在日本富士湾和鱼津分别发现了赤杨和柳杉的海底古森林，已被列为国际自然遗迹。赤杨只有4棵，距今八九千年；柳杉才有十几棵，距今2000年。而我国深沪湾的海底油杉，从年代、规模、数量方面均可与之比美。国内外的专家、学者对此有极大的兴趣，且多次前往考察、研究。在海外的泉州、晋江籍华侨也为故乡有此珍宝而骄傲。深沪湾海底古森林遗迹自然保护区的真正价值将逐步被世界所认识，成为人类宝贵的自然历史遗产。
内伶仃岛——福田自然保护区
广东内伶仃岛——福田自然保护区建于1984年10月，1988年5月晋升为国家级自然保护区，总面积约921.64公顷，它由内伶仃岛和福田红树林两个区域组成。其中，福田红树林区域是全国唯一处在城市腹地、面积最小的国家级森林和野生动物类型的自然保护区。
内伶仃岛内伶仃岛保护区位于珠江口内伶仃洋东侧，处在深圳、珠海、香港、澳门之间，总面积约554公顷，最高峰尖峰山海拔340.9米。内伶仃岛峰青峦秀，翠叠绿拥，秀水长流，保存着较完好的南亚热带常绿阔叶林。植物种类繁多，有维管植物619种，其中白桂木、野生荔枝等为国家重点保护植物；野生动物资源也十分丰富，主要保护对象为国家二级保护兽类猕猴，总数达900多只，此外还有水獭、穿山甲、黑耳鸢、蟒蛇、虎纹蛙等重点保护动物。
湛江红树林
湛江红树林保护区建于1997年，保护面积20278公顷，是中国最大的红树林湿地保护区。这个保护区并不是一个单独的保护区域，而是由散布在广东省西南部雷州半岛1556千米海岸线上72个保护小区组成，这些保护小区由红树林群落、滩涂以及相关的潮间带栖息地组成。保护区于2002年加入《拉姆萨公约》，成为国际重要湿地。自2001年起，中、荷两国政府通过中、荷合作红树林综合管理和沿海保护项目（以下简称IMMCP项目），对该保护区及其海岸带自然资源实施保护和管理。IMMCP项目协助保护区恢复和保护红树林湿地以及相关沿海自然资源，项目涉及许多内容，重点是红树林的恢复、保护、教育和共管等方面。
大洲岛海洋生态自然保护区
大洲岛国家级海洋生态自然保护区大洲岛国家级海洋生态自然保护区，位于海南岛东部沿海，在万宁县境内，面积70平方千米。是国务院于1990年9月批准建立的国家级海洋类型自然保护区。主要保护对象是金丝燕和海岛海洋生态系统。大洲岛是珍贵的燕窝生产鸟类——金丝燕的长年栖息地。燕窝是十分名贵的补品和药品，被历代皇帝列为贡品，素享“东方珍品”和“稀世名药”的盛誉。
三亚珊瑚礁自然保护区
三亚珊瑚礁三亚珊瑚礁自然保护区于1989年建立，1990年被批准为国家级海洋自然保护区，总面积8500公顷。三亚珊瑚礁自然保护区属于三亚市沿海区，以鹿回头、大东海海域为主，包括亚龙湾、野猪岛海域，以及三亚湾东西玳瑁岛海域，总面积40平方千米，保护对象为珊瑚礁及其生态系统。保护区属珊瑚礁海岸，位于天然海湾内，海水盐度年变化范围为33.4‰～33.8‰，水温年变化范围为23.6℃～29.3℃。海浪破坏作用小，海水交换充分，浅水区大，污染小，有机质含量丰富，基质坚硬，是珊瑚生长的良好场所。
我国海洋特别保护区
中国的海洋特别保护区，是指对具有特殊地理条件、生态系统、生物与非生物资源及海洋开发利用特殊需要的区域采取有效的保护措施和科学的开发方式进行特殊管理的区域。海洋特别保护区分为国家级和地方级，其中具有重大区域海洋生态保护和重要资源开发价值、涉及维护国家海洋权益及其他需要申报国家级的海洋特别保护区，列为国家级海洋特别保护区，报国家海洋局批准。迄今全国共有15处国家级海洋特别保护区。
