四、创教倡道时期
从嘉靖三十年（1551）至万历二十六年（1598），这是林兆恩一生活动的最主要时期，林兆恩主要做的事情有三个方面：创教授徒、传教倡道以及著书立说。在林兆恩的思想完成了由儒返儒这样一个弃名学道的过程之后，同时，在“明师”的指点之下，林氏完成了自身的思想转变，在儒学（主要是心学）的基础上其三教合一的理论已经成型，并且也完成了由学术色彩向宗教色彩转型。嘉靖三十年（1551），林兆恩35岁，正式形成三一教的学术团体。其形成的主要标志是林兆恩相继收邑人黄州、黄大本等人为徒，开始于东山樵舍讲堂（即今宗孔堂）授业。次年（1552），焚青矜辞庠士名籍，随后以“山人”自处，以表示与俗学的决裂。弃名学道标志着其思想转型的完成，而授徒则表明林兆恩的这种思想开始有了信众。门徒的出现，说明其宗教组织已经确立。当然，在这个时候，三一教组织的宗教色彩并不是十分鲜明，确切地说应当是具有宗教倾向的知识分子团体。在这个团体里面，林兆恩是核心，其余的为其弟子。他们的思想核心是心学，强调的基本思想是“道释归儒，儒归孔子”。他们采取的是聚会讲学的形式，这在晚明之际也是非常普遍的一种现象。当然，其间是有宗教色彩在里面的，而随着其团体的不断壮大，其宗教性不断加剧，并最终完全成为一种民间宗教形态。这个转变是一个过程，有两个转折点。第一个转折点在嘉靖四十四年（1565），林兆恩开始云游天下，四处传教，信徒则“人人肖像以祀”，至万历十五年（1585）被门人奉为“三一教教主”，这样，林兆恩已然成为了教主，其角色发生了改变。第二个转折点是在林兆恩死后，经过其嫡传弟子卢文辉、再传弟子陈衷瑜、三传弟子董史的努力，建立三一教的堂祠制度，形成了三一教内部的仪轨制度，并且对林兆恩进行了全面的神化，这样作为宗教形态的三一教才真正确立。林兆恩的传教活动大致上可以分成两个阶段，第一个阶段是从嘉靖三十年（1551）至嘉靖四十三年（1564），这个时期，林兆恩的传教活动主要是以东山宗孔堂为核心，在莆田和仙游一带活动，以其三教合一的思想教授门徒为主。第二个时期从嘉靖四十四年（1565）开始，林兆恩宣布不再以教授诸生作为重任，而开始云游天下，随处传教，其足迹几乎遍及了整个福建，还多次到了江西、浙江、广东、江苏等地。林兆恩在其授徒传教过程之间，勤于著述，自嘉靖三十二年（1553）开始至万历二十六年（1598）的45年间，几乎每年都有好几种著作问世。后来由门人汇编成集，主要有《圣学统宗》、《林子圣学统宗三教归儒集》、《三教分内集》、《圣学统宗非非三教心圣集》、《林子全集》、《林子三教正宗统论》、《林子会编》、《夏午真经》等等，而这些也成为研究林兆恩和三一教思想的基本依据。在林兆恩的这一时期，除了以上这些活动之外，特别需要指出的就是林兆恩毁家纾难的义行。在其创教后的最初15年内，林兆恩除招收门徒，倡导三教合一之外，将大量精力用于协助官方抗击倭寇与账民救灾。倭寇是明代侵扰我国东南沿海数省的日本海盗集团，嘉靖后期，最为猖獗，福建莆田、仙游、福清一带深受其害。倭患频繁，加上随之而来瘟疫流行，莆田、仙游一带死者相枕，白骨遍野。自嘉靖三十七年（1558）至嘉靖四十三年（1564），根据《年谱》和《实录》的记载，林兆恩几乎每年都参与到抗倭救灾之中，变卖田产，毁家纾难，组织门徒收埋尸体，积薪火化，以致巨万家产耗费殆尽。至隆庆年间，林兆恩经济拮据，不得不接受门徒赞助。林兆恩的义举，使其名声大振，受到当时与后世的交口称赞。
万历二十六年（1598）正月十四日寅时，林兆恩去世，终年82岁。万历三十年（1602），门人服心丧三年毕，葬于文赋里石门山（今华亭镇后角村）。
第二节 三一教的创立
