对于现代人来说，两性生殖器的相互接触一一性交一一生殖是紧密联系的，但是，对于原始初民来说，在一个很长的历史时期内，还不能把这三者联系在一起，而对三者都充满了神秘感。他们对生殖、性交存在神秘感，同时由于生殖器和生殖、性交有密切联系，也对生殖器产生神秘感，这样，就出现了生殖崇拜、性交崇拜与生殖器崇拜。这三者是紧密联系在一起的，这三种崇拜构成了性崇拜的主要内容。
一、生殖器崇拜
元论是生殖崇拜还是性交崇拜，都和生殖器有密切关系。原始初民早就发现，男女两性在外表上的最大差别主要是在生殖器上，其次是在开始发育以后女性的乳房上；通过男女生殖器的接触可以获得极大的愉快；同时婴儿还会从女性生殖器中分娩出来。那时，初民由于还不懂得人体的生殖器的构造和功能，认为长在人身上的阴茎和阴户是一种完全独立的东西，是它们决定和控制着人的性行为，天地万物都有灵魂，都有人所无法抗御的魔力，生殖器当然不例外，顺从它就会有性的欢乐，违抗它就会伤害身体，这样，生殖器崇拜就产生了。
在中国古代的语言文字中，常用“阴”、“根“泛指男女的生殖器，如男阴、女阴，男根、女根。”阴“有时专指女性生殖器，而“根“则明显地具有崇拜的意味。生殖器崇拜的表现形式是多种多样的。一般说来，首先要树立一个生殖器偶像，而且与人体并不相连，以示其独立于人，高于人。男性生殖器偶像往往是按它勃起状态塑造的直立物体，女性生殖器偶像是按它张弛状态塑造的，认为这是它发挥魔力的时候。
男、女生殖器偶像有许多象征物。人们虔诚地祭祀生殖器偶像，顶礼膜拜，不但要举行各种朝拜、祈求、谢恩的隆重仪式，还要用最珍贵的东西来供奉，从食物到杀人血祭。
原始初民的这种崇拜，当他们还不能将性交和生殖联系起来时，主要反映为女阴崇拜，因为他们还不能以此与男性生殖力联系在一起，而只是看到婴儿从女阴中出来。那时，女性生殖器的象征物，有的主要象征女阴，有的主要象征子宫或肚腹，有的主要象征女性的经血，有的主要象征阴蒂。
女阴崇拜与当时的社会发展也有很大关系，主要存在于母系社会，女性的崇高地位是使女阴崇拜成为初民的一种普遍心理的社会原因。以后，初民经过多少万年的生活实践、经验积累，逐步发现男性生殖器和女阴的接触，会导致怀孕、生育，于是又逐渐兴起了男根崇拜。男性生殖器的象征物，有的主要象征塞丸，有的主要象征阴茎，有的主要象征精液，有的则象征整个男根。母系社会向父系社会的转化，又推动了男根崇拜的发展。当然。男根崇拜并不一定是取代了女阴崇拜，在一个很长的历史时期里，两者往往是并存的，不过有主有次而已。
我国学者赵国华认为，初民的女性生殖器崇拜，大致经过三个阶段：第一个阶段，他们只看重出现新生命的门户，奉祀女阴的模仿物陶环、石环等；第二个阶段，他们选择鱼为女阴的象征物，奉祀鱼，举行特别的吃鱼仪式，即鱼祭；第三个阶段，他们又崇拜蛙。此外，他们还崇拜花、鹿、羊、女性的经血等。
以陶环、石环等为女阴的象征物，这只是一种最肤浅的表面认识，只是简单地以环状圆洞比喻女阴。以鱼作为女阴象征物则进了一步，一方面，鱼形，特别是双鱼与女阴十分相似；另一方面，鱼的繁殖力很强，初民以此寄托人丁兴旺的美好希望。以后，又进了一步，他们认识到婴儿是由女性的子宫（肚腹）孕育而由阴户娩出，而蛙生殖力强、腹部浑圆，就以此作为子宫（肚腹）的象征物。所以，这几个阶段也体现出初民性文化的发展。
以上情况，被我国的许多出土文物所证明，如西安半坡出土的大量陶器的鱼状花纹，辽宁省阜新县胡头沟基葬出土的两枚绿松石鱼形坠，浙江省余杭县反山基葬出土的自玉鱼，都含有象征女阴的意义。在其他各个时代出土的陶器、青铜器、玉器、门饰以及其他许多装饰图案中都有鱼形图案或花纹，这种例子真是不胜枚举。到了后世，鱼的象征意义又扩大为象征爱情和女性，闻一多在《说鱼》中己作了充分的论证。如唐代女道士李冶《结尺素贻友人》诗“尺素如残雪，结为双鲤鱼，欲知心中事，看取腹中书”，元旗《鱼中素》诗：
“重叠鱼中素，幽缄手自开，斜红余泪渍，知着脸边来”等等，都说明了这一点。
