更糟糕的是，《华盛顿时报》（Washington Times）的一篇类似文章中，钱学森干脆就被扣上了间谍的帽子。这令纯如十分恼火，她马上发表声明出面澄清，指出根据她历时三年的研究，钱学森从来未曾被美国政府以间谍罪正式起诉。20世纪50年代，美国政府没有找到任何证据证明钱学森是间谍。纯如说，恰恰相反，钱学森当时被指控的罪名是“有可能的”一名共产党员，然而，美国政府也未能找到任何可靠证据证明这一点。因此，纯如表示，除非有新的证据表明钱学森曾是共产党员，《考克斯报告》中的指控是不负责任的行为。纯如要求考克斯报告委员会的成员给出进一步的证据，但他们却说，为了国家安全，他们不能在公开发表的报告中透露任何事情。
那时候，关于中国间谍活动的新闻几乎每周都要出现在美国报纸的头版上。1999年3月6日，《纽约时报》登出了一篇头版报道，披露了发生在洛斯阿拉莫斯国家实验室的一起泄密事件，事件刚好与美国最高级的热核弹头W-88有关。这篇文章发表两天之后，在洛斯阿拉莫斯工作的华裔核物理学家李文和被解职，他的名字和他正在接受美国联邦调查局调查的情况也被透露给媒体。这件事一下子与《考克斯报告》的公布构成了放大效应。
那时候，所有在美国从事军事武器研究的华人科学家似乎都被当成了中国间谍，这令人联想起20世纪50年代麦卡锡主义盛行时期对共产党员的政治迫害。许多华人组织和少数族裔团体都联合起来对美国政府种族歧视及种族成见的行为表示抗议。纯如对此尤为不满，李文和案成为她演讲的一个主题，后来也被写入《美国华人》一书。
我们后来才了解到，李文和真正被指控的罪名仅仅是某一次错误下载了被标记为“限制级”的保密数据。在戴着手铐脚镣被拘禁了8个月之后，詹姆斯·帕克（James Parker）法官宣布释放李文和，并因美国政府在案件公诉过程中的“滥用权力”向他道歉。
1999年春天，纯如告诉我们，她应邀在湾区美国亚裔群体组织的1999年度阿斯拜尔大会（Aspire 1999）上作主题演讲。我们之前已经计划在那段时间去看她，于是她邀请我们一同参加大会的晚宴。
5月29日，我们飞到旧金山，及时赶到机场附近的凯悦酒店参加晚宴并听她的演讲。我们和几位贵宾坐在一桌，纯如把他们介绍给我们。这些人中包括加州议员本田实，俄勒冈州议员吴振伟（David Wu），实业家John Chen等。吃完晚餐，甜点上来之前，主持人将纯如引上讲台，她开始作主题演讲。
纯如演讲的题目是“诚实对待历史和人权问题”。她清晰有力的声音吸引了会场中500多人的注意力。我注意到，演讲过程中，没有人离席而去，大家都保持肃静，只听得见纯如的声音在空中回荡。纯如提到了当下的一些时事如《考克斯报告》以及在“中国间谍事件”中的种族歧视问题。纯如说，“我站在这里不是要给钱学森辩护或是指责他。我并不排除他间谍的可能性……但如果美国政府要对一个没有办法在场为自己辩护的人作出如此重大的指控，他们应当准备好充分的证据。凭空指控与证据确凿之间有很大的不同！”
纯如还解释了诚实对待历史的重要性所在，因为它对美国少数族裔的未来有着直接影响。“作为美籍亚裔人群，我们有权利让自己被诚实、准确地书写于美国历史之中。”纯如继续说道，“不幸的是，直到今日，仍很少有尊重历史事实地去反映亚洲人生活的电影和书籍。亚洲的女性仍被当成妓女或性奴，亚洲的男性仍被看做瘾君子或间谍——要么就是一群怪人。”纯如对听众说，“写书是消除偏见的一种方式。我正努力用我正在写的这本书，一部美籍华人的口述历史，与那些偏见作斗争。”
