林兆恩倡导三教合一之说，关于这一点，林兆恩的得意弟子卢文辉有过比较详细的论述。万历二十三年（1595），卢文辉遵林兆恩之嘱重新编次完《林子三教正宗统论》之后，在其叙中这样评价林兆恩的思想的产生及其所具有的特点：自秦汉以下，圣人不作，而大道久湮，孔子、老子、释迦之学不明，而儒道释者流，不知所谓“中”，不知所谓“一”，不知所谓“立本”、“入门”、“极则”，各立门户以自高，各执偏见以相诋，迷谬愈深，是非舛错。故有化言饰行，巧取世资，托乎孔子之儒，而不知乃儒之蠹也，非孔子圣教之正也；服石饵金，希慕长生，托乎老子之道，而不知乃道之蠹也，非老子玄教之正也；削发游方，断弃伦属，托乎释迦之释，而不知乃释之蠹也，非释迦禅教之正也。三氏之正学既已不明，而千古之真传伊谁可继？幸而吾师龙江林夫子出而倡明之，总持三门，有教无类。其与儒者言也，必言孔子之儒，而复举老子之道，释迦之释以印证之，俾知其执中也，未始有异于守中、空中也；一贯也，未始有异于得一、归一也；立本也，未始无道氏之入门、释氏之极则也。其与道言道也，必言老子之道，而复举孔子之儒、释迦之释以印证之，俾知其守中也，未始有异于执中、空中也；得一也，未始有异于一贯、归一也；入门也，未始无儒氏之立本、释氏之极则也。其与释言释也，必言释迦之释，而复举孔子之儒、老子之道以印证之，俾知其空中也，未始有异于执中、守中也；归一也，未始有异于一贯、得一也；极则也，未始无儒氏之立本、道氏之入门也。无所别于儒，无儒而无不儒；无所别于圣，无圣而无不圣；无所别于道，无道而无不道；无所别于玄，无玄而无不玄；无所别于释，无释而无不释；无所别于禅，无禅而无不禅。统而同之，合而一之，归于无名，返于无始。此夏之所由以大，而道统之所由以传也。
从卢文辉这段论述中，我们很明显可以看出林兆恩思想所具有的基本特点——三教合一。卢文辉的论述是从三个方面进行的：首先，林兆恩是针对于秦汉以来儒、道、释三教末流违背孔、老、释迦原旨，各立门户，纷争不断的现实而阐明其三教归一的思想的。其次，所谓三教合一，所强调的是在儒、道、释三者就“道”的层面而言是统一的，从孔、老、释迦的最初意旨而言是一致的，并不像后世那样纷争不休。最后，林兆恩创三教合一说的意义在于参透了三教的本旨，继承了三教的道统。这当然是门人从推崇教主的角度出发的，但是，其所反映出来林兆恩思想所具有的三教合一的特点是确切的，对此，林兆恩本人曾经明确地宣称：“沙界之华，龙天之夏，而为儒者曰我儒也，为道者曰我道也，为释者曰我释也。教既分为三矣，而余之意欲会而归之，以复合于孔、老、释迦之道之本一也。”不过，在林兆恩这里，三教虽然就其原本而言是一致的，且三教合一也是必然的选择，但是在其思想体系中，三教所具有的重要性是不一样的。林兆恩所强调的三教合一以儒家作为根本，或者说，儒家思想在林兆恩的体系中占有最为重要的作用，根据林兆恩本人的论述：
余所谓三教合一者，欲以群道释者流而儒之，以广儒门之大也。然三教合一之旨有二：若谓三教之本始不待合而一者，非余所谓三教合一之大旨也。余所谓三教合一之大旨者，盖欲合道释者流而正之以三纲，以明其常道而一之也；合道释者流而正之以四民，以定其常业而一之也。如此，则天下之人无有异道也，无有异民也。而天下之人亦无曰我儒也，亦无曰我道也，亦无曰我释也。此其唐虞三代之盛而无有儒道释之异名，故谓之“一”，一之而归于正。
很显然，在林兆恩这里所言的三教合一是要合之于儒，以儒家的三纲四业作为基础，然后三教合之于一，即合之于儒。然而，儒道释的思想在其历史发展过程中都形成了不同的派别，相互之间有着不同的思想倾向，那么，在林兆恩三教归儒的思想体系中，其对于儒、道、释三家思想的具体取舍又是怎样的？或者说，林兆恩思想中所反映出来的儒、道、释三家的思想分别具有怎样的特点？
第一节 林兆恩思想与儒家
在林兆恩这里，三教合一理论的提出乃是基于“道”，也就是说从根源上而言，三教是一致的，三教合一是要把儒、道、释三教归于儒。
