性命修炼的第三种、第四种方法为太阳、太阴炼形，这两种方法实际上是相对而言的，就前者而言，“离日为汞，中有己土，强名龙，其形狞恶，主杀人之权，专成佛成仙之道，威能变化，感而遂通，云行雨施，品物流行，乾二九二，见龙在田，利见大人。子曰：龙德而正中也。世人不悟此龙生生之功，每服其害。若人悟而畏之，调而驭之，则能降此狞恶之龙，而积至精之汞。降之者，制其心中之真火，火性不飞，则龙可制，而有得铅之时。故不积汞何以取其铅，不降龙无以伏其虎”；就后者而言，“坎月为铅，中有戊土，强名曰虎，其形猖狂，虽能伤人杀人，却晕大乘气象，举动风威，叩之则应，含宏广大，品物资生，……若人悟而畏之，驯而调之，则能伏此猖狂之虎，以产先天铅。伏之者，伏身中真水。”一龙一虎，一汞一铅，这里实际上也是在使用道教内丹学的修炼方法。在内丹修炼中，因心火易升，故以汞喻之；肾水易流，故以铅喻之。心火上升，则使人之妄念迭起，元神不安；肾水下降，则人之情欲不节，败精伤炁。必得使心火下降，熏蒸肾水，使其与心神为一，化炁而上升，则心火不升，而肾水不流。如是则心肾相交，水火既济，神炁合一，生命可以自主。降龙与伏虎，实际上对治的是心火和肾水，或者说是积汞、“降龙为炼己，伏虎为持心”这两者必须结合起来，才能达到修炼的效果。
性命修炼的第五种为内观炼形，此种修炼方法的基本原理是将人体内脏与五行相类，再依据五行相生相克的原理进行修炼，以其达到人体内的平衡，使得血气通畅，以却病延年，“凡人五脏，分为五行。故肺曰辛金，大肠乃肺之附也，则称庚金；肝曰乙木，胆乃肝之附也，则称甲木；肾曰癸水，膀胱乃肾之附也，则壬水；心曰丁火，小肠乃心之附也，则称丙火；脾曰己土，胃乃脾之附也，则称戊土。然金能生水，水能生木，木能生火，火能生土，土又能生金，此五行相生言之。而金能克木，木能克土，土能克水，水能克火，火能克金，此五行相克言之。夫生我者为生气，克我者为杀气，我生者为泄气，我克者为退气，比和者为旺气，太旺则为邪气。盖能自强而安其位而称焉，善契机者。”性命修炼的最后一种方法，也是最高的方法，称为真空炼形。性命修炼所要达到的目的是以炼形为炼神，以修外达致修内，前面五种方法基本上都是以修外炼形为主，而真空炼形则是要把炼形和炼神统一起来。真空，实际上是佛教用语，为小乘佛教所言的涅槃境界，如果按照林兆恩所规定的立本——入门——极则的修炼次第，这一方法则为极则修炼。“夫太虚是我，先空其身，其身既空，天地亦空，空无所空，乃是真空”，所谓的真空就是要把从自身到天地甚至到空本身一切都空掉，这与佛教中以离一切相为空的真空的意旨没有太多的区别，只有这样，人才能达到与太虚同体的境界。
那么，如何才能做到这一步呢？关键是要把人的心、身都空掉，即不执着于身和心，这样也就达到了炼神的目的，“心空无窐则神愈炼愈灵，身空无碍则形愈炼愈清，直炼到形与神而相涵，身与心而为一，方才是形神俱妙，与道合真者也”。
性命修炼的六种方法，其最为基本的目的就是要使得修炼的人能够却病延年，当然其功用并不仅限于却病，如果能够加以不断修炼以至于豁然开通，那么也就可以达到超凡入圣德境地，“小而试之，可以却病延年之方，大则可以超凡入圣之道”，这是三一教门人修炼中由九序心法变形而来的修炼方法之一。
二、心性修炼法
心性修炼法，又叫“修炼心性，以明大道法”，主要讲的是人应当如何修炼自己的心性，使之回归本心、本性，而达到与天地之心为一的境界，具体有九个步骤：