南通蛎蚜山牡蛎礁海洋特别保护区
蛎蚜山地处南黄海沿岸，位于海门东灶港东南约4千米，面积3.5平方千米，因盛产牡蛎而闻名。蛎蚜山东西长1.43海里，南北宽0.9海里，处在南黄海潮间带，由牡蛎活体和各种海洋生物构成。其神秘之处在于入水为礁出水为山，被当地人称为“沉浮山”。经中科院南京地理所、南京师范大学及浙江大学等有关专家实地考察论证，一致认为蛎蚜山是中国唯一、世界罕见的海洋奇观，具有极高的科考和旅游开发价值，距今已有1690年历史。
连云港海州湾海湾生态与自然遗迹海洋特别保护区
连云港海州湾地处南北气候过渡带，是国际鸟类迁徙通道的重要接点，是我国海洋生物南北分布的界限。国家批准建立的海州湾海湾生态与自然遗迹国家级海洋特别保护区，规划总面积490.37平方千米，具有繁多的海洋生物资源、独特的海蚀地貌以及特殊的基岩岛礁与海洋自然遗迹资源等，海洋资源开发和生态环境保护价值显著。
嵊泗马鞍列岛海洋特别保护区
马鞍列岛为舟山群岛最北端的岛群，处于舟山渔场中心位置，总面积549平方千米，其中岛礁面积19平方千米。这里海域辽阔，海洋资源种类繁多，构成了以丰富的海洋生物资源、独特的岛礁自然地貌和潮间带湿地为主体的岛群海洋生态系统，具有极大的开发研究和保护价值。
根据保护区建区总体规划，项目总投资4.2亿元，分近、中、远3期进行，时间为2005~2020年。保护对象为海洋生态系、珍稀濒危生物（中华白鳍豚、中华鲟等国家一级保护动物；水獭、穿山甲等国家二级保护动物；长须鲸、宽吻海豚、江豚、斑海豹、儒艮、海獭等）、水产资源（石斑鱼、厚壳贻贝、羊栖菜等）、旅游景观（花鸟灯塔、东海第一桥、山海奇观摩崖石刻、礁岩与石景保护点及沙滩等）。
昌邑海洋生态特别保护区
山东昌邑海洋生态特别保护区位于昌邑市北部堤河以东、海岸线以下的滩涂上，总面积2929.28公顷，于2007年10月底获得国家海洋局批准建立，主要保护以柽柳为主的多种滨海湿地生态系统和各种海洋生物。保护区内生物种类繁多，有天然柽柳林面积达2070公顷，植被茂盛，其规模和密度在全国滨海盐碱地区罕见，具有极高的科学考察和旅游开发价值。
柽柳是可以生长在荒漠、河滩或盐碱地等恶劣环境中的顽强植物，是最能适应干旱沙漠和滨海盐土生存、防风固沙、改造盐碱地、绿化环境的优良树种之一。每到春天，保护区内柽柳郁郁葱葱，草坪如茵，繁花似锦，十分美丽。每年5月柽柳开始抽生新的花序，直到9月的几个月内，区内一片花海，老花谢了，新花又开，三起三落，绵延不绝，与其他海岸风光比较自有一种截然不同的别致风情。
该保护区内还有芦苇、盐地碱蓬、荻和其他多种草类；有野兔、獾、狐狸、黄鼬、狸猫等野生动物。
东营黄河口生态国家级海洋特别保护区
该保护区位于垦利县境内，规划面积926平方千米，分为生态保护区、资源恢复区、环境整治区和预留开发区4部分，重点监控黄河口水域生态环境和河口海区海洋生物资源。