大道浑沦，未始有名。今既名“儒”、名“道”、名“释”矣，名焉既有，道日以支。纵有圣人者出，岂其能复返太朴，复归无名哉？故不得已而曰“三教合一”者，盖合而一之于孔子之儒，以存儒者既有之名尔。
今道释者流顾乃弃去君臣之义、父子之仁、夫妇之别，而与古之圣人之所以教人者异矣，又不谓圣人之缺典邪，此余“归儒”之教所由立也。
三教非也，而曰“归儒”者何也？盖以群三教者流之非，而归于孔子之儒也。
这里，林兆恩三教合一的意思已经非常明显，三教都是由“道”而来的，从“道”的角度来看，三教本来就是一致的，所谓的三教合一是面对三教纷争、“道”日益不明的现状而不得已的选择。三教合一就是要把儒道释三教合于儒。“以儒者，需人也。需也者，用也，为世所用也。在家而仰事俯畜，士农工商者，世之所需也。居官而上为朝廷下为百姓者，世所需也。”林兆恩这段对于“儒”的解释体现了其基本的思想倾向，亦即所谓儒就是人所需要的，对人的日常生活而言是必不可少的。这样，儒在林兆恩看来，不仅仅是一种思想，更为重要的是一种生活的智慧。同时，从世间法与出世间法的角度而言，儒家经典中包含了这两个方面的内容，这也就是林兆恩强调要以儒家作为其思想的基本核心的原因所在。
余每以释典所载，悉皆心身性命之微、不可使知之道，殆与孔氏之儒虽不异，而曰以此可以治天下、国家、使民由之者，不亦妄耶？今以孔氏之教所可使由者言之：始自伏羲、神农、黄帝、而尧、而舜、而汤、而文武，夫妇之别、父子之仁、君臣之义，三纲五常，无不毕具。又况精微之至，尽之于《易》；政事之宜，尽之于《书》；性情之正，尽之于《诗》；节文之著，尽之于《礼》；赏罚之明，尽之于《春秋》。以正朝廷，以正百官，以正万民，至于行兵治赋，亮采导河，而所谓世间法者，殆有不可得而胜纪者。不惟宏纲懿范，既极明备而足述。虽至威仪缛节，亦且昭晰而可观。故从古以来之所以治天下国家者，真有不能外于孔氏之教矣。若释氏之神机妙用，乃所谓出世间法也，而变通宜民之下，施之中国故不为滞，亦岂能不籍经纶于《易》、《书》、《诗》、《礼》、《春秋》，因政于尧、舜、禹、汤、文武者哉？此余倡教之大都，宗孔之本旨也。
儒家的三纲五常，都是对于人的日常生活的最为基本的要求，也是人之为人的最基本的道德规范，是作为人所必需的。不仅是道德方面的要求，人的日常各种行为的具体要求都在儒家经典中作了详细的规定，小至修身齐家，大至治国平天下，无一不包含在儒家经典之中，这一些对于人的生活来讲都是不可或缺的，也正是在这个意义上，林兆恩以“需人”来释儒之义。因此，合于儒，也就是要用儒家的纲常伦理来规范人的日常行为，用三纲四业来要求人，并在此基础上使得三教重新归于一。当然，这里的儒不是后世的儒，而是孔子之儒，因为在林兆恩看来，秦汉以后儒学的发展有很多的弊端，已经完全违背了孔子之儒的原本意旨，“儒之一大枝复分为二小枝，有专主‘尊德性’者，有专主‘道问学’者，各自标门，互相争辩，则亦何异于道流、释流是其所非，非其所是，而喋喋不已也”，“专诸尊德性而流入于禅者，非也；专主道问学而驰骛于外者，非也”。因而，归儒就是要回到孔子之儒。
儒之道，莫盛于孔子。今以孔子之儒言之，衣冠以正，瞻视以尊，动容以礼，而诸凡所以理身者，无不备于孔子之儒矣。父子以仁，兄弟以序，夫妇以别，而诸凡所以理家者，无不备于孔子之儒矣。君之使臣也以礼，臣之事君也以忠，内统万民，得以顺治，外抚蛮貊，又且威严，而诸凡所以理天下者，无不备于孔子之儒矣。上而天文，下而地理，中而人事，教民稼穑，与夫蚕桑，而诸凡有切于民生日用之常者，亦无不备于孔子之儒矣。
在林兆恩看来，孔子之儒是最切于人伦日用的，也就是最符合他所说的世间法。