有意思的是，以鱼形象征女阴，并不是中国古文化的特有物。在印度的许多圣所中，有不少有关男根、女阴和半男半女的象征和图形，其中最流行的是插在女阴中的男根，这被称为“阿尔巴”，同时也有象征女阴的鱼形图案。为什么中国和印度还有其他许多相隔遥远的地区会不约而同地有这种现象，这当然不能用文化传播来解释，显然这和全世界的原始初民都经历过漫长的渔猎时期有密切关系。
当然，从现存的一些古代文物看来，女阴崇拜并不限于象征物。1974年在青海柳湾新石器时代遗址中出土的一件人像彩陶壶，上面绘塑了一个女像，全身袒露，乳房丰满，用黑彩绘成乳头；捏塑成夸张的女阴，又用黑彩勾勒成轮廓。
云南大理州剑川县城西南25公里的剑川石窟（系从南诏到大理国时期数百年间逐步开凿而成的，距今已有1100多年的历史）第8窟有个女阴雕刻，当地的白族群众叫它“阿央白”，又称“白乃”，意思是婴儿的出生处，即女阴。可见，我国有些少数民族在那时还有生殖器崇拜之风。
在福建漳州以南100多里的东山岛的大海边，至今还有一个巨大的石女阴，刻有阴阜、阴毛、阴唇、阴道，十分写实，惟妙惟肖。对这石女阴，至今有些岛民仍然恭拜，常有人攀上去抚摸，所以石面被磨得十分光滑，磨得最光滑的是长圆形的阴道00在阴道穴内还有一些小石子，这是求子者故意投掷进去的，根据当地的传统民俗，人们认为这具有一种巫术和预验的效用，求子者须将石子投进小穴，才有可能生子。
关于女阴崇拜，在我国古代史籍上也多有记载，例如《太平寰宇记》卷七十六云：
石乳水在州（四川简州）东北二十一里玉女泉山。
东北有泉，各有悬崖，腹有石乳房一十七眼，状如人乳流下，土人呼为玉华池。每三月上巳日有乞子者，漉得石即是子，瓦即是女，自古有验。
张君房《云复七签》云：
金堂县昌利化圆元观南院有九井焉，……盖瞠泉之属。每岁三月三日蚕市之辰，远近之人祈乞嗣儿于井中，探得石者男，瓦砾为女。
在四川省盐源县前所有一个打儿窝，该洞位于悬崖上，人们在打儿窝前点香上供，然后向洞内投石块，如果投进去就能生儿育女，技不进就不能怀孕。据说此洞有一个地下河流，直通四川木里县屋脚巴丁拉木女神的住处，而打儿窝就是女神的阴部。
在四川省凉山州喜德县泸沽观音岩上，还有一个摸儿洞，里面有石块和沙粒。妇女求育时除照例烧香磕头外，还要把手伸进摸儿洞里，摸到石块能生男孩，摸到沙粒则生女孩。
以上所谓玉华池、九井、打儿窝、摸儿洞等都属于女阴崇拜的范畴。据有关学者研究，仰韶文化的贝文就是女阴的反映；四川广元县东门的女阴石、湘西辰溪县的风滚岩等，都是女阴崇拜物。
至于男根崇拜，准确地说，它并不是在父系社会才出现的，实际上它在母系社会的晚期、甚至中期已有萌芽。魏勒在他所着的《性崇拜》一书中指出：
那时人们便注意到，如果男子不同女子交配，女子就不会生孩子。于是人们断定，男子对创造一个新的生命享有完全的荣誉。这种观点来自阿那克萨哥拉(公元前450年）的理论。阿那克萨哥拉认为，胎儿完全是由父亲的种子形成的，母亲只为它的发育提供了一个场所，就像一个植物的种子植入大地可以生长一样。这种认为男人“给妻子以孩子”的理论至今仍为某些人所主张，习惯用语“他使她有了孩子“就表明了这一点。在《旧约全书·创世纪》第三十章中的拉结就是有这种观念的人：
“拉结见自己不给雅各生子，……对雅各说，你给我孩子，不然我就死去。”
正是因为这个缘故，人们十分重视男根，并且达到了崇拜的程度。对于男根，有许多摸拟物、象征物、象征的花纹和突出男根的图画符号。例如，马厂类型的人体装饰符号对男根就作了夸张的描绘。
在这一时期的文化遗存中，鸟纹是最常见，也是最重要的一种纹样，分布很广泛。它首先见于西安半坡仰韶文化的彩陶残片，此外，在陕西华县柳子镇泉护村彩陶、陕西宝鸡北首岭彩陶壶、河南三门峡市陕县庙底沟彩陶残片、浙江河姆渡文化遗存中的骨匕柄和象牙器、马家窑文化甘肃榆中县马家呱彩罐上都绘有鸟纹，这种例子也是不胜枚举。
赵国华认为，以鸟纹象征男根，这是因为鸟头与阴茎头相似；鸟生卵，男根也有卵（辜丸）；蛋白与精液相似；等等。