保护区将分3期建设。一期工程计划投资300万元，主要用于保护区基础设施建设与配套，对黄河口负3米等深线以外海域进行生态环境的整治和修复，建设926平方千米黄河口生态海洋特别保护区；二期工程计划用5年时间（2011~2015），进一步改善保护区的管护条件，完善各项管护和开发措施，基本实现保护区的良性运行；三期工程为2015年以后的长期规划，通过优化管理和开发措施，提高保护区的利用价值，建成环境优良、资源丰富的保护区，为当地海洋经济的可持续发展服务。
东营河口浅海贝类生态国家级海洋特别保护区
东营河口浅海贝类国家级生态海洋特别保护区位于山东东营市河口区的滩涂及浅海海域，总面积3962平方千米，以黄河口文蛤、浅海贝类及其物种多样性为主要保护对象。
黄河口文蛤是我国的重要经济贝类，具有很高的经济和食疗药用价值，成品主要出口日本、韩国。但近年来随着海洋开发的加快及近海捕捞强度的增大，黄河口文蛤资源日渐减少，捕捞产量递减。该保护区通过一系列保护和管理措施，对文蛤实行繁殖季节保护，严格限制采捕规格，消除和减少该区域点面源污染和干扰，加强环境质量监测，严格查处违法违规排污、倾倒废弃物等行为，使贝类的栖息环境得到恢复和改善，产量得到增加，水质和底质质量均达到国家一类标准。
东营莱州湾蛏类生态国家级海洋特别保护区
特别保护区位于东营区莱州湾西岸广利河以北、青坨沟以南海域，为多种贝类的栖息和繁衍地，其中蛏类资源尤为丰富。随着渔业海岸工程、油田开发、海洋工程建设以及近海捕捞强度增大，蛏类等资源赖以生存的生态环境严重受损，生态失衡，致使该地区传统的小刀蛏、大竹蛏和缢蛏等蛏类资源生物量衰减，分布海区日趋缩小，而且个体呈小型化。特别保护区建设后，区内蛏类等生物资源和生态环境得到了有效保护，减少了人类活动的干扰。特别保护区总面积21024公顷，包括生态保护区、资源恢复区和适度开发利用区，主要保护对象为蛏类及其栖息地生态环境。
威海刘公岛海洋生态国家级海洋特别保护区
刘公岛及其周边海域属于典型的海岛生态系统，岛上旅游资源丰富，不仅自然风光优美，素有“海上仙山”和“世外桃源”的美誉，还是中日甲午战争的纪念地、著名的爱国主义教育基地，融爱国主义教育基地和海岛风光历史文化遗迹于一身。刘公岛森林覆盖率达87%，1992年被国家林业局公布为“国家森林公园”，远望松涛翠柏，近观鹿群结队，是避暑、度假、疗养的理想之地。刘公岛周边海域则盛产海参、三疣梭子蟹、鲳鱼、比目鱼、海带等，是一方不可多得的海洋“沃土”。国家海洋局根据《中华人民共和国海洋环境保护法》和《海洋特别保护区管理暂行办法》的有关规定，同意建立威海刘公岛海洋生态国家级海洋特别保护区。在这一海域建立保护区，对加强海洋生态环境保护，积极探索海洋资源的可持续开发利用，有着积极的作用。
珊瑚礁的生态价值
珊瑚礁千姿百态，美不胜收，历来是珍贵的观赏、装饰工艺品，同时它在维护海洋生态平衡方面也发挥着重要作用。
它能维护海洋生物多样性，珊瑚礁的生物多样性最为丰富，它为各种海洋生物提供了理想的居住地。它能保护海岸线，珊瑚礁能保护脆弱的海岸线免受海浪侵蚀，健康的珊瑚礁就像自然的防波堤一般，约有70%～90%的海浪冲击力量在遭遇珊瑚礁时会被吸收或减弱，而珊瑚礁本身会有自我修补的力量，死掉的珊瑚会被海浪分解成细沙，这些细沙丰富了海滩，也取代已被海潮冲走的沙粒。它能维持渔业资源，许多具有商业价值的鱼类都由珊瑚礁提供食物来源及繁殖的场所，礁坪可以养殖珍珠、麒麟菜、石花菜和江蓠等。它能减轻温室效应，珊瑚在造礁过程中，通过体内虫黄藻，吸收大量二氧化碳，从而减轻了地球的温室效应。