公元前404年是具有光荣历史的雅典最为不幸的一年。因为战败，在这一年，雅典向斯巴达无条件投降。斯巴达将军赖山德下令取消雅典的民主政体，成立了一个“三十人委员会”实行独裁专政。这一年，苏格拉底已经66岁，但是他仍然坚持自己的理想，没有因任何事情而变节。但是此刻危险已经来临。先是有人传播流言，给苏格拉底扣上“培养叛逆者的人”的帽子，随后当局规定，禁止他与青年人讲话。这样苏格拉底的生命随时都遇到了危险。有关伟大雅典光荣的过去只能保持在某些人的内心，这样，他们对苏格拉底的理解、同情及支持也只能隐藏在自己的内心中，无法表露出来，更不能化为一种力量在道义及行动上声援苏格拉底。
公元前399年，伟大的苏格拉底被三个雅典人：墨勒托斯——拙劣的悲剧合唱歌曲的作者，安倪托斯——制革的匠人及吕孔——演说家，一起到雅典的法庭指控苏格拉底。他们的起诉状如下：“匹托斯居民墨勒托斯之子墨勒托斯，就以下事宣誓——我告发爱罗匹格区民索福罗尼斯克斯的儿子苏格拉底，他不承认国家所规定的众神，引入其他的神（宗教行为），并且蛊惑青年犯罪，我们要求将他判决死刑，以正国法。”
但是事实真是如此吗？他们所说的这些罪状又真的成立吗？
起诉书中说，苏格拉底“不承认国家所规定的众神”。事实上，古希腊的哲学家们，几乎个个都不相信国神，甚至有人否认神的存在；而苏格拉底则是唯一没有否认神的存在的哲学家，并且还常常劝人们敬神、按礼节膜拜神明。
至于说他“引入其他的神”，更是荒诞不经了！控告者所依据的是，苏格拉底自称受某种无形的内在声音所指导。但是，如果这就叫“僭立新神”的话，也太过牵强了。而另一项罪名说苏格拉底“蛊惑青年犯罪”，关于这一点，勉强可引为依据的是他的弟子阿尔喀比亚德背叛雅典，至于说他对雅典青年有不好的影响，那实际是人们的误解。
从现在来看，苏格拉底先哲的地位已经获得肯定，但在当时的雅典却不是这样的。苏格拉底相信自己的言论，绝对是真实且不违背真理的。他从来没有刻意地鼓动风潮，所有追随他的人，都是心甘情愿，自动聚拢在他身边的。无论在家里、在市场，或与弟子讨论时，他都能提出精确的理论，并有新意，以此来阐释真理。但是有些人却认为苏格拉底虚伪、有罪，他们开始调查他的不正当的言论，并公开讨伐苏格拉底的罪行。就因为这些人无耻的控告，苏格拉底背上了莫须有的罪名。他们说，苏格拉底费了不少时间致力于天文学、地质学的研究，并且歪曲事实，煽动青年，使青年不明事理，误入歧途。这种说法，在各处流传，而且流传范围极广，连苏格拉底都感到芒刺在背，十分不安，继而自己也因此感到可怕了，因为在当时，研究天文学、地质学，就等于是不相信神的存在。
最令苏格拉底迷惑的是，究竟是谁在散布这些谣言？他只知道其中有一名是剧作家，叫阿里斯多芬，他所写的一出喜剧《云》，极力讽刺苏格拉底。
《云》主要叙述的是：在伯罗奔尼撒战争中阿提卡的农夫斯瑞西阿得斯全家流落在雅典城内，十分的穷困。他的儿子又染上了赛马、赌博等恶习，全家债台高筑。怎么做才能摆脱这些困境呢？斯瑞西阿得斯想出了一招，让他的儿子到苏格拉底所主持的“思想所”去取经。
因为这个“思想所”聚集了一批智者，他们所传授的辩论术，可以颠倒黑白，将讨债的支走。但是他的儿子对此却不以为然，不愿意和他们为伍。于是斯瑞西阿得斯只能亲自去拜访苏格拉底了。给他开门的是苏格拉底一位弟子，他抱怨斯瑞西阿得斯打断了他对某一问题的思考。农夫斯瑞西阿得斯问这位弟子在思考什么问题时，他却转弯抹角不回答，但他却透露了苏格拉底一些所谓精深的研究：如刚才有只跳蚤咬了开瑞丰又跳到苏格拉底头上。于是，苏格拉底问开瑞丰跳蚤跳的距离是它的脚长的多少倍，蚊子发出的嗡嗡声是出自口还是尾，月亮的轨道是如何测定等等。农夫斯瑞西阿得斯十分迫切地希望见到苏格拉底。他蛰居在屋顶低矮的“思想所”里，这时门开了，里面放着天文观察仪器、世界地图及其他一些很奇怪的东西。苏格拉底的众弟子正在进行着奇特的研究：有一些人趴在地面上试图窥测到地狱的秘密，而有的臀部朝天，旨在研究天象。这时，苏格拉底本人则坐在一只悬空的吊篮里，宣称他在“逼视太阳”，他说：“我若不将心思悬在空中，如果不将我的思想溶入空气里，就不能窥测天体。”若是站在地面就什么都看不到了，因为地面的浊气会吸走他思想的精髓。
