1940年左右。朱宪彝和刘士豪在美国巴尔的摩 医学》杂志上发表的论文《钙磷代谢研究对肾性骨营养不良发病机理的意义及Al10和铁剂的治疗作用》，被推崇为代谢性骨病研究的基石，这也是他俩合作的最高成就。在这项研究中朱宪彝和刘士豪对肾性骨营养不良症进行了深入的探讨，在对维生素 D 缺乏症的两种不同临床类型认真比较的基础上，他们发现了对维生素 D反应性降低是肾性骨营养不良区别于软骨病的显著特点，并敏锐地察觉到肾脏缺陷和维生素D存在着某种重要的联系，而这正是肾性骨营养不良的发病机理中的主要因素。尽管限于当时的历史条件，还不可能对发病机理的各个细节做出完全正确的解释，但他们所提出的假说确有先见之明。20多年后，美国的迪鲁卡（Deluca）教授，循着朱宪彝和刘士豪教授证实的“肠钙吸收减少与肾钙有关”的思路。又做了进一步研究，结果发现肝脏羟化后再经肾脏变成活性物质，因而造成维生素D缺乏的症状。形成肾性骨营养不良；而 Al10不需在肾脏进行羟化便能发挥作用，因此，能治疗肾性骨营养不良症，这是在钙磷平衡理论基础上的重要发现 由朱宪彝和刘士豪共同命名的“肾性骨营养不良”之说，至今仍为国际学术界所沿用。
朱宪彝除对软骨病和佝偻病、肾性骨营养不良进行了深入的研究外，对严重的纤维性骨炎、成骨发育不全及正常人的钙磷代谢等一系列骨病都曾进行过探讨，先后在国内外发表科研论文 30 多篇。这些论著至今仍广为专家学者所推崇和引用，以至在朱宪彝逝世后，美国著名骨代谢专家帕菲特（Parfitt .A.M）发表长篇纪念文章时说 ：“三四十年代，全世界关于钙磷代谢的研究大部分出自于北平协和医学院。”在这篇题为《朱宪彝一一中国维生素D缺乏和软骨病临床研究的先驱》的纪念文章中，他还说：“他的逝世标志着代谢性骨病理论发展的一个重要历史时期的终结。他们的成就至今仍对我们有重大的教益和深远的指导作用。用现代维生素D代谢的理论已经可以解释当时所做的研究工作。但还有一些问题至今尚不能满意地阐明。”英国的专家学者则称朱宪彝的论著是“经典文献”。
1982 年加拿大著名骨代谢专家雅沃尔斯基到天津来拜访朱宪彝，将自己的新作呈上，并恭敬地在扉页上写道：“送给朱教授——当代钙磷代谢知识之父。”
由于朱宪彝在钙磷代谢研究上的卓越成就，他赢得了国内外骨代谢专家的推崇和拥戴。然而，他则始终谦虚地表示：钙磷代谢的研究成果，是科学家们精诚合作的结晶。他尤为感念刘士豪教授在事业上给予他的谆谆教诲，常常称颂其所做的杰出贡献。他认为，自己与刘士豪教授的友谊与合作，堪称科学家的典范。1974年，刘士豪教授去世了，朱宪彝内心颇为感伤，在他主 编的《内科讲座（8）》的扉页上特别题写了“纪念中国内科代谢疾病和内分泌专业的先驱、前中国医学科学院首都医院内分泌科主任刘士豪教授”的献词 。
1942年初，由于太平洋战争的影响，协和医院被迫关闭。无奈，朱宪彝只得到唐山开滦医院工作。他原以为可以继续进行钙磷代谢的研究，因为矿工在井下作业，日常很少见到阳光，极易患多种职业病，这对钙磷代谢的研究很有价值。但是，该医院并不太支持科研，每天只能忙于应付门诊和病房的业务。当时，开滦医院定有不少清规戒律，对就诊的职工分为三六九等，按职位高低给药治疗。对此，朱宪彝非常气愤，经抗议无效，愤而辞职。1945年朱宪彝回到天津，参加了妇婴医院和立仁医院工作。至此，便中断了对钙磷代谢的研究。
致力于地方病防治
今天，碘盐是再普通不过的调味品。但在20世纪50年代，由于缺碘，不少地方甲状腺肿大和克汀病不可遏制地蔓延着。当时的教育部长杨秀峰曾向已被任命为天津医学院院氏的朱宪彝介绍，他的家乡河北省迁西县不少人有大粗脖子，还有不少傻孩子。这引起了朱宪彝的注意。他一边派人去现场调查，一边查阅国内外文献。他了解到河南、安徽、云南、黑龙江等地也都有报道，但缺乏科学系统的整理。他马上意识到这种病在我国可能普遍存在。而国外对这种地方性甲状腺肿大和克汀病已有较深入的研究经验，并指明这种地方病的基本病因是环境中缺碘，适量补充碘盐即可控制该病的流行。因此，朱宪彝在1956年参加科委召开的制订全国科学技术发展纲要时，他根据我国地方病发病情况，提出要把地方性甲状腺肿大和克汀病的防治研究列为临床内分泌研究首位。
