第三节 明清时期的三一教
在林兆恩死后，其弟子开始在各地传播三一教，主要有陈标、张洪都和卢文辉三支。在这三支之中，以卢文辉这一支最为重要，一则因为卢文辉是林兆恩所选定的接班人，被门人称为“夏心尼氏统承中一三教嫡传大宗师”，在门徒中有较大的影响；二是因为他们传教所在的区域是以三一教的中心区域——莆田和仙游——为中心的，主要集中在福建省内各地，而这也是林兆恩生前主要倡教的地方，由于历史和文化的原因，当地人对林兆恩和三一教认同度比较高，所以也容易接受三一教的影响。
这一系统以卢文辉为林氏的嫡传门人，作为林兆恩的直接的、真正的继承人（实际上这也是林兆恩在世时所指定的接班人），卢文辉死后由其弟子陈衷瑜继承，陈衷瑜之后为董史。董史为清初人，因此，卢文辉一系也在这个时期基本上可以认为是三一教的正统，这一系的发展状况，也基本上代表了三一教在明清之际的发展状况。
关于卢文辉的基本情况，前文已经述及，此处不赘言。根据陈衷瑜和董史的《嫡传卢子本行》记载，林兆恩生前确定卢文辉为其接班人是非常具有神秘色彩的：教主寓榕之借借室，持斋七日，求一人为之传道。及晨，忽欣欣然，喜曰：“吾传道有人矣！”问何人。教主曰：“有卢姓者，传吾道也。”门下未有卢姓者。
唯泉郡有人姓卢，闻之而喜，谓其子曰：“三教之传，不在我将在尔矣！”竟不然。后数年，教主又入榕求卢子，尚未之见。回莆而吟曰：“茫茫天地一闲身，寄迹榕州今几春？日暮潮平沙欲合，隔江还有未归人！”时卢子赘于榕，乃为室林氏病，入莆求教。一闻心法，遂大契悟，歆然惟道是求。林氏遂殁，教主曰：“无忧也，子今其可以学吾之道乎？”于是笃信力行，不屑以青矜为桎梏，每有所得，不惮二十里即以见教主，虽一日两遭，不自知其为数数也。教主知其为大器，可以付大任。
卢文辉成为林兆恩的接班人，这是林兆恩自己选定的。而根据《实录》的记载，则明显具有神秘色彩，这自然也是宗教本身的需要。因为卢文辉是林氏的接班人，林氏在世之时就有着很高的威望，“王公贵胄介素慕教主而不克见者，无不执贽于嫡传门下。诸如同门之士，知道统之所属，亦无不北面事之”。在门人之中，卢文辉可谓得三教之真传。万历三十六年（1608），卢文辉建祠于涵江之瑶岛，被门人称之为“大宗”，其在教内的地位也就可见一斑了。嘉靖四十一年（1613），卢文辉重整“授经堂”，名曰“结经馆”，中塑林兆恩像，而卢文辉像则配祀，这表明卢文辉在三一教内仅次于林兆恩的地位完全确立。万历四十五年（1617）卢文辉去世，确定陈衷瑜为其传人。
根据《再传陈子本行》记载，陈衷瑜，字汝经，道号聚华子，莆田醴泉里柳营（今北岸秀屿镇）人，门人称其为“三教再传弟子”、“明道开教继承中一三教再传大宗师”。16岁入卢文辉门下，万历三十七年（1609）奉卢文辉命纂《三教龙华醮祷》、《兰盆科仪》、《忏悔科仪》，完善了三一教的醮典科仪制度，著有《明道要言》、《明道要论》、《立本忏修》、《陈子会规》等等。陈衷瑜之成为三一教的再传弟子，比之卢文辉则更具有神秘色彩。陈衷瑜的父亲陈显（字念斋），为林兆恩的门人，万历十二年（1584）和黄芳等人一起在马峰为教主建祠，这是三一教最早的祠堂，此后门人建祠也就成为了一种普遍的现象。陈衷瑜的母亲黄氏乐善好施，十数年间，陈显夫妇行诸种善事，可惜年老未有子。为此曾经求嗣于林兆恩，“教主授念斋公以《正宗遗书》百篇，公不解其意。教主曰：‘汝之后当为我成之。’”黄氏随即感而有娠，七月而生衷瑜。在这种宗教色彩之下，陈衷瑜似乎注定要成为三一教的接班人：（万历四十五年十一月）二十四日，衷瑜作疏，忽心惊不能坐定，乃直回涵江以见卢子。而卢子端然危坐，指衷瑜曰：“道统中一之传，今在吾子矣。子其勉之矣！”咐嘱毕，遂拱手而归。
