泉州圣友寺，是宋代遗留至今唯一的一座清真寺，原物也只有大门和大殿四壁。它的大门完全是阿拉伯一带伊斯兰建筑风格，全部用绿色花岗岩砌成。大门外部做拱券状，拱顶很尖。门内做半圆球状，在此半圆球状顶下，又有尖券状。门内部，封闭式门厅，形很方正，上为圆拱顶。大门顶上可做邦克楼。这都是国外伊斯兰教建筑的特点。门内右转即礼拜大殿，四壁用浅绿色花岗石砌成，面宽五间，进深四间，殿后墙正中有一间凸出，这是“米哈拉布”建置之处，方向稍偏北，正是朝向麦加“克尔白”的正向。从大门和大殿的位置来看，此寺平面布置原来也不是四合院式的建筑，与我国传统建筑有很大差异，也属于国外伊斯兰教建筑形制。
杭州真教寺真教寺在杭州市中山路，因建筑群形似凤凰，清末被称为凤凰寺。宋元时代也被称为回回堂或礼拜寺。据寺内清康熙九年(1670年)真教寺碑记谓：“该寺……创于唐，毁于宋，元辛己年有大师阿老丁者，来自西域，息足于杭，瞻遗址而慨然捐金，为之鼎新之举，表以崇闳，缭以修庑，焕然盛矣……”谓为唐建无确凿根据，恐不可信。它至迟建于南宋应是不成问题的。范祖述《杭俗遗风》记：“回回堂在南大街文锦坊，系回回教民聚众礼拜之所，故一名礼拜寺。其堂四方壁立，高五、六仞，迎面彩画，有回教寺匾额，中间圆门，上造鸡笼顶，两旁列石栏。”范祖述是宋时人，所着《杭俗遗风》是南宋初年的见闻，所以，“回回堂”至迟建于南宋初年，甚至北宋时就已建成。又据该寺大殿内三座石刻的经香台、部分烧砖及一些柱础石，经一些专家、学者鉴定为宋代遗物。
根据范祖述《杭俗遗风》记述，真教寺原来显系一种典型的国外伊斯兰教清真寺建筑形制，他明确说明“其堂四方壁立，高五、六仞……中间圆门，上造鸡笼顶”。鸡笼顶即圆拱顶。但现存建筑多是元代以来不断兴修改造的，原来面貌已经大非。只有礼拜大殿的三大间后窑殿中间的一间后窑殿，据专家考证为宋代建筑原物。这间后窑殿竟达8.84米，约合普通民房两间半大小，是一个相当大的圆拱顶建筑。
我们根据以上遗物和古代有关记载来看，伊斯兰教由唐时传入，历经宋代，以迄元初。这个较长历史时期，我国伊斯兰教清真寺的建筑，还少受我国传统建筑艺术的影响，而是移植了阿拉伯的建筑形式和艺术风格。它具有几个明显的特征：(一)建筑材料以砖石砌垒为主，木结构非常少见。(二)礼拜大殿多呈方形或长方形，个别有凸字形的，大殿平面结构比较简朴。大殿顶脊多为圆拱形。(三)邦克楼则多为尖塔式的。(四)清真寺建筑结构，以礼拜大殿和邦克楼为主体建筑，多不配置其他建筑。而大殿与邦克楼是两个自成一系的建筑单元，邦克楼的位置，有置于大殿前的，有置于大殿后的，也有置于两侧的，比较灵活。这一时期清真寺建制结构，也是与当时穆斯林清真寺的基本功用相适应的，同国外伊斯兰教一样，当时清真寺的唯一功用，就是穆斯林叩拜真主的地方。
蒙元时期
元代清真寺建筑规模和数量远远超过唐宋时期。北京、广州、泉州、扬州、松江、昆明、河北等地清真寺中，都有元代创建或重建的清真寺。但原貌留存至今的也很少，局部保留至今的只是后部砖砌窑殿和米哈拉布。凡清真寺建筑后窑殿为砖砌拱顶的，大多有元代始创的记载。砖砌后窑殿明代也常采用，清代已几绝迹，除非是在明代的基础上重修的建筑，仍继续保留原来的窑殿制度。此种窑殿便是仿效西方伊斯兰教清真寺后殿顶上用圆拱的手法，不过已经中国化了。因此，元代清真寺建筑有了大发展趋势，一般外观造型还基本保留阿拉伯建筑的形式，不过已逐步吸收了中国传统建筑的布局和木结构体系，出现了以阿拉伯形式逐步形成中国伊斯兰教建筑的过渡形式，成为中阿混合的清真寺建筑。我们可以创建于元代着名的河北定州礼拜寺和江苏松江清真寺为例说明。
定州礼拜寺创建于元代，元末又加重修。寺内有元至正八年(1348年)《重建礼拜寺碑记》，系回族伊斯兰教最古老的汉文碑记之一。
它的整体布局已是中国的传统四合院制，但这是后来明代建成的。寺内明碑中有谓“继见其在殿之孤立而悲其无幅边……”之语，可知此寺元代尚无四合院布置。大殿后窑殿内部，则是元代半圆拱顶的砖结构无梁殿，是国内砖无梁殿已知最早实例之一。