1958年朱宪彝在天津医学院附属医院内科建立了临床内分泌研究室。他把地方性甲状腺肿大和克汀病的防治列为天津医学院的重点科研项目。他派专人到承德进行了实地考察，并确定以此为基地，进行系统研究工作。1961年朱宪彝组织天津医学院的有关基础与临床科室的数十名科技人员来到承德，他亲自在病区选择观察点，一家一户地逐人进行调查，并责成专人常驻病区，配合当地卫生防疫机构，管理碘盐投放并观察疗效。此项工作一直持续了5年之久。这项研究所提供的现场调查和实验室研究报告表明，承德市郊是比较严重的地方性甲状腺肿大和克汀病流行区。孕妇由于缺碘，不仅会表现出甲状腺肿大的征象，更为严重的是，所生的婴儿会患克汀病，表现为呆、傻、聋、哑 等重残疾。在给予科学的碘盐治疗后，甲状腺肿大患者症状有明显的改善，发病率也大幅度下降。1964 年朱宪彝在承德组织召开了现场会，邀请内分泌学家刘士豪教授、张忠邦教授、儿科专家范权教授、动物内分泌学家张致一教授及有关心理学工作者、流行病学工作者共同考察、讨论，大家充分肯定这 一全面系统的经验，为全国防治地方性甲状腺肿大和克汀病提供了宝贵的经验，并为开展同类研究工作提供了样板。由朱宪彝教授及其助手撰写的专著《有关地方性甲状腺肿大和克汀病的几个问题》，成 为这一领域科技工作者的必读文献。
即使在“文革”期间，朱宪彝也没间断对地方性甲状腺肿大和克汀病的研究工作，唯恐由于不能坚持科学地补充碘盐而造成地方性甲状腺肿大和克汀病新的大面积流行。他曾对过分强调手术切除地方性甲状腺肿大的意义表示过担忧，他认为会忽视最基本的预防 他还注意到，有些地方误把甲状腺肿大和克汀病的基本病因归于遗传缺陷，他担心这种说法会把甲状腺肿大和克汀病的治疗工作引入歧途。因此，在20世纪70年代初，朱宪彝重新组织起有基础、临床20余学科的科技工作者参加的内分泌研究队伍，继续进行甲状腺肿大和克汀病的研究攻关。他们除了对承德、天津市郊、河北、山东等地进行现场研究外，还集中力量，在下丘脑一甲状腺轴系的内分泌激素的放射免疫测定技术上攻关，陆续成功地建立了三碘甲状腺原氨酸、促甲状腺激等一系列放免疫测定方法。这些成果被广泛应用于全国地方性甲状腺肿大和克汀病的防治研究中，提高了对甲状腺疾病的诊断水平与研究能力，赶上了世界同类研究水平。在 1978年召开的全国科学大会和全国卫生科技大会上，朱宪彝均受到表彰，所获得的科研成果，分别受到国家科委、卫生部和天津市的奖励。天津医学院成为全国地方性甲状腺肿大和克汀病防治研究的牵头单位，朱宪彝则出任中共中央北方防治地方病领导小组地甲肿组的组长。
朱宪彝教授参与制订了食盐加碘条例起草、主持地方性甲状腺肿大和克汀病诊疗标准的制定。国家对地方病防治工作如此重视，使他更感到自己责任的重大，他撰写了大量有关防治地方病的论文和科普文章。他认为，我们社会主义国家的政治制度和领导体制，完全有能力把地方病的防治工作做得更好，为在全世界消灭甲状腺肿大和克汀病提供成功的范例。
