尽管在写她的第一本书时，纯如与我们谈到过许多关于下一本书的选题构想，但动手写《南京大屠杀》的决定却来得十分突然。那是1994年12月。正如纯如后来在书中描述的那样，1994年12月13日，参加在加州库比蒂诺举行的一次会议时，她下定决心去书写历史上最残忍的这一篇章。那年11月，纯如听说，一部描述中日战争和日本军队30年代犯下的战争罪行的纪录片在获取资助时遇到问题。她对此十分好奇，然后联系了几个与这一项目有关的人。她被告知，在库比蒂诺将举行一次与此相关的会议。他们对他说，如果纯如对这个话题感兴趣，她可以去趟湾区，参加会议。纯如当时不仅在寻找新书的题目，也对这段历史极度感兴趣。她从小就从我和绍进这里听到大量关于中日战争的故事。当时的时机也正好：她刚刚完成钱学森的传记。
会上展出了30年代日军侵华期间拍下的许多反映日本战争罪行的照片。纯如在书中写道，“尽管孩提时代我就听到许多关于南京大屠杀的事情，但却从未作好准备看到这些照片——被砍掉的头颅，被割开的肚腹，赤裸的女人被强奸者强迫着摆出各种色情姿势，她们的脸扭曲变形，带着让人永远无法忘记的痛苦和耻辱表情，所有这些都毫无遮掩地呈现在黑白图像上。”纯如接下来写到，“在这个极度痛苦的时刻，我醒悟到不仅生命是脆弱的，人类的经验本身也是脆弱的。”她后来在电话里告诉我们，她必须把南京大屠杀作为下一本书的题目。这是一种道义上的责任，也是受害者们应得的公道。
1998年，《南京大屠杀》一书出版后，一名日本记者德留绢枝（Kinue Tokudome）采访了纯如：“为什么你决定写这本书？”
纯如回答说，“当我还是个小女孩时，我父母讲述的南京大屠杀就令我震惊。他们告诉我，日本军队在中国南京屠杀了数十万计的中国平民，甚至连小孩也不放过。这给我留下了深刻印象。我去图书馆试图了解更多细节，但却找不到一星半点儿与此相关的信息。在我们学校的图书馆里，在市里的公共图书馆里，在我的世界历史教材里，什么都找不到。更糟糕的是，我的老师们居然对这件事一无所知。”
“这件事在我的记忆中作为一个问号存在了许多年，直到1994年我在图片展上看到相关的照片。那些照片之恐怖激发了我写这本书的念头。”事实上，在那之前，纯如一度认为，我们在向她讲述那些陈年旧事的时候，或许夸大了1937年到1938年发生在南京的事。
在那次库比蒂诺会议上，纯如了解到，直至当时为止，还没有一本用英语写成的关于南京大屠杀的专著。她还了解到，许多美国传教士、记者和军官都曾在日记、电影或照片中记录下了他们的见闻，而这些都保留在档案馆和图书馆中。在世界抗日战争史实维护联合会（简称史维会）和湾区一些热切关注这段历史的活跃分子的帮助下，纯如马上被介绍给东海岸的一些活动家。她想到要去华盛顿特区的国家档案馆和耶鲁大学神学院图书馆查找相关材料。
1995年1月4日，我们飞往洛杉矶看望绍进的父母，然后开车到圣巴巴拉看纯如和纯恺。这几乎成为每年圣诞节后的某种惯例，因为现在两个孩子都不回家过圣诞和新年了。除此之外，加利福尼亚的冬天气候宜人，正好借此躲避厄巴纳的寒冬。不过，1995年1月，洛杉矶天气不好。我们一到那里，就遇上了有记录可查的最糟糕的雨季。整个旅途中，几乎每天都在下雨。
纯如告诉我们，她准备到东海岸去几天。在湾区活动家们的协助下，每件事都安排好了。纯如1月8日那天动身前往华盛顿特区，当时我们还在洛杉矶。我们到家中后，我给纯如发了封电子邮件，问她是否安全抵达华盛顿。1月24日，纯如用耶鲁神学院图书馆的计算机回信说，她一切很好，只不过太忙，无暇详述。5个星期后，她于2月12日返回家中，等着她的是一堆至少有3英尺高的信件和包裹，其中包括她从东海岸寄给自己的大箱影印文件。耶鲁之行极为成功：她发现了大量素材。纯如说她还欠我们一封汇报这次旅行经过的长信，只要一有工夫就马上写给我们。
