自鸦片战争后，中国社会沦于半封建半殖民地，广大人民灾难深重，连年战乱不已，经济濒于崩溃边缘，导致东南沿海和西南地区的清真寺建筑呈衰退状态。太平天国建都时期，南京还有二十四座清真寺，清军攻破南京，浩劫之余，残存下清真寺七座，福建全省仅残存四座，杭州市剩下二座。云南经历长达二十余年的“丙辰之变”，大部分清真寺毁于战火，战后尽管回族穆斯林惨淡经营，在废墟上重建，也没有恢复“丙辰之变”前的水平。相反，在西北地区清真寺的建筑却有了新的发展。战乱后，不但恢复了战乱前清真寺数量，还新建不少。据1948年统计，撒拉族穆斯林居住的循化县大小清真寺达七十四座。兰州素称十八坊寺，40年代发展至三十余座。宁夏吴忠、灵武、同心、甘肃的临夏、和政、东乡、康乐、临潭、清水、平凉、固原、海原、西吉、泾源等回族、东乡和保安族穆斯林聚居县市，各地都建有清真寺一二百座，有的多达三百多座。清末到民国时期，西北地区清真寺建筑仍保持增长趋势。除了政治、经济原因外，主要在于回族伊斯兰内部又发生了新的教派分化运动，伊赫瓦尼、西道堂、赛莱菲耶相继兴起，苏非门宦的继续分化促使分坊建寺，各自行教，这也是特定历史时期，大西北地区清真寺建筑发展的重要因素。
伊斯兰教自唐代传入我国，历经宋元明清和民国时期，到本世纪40年代，全国城镇和广大农村的清真寺建筑总数，据粗略统计，约近四万座(包括新疆维吾尔族地区)，其中回族、东乡、撒拉、保安族的清真寺，当在二万多座。
清真寺建筑风格
在伊斯兰教国家和地区，一千多年来，清真寺的建筑艺术，逐渐形成了几个不同的学派：
1.叙利亚——埃及学派。主要以希腊、罗马和当地式样的尖形拱弧为范例；
2.伊拉克——波斯学派。是以萨珊式样，古代迦勒底和亚述式样鸠胸剜形为基础的；
3.西班牙——北非派。即马格里布式的马蹄形；
4.印度学派。具有明显的印度色彩和式样，大多为圆顶形。
这些学派共同的特点，比较突出的是穹窿式的圆形建筑物，材料多为砖石、木料和石膏。回族穆斯林对它统称为阿拉伯式建筑风格。
伊斯兰教自唐时传入我国后，清真寺的建筑也在不断的发展，并逐渐形成了它的民族特色，具有它特有的结构体系和艺术风格，成为我国建筑艺术宝库中的一种重要类型。
现在我们就以下各个历史时期，论述回族伊斯兰教清真寺的建筑制度和艺术风格，以及它们的发展演变。
唐宋时期
伊斯兰教自唐时传入至元初五六百年的时期，清真寺建造基本上是阿拉伯式建筑风格。这个时期，它的特点表现在清真寺建筑全用砖石砌筑，不论平面布局，外观造型，细部处理等，多是阿拉伯式样，很少受中国传统木结构建筑的影响。现在我们可以广州怀圣寺、泉州清净寺、杭州真教寺为例来说明。
广州怀圣寺是我国伊斯兰教最古老的清真寺。寺内有元至正十年八月郭嘉《重建怀圣寺记》碑刻，与泉州清净寺元至正十年吴鉴《清净寺记》以及定州元至正八年《重建礼拜寺》碑，皆为我国伊斯兰教最早的汉文碑刻。《重建怀圣寺记》载：“白云之麓，坡山之隈，有浮图也。其制则西域，粲然石立，中州所未睹。世传自李唐迄今……”碑文明白指出怀圣寺始建于唐代。
《广州志》载：“怀圣寺唐时蕃夷所创，明御史韩雍重修。”《广州志》旧志也说：“西域回教国王穆罕默德遣其母舅蕃僧苏哈白来中土贸易，建光塔及怀圣寺，寺塔成，寻殁，遂葬于此。”志中所谓先知“遣其母舅蕃僧苏哈白来中土贸易”一事，虽系讹传附会之说，但也说怀圣寺始建于唐时。据南宋方信儒《南海百咏》中说：“蕃塔始建于唐时，曰：怀圣塔。轮困直上，凡百六十五丈。绝无等级。其颖标一金鸡，随风南北，每岁五六月，夷人率以五鼓登其绝顶。叫佛号，以祈风信。下有礼拜堂。”《南海百咏》是南宋开禧二年(1206年)以前的作品，约当12世纪末或13世纪初，可见这座寺在12世纪就已存在了。