纯如激烈地批评了《考克斯报告》和《华盛顿时报》的文章。她说，“他们的故事让我想起麦卡锡主义盛行时代，对钱学森案进行不实报道的那些不负责任的新闻。”她说道，“我认为美籍亚裔群体理应从美国政府那里得到诚实和准确的历史记载。如果他们打算把钱学森当成间谍，就应该亮出证据，证明这一点，尤其是对于这件发生在50年前的事来说。一个政府不能随心所欲地给人打上‘共产分子’或 ‘间谍’的标签。同样，如果美国政府拒绝给出证据，或是在没有证据的情况下就做出结论，然后在有人质疑时坚称他们的论据是保密的，就没有办法进行一个公平的讨论。作为美国公民，我们有权知道。在这个时候，钱学森是不是间谍反而并不重要。如果我们不要求我们自己的政府负责任的话，他们会以为，他们可以随意改写历史。”
这就是她为什么要写《南京大屠杀》这本书的原因。她对听众说，“历史是确保权力制衡的一种方式……忘记历史只会增加人权被侵害和种族屠杀的可能性。因为这种遗忘让有些人以为，他们可以在谋杀之后逍遥法外，不会因自己的行为而被后世人审判。”纯如继续说道，“正是这种道义上的责任和义愤促使我写下了我的第二本书——《南京大屠杀》。”
我当然深深为纯如的讲话所感动。晚宴后，纯如被一群年轻的美籍华人包围，向她提问，与她合影。纯如的演讲感动了很多人，一个著名演说家代理机构的代表甚至联系上纯如，准备为她做代理。
旅行，演说，替下一本书收集资料，这些活动之外，纯如一有机会还为一些报纸撰写专栏文章。这时候，《南京大屠杀》已经出版两年了，但在媒体上仍有许多与此相关的讨论，人们仍在对这本书议论不休。当觉得有人不公正地对她的书作出批评时，纯如从来不惮于立即回击。
在1999年10月17日写给《洛杉矶时报》编辑的一封信中，纯如向乔书亚·福格尔（Joshua Fogel）发出了质疑。之前，哈瑞特·米尔斯发表了一篇关于《南京好人：约翰·拉贝日记》的书评，在对这篇书评提出批评时，乔书亚·福格尔写道，“张纯如的《南京大屠杀》不仅证据上‘靠不住’，而且也受到了研究相关问题的历史学家的广泛批评……”纯如在信中质问道，“在我的研究中，他到底发现哪些部分‘靠不住’？拉贝日记吗？目击了大屠杀的美国传教士留下的上千份记录吗？中国幸存者和日本参战人员的第一手叙述吗？当年的媒体报道吗？”纯如接着写道，“公平地讲，福格尔或许应当提到，所有那些对《南京大屠杀》加以批评的历史学家都是日本人……但在日本之外，我的书却受到一致好评。”
我不认为纯如是在夸大其词。英国的J·G·巴拉德（J. G. Ballard）在1999年2月21日出版的《星期日泰晤士报》上发表了一篇对纯如的书的出色评论。书评刊出后，纯如的书也登上了伦敦的畅销书榜。巴拉德高度赞扬了这本书，他说“这本动人心弦的书的每一页都令我不寒而栗，但我强烈建议每个人都应该读一读它”。纯如很激动，尤其是因为巴拉德本人就是她一直崇拜的一位知名作家和文学评论家。纯如读过他的书《太阳帝国》（The Empire of the Sun），书中描述了他20世纪40年代的儿时战争回忆。抗日战争期间，巴拉德的父母就在上海。
后来，20世纪80年代，我们一家人看了由他的书改编而成的同名电影。在他的书评发表后，纯如跟他通了信。巴拉德非常和善，专门寄给我们一张有他签名的藏书签。纯如将藏书签贴在他的书里，当成礼物送给我们。在藏书签上，他写道，“送给绍进和盈盈，太平洋战争的幸存者。真诚祝愿，J·G·巴拉德。”我们同纯如一样激动不已。
纯如告诉我们，一本书首次出版时遭到批评并不奇怪。1999年11月4日，她写信给我们说，约翰·斯坦贝克（John Steinbeck）的《愤怒的葡萄》（The Grapes of Wrath）刚刚出版时也曾被攻击过。