在《云》中，苏格拉底说在教育上有“正义因”和“非正义因”之分。“正义因”是指在教育上，使年轻人具有美德，敬神、爱学习和自制，讲廉耻、尚俭朴、敬老、行孝、守纪律，会唱士气高昂热爱城邦的战歌；要进行体育锻炼，青少年才会因此身心健康。而“正义因”指责“非正义因”在教育上使青年人淫靡成风，不尊敬神灵，喜欢游手好闲，无所事事，挑起奸诈的诡辩，让青少年的心灵受到不良影响，以致发育不全、懒、怠、娇、沉沦、堕落等。作为“非正义因”的一方却自诩所发明的种种奇谈怪论能够“战胜正直的强者”，并将一切法令驳倒。“非正义因”举出一些希腊神话故事来批驳“正义因”给青年设置的清规戒律，对美德进行嘲讽，认为这毫无用处，鼓吹青年人要到市场上去进行演讲和辩论的实践。“非正义因”提出应该摒弃节欲说，并宣称若是不享受感官乐趣，生命就没有意义，因为饮食和男女，这些都是人的欲望，青年只有尽情欢愉，才能去矫饰。双方辩论的结果是“正义因”输给了“非正义因”一方。这样，老农民斯瑞西阿得斯要求苏格拉底一定要把“非正义因”这种罗格斯教给他的儿子。苏格拉底向老农夫保证，肯定要将他的儿子训练成为一名极其成功的、辩无不胜的智者。
过了些日子，农夫斯瑞西阿得斯十分高兴地将自己的儿子带了回来。他已经看出，自己的儿子确实已经练成了“抵赖和好辩的风度”，他具有能否定思想中“矛盾”的辩论术。他的儿子的确已掌握辩论术，例如通过这个年轻人对“新旧日”是“还债日”进行驳斥，认为两者相反，不能并立，犹如少妇不是老太太那样。老农夫对儿子的辩驳内容及辩才十分赞赏，欣喜若狂。这时，正要设宴庆祝儿子学得辩论的绝技时，恰巧这时有两个讨债的来了，他的儿子一显身手就将讨债的撵跑了。但老农夫却自食其果。儿子和父亲就诗歌与家庭伦理展开辩论。老农夫有关诗歌的看法还是传统的，认为西摩尼得斯和埃斯库罗斯颂扬马拉松时代的诗歌是“正声”，而认为欧里庇得斯的诗是道德堕落。儿子却不这样看，认为所说的三位都不是好诗人。这时年轻人唱起描述诱奸同父异母妹妹的歌词。于是父子俩人互相吵起来了，儿子还动手打了老子。更过分的是，儿子还在喜剧的歌队前用诡辩术证明，因为“儿子是自由人”，老农夫作为父亲却返老还童了，比儿子还要年轻，所以应该打。因为法律是人制定的，故而再制定“儿子回敬”其父的新法律也是完全可以的。老农夫作为父亲十分生气，对云神指责起来，认为是云神将他的儿子引入歧途的。而云神却说，坏事是自己做的，云神自称他是要使那些做坏事的人遭到不幸，让他们对神灵要有所敬畏。于是老农夫悔恨了，不应该欠债想要赖账。老农夫气得神经错乱了，儿子不去管他。这时老人边走边骂，说是苏格拉底的教导害了他。于是老农夫决意要去将那些空谈者的“思想所”烧掉。苏格拉底的众弟子来问老农夫干什么。老农夫回答道，他是在屋顶上和梁木上对逻辑进行分析。苏格拉底也来问这位老人干什么，老人回答说是在空中行走，逼视太阳。最后在火光与喊打声中，苏格拉底及诸弟子退场。
阿里斯多芬写《云》的主旨是在抨击苏格拉底。《云》是在公元前423年上演的，获“第三奖”，这代表失败，这是阿里斯托芬始料不及的，因为他撰写《云》倍下工夫。这部喜剧上演时苏格拉底已经47岁，正是他年富力强的顶峰。这时，距开瑞丰去德尔菲神庙求神示，神说苏格拉底是最有智慧的人的公元前431年已经有七八年了。在此之后的公元前423年，苏格拉底当时必定已经十分有名了。《云》中的苏格拉底是被丑化与夸大了的。
由于《云》的上演，苏格拉底更为有名，这也给反对苏格拉底的人以口实，认定他的思想是反传统的，认为他抛弃了信仰，将真与善颠倒了。事实上，苏格拉底是个追求智慧、爱好真理的人，所以一生都在研究中，也在不断地改变和进取中，他主张思想自由，他为每个概念寻找定义，他不自以为是，相反还十分的谦虚。为了验证德尔菲神谕是否正确，他曾到各地寻找比自己聪明的人，无论在市场或街角，他都随时请教人们；并对自以为是的人予以反驳，但他这种行为也招来不少的非议。而那些自以为是的人，一旦缺点被暴露和被指出来，就恼羞成怒，对苏格拉底怀恨在心。
不仅如此，苏格拉底还被冠上“贩卖知识的教师”罪名，在苏格拉底的观念里，教育别人而接受报酬是十分合理的事，但是他教导青年，从未收取任何的报酬。因为他觉得，他和那些青年都是朋友，将自己所知道的知识和事情都教给朋友，是对彼此都有益处的事情。