当华兴会和科学补习所在两湖地区积极开展革命活动的同时，浙江地区的革命党人也在积极联络会党，加紧策划反清革命的活动。
以蔡元培为会长的光复会就是东南地区反清革命的主要团体。
光复会成立的基础，是留日的浙江籍学生。
1903年10月，在东京的一批浙江籍的留学生、浙学会会员聚集在《浙江潮》编辑王伟人的寓所，商讨组织秘密的革命团体，决定用暴力发动武装起义。他们认为，应该先选择湖南、安徽或浙江一省，实行武装占领，作为根据地，再逐渐扩大。最后认为要另组一革命团体，应邀请浙江志士。这是光复会的最早发端。
1903年9月上旬，蔡元培自青岛返沪。10月，沙俄军队重占奉天，国内重新掀起拒俄高潮，蔡元培等在沪发起了拒俄同志会，力争领导这一运动。12月，他们发刊了报纸《俄事警闻》，《俄事警闻》代替了已停刊的《国民日报》。1904年2月，日俄战争爆发，蔡元培等又适时地将拒俄同志会改名为争存会，号召反对帝国主义列强的瓜分政策，争取中华民族的生存权利。同时，《俄事警闻》也易名《警钟日报》。5月1日，中国教育会举行第三次大会，蔡元培重新出任会长。7月，蔡元培又任爱国女学校校长。爱国女学校补订章程，标明“以增进女子之智德体力，使有以副其爱国心为宗旨”，增强了政治性。中国教育会和爱国女学校仍被各地革命党人当做秘密联络机关。
不久，光复会成立，会址设上海，推蔡元培为会长。它的入会誓词是：
光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退。
可以看出，这个誓词的核心是“光复”二字。
光复会成立后，围绕发展组织，联络会党，密谋起义，暗杀清贵权四个方面开始展开工作。
光复会成立时拟定的章程，今天已经无法可考。但是，我们却可以看到光复会成员发表的大量主张。这些人善于著书立说，自己办有报刊、书局，制作了大量革命宣传品。光复会成员对于革命宣传所留下的作品，在所有的革命小团体中首屈一指。他们积极地宣传了民族主义和民主主义思想，提出了朦胧的社会经济改革要求，但各自的思想成分很复杂。章炳麟认为光复会“不离吕（留良）、全（祖望）、王（夫之）、曾（静）之旧域”、即单纯排满，代表了一部分成员对光复会宗旨的看法。徐锡麟自称：“蓄志排满有十余年”，他认为中国人民的开化程度不能实行立宪，但可以革命，即排满。但是，也有人对排满作过很好的解释，他们认为排满并不是排斥一切满洲人，而是反对满洲皇帝，反对满汉官僚。反对满洲皇帝，也并不因为他是异族，而是因为他实行专制统治。光复会中有人主张大力发展民族资本主义，还有人曾对农民的土地问题表示过关心，但也有人认为，社会党主义在中国，必不能行，即使能行，亦必大乱。不过，在各种成分中，反对清政府统治，反对帝国主义列强对中国的侵略，建立共和政治的宣传仍然占着主导的地位。光复会成员在宣传民族、民主思想时，有一个显著的特点，那就是他们爱从古典文献中寻章摘句，把新思想打扮成先人之教。这种手法适应着新旧交替之际的知识分子的口味。
光复会组织虽然庞大，成员较多，活动区域较广，规章严密，但它也存在着很严重的缺点。光复会有着浓重的汉族传统民族主义色彩，会名又称复古会。他们的党纲上也只有“恢复汉族，还我河山”两句话。光复会始终没有形成一个强有力的领导中心，以统筹全局。它的领袖蔡元培是一位思想激进、品质优秀的革命家，可是在实际政治斗争方面缺乏魄力，而他所亲近的骨干也多半是些文弱书生，都不足以弥补他的弱点。从事于实际行动的光复会领导人和社会下层有着广泛的联系，但是他们在社会上的号召力与影响力却又相对不够。由于个人经历和活动的地域不同，这些领导人之间的联系和团结也不够，有些人甚至表现出瞧不起蔡元培。这种情况，使得光复会的组织比较松散，行动不够一致，它始终没有能集中自己的力量，举行过统一的重大行动。
光复会的独立活动，一直延续到中国同盟会成立之后。