前面的论述，我们对林兆恩及其三一教作了概观性的讨论，那么，对于林兆恩的三一教及其思想的评判应该是怎样的呢？我们在前面的论述中曾提及，实际上，明清以来的传统学者，对于林兆恩思想的评价不但不是很高，相反可以说是比较低的。最具有代表性的即为黄宗羲称其“邪”，纪昀称其为“悠谬殆不足与辨”。然而，如果从中国宗教思想史发展的自然脉络来看，到了明代这个时间出现以林兆恩“三教合一”为基本主旨的思想实际上是一种必然的产物，那么，这种在我们现在看来似乎是必然的结果，为什么在当时的人看来却是“驴非驴，马非马，龟兹王所谓骡也”呢？
要对这个情况作一个分析，最好的解释可以看贝琳教授在其作品中对于“融合”一词的讨论：
宗教融合这是一个容易误解的词，因为一段不幸运的历史使得它有极为明显的坏名声。宗教融合，通常会被认为是背信弃义的，任意的，堕落的，或者是迷信的。贝琳教授主要是从西方宗教学角度来说的，因为西方的宗教，以基督宗教为代表，都是具有很强的排他性的，所以，一旦说“融合”，就意味着严重地违背了教义。这在西方宗教的历史上是很明显的事情，所以，“融合”这一个词也因此而被视为是没有原则的、背信弃义的。
虽然在中国思想、中国宗教的历史上并没有西方传统上那么明显的宗教排他性，但是，其实就儒、道、释三者来说，其对于自身的价值还是有非常明确的认识的，所以，他们在容摄的时候，也是从自身的立场出发，来吸取其他思想中有益的东西。换句话说，在这个行为当中，他们对自身身份的确认，有着很清晰的认识。所以，对儒家的知识分子来说，他们都认为儒学是正统，佛道则是异端，对于异端的学说当然是要进行驳斥，所以，即便是在融合最为兴盛的宋明之际，我们也经常可以看到“辟佛、道”。虽然他们可能从佛道那里吸取了很多的思想资源（比如朱熹和王阳明），但是，为了维护儒学的正统地位，他们同样是极力地排斥佛、老，最为明显的例子就是朱熹。而当我们以这样的角度来思考的时候，或许可以有一个直观性的认识，换句话说，这里面实际上是涉及所谓的正统和异端的问题。而在林兆恩的思想当中，在其归儒宗孔的前提之下，实际上对于佛、道思想有很多很明显的吸取和提倡。同时，因为，林兆恩需要以“心”为本去融摄三家义理，而这三家的具体理论实际上是有分歧的，这样就使得林的思想体系本身也不可避免具有矛盾性。这些因素结合在一起，对于林氏的思想作否定的评论，也是很正常的。
但是，如果我们要从比较公正的角度去看待林兆恩的思想，那么，又该如何定位？
贝琳教授对此有一个说法：
林兆恩个人的宗教观念，以及作为宗教教育者的作用，都说明他是一个宗教融合者。林兆恩生活在三教融合非常兴盛的明代，三教合一的观念被当时的民间教派、著名思想者甚至是明代的建立者（朱元璋）所提倡。在中国历史上，这个时代是空前绝后的，宗教融合在宗教想象的各个层面具有了如此开放的、深入的影响。林兆恩和他的时代，将宗教融合在中国的历史上作了最为清晰的和最为翔实的展示。在贝琳教授看来，这是这个时代的特点，也是林兆恩的特点，从这个角度出发，才能正确地认识林兆恩的价值。
林兆恩不是一个思想的天才，或者非常具有创造性的思想者，他只是采用了早已普遍流行于心学以及佛道二教中的观念。他的贡献在于将这些借用来的观念改造成一种融合的宗教教义以及一种明确的学习和实践的系统，对于他自己和别人来说都是非常容易理解和遵循的。所以，林兆恩的价值是在于其所作的宗教融合的努力，并在此基础上形成了一种非常明确的、容易操作的宗教形态——三一教，而不是在于思想性的创见方面。所以，对于林兆恩的评价应该更多地从宗教史角度，而非思想史角度。