后窑殿西墙上，是木制米哈拉布，图案非常精美富丽，它的主要色调是红色金花、金字，下为栏杆，上为垂柱及斗拱门罩。米哈拉布最中心部分是“圆光”形，另加九个小圆光状物，拱卫周围。特别是在米哈拉布侧面板壁上的图案，更为少见。阿拉伯文与花朵互相交织，使整个米哈拉布更为灿烂可观，这是典型的中阿合璧式的回族伊斯兰教建筑艺术，极富有民族特色。
松江清真寺二门及后窑殿均系砖无梁殿结构，可能是元建的遗物，经明代重修。后窑殿用半圆拱券顶，又使用十字脊，在我国古代建筑中为难得之例。砖无梁殿结构，是伊斯兰教早期建筑广泛使用的建筑制度，我国砖无梁殿建筑，就是由伊斯兰教建筑的影响所致。
此外，我们前面提到的杭州真教寺，它的礼拜寺大殿中三组并排的后窑殿，据我国建筑专家鉴别，中间一组为宋建，其余两组则是元代添建的，也是砖无梁殿。寺内有康熙九年(1670年)真教寺碑记载，元辛巳年(1281年或1341年)阿老丁慨然捐金，“为鼎新之举”，亦可证之。
明清时期
经过元代过渡时期，从明初到清朝五百年的时间，回族伊斯兰教建筑受我国传统建筑的深刻影响，发生了巨大的变化。大体从明朝开始，广泛使用大木架结构，砖石砌垒制度已很少有；总体结构和平面类型多样化，大殿、配殿几乎都是大木架起脊式建筑，并使用斗拱、勾连搭等等。到清朝就已完全形成中国特有的建筑形制，具有了显着的民族特色。它的主要特点表现在以下几个方面。
一、清真寺除礼拜大殿和邦克楼外，又增置讲经堂和沐浴室。总体布局多为中国传统建筑的四合院式，正面礼拜大殿，南北为侧殿，坐东为门楼和对厅，南北侧殿作为经堂和教职人员的住室，对厅多建为沐浴水房和其他配房。门楼一般建为邦克楼。建筑规模较大的清真寺，又为多进四合院。水房建于别院，又有客厅、议事厅等其他建筑。清真寺的这种建筑布局，回族穆斯林俗称为“三堂合一”的形制，或称做“三堂一院”的建制。即大殿为礼拜堂，侧殿为讲经堂，沐浴室为澡堂。任何清真寺，不论它的建筑规模或大或小，只要具有这“三堂”以及邦克楼，便是一座完整的清真寺。清真寺的这种结构和布局，表明回族伊斯兰教清真寺的功能也发生了重大变化。
二、礼拜大殿的建筑已不是较单调的方形或矩形的建筑形制，圆拱形的顶脊也很少见了。大殿都是大木架起脊式建筑，采用斗拱，大殿结构复式，广泛增置卷棚和窑殿，大殿由前卷棚、中大殿、后窑殿三个建筑部分构成。从大殿的平面类型看，有矩形的，有方形的，也有十字形的，有凸字形的，也有工字形的，尤其是后窑殿的式样变化更多，有单檐、重檐、三重檐的十字脊以及亭式建制等等。材料有木有砖，砖木混合结构。总之，这一时期，特别是到了清朝，内地回族穆斯林清真寺的建筑，可以说是千姿百态，争艳斗胜，在中国建筑史上占有特殊地位，极大地丰富了中国古建筑的传统。
三、礼拜大殿内，用以指示麦加克尔白方向的米哈拉布，建筑非常精致考究。立于殿内的碑刻式米哈拉布不见了，、多是于窑殿中墙内做成拱形券洞形式的米哈拉布，后端砌封。配置建筑和装饰，精致华丽，有些建置须弥座。有人常常误以为“神龛”，其实它只是指示克尔白方向的一种标识。近年来，有些新建的清真寺，米哈拉布后端不砌封，安装两扇门，遇有丧葬，门打开，将埋体置于米哈拉布后面(后窑殿墙外)，穆斯林大众进入大殿，排班站立，为亡人举行“者那孜”仪式。
四、清真寺的邦克楼建筑，大都采用中国传统木结构的亭台式建筑。砖石垒砌的光塔式、尖塔式的邦克楼消失了。有人据此以为，回族穆斯林清真寺没有邦克楼的建筑。其实不然，回族伊斯兰教清真寺，除了少数小寺或临时应用而建的寺外，凡建筑完整的清真寺，普遍有邦克楼的建筑。它们大多被置于清真寺大门之上，既是门楼，又是邦克楼，还充做望月楼。一般作一至二层，也有高达四五层的雄伟、壮丽的邦克楼。
明清时期，特别是清代，重建和创建的着名清真寺，留存至今的很多，兹举以下数寺，说明回族伊斯兰教清真寺明清时期的建筑制度和它的艺术风格。
