第一节 林兆恩的门人
自嘉靖三十年（1551）林兆恩开始收邑人黄州、黄大本等人为徒，开始于东山樵舍讲堂（即今宗孔堂）授业，林兆恩的门徒信众日益增加，特别是在嘉靖四十五年（1566）
后林兆恩经常云游四方讲学，门人信徒更是增加迅速，根据三一教三传弟子董史所纂《林子门贤实录》的统计，林子门徒有800多人，其中有姓名、问答、行事的217人。当时明宗室亲王如益王朱仙源、浦阳王朱璇源、安仁王朱清源、德化王朱灵源，以及社会名流如袁宏道、汪可受、王世懋等等，都与林兆恩的三一教有着或多或少的联系。三一教的影响在当时日益壮大，门徒信众自然也是日渐增多，执弟子者更众。
但是，究竟哪些人是林兆恩的门人？董史的《林子门贤实录》中所记录的217人，笔者以为并不可信。因为董史所撰的217人，其依据是《实录》，而《实录》则是由林兆恩嫡传弟子卢文辉、再传弟子陈衷瑜、三传弟子董史完成的，该书最为突出的特点就是对林兆恩进行神化，因此，基本上与林氏有过交往的人都成为了弟子，这显然是不可信的。比如罗洪先（1504-1564），罗洪先，字念庵，作为江右王门的代表人物、明代的理学大家，其生活年代在林兆恩之前，应该属于林兆恩的父辈。林兆恩与罗洪先有过交往，嘉靖二十五年（1546），林兆恩曾往江西吉水拜谒罗洪先，目的是请罗为其叔父林万潮撰墓志铭，后来两者之间时有书信往来，在《林子三教正宗统论中》也保留有林兆恩《寄罗念庵公》。林兆恩收徒开始于嘉靖三十年（1551），嘉靖四十三年（1564）正式建立三一教，而罗念庵则在同年去世，两年之后，即嘉靖四十五年（1566）林兆恩才开始四处讲学收徒，因此，将其列入门贤表显然是不妥的。所以，董史的《门贤实录》并不是可靠的依据。
根据《年谱》和《实录》的记载，142人作为林氏的门徒是相对比较可靠的，基本上都是有相关的事例可以说明的。其他的诸如董史《林子门贤实录》中所列举的明王室诸王，以及罗念庵、戚继光、何心尹等社会名流，他们确实可能同林兆恩有着一定的联系，但若说他们是林兆恩的门人，则是不太恰当的。
当然，这些是林氏弟子中有名有姓有行事的，其他的没有名字的，或者甚至没有姓氏的就更多了。在《年谱》和《实录》中往往以“执弟子礼者甚众”，或者“迎之者甚众”来表达林氏的弟子众多，信者云集。在这些弟子当中，最为著名的是后来被称为“四配”，配享于三教祠堂的林氏四大门徒，即四大嫡传弟子，为卢文辉、林至敬、张洪都以及朱逢时。
卢文辉，字廷征，道号性如，亦曰子觉子，三一教徒称其为“夏心尼氏统承中一三教嫡传大宗师”，莆田涵江卢峰人，为林兆恩生前所指定的接班人，林氏的得意弟子。曾奉林兆恩之命编撰《林子三教正宗统论》、《夏午尼经》、《夏午经纂》等三一教的经典文献。自撰《中一绪言》、《性灵诗》附刊于《三教正宗统论》第三十六卷，又撰有《四尼经略附三十六赞》、《夏心集》、《卢子要言》、《龙华三会忏文》等。
林至敬，字坦乐，道号贞明子，莆田岳秀（今北岸忠门镇岳秀村）人，被称为“三教一再传弟子”。著有《丁戊本纪》、《龙华别传》、《明夏集》、《卓午实义》，主要在莆仙一带传教。
张洪都，字翼林，莆田玉溪（今莆田黄石镇西洪村）人，被称为“三教一再传弟子”，曾编辑《林子四书正义》、《心圣直指》，著有《林子本行纪略》，曾与游思忠一起在南京传教。
朱逢时，字慧虚，莆田黄石镇人，著有《心海真经》、《三教先生年谱》，被称为“三教一再传弟子”。
在这四人当中，以卢文辉最为重要，三一教在林兆恩死后不断正规化、制度化，这些都是由卢文辉及其弟子及再传弟子完成的，这一派也被视为了林氏三一教的正宗传人。卢文辉传陈衷瑜，陈衷瑜传董史，这是三一教早期发展的基本主线。
第二节 林兆恩的逝世与三一教分化