3月12日,纯如寄给我们一封25页的长信，讲述这次旅行的经过，这封信本身简直就可以扩展为一篇宏文。纯如描述了旅行中的种种细节，诸如她住过的房子，见过的人，每个人的特征。她说她之所以给我们写这样一封细致入微的长信，也是起到记日记的作用，日后提醒她那些细节。事实上，正如她以前说过的，这封信让我们全面了解了当时她的想法和她的生活。这是她为《南京大屠杀》一书收集资料时的忠实历史记录。
在这封信中，纯如提到，她于1月8日飞抵华盛顿，当天晚上11点30分找到李圣炎博士（Dr. S. Y. Lee）的家中。纯如此前根本不认识李博士，是通过湾区的朋友介绍才找到的他。李博士和他的妻子非常大方，让纯如在国家档案馆搜集资料期间住在他们家。纯如写道：
李博士和他的妻子是一对在华盛顿特区住了几十年的美籍华人。谈起两人早年在中国的经历，他滔滔不绝，直至午夜。那时候，他是大二的学生，他所在的大学在抗日战争期间迁往内地。和许多美籍华裔的专业人士一样，李博士和妻子在1949年大陆解放前夕飞往台湾，后来又移民到美国。在获得化学博士学位之后，李先生在政府的一些研究机构如美国宇航局担任化学家。
退休之后，李先生夫妇将他们的时间投入到出版《美华论坛》（Chinese American Forum）这本杂志上。杂志创办的初衷是向外传播各种职业和各个年龄层美籍华人的观点与故事。李博士非常希望我今后可以为这本杂志撰稿。他告诉我，看到有人能为这样一本关于南京大屠杀的书而工作，他深感欣喜。他说，至今还没有一本类似的英语著作。他还说，就算是用中文写成的书，也有很多歪曲之处。
接下来，纯如开始描述她在华盛顿特区的生活：
我在李博士家住了一星期，睡在二楼的客房里。房间里有个木质写字台，上面有几本李先生夫妇特意为我准备的有关抗日战争的书，里面一些文章便是讲述南京大屠杀的。除了晚上，李先生夫妇很少能见到我，因为我几乎一醒来就一头扎进国家档案馆里去。
我惯常的一天是这样的：早上七八点钟起床，坐公交车到银溪火车站（Silver Spring）。幸运的是，李先生家对面就有一个公交车站。坐公交车去国家档案馆大约需要45分钟，而国家档案馆大楼早上8点45分开门。我上午在档案馆13层的军方资料区，查找有关文件，填写所需的各类报纸的存档索引卡片。接着，几十个大箱子被从档案架上取下来，放在小推车上，送到二楼的阅览室供我查阅。那里每周二、周四和周五一直开到晚上9点。我通常在那里一待就是一下午或一晚上，浏览文件，把那些和南京大屠杀相关的贴上标签，尽快复印下来。
一天工作结束后，李先生在银溪车站把我接上。如果我工作到很晚，就必须靠他开车载我回家，因为公交车一定时间后就停运了。开始时，我为如此麻烦他而深感不安，但他坚持说没什么，因为他反正也没什么事做。此外，李先生还对我每天在档案馆找到的东西非常好奇，他很享受开车回家路上与我就抗日战争展开长时间的讨论。例如，他非常感兴趣的一件事就是，为什么日本军人在本国时非常文明有礼，但到了国外却如此凶残。他相信，答案或许藏在日本的武士道历史中，在他看来，这种武士道文化几乎就是一种邪教。
纯如还详细地写到了国家档案馆和那里的馆员约翰·泰勒（John Taylor）：
国家档案馆里关于南京大屠杀的资料浩如烟海，而且散布在各处。指点我找到这些资料的人是我以前写钱学森那本书时帮过忙的同一个人：约翰·泰勒。他是一个白胡子老头儿，脸颊上的肉耷拉着，总是穿着鼓鼓囊囊的衣服，拥有百科全书式的记忆力。在档案馆工作了50年后，他已经升至军事文献部门的最高级别。他一直不辞辛劳地帮助我和所有来办公室找他的学者。他向我介绍了一些新近解密的美军截获的日本外务省情报，远东国际军事法庭（也称东京审判）的全部审讯记录，远东国际军事法庭起诉过程中的调查文件，上海市警察局的记录，以及1937年到1938年间来自美国国务院和军方的情报信息的微缩胶片。