卢文辉死后，陈衷瑜在涵江、东山、嵩东、尚阳，以及福州之鳌峰、金鼎各地倡教，并且重新修订三一教经典。于清顺治十二年（1655）卒于涵江瑶岛祠，葬于嵩东。
陈衷瑜临死之前，确立董史为其传人，“吾功成果满，三教重任已付之董生”。董史，字直庵，福清尚阳（今福清新厝）人，被门徒称为“三教三传弟子”，著有《林子门贤实录》、《东山集草》，主要在福建等地传教。
由卢文辉而至陈衷瑜，再到董史，被认为是三一教的嫡传一脉，为三教之正统。经由卢文辉、陈衷瑜的编辑，最后经董史修订而成的《林子本行实录》（附卢文辉、陈衷瑜本行），充分反映出了三一教作为一种宗教形态所具有的神秘化和制度化。卢、陈、董这一系对于三一教发展的贡献也就在于此：一则对林兆恩本身进行神化；二则完善了三一教的各种科仪制度。这两条也是三一教作为一种真正的宗教形式所必需的，因此可以说他们是三一教宗教化的完成者。
就神化林兆恩而言，这一点在《林子本行实录》中可以得到明显的印证。在林兆恩死后，教徒们神化林氏，并将其作为偶像来进行膜拜，这是宗教发展的必然。
在林氏弟子们所撰写的关于林兆恩的行实之中，除了林兆珂的《林子年谱》，无不从这个原则出发的，“目录蚀真，风闻袭误，神其事则可骇可愕”，如朱逢时的《三教先生年谱》“传林子成道，九族升天”，翁曜《林子年谱》“载事甚详，中有却病祭天狗数条，非林子大中至正之学也，且叙事多粗鄙”，黄胄《豫章真师记》谓“晋世都仙，许公谶云：‘吾仙去之后，千二百四十年，龙沙遘八百真之会，其师出于豫章。’或指江西，殊不知神仙隐语，实为吾师林先生产莆阳。莆城少樟树，惟乌石山一樟，不知其几百年前所生也。……（兆恩）建堂于樟之前，树大合抱有余，垂生如活龙，遮堂而过之，自根复生三支直上，其大各一抱余。奇哉！一干三枝，其诸三教合一之义也。先樟树而后堂宇，豫章之谓与？”神化林兆恩成为了门徒的普遍行为，作为三一教的创始人，林兆恩在其死后受到了门人的神化也是非常自然的事情，这是宗教信仰传播的需要。
而这种神化在经卢文辉、陈衷瑜、董史所修订而成的《实录》中表现地尤为突出。在这里，林氏的出生、学道、倡道，以至于死亡都具有了非常神秘的色彩。关于林兆恩的出生，《实录》记载“教主为中子，初母李氏梦丹轮明月飞入帐中，遂娠焉。明正德十二年丁丑，古谶传云：‘丁丑之岁，弥勒下生。’七月十六日寅时，人见司马第李氏所居之房祥光烛天，异香袭人，而三一教教主夏午尼林子诞。”林氏的降生在其嫡传门人看来，乃是应了“弥勒下生”的谶语，故而从一开始就是与众不同的。这里将林兆恩的出生同中国社会上普遍存在的弥勒信仰联系在了一起，弥勒信仰是以弥勒菩萨为信奉对象之宗教信仰，在佛教的观念中，弥勒是未来佛，是释迦牟尼佛之后度众生出苦厄之佛。中国关于弥勒信仰之译经，始自西晋，弥勒信仰又分为两派：一派为上生信仰，信仰现今于兜率天说法之弥勒菩萨，而欲往生兜率天；另一派为下生信仰，相信弥勒将来下生此世界时，于龙华树下，三会说法，以救度众生，而自己亦能生此世界，于龙华树下听受说法而成佛，故有龙华三会之说。在这里，卢文辉等人所采用的是弥勒下生信仰。弥勒下生信仰，根据《弥勒下生经》弥勒将下生于翅头末城的龙华树下修炼成道，并且在龙华树下前后三次说法，即“龙华三会”。
