到了近现代，回族伊斯兰教又进入了一个重要的新的历史发展时期。从清末至整个民国时期，回族穆斯林兴起了文化运动，改良宗教，发展文化教育；同时，在回族伊斯兰教中，又发生了新的教派运动，产生了伊赫瓦尼、西道堂、赛莱菲耶等宗教流派，倡导宗教革新，复兴伊斯兰教。我们在本章和下一章，着重叙述伊赫瓦尼维新运动，然后再叙述赛莱菲耶、西道堂和回族穆斯林文化运动。
伊赫瓦尼(Ikhwan)一词，是阿拉伯语“兄弟”的译音，系根据(古兰经》“凡穆民皆为兄弟”的规定，赋予这一名词以“以安拉的意志结成的兄弟”的内涵，作为该派穆斯林之间的称呼。创始初期，称为“艾黑哩——逊奈”或“克塔布——逊奈”，义为遵经崇圣，故有“遵经派”之称，其它教派则称其为“折底德”(Jadeed)、“哈杜斯”(Hadus)，有“革新”、“新行”之意，都带有“标新立异”的贬意。
伊赫瓦尼，是受阿拉伯半岛瓦哈比运动的影响，在回族伊斯兰教中产生形成的一个宗教流派。瓦哈比教派产生于18世纪的阿拉伯半岛。创始人穆罕默德·伊本·阿布杜勒·瓦哈布，1703年出生于阿拉伯半岛德拉伊耶西北部阿伊纳的一个宗教家庭，幼年随父学习伊斯兰教知识，青年时曾在逊尼派学校罕伯里法学院接受过严格的法律教育，先后游历过希贾兹、伊拉克、伊朗、叙利亚等地，耳闻目睹了这些地区流行的圣徒崇拜、迷信精灵、朝拜圣墓的各种现象，认为这些已经远远背离了先知和《古兰经》所规定的正统派的理论和实践，在进一步研究了17世纪宗教学家艾哈迈德·伊本·泰伊米叶的着作之后，他在故乡开始了反对神秘派的习俗和民间迷信习俗的公开宣传活动。但这一活动遭到当地什叶派和苏非派学者的反对和迫害。哈瓦布不得不在1740年投奔邻近的阿纳扎族族长穆罕默德·伊本·沙特，两者签定了合作恢复“真正的信仰”的协议。瓦哈比派的宗教势力与沙特家族的政治势力互相联合，开始了一场被后来的历史学家命名的跨越两个世纪的瓦哈比运动。在开始的几十年里，随着武力的征服，瓦哈比教义传遍了"整个纳季德地区；进而，他们于1803年攻下麦加，1804年克服麦地那，1805年袭击伊位克什叶派圣地纳杰夫，并于1811年在达里亚地区建立了政教合一的瓦哈比国家政权。
由于瓦哈比在这一时期的军事行动中，采取了洗劫伊拉克什叶派圣地，夷平麦加“麦尔拉墓地”和“三所房故址”等过激行动，从而引起了什叶派和苏非派的仇恨；同时，这个拥有北至阿勒颇，南达印度洋，东起伊拉克，西到红海沿岸的瓦哈比国家的兴起，毫无疑问，已经严重威胁到正在衰败的奥斯曼土耳其的统治。于是，奥斯曼苏丹命令埃及总督出兵，终于在1818年消灭了这个瓦哈比国家。但沙特家族仍然在费萨尔·伊本·阿齐兹的领导下，在纳季德地区进行抵抗活动，并于1843年在这一地区恢复了沙特家族失去了五十二年之久的统治。尽管在五十多年后，由于沙特家族内部争权，再次失去政权。但十年之后沙特家族又重新夺回了政权，并于1902的攻下利亚德，兼并了哈萨、汉志、杰页拉沙马尔、阿西尔等重要地区，基本统一了阿拉伯半岛。1932年沙特阿拉伯王国建立，瓦哈比派宗教成为国教。至此，经过一百九十多年的奋斗，瓦哈比运动取得了胜利。
瓦哈比运动，在一定程度上是一场净化伊斯兰教的清教运动。同时也是阿拉伯民族在宗教外衣下，对土耳其帝国统治和西方殖民主义侵略的政治抗议。它以瓦哈比派原教旨主义为思想武器而取得的胜利，对阿拉伯世界被压迫穆斯林具有较大的启发作用。正因为如此，瓦哈比思想传入了印度、印度尼西亚、北非及中亚许多穆斯林地区，形成了名称互异的原教旨主义派别。
瓦哈比思想也传到了中国。清中叶以后，从海路、陆路赴阿拉伯朝觐的中国穆斯林逐渐增多。其中有些学者在麦加朝觐、游学期间，受到瓦哈比思想的启发，回国后宣传该派礼仪思想。据《青海历史纪要》载：早在“清德宗光绪七、八年间(1881-1882年)由新疆传入新教派，与马明心在循化地区传播之新教不同……勒令年轻回民留鬓角之发，耳旁之须，禁妇女缠足”。但瓦哈比思想的大量传播，则在清末民初。开始仅有个别阿訇遵行瓦哈比派礼仪。在西安，就有穆原复在礼拜中双手摸脸一遍，斋月后坐静十天。同期，穆原复的学生刘遇真阿訇朝觐归来，在西安桥上清真寺、马善亭(王浩然的高足弟子)在小学习巷清真寺，分别宣传瓦哈比派的某些礼仪制度。如盖德雷夜内列班礼副功拜和邦布达代赞、迪格勒赞；行殡礼时脱鞋，用现银转“费达”；拜后增念九赞，不念古兰经《穆勒克》章等。但当时刘、马均未声明是“伊赫瓦尼”，马善亭仍属“初三派”。他们的主张，也遭到大多数人的反对，很难推行。