1977 年春，朱宪彝在陕西秦岭山区调研时，了解了西南一带发现了新的病区，他决定亲自走一遭。第二年，他以75岁高龄，主动向卫生部请缨，考察四川、云南、贵州、广西、安徽等 5省的地方性甲状腺肿大和克汀病流行情况。在这次考察中，朱宪彝不顾年老体弱，深入到西昌盐原县彝族自治区、本里县蒙族自治区、贵州黔南苗族自治区等，这些地区海拔有 二三千公尺 。朱宪彝坐着汽车沿着山间公路盘旋上下，有时还要步行每到一个山寨，他都深入患者的木屋、竹棚亲自诊治。他常说：“病人行动不便，我们不能为了调查，而给他们增加痛苦。”朱宪彝一手执杖，一肩挎包，为解除少数民族兄弟的痛苦跋山涉水，不辞辛苦。每到一处，他都要反复宣讲甲状腺肿大和克汀病的发病原因和防治方法，他说：“这种病死不了人，所以就引不起人们的重视，可是一大批痴、呆、聋、哑甚至瘫痪的病人，确实是家庭和社会的负担，影响国家建设，这难道不是一件大事吗？只要坚持食盐加碘， 三五年就能收到很大的成效，能做到的为什么不抓紧做呢？”朱宪彝每到省会和县城，都要给医务人员做学术报告，解答各种问题。每天晚上他都坚持写完工作日记才休息。
这次考察行程一万余里。历时两个月。朱宪彝向卫生部提供了一份翔实的考察报告。他在报告中汇报了南方省份地方性甲状腺肿大和克汀病流行的情况，呼吁成立全国统一的地方病防治领导机构，特别要重现南方的防治工作。动员有关医学院校和科研机构协同作战。他的这些建议很快得到中央和各级领导的首肯，很快成立了防病领导机构。
天津医学院和贵州省有关单位在贵州重病区的合作研究也开始了。朱宪彝亲自设计研究方案，指导研究工作的开展。经过8年的系统防治研究，这些重病区的甲状腺肿大发病率降到国家规定的标准之下，也未再出现新的克汀病患者。过去有一个村，18岁以下的克汀病患者占青少年总数40 %左右，多年派不出兵源，选不出个会计。现在，少数民族干部担心的“ 一辈（脖子）粗、二辈傻、三辈四辈断根芽”的问题已经得到解决。为表彰朱宪彝教授在防治甲状腺肿大和克汀病中所做出的杰出贡献，贵州省政府特地向他颁发了奖状。这次实地调查，为国家防治地方病制定十年规划提供了有价值的数据，同时也为各地培养了一批防治地方性甲状腺肿大和克汀病的医务工作者，有力地推动了各地防治工作的开展。在朱宪彝教授指导下完成的有关贵州省地方性甲状腺肿大和克汀病重病区的防治研究系列论文成 为反映我国20世纪80年代这一领域成就的代表作。
1978年朱宪彝教授创建了天津市内分泌研究所。他组织科技人员对我国大部分省份的地方性甲状腺肿大和克汀病的流行规律、分布特点进行了广泛深入的调查，基本摸清了我国克汀病的流行特点和临床类型。另外，还发现了我国高碘性甲状腺肿大的发病规律。提供了亚临床型甲状腺功能低下和克汀病的新的诊断方法和标准，为我国的防病研究工作制订了完整的规划。此外，朱宪彝还指导科研人员进行克汀病动物模型（鼠、羊、绒 猴）、人胚脑细胞组织培养、甲状腺激素受体、致甲状腺肿物质等多学科的基础理论研究，以期阐明克汀病的发病机理，进而阐明大脑发育不全的病理机制。通过20世纪70年代至80年代初的大量研究发现：缺碘地区居民的甲状腺功能分为“正常”、“代偿” 和“失代偿”三型，经过碘盐防治后，这三种类型在人群中所占比例有明显变化，病区正常儿童听力低于非病区的儿童，碘盐防治后，在甲状腺功能恢复的同时，听力也随之恢复正常。这些都是在国际上首先观察到的现象。朱宪彝等的研究还发现，病区孕母与胎儿甲状腺功能的比较显示，胎儿明显低于孕母，这表明，胚胎期胎儿缺碘造成甲状腺功能不足，是永久性碘缺乏病的病理基础。这为新生儿甲状腺功能低下的早期筛查提供了理论依据。
朱宪彝所从事的地方性甲状腺肿大和克汀病的研究，受到国际上的赞赏和重视。他撰写或与人合作的 《中国地方性甲状腺肿和克汀病现状》、《贵州地方性甲状腺肿和克汀病的研究：碘代谢和垂体甲状腺轴机能状态的观察》、《贵州地方甲状腺肿和克汀病的流行病学观察 》和《贵州地方甲状腺肿流行区人工引产胎儿甲腺形态观察》等论文，在国外杂志发表后，受到各国专家的好评 。
由于朱宪彝在地方性甲状腺肿和克汀病研究中取得的巨大成就， 1982 年他应邀出席了在日本召开的亚太甲状腺学会和亚太内分泌学会的学术会议，他所做的有关《中国地方性甲状腺肿和克汀病研究的现状》的报告，赢得了与会者的高度赞誉，并由此促成了中国与国际学术界在地方性甲状腺肿与克汀病研究领域的广泛交流和成功合作。