漠南蒙古的察哈尔部，即插汉、察汉、擦汉儿、擦汉脑儿等。察哈尔为蒙古语“边”的音译；明嘉靖时达赉逊库登汗，受俺答汗的逼迫，徙牧于辽东边外，以地近边而得部名。先是，元太祖成吉思汗的第十五世孙巴图蒙克被推举为大元可汗，即达延汗。达延汗统一东部蒙古各部，迫使瓦剌西迁，以漠南、漠北地区为左右翼六万户分封子弟，并设帐于察哈尔部。此后察哈尔部领主世袭蒙古汗位，号称蒙古各部的共主。后来蒙古可汗实际上成了察哈尔部的汗。察哈尔部的林丹汗（1592～1634），名库图克图，明人称作虎墩兔，是达延汗的七世孙，万历三十二年（1600）立。他驻帐广宁以北，被其七世祖达延汗的幽灵所纠缠，力图继承大元可汗的事业，称雄蒙古。
时明朝、后金和察哈尔部，都要统一辽东地区。但后金势力的扩张威胁着察哈尔部，察哈尔部的强大又妨碍后金抚绥漠南蒙古；而在明朝看来，察哈尔部与后金相比较，主要威胁来自后金。因此，在明朝、后金和察哈尔部的鼎足矛盾中，明朝与后金的矛盾是主要的。后金为着对抗明朝，必须先征抚察哈尔部；明朝为了对付后金，便利用林丹汗与努尔哈赤的矛盾，同察哈尔部联合抵御后金的进攻。明朝联合林丹汗，共同抵御后金，其条件是增加对林丹汗的岁币……并把原由明朝直接给予漠南东部蒙古诸部的岁币，转交给林丹汗控制。明廷每年给林丹汗银四千两，后增至四万两。
林丹汗“帐房千余”（《明神宗实录》第373卷），牧地辽阔，牧畜孳（zī）盛，部众繁衍，兵强马壮依恃明朝，对后金态度骄横。万历四十八年，即天命五年（1620）正月，后金汗遣使赍书报察哈尔部林丹汗。其书曰：
阅察哈尔汗来书，称四十万蒙古国主、巴图鲁成吉思汗，致书水滨三万满洲国主、神武英明皇帝云云。尔奈何以四十万蒙古之众，骄吾国耶？我闻明洪武时，取尔大都，尔蒙古以四十万众，败亡殆尽，逃窜得脱者，仅六万人，且此六万之众，又不尽属于尔，属鄂尔多斯者万人，属十二土默特者万人，属阿索忒、雍谢布、喀喇沁者万人，此右三万之众，固各有所主也，于尔何与哉？即左三万之众，亦岂尽为尔有？以不足三万人之国，乃远引陈言，骄语四十万，而轻吾国为三万人，天地岂不知之！
其书又曰：
吾固不若尔四十万之众也，不若尔之勇也，因吾国之少且弱也。遂仰蒙天地眷佑，以哈达、辉发、乌喇、叶赫暨明之抚顺、清河、开原、铁岭等八处，悉授予焉！
昔吾未征明之先，尔曾与明构兵，尽失其铠胄、驼马、器械，仅得脱去。其后再构兵，格根戴青贝勒之从臣，并十余人被杀，毫无所获而回。尔侵明者二，有何虏获，克何名城，败何劲旅乎？夫明岂真以此赏厚汝耶？以我征伐之故，兵威所震，男子亡于锋镝，妇女守其孤嫠（lí）。明畏我，姑以利诱汝耳！且明与朝鲜，言语虽殊，服制相类，二国尚结为同心；尔与我，言语虽殊，服制亦类，尔果有知识，来书宜云：“明，吾深仇也，皇兄征之，天地眷佑之主合谋，以伐深仇之明。如是立言，岂不甚善与！”（《清太祖高皇帝实录》第7卷）
这封笔锋犀利的赍书，努尔哈赤试图祭起元顺帝的亡灵，并历数其兵败之辱，以激发林丹汗的隐愤，拆散察哈尔部与明的联盟；并通过炫耀八旗军威，拉拢察哈尔部倒向后金一边，共同对抗明朝。但是，林丹汗与努尔哈赤在辽东地区现实利益的冲突，抹去了孛儿只斤氏与朱姓贵族历史矛盾的旧账。林丹汗以囚械其来使，对努尔哈赤赍书作出回答。
然而，林丹汗在作茧自缚。他掠土地，劫牛羊，穷奢极欲，暴虐无道，“炰烋（páo xiū，同”咆哮“悖慢，耳目不忍睹闻”（《明史·鞑靼传》第327卷）。他自恃兵马强盛，横行漠南，破喀喇沁，灭土默特。但是，其内部分崩离析。史载察哈尔部属五路头目的妻子，被林丹汗重臣贵英强占，受害头目含愤投巴林部首领炒花，“粆花不能养，投奴酋。奴酋用之守广宁”（王在晋：《三朝辽事实录》第11卷）。察哈尔的敖汉部、奈曼部对林丹汗不满，其使者往来于后金；林丹汗之孙扎尔布台吉、色椤台吉逃往科尔沁，又从科尔沁至后金，向努尔哈赤叩首行礼。林丹汗为抵御努尔哈赤对其附近部落的瓦解，从天启六年即天命十一年（1626）起，先后讨伐与后金结为姻盟的科尔沁部等。科尔沁等部在后金等援助下，打退了林丹汗的军事进攻。
天命十一年（1626）四月，后金汗努尔哈赤督率大军，八路并进，攻击巴林部。后金军前锋渡西喇木伦河，“获畜产无算，驱之不尽，乃还”（《清太祖高皇实录》第10卷）。是为后金军事进攻蒙古之始。不久，敖汉部首领都令、色令与奈曼部首领黄把都儿“折入于奴”（王在晋：《三朝辽事实录》第17卷）。
努尔哈赤殁后，其子皇太极继续征抚漠南蒙古。皇太极统领满洲八旗和投顺后金的科尔沁、喀尔喀、喀喇沁、敖汉、奈曼等部蒙古骑兵，于崇祯五年即天聪六年（1632），大举进攻察哈尔部。后金军进至西喇木伦河，吹螺呐喊，铁骑奔突，林丹汗兵败西走。崇祯七年即天聪八年（1634），林丹汗败遁至青海打草滩，患痘症而死。次年，后金军继续追击察哈尔部余众，俘获林丹汗之子额哲，并获“制诰之宝”。察哈尔部被后金吞并。随着林丹汗的走死，漠南蒙古西部的鄂尔多斯部、土默特部、雍谢布部等也相继降附后金。
察哈尔部被后金征服，明朝失去北面屏障，边事越发不可收拾。《明史·鞑靼传》载：“明未亡，而插先毙，诸部皆入于大清。图计愈困，边事愈棘，朝议愈纷，明亦遂不可为矣！”
在征抚漠南蒙古过程中，努尔哈赤的一个大手段是：不仅利用蒙古诸部封建主之间的矛盾，而且利用该部各个封建王公之间的内讧，采取不同策略，加以区别对待，从而一个王公一个王公地、一部一部地降服。漠南蒙古降顺后金，进“九白之贡”，表示臣服。后金征服漠南蒙古，逐渐组成蒙古八旗，打通从西北进入中原的道路，改变后金与明朝的力量对比，占领更为广阔的地域，拥有更为雄厚的兵员，在战场上取得较为优势的地位。
伴随着统一女真各部和征抚漠南蒙古事业的发展，努尔哈赤着手创建八旗制度，主持制定无圈点老满文，为满族共同体的形成，为满族文化发展，做了两件具有重大意义的创举。