虽然林兆恩在他在世的时候或者他死后，都没有成为全国性的形象，但是，他的教义依旧是鲜活的。他可能影响了17世纪和19世纪其他一些三教教派。虽然他不是一个重要的形象，但是他代表着宗教思想的趋势和关注，而这对于社会的某些方面会有持续的吸引力。这里，贝琳教授对于林兆恩作了一个相对比较客观的定位和评价，即林兆恩首先是一个宗教家而非一流的思想者。所以，我们对于林兆恩的评价主要是要考察他对于宗教的意义而不是考察其思想本身在中国思想史上的地位。但是，如果我们返回到林兆恩思想本身，要对他的思想作一个简单的审视，该如何评判呢？笔者以为，首先林兆恩的思想是心学思潮的一种，与泰州王学有着相似之处，即基本的倾向应该是属于儒学的。其次，林兆恩的思想本身比较繁复，而且矛盾也很多，并不是纯粹的心学思想，这与他容摄三教的做法有着密切的关系。延伸至其宗教思想，林兆恩的宗教思想可以认为是以儒学为基本根基（或者说价值取向）的三教合一论，亦即他其实还是站在儒家的观念立场上去讨论三教问题的，虽然在具体形式中受释道两家影响深刻。
对于林兆恩的评判，应该说还是相对可以比较清楚的；但是，对于三一教的评判就相对比较复杂一些。三一教毫无疑问是建立在林兆恩三教合一的宗教思想的基础之上的，至少从立教的理论来说是没有问题的。但是，问题在于三一教作为一种宗教形式，它不仅包含教义教理，更为重要的是他需要有一些具体的制度建设，而这些制度建设基本是林兆恩的弟子及再传弟子完成，而他们在完善教团组织的时候，吸收了更为明显的佛、道色彩（道教占主要部分）。那么，这样的一种宗教形式该如何评判？笔者认为可以从两个方面来说：
一方面，就思想定位来看，三一教还是以儒家的基本伦理教育为核心的，以林兆恩的思想作为基础的，从这个意义上来说，三一教从本质上来讲是儒家的民间宗教表现形式之一。
另一方面，就宗教制度形式来说，三一教具有明显的佛教和道教色彩倾向。其实，这也很好理解。因为道教和佛教在宗教科仪、制度建设方面本来就比较完善，也容易操作，更重要的是，这种形式对于民间来说没有接纳的隔阂。
林兆恩所倡扬的三教合一的观念，以及在此基础之上形成了三一教，在中国民间宗教史上具有深远的影响，而这种影响甚至延及今日。作为中国民间宗教的一种具体形式，三一教的发展过程及其现状，对于今日的中国民间宗教（民间信仰）而言，有着非常大的启示意义。在前文我们曾经详细地讨论过三一教的发展现状及其所面临的问题（详见第三章的相关论述），这对于我们理解当前中国民间宗教（民间信仰）的问题有着可借鉴的意义。在目前我国面临社会转型的背景之下，以三一教为代表的一系列民间宗教信仰形式，在广阔的乡土社会中发挥着重要的意义和作用，比如前文所提到的社会整合功能、心理调适功能、教育功能、交往功能，以及协调人际关系的功能。民间的宗教信仰形式，作为社会行政管理形式的有效补充，在现实的社会背景中，发挥着积极的意义。无论在精神层面，还是在社会现实层面，都对民众的具体生活产生了积极有效的影响。同时，宗教信仰，作为一种文化现象，承载的是历史的积淀和文化的遗产，在我们强调非物质文化遗产的今天，这样的一种价值和理念，理应有着其应有的地位和价值，应该在当代人的生活各个层面发挥其积极作用。
同时，我们也可以非常明显地看到，在社会转型的今天，在乡土社会日益受到经济转型冲击而逐渐城市化的背景下，民间宗教信仰本身就面临着非常大的挑战，比如信众的年龄老化、整体文化素质不高、管理相对松散等等。如何在新的形势下，保留并积极发挥这些传统的信仰形式在乡土社会中的作用，这是当前非物质文化遗产保护所需要思忖的一个重点，更是乡土社会建设过程中切实需要解决的问题。三一教以协会管理的形式，在某种意义上来说，可以避免很多现实问题的产生，可以达到有效整合传统文化资源的目的。