（1）涵养本原，何谓涵养本原？简单地说，涵养本原就是回归本心，培养自己的善性。人心总是容易被外界所诱惑，所以人需要反省自己，需要返求诸身，“惟返照者，检情摄念，摄念安心，安心养神，养神归性”。只有时时这样，人才能够去除外界的诱惑，逐渐回归其本来就具有的善性。如何才能够达到呢？“可将此一善字，时刻操存在背之腔子里，所谓金来归性，即称还丹者是也。”这种返回本心、本性的修炼功夫，对于整个修炼过程来说也是至关重要的，因为只有人不再为外界的种种所诱惑，人心才有可能平静，修道才有可能获得成功，这相当于九序中第一序“止念”的作用，所谓“摩措心地炼金丹，止念当为第一关。念断自然情识断，须知水静没波澜”。
（2）添油接命，“此法工夫，最是简易，不拘行住坐卧，常操己心，退藏夹脊之窍，则天地之正气，可扯而进，与己混元真精，凝结丹田，以为起生之本，盖以天地无涯之元气而续我有限之形躯，不亦易乎？学者只要认定此窍，守而不离，久久纯熟，自然散其邪火，锁其杂念，降其动心，止其妄念，此心身双养之第一步也”，从其具体论述而言，这一步可以称之为“静心”。
（3）昆巅气发，这一步目的是培养出自身的“浩然正气”。如何达到？“凡初机之事，先降伏其心，然后将心火之南，藏于背水之北，水火相互交养，是谓既济，学者须当认定此窍，久久修持昆仑之巅，则浩然正气发焉”。
（4）太极发挥，这是借用《周易》中“易有太极，是生两仪”的演化过程，天人是合一的，太极也就是人所具有的“一点灵光”，所以，人在具体的修炼之中也是按照由无到有的过程，人只有先达到了与太虚同体的地步，才能够炼成内丹，所谓“乾坤合辟无休息，坎离升降有合离。我为诸君明指出，念头伏处立丹基”。止念、静心和养气之后，人的“一点灵光”也就出现了。
（5）性机火候，人体与天是相通的，天有天极，人体亦有其极，即“一点灵光”，当人的这一点灵光豁然贯通的时候，就能够达到心如明镜，无所不通的境界，“大凡天下之物，莫不因其已知之理，而益穷之以求至乎其极，至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表理精粗，无不到，而吾心之全体大用，无不明矣”。
（6）明镜影现，人心如镜，本来不沾一物，但是由于外界诱惑，使得人心诱于所思，就如同镜子沾上尘埃一样，因此，“去其外诱之思，其镜而自明矣”。唯有这样，才能使人心与天地之心为一，“心心相照，以虚心通天地之心”。
（7）苦海沐浴，这里借用佛教的说法，认为人在尘世间生活，是处于“苦海”之中，在苦海中“沐浴”着。人应该怎么办？“沐浴之法，贵乎修身，修身之道，在正其心。”
（8）识神待诏，所谓“识神”也就是“元神”，即林兆恩所说的“梦中人”，“学道须识梦中人，而推其所由来也，则我之梦中之人，乃我所本有始生之元神也”，也就是人的本心、本性。
（9）调神阴阳，这是针对修炼所能达到的境界而言的，“神者，古今之长存也”，这里将神区分为阴神和阳神，“至修养之法，当修先天原气，谓之真阳，得其真阳而炼性通神，入定得定，谓之阳神；不得真阳元精配合，以入定得定者，只有阴神。”阴神是“习枯禅，不能超脱”，它具有四种神通，分别为的心境通、神境通、宿信通、他心通，而阳神则是比阴神更高的境界，是在阴神基础之上再不断修炼所达到的，在阴神神通基础之上，阳神还具有天眼通和天耳通。人修炼心性最终要达到的目的，则是要“得一性圆明，六通顿足”。这样，心性修炼也就完成了。
三、存省修炼法
存省修炼法，又称“存养省察以取药物法”，所谓药物，也就是阴阳二气，其步骤也有九个：
