（1）贮藏冬瓜品种的选择。目前生产的冬瓜较多，以晚熟、大果型、无蜡粉的青皮冬瓜较耐贮藏。要选用老熟、无损伤冬瓜用于贮藏，凡是有皮伤、晒伤、烂疤、虫疤以及过嫩瓜和死藤瓜均不宜贮藏。
（2）贮藏场所。冬瓜采收时一般气温仍偏高，应先放在冷凉干燥的地方预贮和处理，然后转入贮藏库。贮藏库最好用控温冷库，如没有冷库，可用地下防空洞、地窖或空闲库房等场所。
（3）入贮前处理。用克霉灵熏蒸消毒，每10千克冬瓜用药量为1毫升，以消灭从田间带来的病原菌。其方法是：将冬瓜码放好，用棉球蘸药放在冬瓜间隙处，布药点多几处效果更好。布药后，周围用塑料薄膜（或罩）盖严密封，熏蒸24小时即可打开入贮。
（4）贮藏环境控制。贮藏冬瓜的适宜温度为10℃，适宜的空气相对湿度为70％～75％。如湿度过高容易发生霉烂，温度过高容易萎蔫，失去鲜度，呼吸作用加强，也不利于贮藏。
（5）冬瓜堆码方式。这里介绍以下三种：①堆放。先在地面铺一层细沙或麦秸、稻草，在其上平码冬瓜两三层，过高会压伤瓜皮或瓜肉、瓜瓤。②装框堆放或悬吊。把瓜装在可以码垛的塑料筐、编织筐内，分层堆码，但不宜堆码过高，以免倒塌。如果贮藏量较少，可用编织袋或网兜装瓜，吊放在房梁等处。③架式贮藏。把冬瓜摆放在库房的贮藏架上，瓜下铺上一层草包，一般瓜蒂朝下、瓜脐向上摆放。
（6）贮藏管理。冬瓜贮藏主要是温、湿度管理，一般不需要倒动，但应经常检查，发现有伤损或霉烂时须及时拣出。控温冷库贮藏的只要把温度调控在10℃±1℃即可。如果是地窖或空闲库房等，则应通过人工通风调节库内温、湿度。一般库温管理原则是：前期注意降温，中期保温，后期升温防冻。应设专人管理，前期白天关闭门窗，防止阳光和外界高温进入。夜晚或清晨打开全部门窗，必要时配装排风换气扇，使外界低温进入库内，降低库温和湿度。在中期，根据室温需要，可不通风、不加温或小通风、小加温，使库温维持在10℃左右。在后期，如果外温、室温均低于10℃时，可用炉火或电热线加温，防止冻害。