万历二十六年（1598），“正月十四日四鼓，兆珂入侍，孙齐瀛，侄绾绛、缉缙，侄孙元选、元翰、齐圣，门人陈济贤、卢文辉、黄九章、黄启谟、周启明、李应麟等在侧。寅时，先生拱手而逝，手拨开复合，肢体和柔，须发转黑，不少殒落，远近闻讣莫不哀之”，林兆恩的自然生命在此刻走到了尽头，在自创三一教并发展兴盛形成了较大影响之后，林兆恩逝世了。死亡对于任何人来说都是难以避免的归宿，对于这一点，林兆恩早在隆庆五年（1571）就预计到了有这么一天，并且自撰了《圹志》并《遗嘱》。在《圹志》中，林兆恩直言死亡的不可避免，同时，也对自己的一生作了简单的回顾：呜呼！自古有死，死亦何憾？但生平之所以汲汲以阐明三教归儒宗孔之旨，与夫君臣父子夫妇三纲之大者，不知至死之期，果能信于天下乎否耶？又不知余死之后，而万世之下果有能知而信之者，群道释而伦属之，以归儒宗孔，以扶植此纲常乎否耶？夫以七尺之躯而虑天下之大，以百年之近而谋万世之远，及至豫撰《圹志》，乃始觉悟而自哂以为愚也。墓在石门山，石门山者，林子先代族葬之山也。春风秋雨之候，得以日夕侍立我祖我父之侧，以奉伺所乐所嗜，居处笑语，不殊少小过庭之时，此亦死中之大幸也。
在其《遗嘱》之中，林兆恩也表达了同样的感慨：
三教之旨，余既详之矣，而其复主此三教者，必其达而操宰执之权能，推而行之于天下万世者，非若余无位之士，徒托诸空言已耳。庄子有言曰：“天地劳我以生，逸我以老，息我以死。”余托空言以宣明此三教之旨于天下万世，栖栖皇皇，不遑宁处，亦既劳矣。若天心仁爱，果能息我以死，余之心也。况有主此三教而行之天下万世者乎？然余生平不以家为家，而以天下万世，乃余之家也。余平生不以家之政为政，而群儒道释者流以各循乎三纲之大，四民之业者，乃余之家政也。人之将死，莫不有以命乎其后，而余《圣学统宗》若干卷，《倡道疏启》一帙，乃余之所以命乎其后也。余今复何言哉？但余既死矣，而以余之命命天下万世之人，皆诸生之责也，诸生其勉之。
在这两段文字中，林兆恩明确地知道作为一个人，自己是不可能摆脱死亡的，因此，自己半生所汲汲于斯的三教合一大业，最终也是需要由其弟子来完成的。但是，从林兆恩自己的述说来看，林氏自己对于其身后三一教能否得到很好的发展也不能确信，其所倡导的道释归儒，儒归孔子，以日常人伦作为最核心的价值理念，这一切能否得到切实实行，也不是林兆恩能够决定的。况且，当时的统治者对于宗教这一类问题都是非常敏感的，出于维护统治秩序的需要，宗教（尤其是民间宗教）时常会受到冲击、打压，甚至是取缔。林兆恩在世之日，即曾数次受到了这种威胁：
（隆庆四年）有人有以三教为声，规利于金陵者，教主耻之，遂拟之金陵。……命余芹在金陵倡教，兼掌书籍。
（万历十三年）时开府赵公可怀致书按院杨公四知，备道先生玄诣，不可不见。杨公已讶先生见赵不见己，复有谓先生择人而见者，杨公遂大怒刻榜文以诋先生，命毁三教堂，并焚三教书板，且欲以或是诬民疏劾于朝。时督学王公世懋辅参知莅莆，力辩先生设教只是劝人为善，而三教堂系总制公祠。于是疏不果上，三教堂遂得不毁，而书板亦得不焚。
（万历十五年）有庠士林蕃病狂，以蓄蛊毒命，诬讼僧慧性，词及教主。时大尹孙公继有初任，未谅教主，附票拘之。教主遂不冠，拦腰草履入见。孙公一见风仪，忽大惊异，乃鞫林蕃，知其诬，送学官笞之，诘朝。遂造庐求教。
（万历十八年）教主门徒日盛，莆人多妒之，而以倡乱谤之。时山寇曾廷邦、何南泉难作，其党陈文章诈称“三教第三子”。大尹孙公鞠得其情，即以其事刻于《莆阳训语》，复附言曰：山人林兆恩倡明三教，壶兰高士也。诸缙绅出闽南者，必造其庐而访焉。山人亦以道自重，不造庐则不见。第木高于林，沙出于岸，则风波首及之。故有盗其名以惑众，如陈文章者。有危其词以构祸，如林蕃者……
随着林兆恩三一教的势力日益壮大，在其发展的过程中，面对各种各样的威胁也是在所难免的。当然，林兆恩在世的时候，这些问题都比较好解决：一则虽然林兆恩不在位，但是其煊赫的家世还是为其带来了一定的便利；二则林兆恩本人在倭患期间毁家纾难的义举为他赢得了声名，他个人所具有的人格魅力也就在于此。
