9月6日，卢汉飞往重庆，受到了蒋介石超乎寻常的热情接待。蒋介石希望继续笼络和抓住卢汉，卢汉也看出了这一点，于是在商谈中便提出众多要求，否则就将辞职。
蒋介石坚持不让卢汉辞职，经过讨价还价后，拨了两个军的装备和100万银元给卢汉，并授权卢汉“全权处理”云南问题。
但是，作为相互交换的条件，蒋介石要求卢汉回云南后立即取消已经有了民主倾向的云南省参议会，并要求卢汉逮捕100多名进步人士，封闭进步报馆，在云南成立所谓的“剿匪指挥部”等。
9月8日，卢汉返回昆明，肖毅肃等人也和卢汉同时到了昆明，目的是要“配合”卢汉在云南搞整肃。
1949年9月9日晚10时，国民党保密局特务大头目徐远举和沈醉率领100多名特务倾巢出动，开始了全市范围的突然大搜捕。
特务们在武装宪兵的配合下，手持搜查令、逮捕令，按照事先制订好的缉查地址和名单，到处抓人。一夜之间，四百多名中共地下党员、进步师生、民主人士落入了特务的魔掌。
成为特务们重点缉拿对象的爱国人士杨杰从昆明逃往香港，可随后特务们潜入香港将其刺杀。
特务头目们又成立了由保密局局长毛人凤负责的“昆明整肃指挥部”，指挥部下设了行动、审讯、总务等组。并强行解散了云南省参议会，查封了《正义报》、《观察报》等报刊。
对于被逮捕的数百人，在专程赶到昆明的毛人凤主持下，进行了连续审判，并拟订枪毙一部分人，并列好了名单，要卢汉签字。
卢汉以200人太多，证据不足为由，拒绝签字。军统又把人数减为枪毙100多人，再减为40多人。卢汉仍然拒绝签字，而要求组织军事法庭会审，以拖延时间。
军统特务们没有办法，只好从当时的中央军法总监部派人到昆明组织会审。卢汉指示云南参加会审的军法处处长杨振兴，一要拖延时间，二要坚持有证据，对无辜人员可先行释放。
这样拖到了11月，“代总统”李宗仁到昆明视察，卢汉便利用他和蒋介石之间的矛盾，向他报告说：“九九整肃在押人员中，有的是社会贤达，有的是一般职工和青年，无辜被捕。请予从宽处理，才好安定人心。”又暗示各民众团体向李宗仁上书，请求释放被捕人员。
云南知名人士李根源也对李宗仁说：“九九整肃被捕的人中，都是云南省出类拔萃的人才，蒋先生这样做，颇失人心。”
同时，李根源巧妙地把蒋介石“情有可原，罪无可赦”的电报改成了“罪无可赦，情有可原”。
11月15日，李宗仁电告卢汉“酌情从宽处理”。卢汉立即下令军法处：“奉李代总统命令，整肃所有被捕的人员罪证不足，准予一律释放，即日办毕具报”，11月28日，全部被捕人员释放完毕。
在释放我党人士杨青田时，卢汉托人告知他，自己决心起义，请杨青田设法找中共联系。
与此同时，我党组织从“边纵”派冯憬行到昆明与宋一痕联系，宋一痕告知冯憬行：卢汉准备起义。
我党昆明市委书记陈盛年与副书记赖卫民研究，对卢汉决心起义一事必须绝对保密，暂不向下传达，决定由杨青田告知卢汉：共产党欢迎他起义。