（1）心极用意，按照林兆恩的看法，天有北辰作为“极”，人也有其“极”，此“极”也就是人心，“心为太极，而乾旋坤转周乎其外者，所谓四时行焉，而吾身一小天地也。”心极用意，就是用意念使人体内的五行之气围绕着“心极”自然循环，以神驭气，以气养神，使人的内心清静，浊气消散，“然而道家所谓炼者，炼此身精气神，使之清而定也，神既定矣，形既清矣，虽有困内困外之事，而其中自由不乱者存焉”。
（2）周天行健，这与九序心法里的第二序“周天”大致相同。
（3）三极行气，所谓三极就是天、地、人三才，三者在本质上是相同的，都是“中”，都是“心”，“盈天地之间者，皆我之中也。皆我之中，则皆我之心也。由是观之，中也、心也、天地人也，一也。……故中也者，心也，心也者，中也。”三极行气，也就是天地之气贯穿于天地人之间，周行不止。
（4）五气朝元，五气即五行之气，五脏与五行五方相配，东肝木、西肺金、南心火、北肾水、中脾土，元指“吾身一点之仁”，五气朝元就是说要把仁安放于中土进行敦养，这实际上就是九序第四序所说的“按土敦仁”。
（5）龙虎际会，龙为火，虎为水，所谓龙虎际会，说的是阴阳调和，“水火既济而结阴丹”。
（6）婴儿现形，婴儿，也就是阴丹，也就是九序心法第五序“采取天地，以收药物”。
（7）凝结阳丹，即九序心法第七序“凝神气穴，以身天地”。
（8）灵光照耀，即九序心法第八序“超出天地，以身太虚”。
（9）清河路引，在修炼完以上诸步骤之后，人已经达到了与太虚一体，那么，这时人在清河前，河上有四桥，一通向神明所居的金山，一通向仙境蓬莱岛，一通向灵山，一通向玉帝之所，其所蕴含的意思即是说此时人心在此刻已经通透无比，可以成圣、成仙、成佛，不再为世俗的种种纷扰所诱惑，“心内观音觅本心，心心俱绝见真心。真心明彻通三界，外道天魔不敢侵”。
第五节 修持的基本特点
从以上对于三一教修持的次第、孔门心法以及九序心法的论述来看，三一教修持的基本特点也是非常清楚的，以下作简单的概括。
第一，对于心法修持的前提来说，三一教自林兆恩开始，严格强调了“立本”的重要性，这是修持次第的首位，也是三一教中最能体现儒家色彩的地方。对儒家纲常伦理的强调和贯彻，为三一教在民间的发展中赢得了空间。
第二，三一教心法修持的理论基础是天人相类的观念和阴阳五行学说。天人相类的观念是中国早期天人合一思想的延续，在汉代董仲舒那里形成完整的天人感应学说，天人感应即是以天人相类作为基础的。而阴阳五行学说肇端于阴阳家的阴阳五行观念，后来演变成中国传统对于人体认识的最基本的框架，这在中医中表现尤为突出。
董仲舒的《春秋繁露》中，实际上也就把两者结合在了一起，“天以终岁之数，成人之身，故小节三百六十六，副日数也；大节十二分，副月数也；内有五脏，副五行数也；外有四肢，副四时数也；占视占瞑，副昼夜也；占刚占柔，副冬夏也；占哀占乐，副阴阳也；心有计虑，副度数也；行有伦理，副天地也；此皆暗肤着身，与人俱生，比而偶之弇合，于其可数也，副数，不可数者，副类，皆当同而副天一也。”这实际上是儒学和阴阳家融合的产物。随着汉代董仲舒的“天人感应”学说的创立而最终确定，阴阳五行的解释模式在儒学的体系中得到了阐发，并由此成为中国传统最有影响的思维框架。林兆恩三一教的修持方法，虽然可以说是直接从道教内丹学而来，但其源头应该在此。
第三，就三一教修持心法（九序心法）具体内容的特点而言，它属于三教合一的内丹学理论，虽然涉及儒释道三家的修炼工夫，但是，道教的色彩最为浓厚。