决心反蒋起义的卢汉还停止了征兵征粮的活动，并同意了省参议会驻委会对省政府的停止新闻检查的咨请。
当时，除在昆明的《中央日报》外，其余各报竞相刊登有关我党中央的真实消息。毛泽东的《论人民民主专政》就在7月7日的昆明《正义报》上全篇刊载。
为结束云南省在财政金融上受国民党中央所控制的局面，卢汉决定改革币制。
5月20日，经省府会议决定，成立云南省银币铸造所，计划铸造半开银币。云南省银行也于7月1日正式成立，第二天就开始营业。云南地区的物价迅速得以稳定，人民的生活也得到了保障，这一举措得到了云南各族人民的热烈拥护。
6月，改组后的国民党行政院由阎锡山出任院长，徐堪再次出任财政部长，他们打算在币制上进行改革，发行银圆券。但是卢汉坚持云南省仍旧使用半开银币，拒绝使用银圆券。
另外，卢汉借云南省财政困难为由，实行机构精简政策，在5月份经省府会议决定，撤销云南省警务处，将警察人员转调到昆明市警察局，并由卢汉亲信、昆明市市长曾恕怀兼任局长。
卢汉此举的目的是要摆脱国民党特务的控制，原省警务处处长李毓桢是以前的军统特务头子戴笠介绍来的。李毓桢到职后，省警务处立刻就被军统控制住了。而原昆明市警察局长也是李毓桢任命的，所以昆明市的警务，也是在军统特务的控制之中。
而卢汉撤销了省警务处，又更换了昆明市警察局局长，就杜绝了国民党特务对警察机关的干预。
同时撤销的还有其他不少机构，省政府仅保留民、财、建、教四个厅和秘书处、会计处，人员减少二分之一。
6月初，美国驻滇领事人员向卢汉的亲信表示愿意支援云南解决财政困难，卢汉知道后丝毫不为所动，说：“美国妄想在财政上予以支援，进而控制云南，不要理他们，我们干我们的。”
此时，为了抢占云南，桂系军阀头目、华中行政长官白崇禧设立滇黔桂边区绥靖公署，任命张淦为主任，派桂军三○三师进驻百色，准备进入云南。白崇禧的副长官李品仙给云南省政府致电：“已派陆军三○三师进驻百色，并准备入滇协助剿匪”。卢汉回电拒绝他们入滇，可桂军三○三师却还已有两个团开到云南富宁县，并向广南推进。
云南省参议会驻委会召开紧急会议，大家的意见非常一致：“一、云南并没有匪，而是迫于拉丁征粮引起和剿匪剿出来的民变，还能再剿吗？二、白崇禧想保存实力，将战火引向云南是个阴谋；三、华中长官辖区不包括云南，西南各省已设有绥署，不必邻省代庖。当即决定先电告代总统李宗仁、行政院长阎锡山，请制止桂军入滇”，还称这件事如果不能圆满解决的话，“滇民为争取生存，只好通电全省各县坚壁清野，团结抗御”。
为了笼络云南省主席卢汉，蒋介石应他的要求于6月8日成立了云南绥靖公署，由卢汉兼任主任，马锳为副主任，谢崇文为参谋长，张公达为副参谋长。下设参谋处、军法处、经理处、总务处、政工处、新闻处、军医处、军械处等。
同时卢汉还兼任国民党云南省党部主任委员，将全省党、政、军大权都握在手中，为云南起义创造了非常有利的条件。10月，卢汉将他所辖的三个保安旅编为两个军，分别是第七十四军和第九十三军。七十四军长余建勋，下辖三个师九个团及军师直属部队。这三个师为瞿琢的第一八四师、保如光的第二五九师、尹集生的第二六○师；第九十三军军长龙泽汇，下辖三个师九个团及军师直属部队。这三个师为张中汉的第二七七师，陇生文的第二七八师，张秉昌的第二七九师。
这两个军和地方团队及警察共4万多人，就是云南起义的总兵力。
此外，卢汉又用绥靖主任的权力，把中央军驻在安宁的第二十六军石补天师调往滇南，消除障碍；以贵阳局势紧张为由，把驻在云南境内的中央军第八十九军调到贵阳。李弥的第八军开进云南，卢汉只允许他们驻扎宣威、昭通一带，不许接近昆明。
由南京迁到重庆的国民党陆军总司令部又计划撤入昆明，但卢汉以粮食供应紧张为由，只同意陆军总部驻在曲靖。
中央宪兵司令部要求进驻昆明等地，卢汉也只允许他们驻在曲靖。
国民党内政部警察总队也想进昆明，卢汉以无法供粮为由，拒绝了他们。
另外，卢汉还下命令撤销设在云南的军、师、团管区，并不准在云南征兵。
为了应付蒋介石，卢汉按他的命令成立了“剿匪”指挥部。西南军政处长官公署副长官肖毅肃奉蒋之命到昆明召开军事会议，决定成立由余程万任指挥的滇南“剿匪”指挥部，“清剿”我云南地区的游击队。
当时“边纵”朱家璧部就在云南的中部和南部。卢汉秘密派人通知他们转移，同时决定成立由余建勋任指挥的滇西“剿匪”指挥部，令他打通滇缅公路，保证车辆顺利通行及驻守滇西，以防国民党中央部队的侵入，将这儿作为起义作战的后方基地。