瓦哈比派的礼仪引入中国，并根据回族伊斯兰教的实际情况加以系统化者，则是马万福阿訇，他被视为中国伊斯兰教伊赫瓦尼教派的创始人。
马万福，经名努海，清咸丰三年(1851年)出生于今甘肃省东乡族自治县一个贫苦农民家庭，家居果园村，故后来被称作马果园或果园哈吉。马万福的祖父和父亲当过经堂小学阿訇。他自幼受家庭的熏陶，勤奋好学。在十三四岁时已在经堂中崭露头角，受到教师的赞赏。二十二岁时挂幛穿衣，先后在其家乡果园村、红崖和巴素池等地担任开学阿訇。以其博闻强记，善于思辩，娴熟经典和独特的教育方法，被视为虎夫耶北庄门宦年轻有为的阿訇。1886年，马万福、瓦里家阿訇和东乡苦妥的举人马会三前往麦加朝觐。之后，瓦里家阿訇陪同马万福在麦加求学深造，客死于圣地，而马.万福不负所望，终于成为回族伊斯兰教着名的大阿訇。
当时的麦加，虽处在土耳其苏丹任命的总督奥思·拉菲格帕夏的管辖之下，但沙特家族领导下的瓦哈比派运动，仍然在麦加地区秘密传播着。据说，马万福在麦加的四年里，曾结识了海力巴、艾卜·盖勒等瓦哈比派宗教学家，并在其主持的“海力夕巴氏”学堂，系统地学习《古兰经》字面解释、《圣训》的法学派教义及其他宗教学知识，使马万福成为一位经学知识渊博的宗教学者。尽管当时在阿拉伯半岛瓦哈比运动处于低潮，但其主张“回到《古兰经》中去”和“遵经革俗”的思想，无疑给了他深刻的启示。于是，他建议朝觐的中国哈吉照“艾黑哩逊奈”干教门。他的热情宣传感化了其中不少人，大都成为他回国后倡导伊赫瓦尼的得力助手。
1892年，马万福从麦加回国，作为哈吉，在穆斯林中普遍受到尊敬；尤其作为一个饱学归来的哈吉，能引经据典，阐明自己的主张，就更受人尊敬，倍加重视。他宣传伊赫瓦尼主张，就在这种有利条件下开始的。1893年马万福回到家乡，公开宣布脱离北庄门宦。提出“凭经立教”，始创伊赫瓦尼教派。此后十五年，马万福先后在甘肃临洮、静宁、临夏、陕西安康和湖北老河等地开学，宣传“凭经立教”的主张，培养宗教人才，积极倡导伊赫瓦尼革新运动。
马万福将自己的宗教思想概括为“凭经行教”、“遵经革俗”、“回到《古兰经》中去”。这也就是伊赫瓦尼维新运动的总纲领。他的革新主张，后来由人们总结为“果园十条”，即：
1.不聚众念《古兰经》，只能一人念众人听。
2.不高声赞圣。
3.不多做“都阿”。
4.不探望拱北。
5.不聚众念讨白。
6.不纪念亡人的日子。
7.不用《古兰经》转“伊斯嘎推”。
8.不干“怠图卧尔”的“尔曼里”。
9.对“侯控”要用手端。
10.“尔曼里”要自己干，别人代干不行；《古兰经》要自己念，别人代念不行。
这十条约在1918年前后提出，成为伊赫瓦尼派主要礼仪制度规范。为使人们相信他的主张并非个人杜撰，而是有充足的经典根据，也为了扩大影响，马万福还会同当时知名的几位伊赫瓦尼大阿訇，从《伊哈雅一》、《费格海》、《嘎最》、《米勒沙》、《麦克图巴提》、《沙米》、《凯俩姆》、《麦卜苏推》等八部经籍中，摘录了有关内容而加以综合，编纂《布华里咱德》一经，系统地阐述伊赫瓦尼派的主张，批评苏非派门宦的某些礼仪，引起各门宦的强烈反感，只刻印了二十多册，便被马安良下令销毁刻版。后来经其弟子缩写，取名《回教读本》(小经与汉文对照)，流行于甘宁青该派经堂学校。
经过十几年的努力，马万福的宗教革新主张，在甘肃临夏、青海西宁以及宁夏、陕西、湖北、河南的部分地区，得到广泛的传播，获得了众多信众。马万福特于1908年开斋节，在临夏西川聚集百余名伊赫瓦尼教派阿訇举行讲经会。马万福在这次讲经会上，进一步重申几年前提出“打倒门宦，推翻拱北”的口号。宣称“伊赫瓦尼要统一各教派门宦”，并以“舍希德”鼓励教众，“为教门流血牺牲”，自然遭到老教和门宦的强烈不满和反对。
由于1895年“河湟事变”中，马万福曾与东乡马大汉盟誓响应，共守三甲集洮河沿线。起义失败后，马万福化名潜逃。为此喇世俊、马安良上控兰州总督，将马万福定为“皇上要犯”，通令缉拿归案。马万福潜逃后，他在临夏的弟子中，有八人被杀，原来追随他的十大阿訇大多放弃伊赫瓦尼主张，伊赫瓦尼维新运动转入低潮。
马万福先潜逃至陕西安康，又辗转逃亡新疆。1918年正月，马万福在新疆哈密被逮捕，旋被押解兰州。在途中，由宁海镇守使马麒派兵劫往西宁，待如上宾。从而，伊赫瓦尼的维新运动有了新的转机。