再据《苏莱曼游记》说：“中国商埠为阿拉伯商人(？)集者曰广府(Khamfu)，其处有回教牧师一人，教堂一所……”所说这座“教堂”，很可能就是怀圣寺了。苏莱曼(Suleiman)是阿拉伯的一个商人，曾于9世纪上半叶到印度，又来我国广州等地经商，西归后，于希吉莱历237年(公元851年)，唐宣宗大中五年写成了他的东游见闻。由此可见，在9世纪中叶以前，广州就有了这座清真寺。近年来，穆根来、汶江、黄倬汉重译了这本中西关系史名着，题名为《中国印度见闻录》(1983年中华书局出版)，指出此书作者并非商人苏莱曼。此书中只有原作者来自商人苏莱曼东游我国广州见闻的一段传述。这段传述说：“苏莱曼商人(Solaiman)提到，在商人云集的广州，中国长官委任一个穆斯林，授权他解决这个地区各穆斯林之间的纠纷，这是照中国君主的特殊旨意办的。每逢节日，总是他带领全体穆斯林作祷告，宣讲教义，并为穆斯林的苏丹祈祷。”
新译《中国印度见闻录》与原译《苏莱曼游记》中，关于商人苏莱曼游历广州的见闻记述大体相同，只是新译见闻录中，商人苏莱曼没有明确提出广州“有回教牧师一人，教堂一所”。但仍然说：“每逢节日，总是他带领全体穆斯林作祈祷……”，这里所谓节日，不仅指每年的开斋节和古尔邦节的会礼，可能也包括主麻日的聚礼。按伊斯兰教教法规定，聚礼和会礼都要到各地中心清真寺去作礼拜。每逢主麻日及两大会礼节日，上至国家元首，下至各城市地方长官，都要到清真寺主持主麻日聚礼和节日的会礼，并进行演讲(虎图白)宣讲教义，蕃坊穆斯林长官每逢节日，也必然到清真寺带领全体穆斯林“作祈祷”。所以，从新译见闻录中仍可以看出广州当时已有清真寺的存在。
至今广州怀圣寺保持唐代建筑只有光塔了，其建制则完全是阿拉伯式样，整个用砖石砌成，内外墁灰，建筑平面为圆形。有前后二门，各有一磴道，两蹬道相对盘旋而上，到第一层顶上露天出口汇于平台上。在平台正中又有一圆形小塔，塔顶原是金鸡向风飞翔，因金鸡一再为飓风所坠，遂改为今之葫芦形宝顶。光塔是我国伊斯兰教清真寺建筑最大的邦克楼之一，构筑之精妙，我国砖塔建筑中极为少见，在我国建筑史上具有重要地位。我国砖砌佛塔，最古的是唐代佛塔，多为方形，砖筒状建筑，用木梯木楼板上下。到宋代的佛塔，才多用八角形及砖磴道的砌法，但砌工都很简单，与光塔圆形双磴道的精巧技术，远远不能相比。这种邦克楼的磴道，影响并提高了我国佛塔的建筑技术。所以，郭嘉《重建怀圣寺碑记》说：“白云之麓，坡山之隈，有浮图也。其制则西域，粲然石立，中州所未睹。”
怀圣寺除光塔而外，礼拜大殿等建筑，都是后代重建，已是很晚的建筑，唐建原貌早已不复存在。幸好宋人岳柯尚有此寺和塔的记述流传下来，还可以使我们略知它的原貌。岳柯《程史》卷十一中说：“有堂焉以祀名，如中国之佛，而实无像设，称谓聱牙，亦莫能晓，竟不知何神也。堂中有碑，高袤数丈，上皆刻异书如篆籀……后有窜堵波，高入云霄，式度不比他塔，环以甓为大址，累而拦之，外圆而加灰饰，望之如银笔。下有一门，拾级以上，由其中而环转焉，如旋螺，外不复见。其梯磴每数十级启一窦……绝顶有金鸡甚钜，以代相轮，今亡其一足。”这里所谓“堂焉”、“以祀名”、“无像设”，就是礼拜大殿，敬礼安拉之处所，穆斯林称为“麦斯至德”，故曰：“称谓聱牙。”“堂中有碑，高袤数丈”，这不是一般记事留念的碑刻，它正是礼拜大殿的“米哈拉布”。按伊斯兰教清真寺的建制，在礼拜大殿中除“米哈拉布”和“敏拜尔”外，一般不许配制其他建筑物。但这个“米哈拉布”的建筑形式，它像一幢碑刻，立于大殿西墙前面，或紧贴大殿西墙，指示礼拜的方向。这种“米哈拉布”的建筑形制，在伊斯兰教国家和地区至今还可常见，现巴基斯坦卡拉奇费萨尔大寺的米哈拉布，就是采取这种建筑形制。从这个“高袤数丈”的米哈拉布，也可想见当时怀圣寺礼拜大殿建筑之宏伟高大。所说“窣堵波”就是清真寺的邦克楼，“式度不比他塔”，完全不同于佛塔，尖拔为银笔。这种邦克楼俗称尖塔，也是伊斯兰教国家和地区至今常常采用的邦克楼建筑制度。
泉州清净寺(圣友寺)清净寺在泉州通淮街，据至正十年吴鉴《清净寺记》碑载创建于宋绍兴年间，此碑记曾为《闽书》收录，至明代正德二年(1507年)，此碑“年久朽敝无证，掌教夏彦海、赵尹璋、蒲景荣、赵元高等录诸郡志全文，募众以重立石，题刻《重立清净寺碑》”。