西安化觉巷清真寺又名清教寺，相传始建于唐天宝年间，穆斯林视为我国伊斯兰教最古老的一座清真寺，寺内有唐时人王珙所撰《创建清真寺碑》一通，碑文载：“……及隋开皇中，其教传于中华，流行散漫于天下。至于我朝天宝陛下，因西域圣人之道，有同于中国圣人之道，而立教本于正。遂命工部督工官罗天爵董理匠役创造其寺，以处其众，而主其事者摆都而的也。其人颇通经书，盖将统领群众，奉崇圣教，随时礼拜以敬天而祝圣寿之地矣。是工起于元年三月吉日，的等恐其世远遗忘，无所考证，遂立碑为记，以载其事焉。时天宝元年岁次壬午中秋吉日立，关中万年县石公刻。”唐天宝元年当为公元742年。
此碑据桑原骘藏和陈垣先生考证，系后人所伪托，所持的依据是，此碑碑文语言纯系宋明理学一派语气，不类唐时的语气。碑文书法也不是唐代人手笔，碑中语气，为“谟罕默德”，唐时不作此译写，唐时译写为摩诃末。又如“天方”，唐时没有此称，而称为大食。“清真寺”唐时也尚无此译称。陈垣先生以为此碑文是明时所造。所以伪托王珙之名者，因为天宝间王珙曾舍宅为观，清教寺或即此观的旧址，后人改磨原碑，而仍留“天宝元年户部员外郎兼御史王珙”衔名入碑。
但也有不少学者认为此碑虽系明人伪造，此寺并不一定是明时所建。回族穆斯林学者傅统先认为：王珙宅在长安南关，而清教寺在长安西关新兴坊。此碑或系重修清教寺时为穆斯林所获，改磨而成现碑，如说此寺建于明代，则过甚其辞了。因为清教寺还保有其他几通重修碑记，一立于明嘉靖五年(1526年)；一立于万历三十四年(1606年)；一立于清乾隆三十三年(1768年)。嘉靖、乾隆两碑详细记述历代重修的情况，最早的一次重修便在“宋靖康二年(1127年)四月差指挥使佥事阿讨剌督工重修”。由此可见，南宋以前就有了清教寺。《创建清真寺碑》记，碑虽系明人所造，但却不能依此断定寺也是明时始造。此寺至迟也是始建于宋时。化觉巷寺已无原物遗存，完全系明代重修的一座宏伟壮丽的大寺，也有清代建筑部分，大体上尚保持明代规模。经明清两代重建、扩建，始成今日布局有致，殿宇宏伟的巨大规模。该寺的平面规模及长度在全国清真寺群中，堪称首屈一指。整座寺院沿东西向中轴线前后共分五进院落，最外院是一座华丽的牌楼，整个寺内有木坊两道，石坊一道。棂星门五重，须经九道门坊，才达到大殿，院落重重，给人以宏伟丰富，深远无尽的感觉。主体建筑为前后大殿、省心楼、凤凰亭、朝阳殿，合称“五凤朝阳殿”，大殿可容二干人礼拜，殿内天花板、藻井与米哈拉布左右的木雕阿拉伯文字、花叶均系明代精品。内外砖石雕刻，形态栩栩如生。该寺还存有汉文、阿拉伯文和波斯文碑石、匾额、对联、中堂以及香炉、经匣、静物匣等宗教文物，其中有米芾书“道法参天地”碑，董其昌书“敕修礼拜寺”碑等。
化觉寺向居当地“七寺十二坊”之首。相传昔日坊众达八百户，具有一套较完整的组织制度，为经堂教育“陕西学派”的中心，曾培养不少经师和宗教人才。
北京牛街礼拜寺牛街礼拜寺在北京宣武区牛街，故名。它也是我国伊斯兰教一座古老的清真寺，相传始建于宋代，为北京“四大官寺”之一。据《北京牛街岗上礼拜寺志》记载：创建于北宋至道二年(公元996年)，历代曾进行扩建，明成化十年(1474年)，奉敕赐名礼拜寺，现存寺院规模和建筑，大体是明代所建，经过清代重修，始建原物已不复存在。
整个建筑以礼拜殿为主体，配衬望月楼、宣礼楼、对厅、经堂、碑亭、水房等组成。建筑面积约3000平方米。形制与其他清真寺不同，在于进东西门绕大殿两侧再迂回入殿，故称“珍珠倒卷帘”式。大殿南北五楹，东西三进，十八立柱组成二十一个拱门，柱上以粉贴金绘成莲花图案，门楣以阿拉伯经文匾额、图案装饰。后殿穹庐藻井，经建筑专家鉴定，确系宋代建筑物。两侧阿拉伯文缕空雕窗，笔法古老，苍劲有力，属“库法体”，殿内可容干人礼拜。
大殿前有左右两座碑亭。右亭建于明弘治元年(1488年)，有敕赐礼拜寺碑记；左亭建于明弘治九年(1496年)，有增修礼拜寺碑记。宣礼楼，与两座碑亭相鼎立。望月楼高约三丈，状如六角亭，顶覆黄琉璃瓦，周围有窗扇，窗外环似回廊。