亲爱的妈妈，
今晚我读到一篇关于约翰·斯坦贝克在洛斯加托斯山区的生活的文章。我发现，《愤怒的葡萄》引发的反响与《南京大屠杀》十分相似。在写给朋友的信中，斯坦贝克表示，“那些大地主和大银行家对我的污蔑实在太糟糕了。最近他们散布的一个谣言是，俄克拉何马州的流浪工们非常恨我，因为我对他们撒了谎。这种轮番上场的恶意攻击真让我害怕。它们完全不由人控制。我的意思是，对一本书的歇斯底里有增无减可不是一件健康的事。”
爱你的，纯如
纯如的一个朋友告诉她，“许多针对你的批评，根源在于你因为《南京大屠杀》这本书而扬名天下。反对是在所难免的。”
从另一方面，纯如对于有那么多的人支持她也深感高兴。1999年8月，陆达路（Lou Reda）的纪录片《南京大屠杀》在历史频道播出，纯如在片中接受了采访。这部纪录片使纯如的书销量大增。纯如说，她能看出来，在纪录片播出后，亚马逊网站上这本书平装本的销售排名一下子蹿升上去。
但最令人欣慰的事情是，因为纯如的不懈努力，南京大屠杀终于在世界历史中占据了应有的位置。1999年9月22日，纯如写道，
亲爱的妈妈，
现在是一个好消息：南京大屠杀终于在世界历史中赢得了自己的一席之地。我上周去森尼韦尔本地的SuperCrown书店的时候，发现许多新近出版的有关20世纪的历史著作中都写到了南京大屠杀。例如，马丁·吉尔伯特（Martin Gilbert）在他的长篇巨著《二十世纪史（第二卷）：1933年~1951年》中，就在第161页到165页中写到了南京大屠杀，甚至还在第162页中直接引用了我的话。（他关于南京大屠杀的信息完全来自我的书，只有一少部分引用了其他作品。）《20世纪历史傻瓜书》（第232页）、彼得·詹宁斯（Peter Jennings）的《世纪》以及史蒂芬·安布罗西（Steven Ambrose）的《新编二战历史》中也提到了南京大屠杀。
还记得我当初因为《南京大屠杀》这本书的出版时间错过了二战50周年而极其痛苦吗？最后其实并没有什么差别。事实上，现在回想起来，我觉得《南京大屠杀》的出版时机近乎完美。它在千禧年结束前三年出版，让别的历史学家有时间将这段世界史中的暴行写在1999年或2000年出版的书中。
爱你的，纯如
从1999年8月开始，纯如开始通读她收集到的所有与美国华人有关的书籍和论文。每看完一本书，她都要将书中主题和她最感兴趣的事情输入到计算机的数据库中，为将来的写作作准备。长时间打字令纯如的脖子和手腕都十分酸痛。最后，她请了一位学生帮忙将信息输入计算机。她收集到的资料为数众多。2月份，纯如和布瑞特搬进了同一条街上的另一栋公寓，试图治愈布瑞特的过敏症。他们怀疑是那栋老公寓房子里的霉菌引发了过敏。新房子不大，纯如请了一位木匠在墙上打了一排架子，放她的书和研究资料。我们5月底去看他们的时候，我惊讶地发现，整整两面墙上的架子都已经被书和文件填满了。
纯如说，她读得越多，眼前那些人物的形象就变得越鲜明，中国人作为一个群体的形象也越清楚。她还说，她不再像项目刚开始时那样感觉被成箱的书和材料压倒了，事实上现在她很期待写作。
纯如过去总是跟我们说，写作是孤独的。她一直用这样的话给自己鼓劲加油：“我应当以一种只有一年好活的劲头来写书。就像面临对死刑宣判那样争分夺秒地去写。”
纯如提醒自己，应当继续为保存历史而写作。“每个人都会死两次——一次是肉身的死去，一次是在记忆中的消亡。当故事就此失传时，我忍不住流泪。”