吴鉴《清净寺记》说：“宋绍兴元年(1131年)，有纳只卜穆兹喜鲁丁者，自撒纳威从商船来泉，并兹寺于泉州之南城。造银灯香炉以供天，买土田房屋以给众。后以没塔完里(现译穆塔完里)阿哈味不任，凡供天给众具，窜易无子遗，寺因废坏不治，其徒累抗于官，墨司不决有年矣。至正九年，闽海宪佥赫德尔行部至泉，为政清简，民吏威服，摄思廉夏不鲁罕丁令舍刺甫西哈悌卜领众分诉，宪公以审察得情，任达鲁花赤高昌楔玉立正议为之口理复征旧物，众志大悦，于是里人金阿里质以己资，一新其寺，来征余文为记……”
《泉州府志》“元夏不鲁罕丁传”(卷七十五)载：“夏不鲁罕丁者，西洋喳者例绵国人。皇庆中，随贡使者来泉，住排铺街，修回回教，泉人延之，住持礼拜寺。寺宋绍兴间创也，先是，郡守陈公偁，(陈偁沙县人，宋熙宁八年至元丰五年间，曾两次任泉州太守)请置市舶司于泉州，终宋世飨其利。胡贾航海踵至，其富者资累巨万，列居郡(泉郡)城南，于是，纳只卜穆兹喜鲁丁建兹寺……”
根据以上两个文献的记载，清净寺创建于南宋绍兴年间，即公元1131年至1161年间。
但在清净寺寺门楼甬道后的北墙，嵌安着两条巨大的阿拉伯文石刻。直到现代，阿拉伯文碑刻方被译出。1911年荷兰人白参(Maxvan·Berchcm)曾发表过此碑法文译文。王云翔先生转译为汉文；30年代，西班牙神父阿奈兹(Greg·Araniz)也曾将此碑译成法文，德国人艾克(G·Eche)自法文译成英文，张星娘先生再从英文译成汉文；50年代，我国回族穆斯林学者马坚教授，将此阿拉伯文碑刻直接译为汉文。碑文说：
“此地人们的第一座礼拜寺就是这座最古老、悠久、吉祥的礼拜寺。名称‘艾苏哈卜寺’，建于[伊斯兰历]400年(公元1009-1010年)。三百年后，艾哈玛德·本·穆罕默德·贾德斯，即设拉子着名的鲁克伯哈只，建筑了高悬的穹顶，加宽了甬道，重修了高贵的寺门并翻新了窗户，于[伊斯兰历]710年(公元1310-1311年)竣工，此举为赢得至高无上真主的喜悦，愿真主宽恕他……宽恕穆罕默德和他的家属。”
按此阿拉伯文的碑刻，与上述吴鉴《清净寺记》和《泉州府志》所载该寺的创建年代、创建者和重修的主持人以及地址等，均不一致。
(一)创建年代。前者为希吉莱历400年(公元1009-1010年)，为北宋大忠祥符二年，后者则为南宋绍兴年间(公元1131-1161年)，相差约120年。
(二)创建者。前者未记载创建者；后者则为来自波斯设拉子商人纳只卜·穆兹喜鲁丁。
(三)重修年代及主持者。前者重修年代为希吉莱历710年(公元1310-1311年)，即元代至大三年，重修主持人为来自波斯设拉子人艾哈玛德·本·穆罕默德·贾德斯；后者重修年代为元至正九年(公元1349-1350年)，重修主持人为夏不鲁罕丁和金阿里等人。两者重修年代相差40年。
(四)地址问题。在《清净寺记》和《泉州府志》都言明清净寺在“泉州之南城”，“列居郡(泉郡)城南”，距今之清净寺所在，还有很大一段距离。
在20世纪初，当这通阿拉伯文石刻被译出后，人们还以为阿拉伯文碑刻所称之艾苏哈卜寺就是清净寺之别称。同是一寺，只是中外文记载不同而已，因此出现了清净寺创建年代三种说法，即唐建、北宋建、南宋建。到50年代，吴文良先生考证提出，吴鉴碑记所讲的“清净寺”，最初是在泉州南门的另外一座清净寺。近年来，泉州学者陈达生先生进一步考证，明确提出：现泉州通淮街清净寺实即阿拉伯文碑刻所称之艾苏哈卜寺。汉译之则为“圣友寺”。吴鉴《清净寺记》所述清净寺，确系南宋绍兴年间创建于泉州南城的清净寺，该寺元末已废毁。《清净寺记》碑刻被入移置圣友寺存放。后因年事久远，便被张冠李戴。人们误以通淮街的圣友寺为清净寺。终于解开了文献记述矛盾的症结，澄清了长期的历史误会。我国伊斯兰教现存的第二座古寺圣友寺，它的创建年代比清净寺还要早出120年，而清净寺早已废毁，成为历史的陈迹，不复存在了。