朱宪彝永远不满足已有的成就。20世纪80年代初，他借鉴甲状腺肿和克汀病防治的经验，基础与临床结合，现场与实验室结合，理论研究与实践结合，研究机构与卫生防疫部门结合，又开始对另一严重危害人类健康的地方病一一中毒进行攻关。中毒是我国六大地方病之一，这种病是由于外环境含氟量高而引起的，症状是腰酸腿疼和氟斑牙，严重时，肢体变形，行动不便甚至瘫痪，受害人数约达5000万。1980年中央地方病领导小组提出：“进一步加强科研，迅速解决中毒的防治问题。”朱宪彝起而响应。他充满信心地说：“我要在有生之年，把病因找出来，打个歼灭战。我活着就是为了解除别人的痛苦，使人们生活得更美好。”他结合早年钙磷代谢的研究，从氟的代谢及人体组织和、氟与脱氟入手，通过实验找出人体脱氟的方法。他还悉心指导自己 的博士和硕士生从事氟骨症的研究。1981年他组织调查小组到保定地区的涞源县、天津蓟县礼明庄和东郊（现东丽区）的赤土乡进行现场调查。通过对3000多人的临床检查，3200多份的化验分析，为早期诊断和鉴别氟骨症提供了一些资料和论据。在动物实验方面，成功地培育了鸡和大鼠模型，为深入研究氟骨症的发病机理创造了条件。经过几年的努力，朱宪彝不仅弄明白了氟骨症的发病机理，而且，还研制出了治疗预防氟骨症的药品，在一定范围内给病人服用，取得较好的疗效。非常遗憾的是，还没等到在这一领域有更成功的突破，朱宪彝教授就突然逝世了。可以告慰朱先生英灵的是，他指导的这一研究项目已经按照他的设计思想，取得了明显的进展，他创建的这些实验室已成为国内活跃的实验室之一，一批在国际学术舞台上崭露头角的年轻一代也迅速成长起来了。
创建天津医科大学
天津历史上曾两度办过医学院校，首先是著名的北洋医学堂，它是中国历史上第一所培养西医的高等教育机构。后来河北医学院曾一度迁来天津，但解放后又迁保定。天津市中央医院于1946 年底正式开诊后，曾经建议与南开大学合办医学院，终因时局动荡，未付实施。天津拥有大批中西医专家，其中不乏全国知名人士。能否在天津创办一所医学院校，一直是有识之士所关注的问题。
天津解放前夕，朱宪彝的朋友曾劝他尽早南下或出国，凭他的资历和才能，定能闯出一片新天地。但朱宪彝眷恋着生养自己的这块热土，决计留在天津，再图发展。他把两个儿子送到解放区参观考察，了解共产党的政策和政绩。天津解放后，市政府领导到家中看望朱宪彝，开始他很拘谨，但经一番交谈，感觉这些共产党的干部很平易，且颇具才华。他对共产党的知识分子政策很是欣赏。朱宪彝的渊博学识、精湛的医术和刚正的作风也颇受推崇。朱宪彝在抗美援朝运动中的模范行动更赢得市领导的信任。
朱宪彝代表范权、方先之等专家向黄敬市长提出创建天津医学院的建议，井坦率诚恳地表示：我们这些人本来都是协和医学院搞教学的，如果天津能建一个医学院，我们愿意放弃自己开业，为天津培养医学人才 。1951年3月天津市政府采纳了他的建议，批准成立了由黄松龄、杨石先、朱宪彝等各界权威人士组成的天津医学院筹备委员会。同年6月，朱宪彝被正式任命为天津医学院院长。
对此任命，朱宪彝是喜忧参半。喜的是自己的倡议这么快就可以实施了；忧的是个人能力有限，恐有负重托。他曾积极向市领导推荐杨济时教授担当此任。杨济时教授 1926 年毕业于北京协和医学院，两次留美，出任过湘雅医学院代理院长、武汉医学院院长等职，资深阅广，是知名的内科学家、医学教育家。但现在领导既已决定，自己只有殚思竭力，迎难而上了。
朱宪彝是一位精于筹谋的实干家，任命三个月后，他就完成了筹建医学院的大部分工作；与南开大学议妥医预班教学事宜；洽购南开大学东院房舍，确定原总医院为天津医学院临床教学基地；选派临床教师赴北京等地高等医学院进修基础医学；筹建基础教研室；与一些正在国外工作的医学家联络，争取其回国执教；选聘有才学的教师来院任教；设计基础教研室，着手订购仪器设备；物色精干的秘书、行政及工勤人员，建立起行政机构。到9月份，第一批50名本科生就正式进入南开大学生物系医预科学习了。经过一年的紧张的准备，新校舍基本安排停当，进修教师陆续返校工作。