初民把鸟与生殖联系起来，是认为生儿育女乃是男卵之精进人女腹孕育孵化的结果，从而认识到了男根的生殖机能，也就是领悟到“种的作用”，这样就开始把生殖与男根、女阴相结合的性交结合起来了，这是人的认识带有飞跃性质的一次深化。
郭沫若在论说“玄鸟生商”的神话时认为“玄鸟旧说以为燕子”，“玄鸟就是凤凰”，“但无论是凤或燕子，我相信这传说是生殖器的象征，鸟直到现在都是（男性）生殖器的别名，卵是塞丸的别名”。对此，的确还有许多说法可以证明，如《水浒传》中李邃的。头语“鸟”，至今我国有些地区的人呼阴茎为“雀雀”，称男孩的小阴茎为“小鸡鸡”，都有这方面的含义。
有意思的是在这一时期以及以后的许多出土文物上都有鸟衔鱼的图案，把二者结合起来了。如宝鸡北首岭出土的细颈彩陶壶上的鸟啄鱼纹样，临汝阎村出土的彩陶缸上的鸟衔鱼图，西周青铜器上的鸟鱼纹，秦汉瓦当上的鸟衔鱼纹，汉代画像石上的鸟啄鱼纹，晋代金饰品上的鸟衔鱼纹样，明代织锦上的鸟衔鱼纹样，明代砖刻上的鸟衔鱼纹样等，都表现了这一点。这说明，初民把男根与女阴联系在一起了，这是对性交和生殖相互关系进一步的理解。
在原始社会，这一类以生殖崇拜为中心的性崇拜的象征物还有很多，如因瓜瓢、葫芦形圆多子，就以此象征女性的子宫；以蚌、海贝和船象征女阴，因其状中空而似；还用羊、鹿象征女性，因为它们繁殖力强；同时，还以花朵喻女阴，以花心喻阴蒂，这种象征直到明代小说《金瓶梅》中还有反映，直到现代还有人喻阴茎深插入阴道为“直捣花心”。许多象征物的出现与社会生产力的发展有一定关系，它们往往反映了当时采摘、渔猎或畜牧的生产力发展水平。
在我国的考古发掘中曾发现不少有生殖器崇拜意义的男根模拟物，主要是陶制的，故称陶祖，也有少数石祖和木祖，甚至还有玉祖和铜祖。发现上述遗物的主要地区有：
陕西西安三店村遗址；
陕西宝鸡福临堡遗址；
陕西铜川李家沟遗址；
陕西华县泉护村遗址；
河北满城遗址；
河南浙川下王岗遗址；
河南信阳三里店遗址；
河南海池遗址；
河南安阳侯家庄遗址；
河南郑州二里岗遗址；
甘肃秦安大地湾遗址；
甘肃甘谷灰地儿遗址；
甘肃临夏张家嘴遗址；
湖北京山屈家岭遗址；
湖南安乡度家岗遗址；
山东激坊鲁家。遗址；
山西万荣荆村遗址；
云南大理金圭村遗址；
广西坛楼、石产遗址；
广西钦州独料遗址；
新疆罗布漳尔遗址；
等等。
从以上情况看来，这些遗址几乎遍及我国各地。以上遗物大都属于新石器时代。早的如甘肃秦安大地湾遗址属于新石器时代的初期至中期，距今约8棚年至7则年；铜川李家沟、甘谷灰地儿、浙川下王岗等遗址为新石器时代中期的仰韶文化晚期；其他遗址大部相当于龙山文化，属于新石器时代的晚期；个别延续到汉代。
这些出土文物是十分形象而生动的。例如1988年在陕西宝鸡西郊福临堡仰韶文化遗址中，出土了“石祖”、“陶祖”各一件，“石祖“长约13厘米，男子阴茎状，系用青石稍加工而成；“陶祖“长5厘米多，前端有小孔，形如尿道，系捏塑而成，根部和两个辜丸粘接在红色陶钵的内侧。
四川木里县大坝村有一个鸡儿洞，里面供了一个30厘米高的石祖。当地普米族妇女为了乞求生育，经常到该洞里烧香叩头，向石祖膜拜，最后拉起裙边，在石祖上坐一下或蹲一下，认为这样和石祖接触后才能生儿育女。
云南宁菠县永宁达坡村的摩梭人认为，他们村后的山岗就是男神的阴茎。如果妇女不育就要向这个山岗叩头、烧香，乞求子孙繁衍。
西藏有些门巴族人以木头制成木祖，悬挂在房上，以免桂女魔作祟，保证当地平安无事，人畜两旺。
云南西双版纳的曼贺山上，也有一个石柱，被当地的傣族视为石祖，认为它与妇女交孀后才孕育了人类。
新疆古龟兹昭估厘佛寺遗址还留有原始性崇拜的石刻，上面雕刻的男根形状十分突出。
青海乐都柳湾马家窑文化基葬出土一件陶壶，腹部有一浅浮雕人像，坐式，高鼻梁，大耳朵，小眼睛，全身裸体，男根十分显露，带有明显的生殖器崇拜的痕迹。
内蒙古昭乌达盟宁城南山根夏家店上层出土一件两侧曲刃青铜短剑，在剑柄上铸有裸体立像，一面为男，双手抚腹，一面为女，双手上抬交叉胸前，两性器都很突出。