尽管已过退休年龄，泰勒却是联邦政府最勤勉的雇员之一。他每天总是第一个到办公室，又总是最后一个离开。他甚至在办公桌前吃午饭，免得漏接了电话。我清楚地记得他一手接电话一手拿着三明治的样子。我住在玛丽安·史密斯（Marian Smith）家里的时候，有一天生病了。泰勒先生注意到我没有出现在办公楼旁边的公交车站，开始担心起来。他把电话打到了玛丽安的家中。而这让我知道了两件事：首先，泰勒真的很关心我，所以打来电话；其次，他早上8点钟就到了国家档案馆，所以才会察觉到我不在那里！（在这个城市，许多政府雇员每天早上10点上班，下午3点下班，中午还要花两个小时出去吃午饭，每当你打电话过去，他们的秘书不是答复“还没回来”就是“正在开会”，要不然就是“今天不在”，居然还有约翰·泰勒这样的人存在，真是让人难以置信。）
我太忙了，没机会参观国家档案馆里面最珍贵的历史文件：《独立宣言》和《美国宪法》。不过，我见到了一个有趣的人并和他保持了通信联系。他的名字叫阿诺德·克拉米什（Arnold Kramish），原来是核物理学家，后来转行当了作家。
接下来纯如又开始谈起了阿诺德·克拉米什。这个人后来在钱学森传记出版的时候为纯如写了书封上的推荐语。
几年前，克拉米什在一份供情报人员参阅的新闻通讯上看到关于我的书的介绍，他就开始写信给我。我对他所知不多，只知道他是个科学家，还是个受人尊敬的作家，最近在写一本名叫《格里芬》（The Griffin）的书，内容是关于德国斯普林格出版社科学编辑保罗·罗斯鲍德（Paul Rosbaud）的。这个人是许多德国顶尖核物理学家的好朋友，而且是纳粹党的骨干。在第二次世界大战中，罗斯鲍德还是丘吉尔最有价值的一个间谍。在许多写给我的信件中，克拉米什邀请我，若是到华盛顿特区的话和他一起吃午饭。1月11日，我在城里一家著名的意大利餐馆Luigi’s见到克拉米什。他是个胖乎乎的白发老头儿——精力旺盛，口若悬河，而且脾气很好，他让我联想起一个没胡子的圣诞老人。
和爸爸一样，克拉米什以前也曾经师从于哈佛大学的朱利安·施温格尔（Julian Schwinger）。他在二战期间曾为曼哈顿计划工作，后来又就职于兰德公司、美国核能委员会和其他政府机构。有一段时间他还在加州大学洛杉矶分校和伦敦经济学院担任副教授。他至少写了6本书，还得了几项大奖……他收集了许多关于科学间谍的内幕，而且还认识一些间谍呢。
克拉米什超级爱写信，他有很多联系人……克拉米什是曼哈顿计划的参与者中唯一一个还在国家档案馆中详细进行曼哈顿计划的历史研究的人了。从很多方面来讲，他都是研究二次大战历史的历史学家的劲敌。首先，他是这些事件的亲历者；其次，他懂科学；最后，他熟悉历史研究的模式和技巧。这使他成为一个具有科学精神的历史学家。
接下来，纯如又提到了她在纽约与独立制片人汤美如（Nancy Tong）的见面：
在华盛顿特区待了一周之后，我坐火车前往纽约。1月15日“马丁·路德·金日”那天，我花了一上午在贝特曼档案馆（Bettmann Archives）寻找南京大屠杀的照片，这是全世界最好的图片档案馆之一。然后我和汤美如见了面，她是一个美国华裔独立制片人，之前制作了一个时长一小时的关于南京大屠杀的纪录片《奉天皇之名》（In the Name of the Emperor）。我们一起在一家中国面馆吃了午饭，互换资料和采访联系人信息。