林兆恩强调以世间法为先，所谓的世间法也就是要处理好人在现实生活中的问题，其最为关键的就是三纲四业，而这个问题在孔子这里得到了很好的解决。唯有处理好世间法，人才有可能进一步追求出世间的超越，“盖性与天道，曰利、曰命、曰仁，孔子之所难言，而不可使知之道也。既不可使知之矣，而必欲与之言矣，不亦谓之渎蒙之甚，强人以难知邪？于是乃以民可使由，而人之所易知者，而与之言也。曰归儒宗孔，庶不叛于孔子之教，而为人所易从也”。这样，林兆恩归儒宗孔的用意也就非常清楚了，因为儒家（特别是孔子）所言的道德教化主要是侧重于对人的现实生活角度的要求，与人的日常生活休戚相关，比较容易让人了解，比较容易实行。
归儒宗孔可以代表林兆恩儒学思想的基本立场，但是就其对儒学具体思想的取舍而言，又是怎样的呢？从林兆恩著作中所引的儒家基本文献来看，主要是以四书为主，林氏著有《四书正义》。根据郑志明先生的统计，在林兆恩著作中所引的儒家文献，“就次数而言，在五十次以上者有《中庸》、《孟子》、《易传》（包括《易经》）、《论语》等四部经典，在十次以上者有《书经》、《礼记》（包括《周礼》、《仪礼》），五次左右者有《诗经》、《大学》、《孝经》、《左传》等”，从这个统计来看，林兆恩思想的基本框架与宋明理学没有太多区别，均是以《论语》、《孟子》、《中庸》和《易传》作为阐述其思想的基本文本依据。此外，从林兆恩论著中所涉及的宋明理学人物（主要是宋代理学）而言，林兆恩著作中所涉及的理学人物，“次数在十次以上的有邵雍、周敦颐、张载、程颢、程颐、朱熹等人，五次至十次的有谢良佐（上蔡）、杨时（龟山）、陆九渊（象山）等”。并且，对于宋明理学，林兆恩从自己的角度出发，有相应的分判，“仲尼以世间法教人，而未尝辄舍出世间法，而曰命、曰仁，性与天道，可考而知也。若宋之邵康节、周濂溪、程明道诸儒能知出世间法矣，而又能以世间法教人，此其所以能为后学之师也。程伊川、朱晦翁、张南轩诸儒能持世间法而不敢少违，然亦知有出世间法，此其所以能为后学之师也”，这里林兆恩评价的基本出发点是“世间法”与“出世间法”。林兆恩的思想基调是归儒宗孔，而在孔子那里，世间法和出世间法是兼备的，以出世间法为体，以世间法为用。宋明理学家在林兆恩的这种视野下也被分成了两派：邵康节、周濂溪、程明道等为一系，他们既知出世间法，又能以世间法教人，换句话说，就是以出世间法为本，以世间法为用，体用达到了圆融的地步；而程伊川、朱晦翁、张南轩为一系，他们能够以世间法教人，但是，对于出世间法只是“知”而已，并不能达到圆融的状态。
这样，林兆恩自身的取舍也是非常清楚了，同样的倾向，在林兆恩著作中也有其他类似的论述：若周濂溪之主静立人极，程明道之心要在腔子里，杨龟山之人性上不容添一物，是皆不能外心以为学，以岂其坚执持守，以苟免怨尤焉已哉。
世之为陆象山之学者，则曰：我之学在于尊德性也；世之为朱文公之学者，则曰我之学在于道问学也。昔有兄弟而两分其遗赀者，诸凡椅桌盥盆衣履之属，悉中裂而半之，虽曰无不均之叹，而其父之所遗者，两不适于用矣，岂不惜哉？从这些论述来看，林兆恩的思想基本上也没有超出宋明理学的范围。
而且，在宋明理学的基本范围内，林兆恩是有所选择的，即基本倾向于邵康节、周濂溪、程明道一系，其基本的思想核心为心学，对此，林兆恩自己也曾作过明确的说明：余之所以为学者，宗孔也。余之所以宗孔者，宗心也。盖吾心之孔子，至圣也。故吾一念而善也，一念而恶也，吾自知之；人所为而善也，所为而恶也，吾亦知之。岂非吾心之孔子，至圣之明验欤？非特吾心之孔子为然也，则虽前乎千万世之既往，后乎千万世之方来，无论智、愚、贤、不肖也，而其心之孔子亦至圣也，若夫近代名儒心之孔子，与吾心之孔子原无异也；而其言之载于典籍也，何其与吾心之孔子有不同邪？故余直以“宗孔为正，宗心为要”尔。 子之学，心学也；孔子之心，赤子之心也，天下万世所同具之心也。
归儒实际上是宗孔，宗孔实际上是宗心，从这个意义上说，林兆恩儒学思想的基本倾向为心学。所谓的“心”也就是赤子之心，也就是本心，“心本无心，是名真心”。
林兆恩之“宗心”，强调以心为本，又晚明之际的思想界是以阳明心学为主流，这就很容易与阳明心学思潮发生联系。而根据三一教教内相关文献对于林兆恩行实的记载，林兆恩也确实跟阳明心学有着说不清道不明的关系。