自药师佛的经典在中国译出来后，药师信仰遂在中国展开，日趋兴盛。人们信奉药师佛能够医治百病，解除各种顽疾苦痛，消灾延寿，因此我国历史上社会各阶层对药师佛的信仰都很盛。同时，又因为早期中韩、中日佛教文化交往密切，药师信仰也在韩日二国逐渐蓬勃起来。在许多大寺院的大雄宝殿中，药师佛与释迦牟尼佛、阿弥陀佛常被供在一起，合称为“横三世佛”。释迦佛左边的即代表东方琉璃世界的药师琉璃光佛。除大雄宝殿供奉外，还常专为药师佛单设“药正殿”。药师佛的典型造像为左手持钵，内盛甘露，右手持药丸，但常常只是取其姿态，而不塑出钵与药丸。与药师佛同住在东方净琉璃世界的日、月光遍照二菩萨，与药师佛合称“东方三圣”，又称“药师三尊”。二位菩萨象征着从东方升起的太阳和月亮，喻示着光明普照、众生得以解脱的希望。
药师信仰同早期药王菩萨信仰发展有关，但药师佛救济世间疾苦的观念，在早期的原始佛教和部派佛教中就已存在，巴利文经典中就多次提及释迦佛为大医王，以法药为大众治病。一切佛都是毗卢遮那佛的化身，即是说十方三世诸佛就是一位佛。南怀瑾先生认为，要真正了解《药师经》，就必须先从《法华经》的第二十三品药王菩萨本事品入手，此外还需配合第五品药草喻品、第七品化城喻品、第十品法师品深入了解，将这四品参透。如果不了解这四品的真义，就永远不会懂得《药师经》的修持。
药师法门着重于现世的福德成就，对现实人生的生活幸福有着重要意义和价值。在这样一个五浊恶世，人们因为福报少了，多生病，且生一些怪病，而药物也因人心的不正而多是假药，而没有太大效用。而药师佛则有大利益，他的十二大愿不仅是利益众生的，同时也是告诫众生要以此为榜样而修学，在现世成就慈悲济世的善行，成就解救众生疾苦的慈善事业。
第一大愿：“愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身；令一切有情，如我无异。”药师佛爱人如己，自己有了圆满的智慧和福德，也愿众生都与自己一样幸福自在。
第二大愿：“愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。”药师佛慎终追求，不忘先人。他身相圆满，而且能度幽冥众生，与地藏菩萨相近，因此东方的药师佛不仅能延生，也能为亡者提供帮助。
第三大愿：“愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。”药师佛发愿多多为社会创造财富利益众生，从而使这个社会变成更为幸福美好。
第四大愿：“愿我来世得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。”药师佛教化众生，使众生不再愚昧，从而利益社会和大众。
第五大愿：“愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。”药师佛利乐众生，使未能守好五戒的众生而将受苦的人能认识到自己的责任和义务，并帮助他们守好自己应守的规范，从而获得幸福。
第六大愿：“愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦。闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。”药师佛帮助众生脱离病苦，赠药与人，协助做义诊，看护病人，帮助病人，使人无诸疾苦。而日光菩萨则是如同光明一样照亮众生的心，让人脱离邪见和愚痴的种种过失。而月光菩萨则如月光一样给人清凉，给在烦恼和病苦中的众生带去一份凉爽。
第七大愿：“愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属、资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提。”药师佛帮助贫苦无依，疾病缠身的穷苦人，使他们得到安乐。
第八大愿：“愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。”药师佛发愿关心弱势群体，关心妇女，使她们能得到心志的坚强，而得和男子一样的自在和平等。
第九大愿：“愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。”药师佛发愿帮助无知，持邪见的人，出离魔网而安立在菩提正道上，即多宣扬佛法，阐明佛理，得乐众生。
第十大愿：“愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。”药师佛发愿帮助和关怀牢狱中的众生。
第十一大愿：“愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之。”
第十二大愿：“愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、华鬘、涂香、鼓乐、众伎，随心所玩，皆令满足。”
第十一大愿和十二大愿即是发愿多做慈善事业，来帮助众生，利益众生。庄严国土，利乐有情。
人的愿力不可思议。菩萨的愿力更不可思议。由此十二大愿，药师佛又被称为十二愿王。药师佛的大愿多与社会的慈善事业相关，这也从一个方面说明社会要变成更美好，就需要人们认识到社会的福利来源于人们的相互奉献，来源于人们以善心来做慈善事业。这个是人类生存的一个最根本的追求，如果人的现生不幸福，却希望寄托来生，则有点不现实，因为活着不幸福，又怎么能在死后幸福呢？因而圣人神道设教，无非是让人在现世得到安乐，活得幸福，离苦得乐。因而人间的幸福是每个人都应关心的事，是自己应努力实现的事，这也是自利利他的一个途径。而且人也只有在关爱他人的幸福中才能得到自己的幸福，在从事慈善的工作中得到心灵的安乐，这也是大乘佛教的基本精神所在，是佛教的菩提心思想。在这种奉献中人能得到幸福，也能在奉献中得到人生的智慧，实现生命的圆满。
饶益一切有情戒
天下一切众生没有不自私的，所以永远成不了菩萨，也成不了佛。只求利益一切众生，不求利己，才是真正的菩萨，做到“饶益一切有情戒”才能成佛。
——《药师经的经世观》