1952年10月15日在黄敬市长的主持下，天津医学院举行了隆重的成立大会。朱宪彝眼含热泪，感慨万端：真是难以想象，竟然在如此短暂的时间内，就建成了一个相当规模的医学院。如果没有市领导的关怀、没有各位专家和同仁的大力支持，光靠自己的力量无论如何也是万万做不到的。他第一次深切地感受到了党组织、人民政府的力量和温暖。
朱宪彝从自己前半生的实践中深深体会到，要培养出素质强、医术精、医德好的医学人才，必须拥有 一批优秀的基础和临床专业教师。他通过各种渠道谋求解决：普通基础课，请南开大学生物系代为讲授；聘请在津的几十位老协和为天津医学院校委会委员，负责临床教学工作；想方设法从各地聘请学者、专家任基础课教师。他还多方联系，亲自动员，通过卫生局从市内各医院选派了十几位优秀的临床主治医师、住院医师到北京协和及上海、广州等地医学院进修。后来，这些同志都成为天津医学院的骨干教师。
建校之初，天津医学院共有教职员工33人，其中教师16人，基础医学教研组3个。朱宪彝亲自登门拜访一些医学专家，听取他们对搞好教学的建议，而后博采众长安排教学计划、课程和实验室的设置以及图书馆的筹建等。由于人少事多，大至全院规划、发展的构想，小到一个实验室需要多少实验台、各种规格的试管需配多少架子都要一一做出详细计划，再交由有关人员去购置。在短短两年时间内，天津医学院，从筹建、招生、开课到培养师资和教学方面，都取得了显著的成绩。1952年朱宪彝被评为天津市劳动模范。
朱宪彝从事医学教育几十年，不断探索研究医学教育的规律，逐步形成一套提高医学教育质量，实行医学教育改革的构想。他主张把医学院的自然基础课程就到综合性大学里。他认为，医学是研究生命科学的，这一学科的发展同数学、物理、化学、生物等自然科学有密切的关系。自然科学在医学上广泛应用的结果。产生了分子生物学、生物物理学、遗传工程学、核医学等新型学科 。组织学、胚胎学、细胞学、生理学、生物化学、微生物学、免疫学、药理学、生命统计等，同数学、物理、化学、生物等紧密相关。高等医学院校的学生，必须首先学好数学、物理、化学和生物这四门课，打下一个深厚牢固的自然科学基础。再经过基础医学、临床医学的学习和最后的临床实习，毕业以后才能胜任医学理论和临床研究工作，这样才有利于提高教学质量，有利于医学人才的培养。这四门自然科学课程，综合大学的师资力量强，实验设备条件好，远在医学院之上。所以，朱宪彝倡议高等医学院校同综合性大学挂钩合办，把这四门自然科学基础课放到综合大学去学。他的这一倡议，得到了天津市领导的支持。从 1980 年起，天津医学院和南开大学挂钩合办8年制医学教育试点班。 同时，又和天津大学共同创办了一个5年制的生物医学仪器专业试点班。
朱宪彝认为，办好医学院，首先要抓好师资队伍的建设和整体规划医学院的教学人员、科研人员应有合理的技术结构和年龄结构，成龙配套，各得其所。对师资有严格的考核制度，有组织地听课，定期答辩，及时考核晋升。他还主张，有些教师应以教学为主，兼做科研工作；医学院各研究所的科研人员以研究为主， 同时也要兼任教学工作，二者不能截然分开。对于师资的培养要多渠道进行，对有前途的教师和研究生，要及时送到国外去进修，使之增长学识开阔眼界。朱宪彝的这些主张，在天津医学院逐步得到实现，自1979年起，先后选送了170名优秀教师、研究生出国学习进行学术交流。学校各个教研室基本形成了教授、讲 师和助教齐全的梯形队伍。
朱宪彝认为：医学教育要适应我国的国情，要两条腿走路， 多层次地发展培养医生的任务只靠医学院是远远不够的，应把培养医学人才和医师分别开来。由高等医学院校与一般医疗机构分工负责，把医学教育搞活。高等医学院校要把重点放在确保教学质量，培养高级人才上；培养临床医师的任务应由各级医疗和预防单位来完成。