第一会度众生九十六亿人，第二会度众生九十四亿人，第三会为九十二亿人。“弥勒信仰在中国基层社会流行时，其信仰内核曾辗转经过多次的变型，其中以弥勒降生的预言普遍获得民众的共识，而自六朝以来，人们相信弥勒佛已管摄世界，随时降临人间，现显神通，开龙华三会，普度众生，带来物阜民丰的太平盛世。”于是，在林氏的嫡传弟子那里，林兆恩就成为了弥勒的象征，《实录》中以此为核心的记载也屡有出现：
法权之授于释迦，证果而称为弥勒。教主相貌端严，丰神卓异，眼一露一藏。左龟右凤，颜发苍然若龙步武，谨厚若麟。左眼内有红痣四，外循至额，后有红痣三，凡七痣眉间，一红痣时隐时现。顶门如婴儿，息息出入。背有十八黑子。耳大而乳垂，腹皤而体厚。
行坐笑语，隐然一弥勒佛。昔人曾有谶曰：“龙华三派合于今，弥勒当生不用寻。东山开个无遮会，笑杀阎浮颠倒人。”道脉相传自有真，东山乌石现麒麟。混元五百三龙会，孔老释迦合一身。
万历十六年戊子，正月。命梓《弥勒尊佛经》，以今乃弥勒佛管摄世界。
先时教主居竹崎寺，弥勒亲见教主，欲著《弥勒经》，教主走笔成之。末偈曰：“弥勒尊佛是我体，弥勒尊佛是我心。我体即是弥勒体，我心即是弥勒心。我与弥勒无二体，我与弥勒无二心。弥勒与我无二体，弥勒于我无二心。”至是门人始知教主果证弥勒，大会龙华为不虚耳。
弥勒下生，教主就是代表着弥勒，这是其嫡传弟子对林兆恩神化的最重要的表现。
这种神化也迎合了中国普通民众弥勒信仰的基础，很好地实现了三一教的宗教化过程，为三一教的发展无疑创造了积极的条件。当然，在另一方面，这也为三一教本身的发展埋下了隐患，因为历史上被称为邪教而遭禁的白莲教也同样是以弥勒信仰作为其主要号召的。而这也成为了正统宗教和民间秘密宗教之间区分的一个主要特征。这个隐患在随后三一教的发展当中暴露了出来。
在卢文辉等的《实录》的刻画中，林兆恩成为了神通广大人物，孔子、老子、释迦都曾亲授过林氏，而且林氏自身也是法力无边，所向无敌，这样的林兆恩不再是一个普普通通的“山人”，而是一个神——宗教的偶像。
除了神化林兆恩之外，据《实录》中附传的卢文辉和陈衷瑜本行的记载，卢和陈还完善了三一教的戒律、醮典科仪，将佛、道的诸多仪式和戒规引入到了三一教之中。比如在戒律方面，卢文辉在佛教因果报应观念的前提下，综合佛教的“八正道”和“五戒”，加以改造和发展，在其《龙华三会忏文》中提出了对门徒的20条戒律，其内容与佛教的戒律相比没有本质的区别，至陈衷瑜的《陈子会规》，则基本上完善了三一教的戒律制度。就醮典仪式而言，卢文辉和陈衷瑜将道教的符箓派的仪式引入三一教，符箓、咒语、建醮等道术也成为了三一教内的基本仪式；同时，还引入了佛教的一些仪式，如《三教龙华醮祷》、《兰盆科仪》、《忏悔科仪》等等，基本上都是沿袭了佛教的一些基本形式。