关于三一教的创立，在前文叙述林兆恩生平中已有提及。三一教创立的时间为明嘉靖三十年（1551），是年林兆恩35岁，在经历四次省试失败之后弃去举子业而专心于心身性命的探求，出入三家之间，最后重新确定了以心学思想为基础的儒家理论归依，这标志着林兆恩在思想上的成熟，于是林兆恩相继收邑人黄州、黄大本等人为徒，开始于东山樵舍讲堂（即今宗孔堂）授业，这样，作为一个新的民间宗教形式——三一教——也就真正创立了。当然，对于真正意义上的宗教组织来说，三一教到了明嘉靖四十三年（1564）开始的，由此林兆恩开始了其全国传教的活动，并且林本身开始逐渐被信徒神化。
对三一教创立的过程探讨需要注意两点：第一，林兆恩的理论转变是怎么实现的；第二，林兆恩所形成的团体如何由一个知识分子的讲学团体演变成宗教性的组织。
就理论转变而言，林兆恩思想从儒家出发，最后返回儒家，确立其三教合一的宗教理论基础。如前文所言，这时候林兆恩对于儒家思想的理解，已经不再是传统或者世俗所理解的那样，而是加入了释道的理论成分，主要是道家内丹学思想的影响。在林兆恩的这个思想转变过程中，还有一个人物起到了至关重要的作用，那就是上阳子卓晚春。卓晚春，莆田人，生于嘉靖年间，自号无山子，上阳子，时人称为“小仙”。林兆恩与之交往甚多，在当时有“卓狂林颠”之名。对于林兆恩而言，作为道教神仙类人物的卓晚春对于他的作用是让道教进入了自己的世界。也正是在与卓晚春交往之后，林兆恩开始了其修道之路，真正进入了道教的理论世界（特别是内丹学），并深受其影响。
嘉靖二十五年（1546），林所得的“八闽第一”之兆，在嘉靖二十七年（1548），卓晚春访林府，为林兆恩解为“九转还丹”（道教丹法之一，谓经过九转而练成纯阳之大丹），而这也就促使林兆恩开始寻师访道，《年谱》称其因此“豁然大悟”。这也正是卓晚春的作用所在，而当林兆恩需要进一步询问“修真要诀”的时候，卓晚春并没有应允，而是自此消失了，“小仙所言，人多不解，唯教主能解。人或问之祸福，亦隐隐言之，若问以修真要诀，则默默不言，教主问其故，答曰：‘非有玉帝敕命，敢妄传耶？’工夫终不肯轻泄。”因此，卓晚春对于林兆恩来说只是一座桥梁，经由他，林兆恩开始了其心身性命的修炼。
而对于他的思想影响较大的，应该是张三峰。与张三峰的交往，《年谱》中有一则记载：“（隆庆）八年庚辰，先生六十四，春游鼓山，夏往武夷。……时张三峰真人晦其姓名曰桃文羽，来见先生剧谈玄秘，有玄歌、玄谭，先生悉录以付梓。”按照这则记载，张三峰当曾传修真要诀于林兆恩，而三峰丹法，按照记载，属于内丹派，提倡内丹修炼，因此，其所传于林的也应当是内丹修炼方法。对照《林子三教正宗统论》第三十五册中所载张三峰的《玄歌》、《玄谭》即可知，其丹法接近于内丹东派陆西星的阴阳双修。此外，依《实录》记载，嘉靖四十三年（1564），林兆恩曾从吕纯阳（即吕洞宾，相传为内丹道创始人）处学到丹法秘诀。
当然，无论是《年谱》，还是《实录》都会有其弟子夸大其辞的地方，再加上林兆恩后来是作为神一样来崇拜的，这样的夸大也就更是难免了，但是至少有一点是可以肯定的，即林兆恩对于道教是相当熟悉的，并且受到过道教（特别是内丹学，因为宋以后丹法主要是内丹道）的影响的，这些在其后来对儒家思想的解释中表现得非常明显。比如在林兆恩对儒家核心伦理观念“仁”的解释中，林兆恩认为，“自父母未生以前，本体太虚而已矣，其余之所谓未始仁者乎？既而父母媾精之后，一点灵光而已矣，其余之所谓仁者乎？而一点灵光之仁从太虚中来者，我之元神也”，“故人之始生也，匝地一声，而一点真阳落乎其中者，则生生不息之仁存焉”，“岂曰仁者一体之心，而一元之气流行而有所不贯耶？意者世之儒者其未识仁乎？是吾党之过也”，在这里，林兆恩以“一点灵光”、“元神”、“一点真阳”和“一元之气”来解释“仁”，究竟什么是“一点灵光”？什么是“元神”？什么是“一点真阳”？什么是“一元之气”？再者，何谓“父母媾精”？清楚地理解这些问题，将对林兆恩的“仁”思想有更深入的理解。事实上，“元神”、“一点灵光”、“一点真阳”和“一元之气”都是道教内丹学的名词，而“父母媾精”则含“一阴一阳之谓道”的意思，这些概念很多是来自于道教的，特别是道教内丹学。