朱宪彝还建议应对毕业生分配办法进行改革。他说，医学院的毕业生，还只是半成品，为把他们培养成能独立工作的医师，在正式分配之前，要先到科室齐全、设备条件好和有上级医师指导的大医院去实习两三年，做住院医生，然后再根据每个人的实际水平和专长，进行分配，使之各得其所。
朱宪彝认为高等医学院校不仅要成为有特色的医学研究中心，还应是本地区的医学中心。 天津医学院正是按照他的要求迅速地发展着。 目前已建立起内分泌、泌尿外科、计划生育、放射诊疗和神经学5个研究所；实验肿瘤、免疫学、流行病、营养及食品卫生、心血管疾病、传染病学、实验外科和中西医结合8个研究室和一个电子显微镜测试中心。由朱宪彝先生亲自主持的内分泌研究所，已成为全国研究内分泌的基地，在国际上有重大影响。天津医学院的发展，倾注了朱宪彝的大量心血。
培育后生 超越自己
朱宪彝先生不仅自己博览医书，而且要求临床医生和研究生大量阅读文献资料。他以内分泌发展为例，提醒大家：当代内分泌的发展日新月异，对内分泌学的研究，不可避免地要涉及到许多基础理论的研究领域及许多所有临床各科专业的知识范畴，要懂得与它们之间的纵横联系。在他的倡导下，内分泌科医师组织了读书报告会，每个人都要阅读外文文献，每周 一次， 轮流做读书报告。朱宪彝第一个做了题为 《有关乳腺癌和内分泌》的读书报告。每次的活动他都尽可能地参加，在他的带动下，大家都养成了读外文文献的习惯。他要求教师不仅要做到勤读书，还要做到学识广。他说，只专则思路不广，博学才能促进深。有的青年医师写了论文请他审阅，他总是极认真地修改，不仅对论点、论据字斟句酌，就是标点符号有误，也一一更正。青年人从他身上不但学到知识，更懂得了该如何做学问。
为使临床医生和基础课教师有更多学习的机会，朱宪彝想方设法与各国的专家学者联系，推荐有关人员出国进修，并与他们保持书信联系，关心他们在业务上的进步和身体状况。每当收到他们用外文写的信件和论文，朱宪彝都是格外认真修改后再寄回。他们在感动之余，外语和学术水平都有了长足的长进。朱宪彝对研究生既严格又富爱心，他希望后生晚辈能超过自己。他对研究生的工作和学习，有布置，有检查。他每周三亲自授课，从不打破这一规定，有时外出开会，他也会请假赶回来给学生上课。朱宪彝对研究生的指导耐心细致，学生开始写论文，他从题目的选择、资料的收集、推理的论断等方面都加以指点。帮助他们做好实验室的安排和药物、试剂和动物的准备。为使学生迅速成才，他密切关注着国内外最新的学术成就和信息。1980 年他从国外医学书刊上了解到：美国、加拿大等国家已兴起骨组织的形态计量的研究，便立即选派他的研究生邱明才到那里随知名专家学习。邱明才是国内第 一个学习研究这个专业的。他于1983年学成归国后，从事的几个研究项目，被批准为1985 年和1986年全国自然科学基金课题。
1980年朱宪彝受卫生部委托，承办临床内分泌专业进修班，每期有11至15名来自全国各地的医师来学习。他亲自为他们制订了300 多课时的进修计划，并邀请了38位有经验的教师授课。朱宪彝负责讲授序言、代谢骨病和肥胖病等课，他坚持讲了三年多，到1984年由于身体欠佳，这几课改由他人代讲，但他仍坚持去听课，做些必要的补充。朱宪彝从来不另眼看待进修学员，要求他们坐下来认真读书，逐步提高自己的专业水平，成为中国内分泌学的骨干。他规定每位学员最后都要写一篇论文，对这十几篇文章，他逐一审阅并细致批改，还要进行讲评。这个学习班的教材，由主讲人编写，开始是油印的，边办班讲授，边修改完善，共7大本，近百万字。朱宪彝在1984年暑假忍着病痛逐节逐章将其修改补充后，定名为《临床内分泌学讲座》，成为指定教材。