因此，虽然林兆恩在世的时候，三一教的发展也遇到了一些问题，有很多人假冒三教之名进行违法活动，但是因林氏个人魅力和品格，这一切都可以消弭于无形。但是，林氏死后怎么办？三一教的发展还是不是会依旧顺利？林兆恩对此没有信心，故而在《圹志》中对未来充满了疑问，并且认为自己是愚笨的。林兆恩此处所遇到的问题，实际上是任何一个宗教在发展过程当中都必须会面对的问题，当创教者以其个人魅力、个人品格而成就一教派并且发展壮大，那么继承者何以继续发展教派？林兆恩深深地明白，“复主此三教者，必其达而操宰执之权能，推而行之于天下万世者，非若余无位之士，徒托诸空言已耳”。林兆恩当然清楚，在他所处的社会现实之下，要使其三教合一的理想得到实现，其继承者就必须是“操宰执之权能”，换句话说是有权势，处高位的人。诚然，在传统中国社会之中，也只有这样的人才有可能很方便地将他的抱负推行天下，而不是仅仅“空言”而已。
万历三十年（1602），林兆恩的门人依礼为其服心丧满三年，“正月二十日，孙齐瀛奉先生柩出于文赋里之石门山，背乾向巽。于时灵輀载途，执绋者几千人。至二月四日安厝”。至此，三一教的发展开始真正进入了没有林兆恩的时期。林兆恩死后，三一教的发展有两种基本的倾向：一为学术，二为宗教。
从学术方面看，林兆恩在世的时候，其团体首先是一个知识分子讲学团体，与晚明由王门后学而来的所有讲学团体没有本质的区别，这也就说明，其团体无疑是具有学术性的一面，至少在嘉靖四十三年（1564）之前，这种情况还是非常明显的。以林兆恩从弟林兆珂为代表。林兆珂，字懋忠、孟鸣，号榕门，万历二年（1574）进士，累官至大司寇、安庆太守。林兆珂早年即受林兆恩的影响而追随林氏，晚年告老还乡之后，热衷于三一教，编辑《林子全集》、《午尼真谛》等。在林兆珂这一派看来，其堂兄林兆恩是一个理学家，而不是一个宗教家，“吾莆林子龙江先生为明代大儒，倡明三教一源之理，而仍以宗孔归儒为宗旨。羽翼大道之功，固不亚于程王诸子”，林兆恩在他们眼中不仅是大儒，而且其声名成就不亚于二程、阳明等理学大家，“先生生于孔圣二千余年后，独能体天以弘化，任道以觉民，心孔圣之心，学孔圣之学，谓之私淑弟子也，可谓之尼山功臣也，亦可庶乎于颜曾思孟之外，独占一席。则年谱之作，岂不足与程王诸子并垂不朽与。”所以在林兆珂所撰的《林子年谱》中，不称林兆恩为“教主”，而冠以“先生”、“吾师”之名，对于那些神化林兆恩的灵异事件以及建祠、祭祀等等与宗教相关的事迹皆略而不录，只是简要地记录林氏的生平事迹。这一派在林兆恩及其三一教的历史发展之中，因其完全强调林氏作为学者的一面，具有非常浓厚的学者特色，故而在民间接受力非常有限，至清初也就基本上没有什么影响了。
从宗教方面看，三一教无疑具有明显的宗教色彩，自嘉靖四十三年（1564）之后，这个方面发展得非常迅速，林氏也不断地受到了门人信徒的神化。根据门人僧真懒所撰的《金陵中一堂行实》的记载，在林兆恩死后，门人中传播三一教的主要有三支：（1）陈标、王兴等，倡教于福州、浙江、安徽、南京等地；（2）张子升、张洪都父子，以及真懒等，倡教于江左、江右、南直隶、金陵等地；（3）卢文辉、林至敬、朱逢时、陈衷瑜、董史等，主要在以莆田、仙游为中心的福建各地传教。
总体而言，林兆恩既是一个学者，又是一个宗教家。作为一个学者，他主要倡导以心学为基础的三教合一主张，认为现实的儒道释三家都存在着问题，应该道释归儒，儒归孔子，而孔子之学即心学，同时强调现实人伦的重要性，强调在日常生活中践履人的道德。作为一个宗教家，林兆恩受到了门人的推崇，号称夏午尼氏，与孔子、释迦、老子并称四尼，成为了“三一教教主”，弟子人人肖像祀之，并且各地纷纷建立祠堂以供奉。
因此，对于其门人发展林兆恩的思想和三一教来说，学术的和宗教的是其内在的两条路径。林兆恩死后，三一教也确实是依照这两种形式来发展的，不过，作为宗教的形式发展比作为学术的形式影响大得多。