“元神”、“一点灵光”是道教内丹学南宗创始人张伯端的用语，在《青华秘文·神为主论》中，张伯端认为“夫神者，有元神也，有欲神也。元神者，乃先天一点灵光也。……元神者，先天之性也……将生之际，元性始入，父母以情育而我体……”，在这里，张伯端以“元神”为人先天的灵性，亦即人的本元之性，也就是先天的一点灵光，这种先天的本元之性因“父母之情”而产生“我”，即所谓的父母媾精，化生万物。这一段话如果和前面林兆恩关于“仁”的论述联系起来看，其实，两者无论是论述的方式，还是用语都是非常相似。不过，林兆恩是用“仁”来指称“元神”、“一点灵光”，并以之为万物之根据。“真阳”也是道教内丹派（主要是清净独修派）的用语。清净独修派是元代丘处机创立，反对阴阳双修，认为阴阳都是在自身之中的，依靠自身的修炼即可以结丹。
而林兆恩出入儒释道三家的过程必然是充满着疑惑和困难的，“忧愁愤闷，殆穷人之无所归焉”，但是在这个过程当中林兆恩并没有放弃对于“道”的追求，困难和疑惑反而更加坚定了林氏求道问学之心，“而兆恩求道之心，至此亦云勤矣！岂意天不爱道，而鉴我一点不退真心，不十年间，幸遇明师，怜我而教我也：直指此心是圣。而所以与兆恩言者，一皆四书五经，曰：‘由孔孟以来，而此书乃为疏释所晦，而不明至于今矣！’若夫艮背、行庭微旨，尤且谆谆为兆恩言之。及别，乃复谓兆恩曰：‘汝布衣也，不有以小试之，其孰从而信之？’兆恩曰：‘何以试之而使人信之？’师曰：‘试之以病，病已而人信之。’‘然则何以已人之病乎？’师曰：‘汝少小时，岂不诵体胖睟面之书乎？体胖由于心广，睟面本于根心，况《易》之黄中也，而条理之窍妙，足以宣畅四肢乎？汝亦惟持其志，而无暴其气焉已也。’兆恩曰：‘请问其方。’师曰：‘医者意也，而方固在汝之心矣。’”
在林氏求道问学的过程中，终于得到了“明师”的指点，而获得了开悟。“明师”对于林兆恩的点拨，按照林国平教授对于上述引文的分析在于三个方面：（1）直指此心是圣。（2）艮背、行庭之旨。（3）为人治病的办法。从林兆恩此处的论述来看，“明师”所指点于林兆恩的最为关键的是以儒为本，以心为本。而艮背、行庭则是达到心圣的方法，治病则是作为布衣的林兆恩用以取信于人的手段。对于后来林氏三教合一的宗教理论的完成和宗教实践的推行而言，在这里已经基本上成型了，这也是林氏弃名学道的最终结果。
这个过程好似一个圆圈，从儒家出发，又返回到了儒家。至于“明师”是谁，有的人说是卓晚春，有的人说是张三峰，或者怀疑“明师”的真实存在等等，各种说法都有，目前教内、学界尚无统一的意见。实际上，正如林国平教授所指出的那样，“在中国民间宗教史上，假托神仙下凡指点迷津，或以仙佛的化身自居而创立宗教者不乏其例，甚至是带有某种普遍性，从这个意义来说，林兆恩隐瞒‘明师’的真实姓名也就不足为怪，当然怀疑‘明师’其人是否真实存在也并非毫无道理。但无论是假托神仙下凡或故意隐瞒师父的来历，其目的是相同的，不外为了使自己所创立得宗教更加神秘化，或批上一件神圣的外衣以便感召信徒。”神秘性（或者说神启）恰恰是宗教所需要的，反之，如“明师”所说的那样，“孰从而信之？”没有神秘性，没有效验，布衣的林兆恩怎么能够赢得信众？也许经过这段时间的探索，林兆恩自己明白了以儒为本，以心为本的道理。
但是，对于宗教来说，必须是有神秘性。于是，“明师”也就应运而生了。对于传统学术而言，师承是非常重要的问题，必须要弄清楚。但是对于宗教而言，必须是有神秘性的。在这里，实际上已经在林氏的思想与正统学术之间划上了一条区分，也标志着林氏思想转变的真正实现。