人们对扁桃体熟悉的程度，几乎不亚于心、肺、胃、肠和肝。这是因为这对位于悬雍垂（小舌头）两侧的腺体（腭扁桃体），经常会发炎、肿大，惹了不少麻烦。当人们着凉、淋雨、过劳或较长时间失眠后，扁桃体便会发炎，因而出现咽痛和发烧等症状；同时扁桃体肿大，重者还会化脓。尤其麻烦的是，一部分人得扁桃腺炎之后，还会得风湿热、风湿性关节炎及急性肾炎等后果严重的疾病。甚至有些研究报告还认为，胆囊炎、银屑病（即牛皮癣）及类风湿性关节炎等病亦与扁桃体炎的致病菌——A组溶血性键球菌感染后所引起的变态反应有关。正因为这样，历来对经常发炎的扁桃体，多采取索性摘除、一了百了的治疗方针；甚至有人主张，为了防止这两个表面凸凹不平的“细菌窝”惹祸，即使现在尚未发炎，也应干脆摘掉。
然而，近些年来，由于免疫学的迅速发展，人们发现扁桃体是人体重要免疫器官之一，属于外周淋巴样组织，可以产生具有免疫活性的T和B淋巴细胞，能中和和消灭许多病原体产生的多种毒素。同时，这些淋巴细胞入血后，还能杀死细菌，增强机体免疫力，甚至还能阻抑某些种类癌症的发生。此外，据研究，扁桃体还可以分泌1种帮助食物消化的酶和1种能调控糖代谢的激素。所以，一些学者主张尽可能地保留扁桃体，而不可轻率地加以摘除。
一些调查研究的结果提示，摘除扁桃体并没有明显的预防感冒、喉病和上吸呼道感染的效果。例如：英国学者们对3万名小学生的感冒、咳嗽和喉痛的发生率进行了统计对比，其中摘除扁桃体的与保留扁桃体的各占一半。结果是两者间没有显著差异。所以，这些学者们认为，常规切除扁桃体既无道理，亦无预防效果。美国的医学权威兰伯特博士的态度尤为明朗——他认为，为了预防感冒和保持健康而摘除扁桃体的做法是“现代医学上的一个错误”。他还列举了由扁桃体摘除术引起肺脓肿、细菌性心内膜炎及手术直接导致死亡的情况。
然而，国内外某些学者的意见，与兰伯特博士大相径庭。他们对因扁桃体炎反复发作而摘除扁桃体的儿童的手术前后的免疫学检验指标做了对比观察。结果显示。血清免疫球蛋白和淋巴细胞转化率，术前术后均波动于正常值范围；而且术后细胞免疫功能似乎有所改善。这些学者们因此认为，在儿童时期摘除扁桃体并不会损害机体免疫系统的完整性，亦不会降低机体的免疫活力。
总之，关于是否摘除扁桃体的学术争论是一场实质性学术争论，意见分歧较大，短期内尚难统一。不过，人们对摘除扁桃体的态度确实慎重了，除非反复发炎且已引起其他严重疾病，否则应争取保留扁桃体。