利用
所谓海洋资源的可持续利用，是指在海洋经济快速发展的同时，做到科学合理地开发利用海洋资源，不断提高海洋资源的开发利用水平及能力，力求形成一个科学合理的海洋资源开发体系；通过加强海洋环境保护、改善海洋生态环境，来维护海洋资源生态系统的良性循环，实现海洋资源与海洋经济、海洋环境的协调发展，确保海洋资源生态环境的永续发展。